genome.fa.s412.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold412
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4645160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2699001--2699066	16	3.8	17	72	11	53	53	0	0	46	1.00
2699003--2699056	19	2.7	20	77	8	56	55	0	0	44	0.99
2699032--2699093	14	4.4	13	76	13	52	48	0	0	51	1.00
2699124--2699167	20	2.2	20	83	0	52	31	2	2	63	1.19
2699618--2699655	9	4.3	9	83	6	51	36	0	0	63	0.95
2702225--2702282	6	9.2	6	81	10	71	53	0	1	44	1.10
2702234--2702295	33	1.9	32	83	3	79	56	1	3	38	1.25
2702356--2702426	36	1.9	38	83	11	94	52	7	0	40	1.29
2702834--2702943	60	1.9	57	83	10	143	47	0	3	48	1.25
2704242--2704292	19	2.8	18	73	11	50	56	0	0	43	0.99
2704482--2704519	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
2707267--2707711	153	2.9	154	80	7	494	33	9	7	48	1.64
2708346--2708411	23	2.9	23	86	2	80	25	3	22	48	1.65
2708814--2708856	21	2.0	21	100	0	86	18	18	23	39	1.92
2710344--2710389	21	2.2	21	92	0	74	41	2	0	56	1.11
2710308--2710353	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
2715531--2715565	15	2.3	15	90	0	52	68	0	0	31	0.90
2722130--2722217	34	2.6	34	88	1	131	54	15	13	15	1.71
2723364--2723402	21	1.9	20	89	5	60	53	12	7	25	1.65
2724805--2724946	16	8.6	16	64	16	58	40	0	0	57	1.09
2724869--2724956	7	12.7	7	71	20	51	38	1	1	59	1.13
2726060--2726102	14	3.0	14	79	3	50	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2726771--2726825	26	2.1	26	86	6	76	67	1	0	30	1.01
2726938--2726975	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
2728594--2728648	23	2.4	23	84	0	74	60	0	0	40	0.97
2728623--2728721	52	1.9	52	82	12	123	51	1	2	45	1.19
2731313--2731343	15	2.1	15	100	0	62	19	35	6	38	1.77
2734450--2734501	23	2.2	24	83	10	63	51	1	3	42	1.31
2735448--2735492	19	2.4	19	88	7	65	48	0	0	51	1.00
2736512--2736568	21	2.6	21	81	13	62	38	0	0	61	0.96
2736806--2736967	65	2.5	66	79	11	160	37	1	3	58	1.24
2736913--2736944	15	2.1	16	94	5	57	34	0	6	59	1.23
2736977--2737030	16	3.2	16	74	10	54	40	0	0	59	0.98
2736975--2737055	40	2.1	40	84	9	105	35	0	0	64	0.94
2736973--2737050	28	2.6	30	80	19	92	37	0	0	62	0.95
2736973--2737046	33	2.2	32	84	13	89	36	0	0	63	0.95
2736973--2737053	30	2.5	31	79	18	87	35	0	0	64	0.94
2737656--2737693	12	2.8	13	85	14	51	55	0	0	44	0.99
2739304--2739341	5	7.8	5	85	5	51	31	23	44	0	1.54
2739674--2739743	16	4.3	18	72	24	57	55	0	0	44	0.99
2739667--2739735	16	4.2	16	76	12	68	57	0	0	42	0.98
2739667--2739744	25	3.1	25	71	20	65	57	0	0	42	0.98
2742820--2742854	18	1.9	17	88	11	52	45	0	0	54	0.99
2743526--2743606	41	2.0	41	97	0	153	46	4	0	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2746267--2746304	17	2.4	17	86	8	53	55	13	7	23	1.64
2746792--2746839	14	3.4	14	80	5	53	52	0	0	47	1.00
2748666--2748695	13	2.3	13	94	0	51	43	3	0	53	1.17
2749539--2749593	27	2.0	28	85	3	76	23	1	3	70	1.12
2750045--2750103	15	3.8	15	80	17	59	40	0	3	55	1.16
2750529--2750579	18	2.7	19	81	9	59	47	3	0	49	1.20
2750911--2750953	22	2.0	22	86	9	61	62	0	0	37	0.95
2751817--2751858	22	1.9	22	85	9	59	40	0	0	59	0.97
2760545--2760586	19	2.2	20	82	4	50	73	7	2	16	1.15
2767542--2767679	51	2.7	50	80	6	143	44	10	12	32	1.75
2768759--2768800	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2769376--2769415	17	2.4	17	86	0	53	82	2	2	12	0.87
2769384--2769416	17	1.9	17	93	0	57	75	3	3	18	1.06
2769377--2769418	8	5.2	8	77	11	50	80	2	2	14	0.90
2773486--2773546	27	2.3	27	88	5	97	65	0	0	34	0.93
2775425--2775465	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2776066--2776114	24	2.1	23	85	7	64	53	0	6	40	1.26
