genome.fa.s412.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold412
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4645160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322045--2322109	31	2.0	33	88	5	98	56	6	0	36	1.24
2322429--2322499	28	2.6	25	77	18	70	57	1	4	36	1.27
2322720--2322751	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2322827--2322889	15	3.8	16	76	16	65	42	0	1	55	1.09
2323053--2323108	17	3.4	16	78	9	67	57	0	0	42	0.99
2323169--2323203	16	2.4	14	86	13	52	34	0	2	62	1.10
2323292--2323329	19	2.0	19	85	10	51	50	0	0	50	1.00
2328586--2328621	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2329584--2329614	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2330036--2330102	22	3.1	21	75	14	66	59	1	0	38	1.06
2330463--2330502	20	2.0	20	85	0	53	35	0	2	62	1.09
2334161--2334218	29	2.1	29	80	6	66	32	1	8	56	1.40
2334725--2334786	22	2.7	22	79	13	63	37	1	0	61	1.06
2340004--2340098	50	2.0	49	87	6	140	32	12	9	45	1.74
2344899--2344924	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
2345428--2345462	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
2345563--2345599	12	3.1	12	88	0	56	40	0	2	56	1.13
2357623--2357709	17	4.9	17	70	10	75	55	3	3	37	1.34
2357695--2357762	31	2.3	30	89	5	102	50	8	4	36	1.54
2357859--2357908	23	2.2	22	79	10	57	44	2	0	54	1.11
2357973--2358009	17	2.2	17	90	0	56	59	5	0	35	1.20
2359194--2359251	17	3.5	17	74	21	52	55	1	0	43	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359465--2359513	13	3.8	13	73	10	55	46	0	0	53	1.00
2359462--2359535	27	2.7	28	79	8	80	48	0	0	51	1.00
2359902--2359930	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
2360704--2360850	20	6.8	20	69	14	96	48	1	0	50	1.09
2360701--2360850	65	2.3	65	98	0	291	48	1	0	50	1.09
2361807--2362023	105	2.1	105	86	4	303	46	2	12	38	1.56
2362173--2362199	10	2.7	10	100	0	54	70	0	7	22	1.12
2364173--2364212	17	2.3	18	87	12	57	65	2	0	32	1.06
2364225--2364260	19	1.9	19	88	5	56	61	5	5	27	1.41
2365506--2365552	3	16.0	3	91	8	71	31	0	0	68	0.90
2365504--2365557	26	2.1	26	100	0	108	29	0	0	70	0.88
2366740--2366792	22	2.5	20	85	8	70	41	0	0	58	0.98
2366740--2366792	10	5.1	10	74	17	54	41	0	0	58	0.98
2369897--2369937	2	20.5	2	89	0	64	46	2	2	48	1.28
2370469--2370499	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2375429--2375488	30	2.0	30	100	0	120	50	3	20	26	1.64
2375895--2375929	16	2.2	16	90	10	54	54	14	5	25	1.62
2376629--2376697	22	3.0	23	79	10	79	49	0	0	50	1.00
2376649--2376702	21	2.5	22	87	9	83	51	0	0	48	1.00
2376649--2376702	22	2.5	21	90	6	81	51	0	0	48	1.00
2376629--2376700	23	3.2	22	83	15	85	47	0	0	52	1.00
2387255--2387367	56	2.0	56	98	0	217	45	14	11	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391149--2391197	24	2.0	24	88	7	73	42	0	0	57	0.99
2391119--2391201	33	2.6	32	78	5	96	40	1	0	57	1.06
2391199--2391255	25	2.3	27	79	14	68	28	1	5	64	1.25
2391795--2391839	21	2.1	22	87	4	65	51	0	0	48	1.00
2392018--2392109	27	3.4	26	71	14	71	41	1	0	57	1.06
2394168--2394198	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2394736--2394811	20	3.8	20	75	6	82	31	13	14	40	1.84
2394828--2394858	16	1.9	16	100	0	62	35	19	12	32	1.90
2407424--2407469	17	2.7	17	78	18	51	36	0	6	56	1.25
2407631--2407711	41	2.1	38	81	11	92	37	0	2	60	1.10
2410359--2410411	23	2.3	22	81	15	63	50	0	0	49	1.00
2410371--2410457	28	3.0	30	79	14	94	50	0	0	49	1.00
2410665--2410699	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2413458--2413484	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2415601--2415635	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
