genome.fa.s412.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold412
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4645160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112272--2112303	16	1.9	17	93	6	57	37	0	6	56	1.25
2113170--2113218	16	3.1	15	85	8	71	26	18	14	40	1.89
2113170--2113228	31	1.9	30	86	13	84	27	16	15	40	1.89
2114986--2115021	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2116842--2116891	7	6.9	7	77	8	55	50	0	2	48	1.12
2116842--2116900	14	4.1	14	82	6	73	50	0	1	47	1.11
2118444--2118491	24	2.0	24	100	0	96	20	8	8	62	1.49
2118452--2118504	24	2.4	22	84	12	65	26	7	7	58	1.52
2120822--2120862	2	20.5	2	94	0	73	51	2	0	46	1.14
2121844--2121961	35	3.3	36	80	11	120	41	0	0	58	0.98
2121841--2121903	16	4.0	16	73	19	60	41	0	0	58	0.98
2121844--2121988	71	2.0	72	82	13	176	40	0	0	59	0.97
2121941--2121986	11	3.8	12	83	13	58	36	0	0	63	0.95
2122104--2122154	19	2.6	20	75	9	52	39	5	1	52	1.37
2122131--2122207	28	2.6	29	80	10	77	38	2	0	58	1.12
2122188--2122227	17	2.3	18	82	8	55	47	0	0	52	1.00
2122202--2122244	17	2.4	17	84	11	50	53	2	0	44	1.13
2122382--2122411	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2122501--2122593	33	2.8	31	75	19	89	44	3	0	52	1.17
2128670--2128699	14	2.1	14	93	0	51	10	3	86	0	0.67
2129507--2129574	19	3.6	18	78	9	64	42	1	1	54	1.18
2129552--2129587	14	2.6	14	83	16	56	44	2	0	52	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129552--2129597	13	3.4	13	85	8	56	41	4	0	54	1.20
2130077--2130192	8	13.1	8	70	20	63	54	0	0	45	0.99
2130040--2130189	10	16.3	10	67	23	73	56	0	0	43	1.04
2130085--2130135	26	1.9	27	92	4	86	47	0	0	52	1.00
2130059--2130193	47	3.0	45	72	14	127	54	0	0	45	1.05
2130043--2130144	27	3.7	27	78	11	102	54	0	0	44	1.06
2130029--2130190	26	6.2	24	68	19	69	56	0	0	41	1.08
2130082--2130209	45	2.8	43	78	14	141	53	0	0	45	1.05
2130462--2130498	14	2.7	14	91	4	58	45	10	0	43	1.39
2130665--2130693	14	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
2131331--2131360	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
2131590--2131628	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2134724--2134767	19	2.2	20	84	11	56	52	0	2	45	1.13
2135588--2135624	12	3.2	12	85	11	51	48	0	0	51	1.00
2135632--2135679	20	2.4	19	86	6	60	56	2	0	41	1.11
2136434--2136470	12	3.2	11	92	7	56	37	0	2	59	1.12
2136497--2136535	18	2.2	18	86	4	53	51	0	0	48	1.00
2136931--2136978	19	2.5	19	81	15	55	52	0	0	47	1.00
2136932--2136978	9	5.0	9	78	19	51	53	0	0	46	1.00
2136925--2136992	34	2.0	34	83	13	88	52	0	0	47	1.00
2137325--2137402	32	2.4	32	72	10	77	44	0	0	55	0.99
2139353--2139389	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139537--2139561	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2139774--2139807	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2140848--2140915	27	2.5	27	79	11	77	39	4	0	55	1.20
2141090--2141129	16	2.6	16	84	4	55	67	2	0	30	1.04
2141728--2141762	18	1.9	18	88	0	52	74	0	0	25	0.82
2148230--2148270	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2148952--2148978	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2149767--2149866	49	2.0	49	90	0	155	51	18	5	26	1.66
2150072--2150218	22	6.5	22	72	7	107	51	4	6	38	1.46
2150045--2150179	66	2.1	65	82	1	162	51	5	8	34	1.56
2150147--2150217	25	2.8	26	74	4	74	53	2	4	39	1.35
2150879--2150921	22	2.0	22	85	0	59	39	9	6	44	1.64
2151986--2152170	34	5.5	34	86	0	255	40	26	7	25	1.81
2151986--2152170	102	1.8	101	91	1	307	40	26	7	25	1.81
2156236--2156298	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
2156601--2156783	34	5.4	34	86	3	244	39	26	7	26	1.83
