genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold24
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3006277

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467054--2467084	14	2.1	15	94	5	55	48	0	0	51	1.00
2467028--2467083	19	2.9	19	84	5	60	53	1	0	44	1.11
2467710--2467878	82	2.1	81	94	2	302	43	7	7	42	1.60
2473530--2473596	9	7.8	9	77	16	54	38	0	1	59	1.06
2473530--2473614	41	2.1	41	82	8	102	40	1	1	57	1.14
2474407--2474530	61	2.0	61	93	0	212	35	9	11	43	1.73
2475888--2475915	14	2.0	14	100	0	56	57	14	21	7	1.61
2476113--2476146	2	17.0	2	90	0	50	52	0	2	44	1.16
2478890--2479107	34	6.5	34	85	5	282	40	27	7	24	1.82
2478888--2479107	67	3.3	67	88	1	323	40	27	7	24	1.82
2483523--2483738	34	6.4	34	85	5	278	40	27	7	24	1.83
2483521--2483738	67	3.2	67	88	1	319	40	27	7	24	1.82
2488337--2488362	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
2489391--2489431	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2490771--2490836	24	2.8	23	80	11	64	60	3	0	36	1.12
2491868--2491923	17	3.0	19	87	12	73	30	0	0	69	0.89
2492347--2492387	19	2.2	19	86	8	57	75	4	0	19	0.98
2492522--2492781	50	5.2	50	84	3	292	34	15	17	32	1.91
2492522--2492781	100	2.6	100	83	3	328	34	15	17	32	1.91
2499987--2500011	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2499994--2500090	10	9.8	10	68	21	53	56	1	0	42	1.06
2500011--2500087	23	3.1	25	76	14	79	55	1	0	42	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2500053--2500133	35	2.2	38	82	10	107	55	2	0	41	1.13
2500133--2500170	17	2.4	16	86	8	51	50	0	0	50	1.00
2501408--2501481	29	2.5	29	84	2	103	55	0	4	40	1.19
2502093--2502151	26	2.2	26	84	9	73	37	0	8	54	1.31
2502170--2502236	23	3.0	23	78	10	75	56	0	0	43	0.99
2502188--2502214	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2502167--2502230	22	3.0	22	79	2	76	53	0	0	46	1.00
2504515--2504552	20	1.9	19	89	5	58	34	5	7	52	1.53
2504519--2504558	20	2.0	20	85	0	53	35	7	10	47	1.65
2504814--2504839	11	2.4	11	100	0	52	23	7	30	38	1.83
2505751--2505896	64	2.3	64	78	5	163	37	13	9	39	1.78
2506692--2506869	89	2.0	89	97	0	338	41	8	11	38	1.72
2507770--2507826	8	7.4	8	72	21	50	50	0	0	49	1.00
2507764--2507826	17	4.0	17	76	19	82	52	0	0	47	1.00
2508128--2508168	20	2.1	19	86	4	55	53	0	0	46	1.00
2508578--2508603	9	2.9	9	100	0	52	0	0	7	92	0.39
2515260--2515313	17	3.4	17	73	16	53	53	0	0	46	1.00
2522325--2522351	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
2523932--2524083	76	2.0	76	96	0	277	36	12	24	26	1.91
2526589--2526639	23	2.2	23	83	13	61	31	3	0	64	1.11
2526710--2526750	10	4.3	9	87	6	55	29	0	0	70	0.87
2526723--2526760	14	2.8	14	84	4	51	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527777--2527821	18	2.4	18	85	3	54	33	4	33	28	1.77
2528757--2528802	21	2.2	21	100	0	92	26	26	17	30	1.97
2537565--2537655	20	4.9	19	70	15	57	58	1	2	38	1.18
2538276--2538315	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2538459--2538488	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2541075--2541105	16	1.9	16	93	0	53	29	12	9	48	1.73
2541791--2541824	3	11.7	3	93	6	61	70	0	29	0	0.87
2546246--2546287	12	3.2	13	80	10	50	50	2	0	47	1.14
2546247--2546298	18	2.8	18	82	5	59	50	1	0	48	1.12
2548497--2548543	20	2.3	20	77	3	58	46	2	0	51	1.13
2552043--2552068	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2553459--2553493	17	2.0	18	88	5	54	62	2	0	34	1.10
2553875--2553902	4	7.0	4	100	0	56	50	50	0	0	1.00
2558453--2558500	13	3.4	14	80	11	53	68	0	0	31	0.90
2558468--2558500	16	2.0	17	88	5	50	72	0	0	27	0.85
2559645--2559670	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2559680--2559729	25	2.0	24	88	3	73	60	0	0	40	0.97