2415447--2415805	189	1.9	189	97	0	682	32	11	19	35	1.88
2415774--2415805	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
2427040--2427129	44	2.0	44	100	0	180	51	20	2	26	1.59
2427884--2427938	2	28.0	2	85	3	76	52	0	1	45	1.11
2427894--2427960	29	2.3	29	89	0	98	52	1	1	44	1.19
2428041--2428070	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
2428441--2428473	9	3.8	9	88	8	50	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428733--2428763	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
2429700--2429726	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
2430935--2430974	20	2.0	21	85	5	55	52	0	2	45	1.14
2431326--2431366	22	1.9	21	90	5	64	39	0	2	58	1.11
2431326--2431372	23	2.1	21	84	7	58	40	0	2	57	1.11
2431962--2431999	18	2.2	18	85	4	51	47	0	2	50	1.15
2436261--2436390	67	1.9	67	98	0	251	30	17	16	34	1.93
2437386--2437410	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2437424--2437463	21	1.9	21	94	0	71	22	17	22	37	1.94
2439348--2439377	15	1.9	15	93	6	51	70	0	0	30	0.88
2439504--2439542	17	2.3	17	86	8	53	30	0	0	69	0.89
2440023--2440071	16	3.0	16	84	3	62	42	4	0	53	1.20
2440490--2440569	30	2.7	31	75	14	87	50	1	1	47	1.17
2445259--2445294	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2445864--2445899	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2449089--2449134	15	3.0	15	90	3	65	32	6	17	43	1.75
2449164--2449210	16	2.9	16	80	0	58	23	14	19	42	1.88
2450050--2450120	32	2.2	32	87	2	99	23	12	16	46	1.82
2450066--2450119	16	3.4	16	71	0	54	24	11	16	48	1.79
2455106--2456024	458	2.0	458	97	0	1748	34	15	14	35	1.88
2461166--2461294	52	2.5	52	93	0	231	35	16	18	29	1.93
2467190--2467218	14	2.1	14	100	0	58	37	13	0	48	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471672--2471713	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
2474069--2474202	52	2.6	52	84	5	182	31	26	10	31	1.90
2474136--2474340	107	1.9	108	82	1	259	26	28	16	29	1.97
2474216--2474396	79	2.3	79	85	3	240	24	27	16	31	1.96
2476413--2476452	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2478544--2478604	30	2.1	27	85	14	79	55	0	1	42	1.09
2481492--2481574	34	2.4	34	93	0	148	21	0	36	42	1.53
2481492--2481589	34	2.9	33	86	8	110	23	0	35	40	1.55
2486319--2486401	34	2.4	34	93	0	148	20	1	37	40	1.60
2486305--2486416	34	3.3	34	85	1	134	24	1	35	38	1.66
2489575--2490631	531	2.0	533	85	5	1437	40	15	18	24	1.90
2490659--2490697	13	2.7	15	80	11	55	38	12	5	43	1.65
2492722--2492805	31	2.7	31	96	0	159	36	17	8	36	1.80
2499056--2499102	24	2.0	24	87	8	69	38	0	0	61	0.96
2499226--2499264	17	2.2	19	90	9	64	25	0	7	66	1.18
2499176--2499275	16	6.3	15	68	19	53	27	1	11	61	1.36
2499172--2499264	16	5.8	16	66	16	59	25	1	9	63	1.32
2499516--2499560	21	2.1	21	84	8	56	48	0	4	46	1.22
2499926--2499961	18	1.9	19	88	5	56	61	5	2	30	1.33
2501083--2501161	27	2.9	28	82	14	78	56	0	1	41	1.07
2501105--2501161	28	2.1	26	87	6	78	59	0	1	38	1.08
2504852--2504916	32	2.1	32	86	11	91	41	0	3	55	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509447--2509490	20	2.4	17	81	11	52	54	4	2	38	1.33
2510524--2510566	17	2.4	18	88	3	61	4	2	9	83	0.87
2513912--2514254	88	4.0	88	75	11	280	33	14	12	39	1.83
2514001--2514147	79	1.9	80	82	4	190	31	14	12	40	1.85
2517505--2517554	22	2.2	23	85	3	66	54	2	0	44	1.11
2519492--2519535	6	7.3	6	89	0	61	18	2	65	13	1.36
2520406--2520443	2	20.0	2	84	10	53	47	0	0	52	1.00
2522304--2522335	14	2.1	16	88	11	50	34	0	0	65	0.93
2525540--2525591	25	2.1	25	96	0	95	9	23	23	44	1.82
2525624--2525658	16	2.2	16	89	0	52	54	0	2	42	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32