2156601--2156783	102	1.8	101	93	1	321	39	26	7	26	1.83
2157754--2157830	32	2.3	34	86	6	104	53	11	2	32	1.51
2158191--2158230	21	1.9	21	89	0	62	60	0	2	37	1.11
2158223--2158279	19	2.9	19	73	2	60	54	0	0	45	0.99
2159807--2159855	21	2.3	21	78	0	53	53	10	4	32	1.54
2160024--2160050	13	2.1	13	100	0	54	22	7	29	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161273--2161697	223	1.9	223	84	1	566	32	15	12	39	1.85
2162057--2162102	16	2.8	16	86	3	65	23	0	0	76	0.79
2162057--2162101	5	8.4	5	87	7	54	24	0	0	75	0.80
2163150--2163196	19	2.4	19	85	3	58	34	0	0	65	0.93
2164286--2164331	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
2169385--2169566	51	3.6	50	80	10	176	34	30	17	17	1.93
2169385--2169530	51	2.9	50	83	10	183	35	28	19	16	1.93
2170261--2170286	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
2173147--2173174	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2173549--2173578	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2174508--2174823	45	7.3	45	70	13	146	15	29	14	40	1.87
2174586--2174865	45	6.5	41	71	14	174	14	28	15	42	1.85
2180837--2181001	17	9.3	18	69	20	91	40	0	0	58	1.02
2180851--2181001	8	18.4	8	69	15	94	41	0	0	58	0.98
2180837--2180910	9	8.1	9	73	23	66	41	0	1	56	1.07
2180852--2181012	39	3.9	43	71	20	116	40	0	0	59	0.98
2180873--2180940	23	2.9	23	82	10	84	42	0	0	57	0.98
2180855--2180997	56	2.5	58	81	8	143	41	0	0	58	0.98
2180922--2180994	12	5.5	13	69	13	51	41	0	0	58	0.98
2180961--2181013	25	2.1	26	89	10	83	33	0	0	66	0.92
2181249--2181320	25	2.8	25	68	29	62	40	0	4	55	1.19
2181372--2181464	30	3.4	26	79	10	73	40	2	1	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181409--2181470	30	2.1	28	91	5	97	35	1	0	62	1.05
2181592--2181626	16	2.3	15	90	5	52	37	2	11	48	1.54
2181953--2182000	14	3.6	13	78	13	53	33	2	0	64	1.05
2182907--2182967	29	2.1	30	84	9	81	42	3	0	54	1.17
2183586--2183619	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
2183588--2183626	20	2.0	19	95	5	69	53	0	0	46	1.00
2187548--2187618	20	3.7	19	74	11	56	42	1	0	56	1.08
2187558--2187611	19	2.9	19	76	13	58	44	1	0	53	1.11
2192388--2192414	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
2195812--2195886	35	2.1	35	83	13	93	58	2	2	36	1.26
2197897--2197936	21	1.9	21	84	0	53	57	2	2	37	1.26
2198153--2198177	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2199133--2199157	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2199173--2199270	50	2.0	50	91	0	160	37	11	6	44	1.65
2199768--2199807	15	2.6	16	88	8	64	2	20	0	77	0.88
2201401--2201449	22	2.2	23	88	3	73	30	2	0	67	1.02
2201966--2201990	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2202444--2202492	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2204034--2204076	16	2.5	17	81	14	52	34	6	0	58	1.25
2204497--2204559	25	2.6	24	78	11	67	31	0	4	63	1.15
2206181--2206215	10	3.5	10	88	0	52	42	14	14	28	1.84
2206941--2206972	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208537--2208598	29	2.1	30	81	3	72	50	0	0	50	1.00
2208570--2208620	21	2.6	19	77	22	61	54	0	0	45	0.99
2210383--2210408	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2217059--2217090	14	2.3	14	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2219070--2219099	13	2.3	13	94	0	51	36	0	10	53	1.35
2223572--2223622	25	2.0	24	85	14	66	37	0	0	62	0.95
2224404--2224441	17	2.2	17	86	9	51	65	10	0	23	1.23
2225033--2225080	15	3.3	14	80	14	53	37	2	0	60	1.09
2227204--2227243	16	2.6	15	88	4	53	47	5	2	45	1.38
2227545--2227586	19	2.2	19	87	8	59	52	0	2	45	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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