genome.fa.s412.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold412
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4645160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805640--805679	18	2.2	18	86	0	53	47	0	0	52	1.00
805637--805686	26	1.9	26	83	0	64	50	0	0	50	1.00
806148--806211	16	3.8	16	77	8	56	43	0	1	54	1.09
806150--806224	17	4.3	17	78	13	73	44	0	2	53	1.14
806325--806381	17	3.2	17	79	13	62	43	1	0	54	1.10
806318--806368	19	2.8	18	82	11	68	41	1	0	56	1.10
806501--806560	14	4.2	14	80	18	70	70	3	0	26	1.03
806494--806565	28	2.9	24	75	20	76	68	2	0	29	1.04
807407--807483	26	3.0	25	75	5	73	58	1	0	40	1.06
807411--807487	32	2.4	33	82	6	86	58	1	0	40	1.06
807437--807489	19	2.6	21	85	11	74	62	0	0	37	0.96
810021--810047	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
810131--810179	3	16.7	3	79	12	57	34	28	4	32	1.76
810433--810472	14	2.9	14	85	3	55	50	0	0	50	1.00
810452--810498	22	2.1	22	84	0	58	59	0	0	40	0.97
810484--810522	21	1.9	20	85	15	53	64	5	0	30	1.15
810506--810558	20	2.5	21	81	6	63	49	1	3	45	1.31
810545--810601	11	5.2	11	75	24	50	49	0	0	50	1.00
810742--810793	2	25.5	2	88	3	77	46	3	1	48	1.31
811000--811041	23	1.9	23	85	9	61	33	4	0	61	1.17
812074--812115	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
813039--813091	19	2.9	19	77	5	65	35	1	0	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813145--813215	23	3.0	23	74	14	63	54	1	1	42	1.17
813159--813212	22	2.6	20	76	18	56	57	0	1	40	1.09
813161--813228	21	3.2	22	82	14	72	55	1	2	39	1.24
813304--813343	19	2.1	19	86	9	55	42	0	0	57	0.98
815285--815328	14	3.1	14	77	6	52	40	2	0	56	1.11
815280--815335	29	2.0	26	86	10	76	37	1	0	60	1.07
818502--818534	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
823075--823109	18	1.9	18	88	0	52	42	0	2	54	1.15
831026--831073	15	3.2	15	82	8	62	47	0	0	52	1.00
831039--831089	20	2.5	20	73	17	52	41	0	0	58	0.98
831264--831339	23	3.5	23	66	25	65	59	0	2	38	1.12
831278--831349	6	11.7	6	72	19	51	55	0	2	41	1.14
831250--831346	43	2.2	42	84	10	133	56	0	3	40	1.15
831411--831455	19	2.4	18	85	10	56	57	0	0	42	0.98
831416--831488	21	3.3	21	72	22	69	56	0	0	43	0.99
831435--831500	27	2.5	26	83	9	80	54	0	0	45	0.99
831195--831491	154	1.9	154	86	9	430	46	8	8	36	1.64
839213--839257	21	2.1	21	88	8	65	44	0	0	55	0.99
839341--839373	16	2.1	16	100	0	66	48	21	0	30	1.50
839452--839494	20	2.2	20	84	12	54	46	6	2	44	1.43
839552--839620	18	3.7	20	70	20	60	28	2	0	68	1.04
839558--839610	17	3.0	17	76	15	54	28	1	0	69	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839560--839622	29	2.2	29	83	8	76	28	3	0	68	1.05
839638--839697	8	6.8	9	73	16	54	33	3	0	63	1.11
839552--839698	27	5.6	26	68	18	99	32	3	1	62	1.20
839560--839717	76	2.1	75	88	4	228	33	3	1	61	1.22
839691--839735	21	2.1	21	87	0	63	46	2	0	51	1.13
839589--839770	76	2.4	73	80	10	179	37	3	1	57	1.24
840806--840838	13	2.6	13	85	4	50	30	3	0	66	1.06
842027--842086	25	2.5	24	76	23	72	53	0	0	46	1.00
842103--842161	22	2.6	22	76	7	57	47	0	0	52	1.00
843045--843094	25	1.9	27	88	8	77	46	0	0	54	1.00
850472--850545	11	6.5	11	72	16	53	64	0	0	35	0.94
850501--850549	18	2.7	19	78	15	68	67	0	0	32	0.91
850844--850918	4	19.0	4	71	17	50	66	0	0	33	0.92
850838--850879	19	2.3	18	88	8	66	73	0	0	26	0.83
850846--850903	10	6.1	10	73	18	52	63	0	0	36	0.94
850842--850918	24	3.5	20	71	25	66	67	0	0	32	0.91