2776103--2776162	9	7.1	9	72	14	56	43	0	1	55	1.10
2779125--2779157	12	2.8	12	86	4	50	39	51	9	0	1.34
2779905--2779952	20	2.5	20	81	15	57	66	0	0	33	0.92
2779890--2779951	26	2.5	26	84	10	76	64	0	0	35	0.94
2782423--2782476	28	1.9	28	81	7	65	44	9	9	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2783073--2783107	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
2792491--2792532	17	2.5	17	82	17	52	64	0	4	30	1.14
2792631--2792655	10	2.5	10	100	0	50	8	8	0	84	0.79
2792865--2792898	15	2.1	17	89	10	54	55	0	0	44	0.99
2792907--2792947	7	5.9	7	100	0	82	58	0	0	41	0.98
2793126--2793175	18	2.8	17	78	9	55	64	2	0	34	1.05
2793114--2793168	18	2.9	19	81	8	58	65	1	0	32	1.03
2793116--2793183	18	3.7	18	68	14	50	64	1	0	33	1.02
2796099--2796208	42	2.6	42	91	0	175	41	2	46	9	1.50
2802607--2802661	27	2.0	27	86	6	76	29	0	1	69	0.99
2803615--2803644	15	2.0	15	100	0	60	53	6	0	40	1.27
2803653--2803685	15	2.1	17	88	11	52	54	0	0	45	0.99
2803695--2803721	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
2804434--2804496	25	2.4	25	94	5	108	47	15	11	25	1.79
2806361--2806426	35	1.9	35	90	3	107	30	24	10	34	1.89
2806868--2806925	20	2.9	20	80	15	75	34	13	13	37	1.85
2807693--2807740	21	2.3	21	85	0	60	20	37	8	33	1.83
2812041--2812083	13	3.3	13	96	0	77	37	16	16	30	1.91
2812067--2812182	20	5.7	20	66	17	69	31	16	18	32	1.94
2812129--2812182	19	2.8	20	85	2	74	35	18	14	31	1.91
2814694--2814719	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2820938--2820975	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2820940--2820992	19	2.7	20	88	2	72	35	15	15	33	1.88
2823037--2823100	33	1.9	33	83	0	83	31	15	15	37	1.89
2825341--2825381	21	2.0	21	86	13	59	43	14	17	24	1.86
2826197--2826325	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
2826197--2826345	52	2.9	51	88	4	219	31	17	17	33	1.93
2826334--2826358	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2826420--2826444	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2826399--2826464	33	2.0	33	94	2	116	36	15	12	36	1.84
2829362--2829417	21	2.7	21	81	15	71	50	1	26	21	1.59
2830918--2830959	13	3.2	13	79	0	57	35	14	9	40	1.78
2832527--2832557	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2832537--2832685	73	2.0	73	85	2	201	30	22	10	36	1.88
2835475--2835536	21	2.7	22	76	11	63	35	4	1	58	1.29
2837650--2837702	19	2.7	19	85	8	63	32	13	18	35	1.90
2837750--2837801	13	3.9	13	75	5	59	32	7	17	42	1.77
2837743--2837796	27	2.0	27	100	0	108	33	7	18	40	1.78
2840014--2840056	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
2840014--2840056	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
2845319--2845376	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
2845415--2845439	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2849370--2849421	13	4.5	13	73	26	62	32	13	17	36	1.89
2849353--2849421	33	2.1	33	91	5	113	31	13	18	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2852377--2852441	12	5.9	11	79	17	57	40	0	47	12	1.41
2852392--2852423	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
2852375--2852480	42	2.5	42	89	0	158	41	1	45	11	1.51
2858903--2859055	63	2.4	63	88	0	225	34	15	15	35	1.88
2860716--2860760	21	2.1	22	84	12	58	42	0	24	33	1.55
2860862--2860886	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2860843--2860903	32	1.9	32	83	6	79	32	9	13	44	1.76
2866924--2866962	20	2.0	20	94	0	69	38	12	12	35	1.82
2866987--2867024	20	1.9	20	100	0	76	36	18	10	34	1.85
2866924--2867087	63	2.6	63	90	1	240	34	15	12	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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