2559692--2559740	24	2.0	25	84	11	66	65	0	0	34	0.93
2559711--2559775	20	3.3	19	84	4	76	56	1	0	41	1.08
2559708--2559777	19	3.8	19	83	7	83	54	1	0	44	1.09
2559963--2560006	18	2.6	18	85	7	56	47	2	2	47	1.27
2559997--2560037	20	2.2	20	87	12	61	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559999--2560042	23	1.9	23	86	9	63	63	0	0	36	0.95
2560088--2560117	16	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
2560083--2560144	27	2.3	27	75	8	72	50	0	0	50	1.00
2560083--2560151	28	2.5	26	75	9	75	49	0	0	50	1.00
2562643--2562668	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2563741--2563837	47	2.1	47	98	0	185	28	21	17	31	1.96
2564757--2564793	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2565703--2565748	23	2.0	23	83	8	58	17	8	4	69	1.31
2567420--2567564	71	2.0	76	89	6	228	28	13	10	47	1.75
2570181--2570214	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2574521--2574556	2	18.0	2	94	0	63	50	47	0	2	1.15
2579531--2579576	18	2.6	18	82	0	56	30	0	2	67	1.03
2579850--2579875	6	4.3	6	100	0	52	15	15	0	69	1.20
2579992--2580027	17	2.3	15	90	9	54	58	2	0	38	1.13
2580256--2580336	35	2.2	37	82	12	105	55	0	1	43	1.07
2581053--2581102	27	2.0	25	84	11	66	18	18	46	18	1.85
2581059--2581111	27	2.1	25	86	10	72	16	16	47	18	1.83
2581891--2581969	36	2.3	35	88	4	115	27	17	22	31	1.97
2582859--2582936	22	3.2	25	77	15	83	58	0	0	41	0.98
2582859--2582920	26	2.6	25	80	16	69	54	0	0	45	0.99
2583299--2583352	26	2.2	24	83	12	65	35	0	0	64	0.94
2583310--2583349	18	2.2	18	90	0	62	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589527--2589607	40	2.0	40	92	2	137	32	18	12	37	1.88
2591264--2591294	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2591714--2591743	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2595624--2595655	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2600520--2600559	2	20.5	2	84	5	55	47	2	2	47	1.29
2602117--2602155	21	2.0	21	90	10	64	51	0	0	48	1.00
2602110--2602154	19	2.3	19	81	14	56	46	0	0	53	1.00
2602101--2602164	27	2.3	29	83	5	78	45	0	0	54	0.99
2602491--2602520	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2605148--2605290	43	3.4	42	87	2	198	44	0	2	52	1.17
2605133--2605292	86	1.9	85	88	2	232	45	1	2	50	1.26
2605788--2605831	18	2.4	18	81	11	54	56	2	6	34	1.38
2606585--2606621	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
2614838--2614873	2	19.5	2	83	16	51	44	0	0	55	0.99
2615070--2615113	22	2.0	22	86	0	61	84	0	15	0	0.63
2615066--2615122	26	2.1	28	87	6	82	82	0	14	3	0.80
2615064--2615122	30	2.0	30	82	0	73	81	0	15	3	0.82
2615129--2615221	34	2.7	35	79	18	97	33	1	2	63	1.13
2615863--2615975	58	1.9	58	83	5	147	30	12	7	49	1.67
2616105--2616149	10	4.3	10	78	10	54	82	0	15	2	0.77
2617129--2617213	15	6.0	15	70	22	67	43	0	0	56	0.99
2619501--2619537	12	3.0	13	88	7	51	21	10	0	67	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2625596--2625634	19	1.9	19	85	10	51	48	10	12	28	1.74
2627500--2627534	17	2.2	16	90	10	54	45	8	0	45	1.34
2630921--2630973	26	2.0	26	82	13	65	60	0	0	39	0.97
2631028--2631080	15	3.2	17	77	20	58	52	0	0	47	1.00
2631485--2631521	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2631898--2631946	25	2.0	23	92	7	80	38	0	0	61	0.96
2631897--2631946	18	2.8	18	84	6	57	40	0	0	60	0.97
2635829--2635881	20	2.6	20	81	3	61	41	0	1	56	1.10
2638723--2638754	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2640192--2640243	27	1.9	27	88	0	77	51	1	0	46	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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