850859--850937	40	2.1	40	86	13	114	62	0	0	37	0.96
851215--851258	19	2.3	18	82	17	54	50	0	0	50	1.00
851363--851393	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
851931--851963	13	2.6	13	90	4	50	33	0	0	66	0.92
852470--852503	2	17.0	2	87	0	50	47	5	0	47	1.26
857107--857145	18	2.1	19	90	4	62	53	0	2	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863556--863612	23	2.5	22	74	23	55	33	3	10	52	1.53
863684--863743	18	3.2	18	75	15	59	63	0	0	36	0.95
864223--864259	2	18.5	2	88	0	56	48	2	2	45	1.30
877093--877117	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
879817--879857	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
880020--880092	26	3.4	22	70	26	59	45	0	0	54	0.99
883309--883338	15	2.0	15	93	0	51	30	0	20	50	1.49
883522--883566	22	2.0	23	83	12	58	37	2	6	53	1.40
884090--884115	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
890010--890227	108	2.0	108	100	0	436	32	18	15	33	1.92
896419--896457	12	3.2	12	81	3	51	74	0	0	25	0.82
903134--903158	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
909374--909409	17	2.1	17	89	0	54	44	5	8	41	1.58
911512--911551	15	2.5	16	88	8	55	65	0	0	35	0.93
914066--914115	16	2.9	17	85	8	75	58	0	0	42	0.98
914072--914124	16	3.2	17	78	5	56	54	1	1	41	1.22
914280--914357	15	5.4	14	71	13	50	62	0	1	35	1.03
919807--919842	16	2.4	15	90	9	56	69	8	0	22	1.15
920177--920202	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
920456--920507	9	5.7	9	78	13	52	76	0	0	23	0.78
920456--920507	20	2.8	18	83	16	63	76	0	0	23	0.78
921038--921082	22	2.0	23	86	8	65	44	2	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921373--921540	88	1.9	89	85	6	234	39	11	7	41	1.70
922806--922836	10	3.1	10	90	0	53	48	0	0	51	1.00
922788--922848	20	3.0	20	75	20	63	45	0	0	54	1.00
922832--922930	50	2.0	50	82	11	123	52	0	1	46	1.07
922836--922941	49	2.1	50	81	11	119	52	0	1	45	1.11
927701--927731	16	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
931307--931336	6	4.8	6	92	8	51	53	0	0	46	1.00
931287--931347	7	8.6	7	74	16	54	52	0	3	44	1.17
931308--931347	13	2.9	13	92	7	62	50	0	2	47	1.14
935448--935475	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
936989--937038	19	2.7	18	85	11	73	58	0	0	42	0.98
937503--937582	32	2.3	35	77	8	85	48	2	2	46	1.29
937905--937929	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
938215--938249	17	1.9	17	88	11	52	34	0	0	65	0.93
939335--939367	16	2.1	16	94	0	57	9	0	33	57	1.30
940161--940186	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
944262--944364	17	5.3	19	71	23	72	43	0	0	56	0.99
944277--944392	6	20.3	6	72	18	79	45	0	0	54	0.99
944263--944389	28	4.3	29	73	19	111	45	0	0	54	0.99
944289--944325	16	2.2	17	90	4	58	40	0	0	59	0.97
944339--944395	28	2.0	28	96	0	105	50	0	0	49	1.00
949407--949447	18	2.5	17	77	14	50	58	2	2	36	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949496--949546	17	2.8	19	74	14	54	27	1	1	68	1.11
950491--950554	17	3.8	17	70	13	53	43	0	3	53	1.16
950502--950558	17	3.5	16	73	20	55	42	0	3	54	1.17
950527--950589	24	3.0	19	69	22	54	41	0	0	58	0.98
953658--953722	8	8.1	8	71	11	53	49	1	1	47	1.20
953706--953737	13	2.5	13	94	0	55	53	0	0	46	1.00
959107--959165	8	8.1	8	71	27	51	38	0	0	61	0.96
959113--959166	28	1.9	28	88	7	83	40	0	0	59	0.98
959138--959213	32	2.3	33	76	19	86	42	1	0	56	1.07
959648--959676	13	2.1	14	93	6	51	0	0	17	82	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32