genome.fa.s412.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold412
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4645160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228714--2228751	18	2.1	19	85	5	51	55	2	0	42	1.14
2229823--2229871	22	2.2	22	82	13	57	53	4	8	34	1.50
2230487--2230552	24	2.6	26	77	17	68	77	3	16	3	1.02
2230490--2230529	21	2.0	20	90	5	62	77	5	17	0	0.94
2230481--2230528	12	3.8	13	78	8	55	79	4	16	0	0.89
2231080--2231129	15	3.4	15	86	10	68	58	2	0	40	1.10
2231089--2231129	14	2.9	13	86	13	55	56	2	0	41	1.13
2231110--2231161	23	2.3	22	83	6	59	67	1	0	30	1.02
2231266--2231291	8	3.2	8	100	0	52	73	0	26	0	0.84
2234599--2234623	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2235419--2235464	20	2.3	20	92	0	74	41	6	0	52	1.27
2235431--2235475	20	2.2	20	96	0	81	44	2	0	53	1.13
2235431--2235488	20	2.9	20	87	5	64	43	1	0	55	1.10
2235692--2235840	27	5.9	25	71	22	91	41	0	0	57	1.09
2235707--2235825	8	14.8	8	64	18	50	44	0	0	54	1.05
2235726--2235765	20	2.0	20	85	9	55	50	0	0	50	1.00
2235753--2235825	12	6.4	12	71	21	50	45	0	0	54	0.99
2235726--2235826	24	4.2	24	75	16	79	46	0	0	53	1.00
2235802--2235844	15	2.9	16	80	13	56	32	0	0	67	0.91
2236171--2236225	19	3.2	17	85	12	60	43	1	0	54	1.10
2236184--2236232	19	2.7	19	87	6	66	44	2	0	53	1.12
2241789--2241829	18	2.3	18	83	8	57	53	4	39	2	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241830--2241886	12	4.8	12	74	10	55	64	0	29	5	1.15
2243211--2243254	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
2246180--2246208	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2252984--2253040	18	3.4	17	76	7	62	36	1	0	61	1.07
2254462--2254519	24	2.4	24	81	13	66	39	0	1	58	1.08
2254995--2255042	24	2.0	25	87	4	71	56	2	4	37	1.30
2255991--2256035	21	2.2	20	92	7	74	64	6	0	28	1.19
2256890--2256960	37	2.0	37	84	10	96	57	0	1	40	1.07
2256913--2256957	24	2.0	22	86	8	63	55	0	2	42	1.12
2256954--2257015	24	2.6	23	77	10	61	48	3	0	48	1.17
2266280--2266335	30	1.9	29	89	7	87	46	1	8	42	1.45
2266946--2267035	37	2.5	35	81	15	105	48	0	0	51	1.00
2268436--2268470	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2271731--2271775	20	2.3	19	88	3	63	31	0	2	66	1.04
2271746--2271777	7	4.9	7	85	14	50	28	0	0	71	0.86
2271739--2271777	19	2.0	20	95	5	71	25	0	2	71	0.98
2272226--2272263	4	9.8	4	94	5	69	78	0	21	0	0.74
2272225--2272267	8	5.5	8	88	5	52	81	0	18	0	0.69
2272279--2272351	25	2.8	25	80	12	85	32	0	0	67	0.91
2272283--2272351	24	2.7	24	82	10	84	31	0	0	68	0.90
2272473--2272514	8	5.2	8	83	11	59	23	0	0	76	0.79
2272468--2272565	18	5.5	18	68	18	62	26	1	3	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272476--2272565	24	3.8	23	73	20	78	26	1	3	68	1.11
2274035--2274074	20	2.0	21	85	5	55	55	0	0	45	0.99
2274082--2274106	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2274748--2274795	25	2.0	25	88	12	73	58	0	6	35	1.23
2275473--2275506	14	2.3	15	90	5	52	52	0	0	47	1.00
2275570--2275623	16	3.3	17	70	17	51	48	0	0	51	1.00
2275596--2275638	21	2.2	21	84	12	56	55	0	0	44	0.99
2275753--2275809	4	14.8	4	80	14	66	78	0	21	0	0.74
2275751--2275813	23	2.8	22	86	9	83	79	0	20	0	0.73
2275752--2275813	15	4.1	17	76	19	66	79	0	20	0	0.74
2275750--2275813	19	3.4	19	83	8	87	78	0	21	0	0.76
2275827--2275915	37	2.6	33	82	12	99	32	0	1	66	0.99
2275853--2275917	12	5.4	12	71	20	55	32	0	1	66	1.01
2275853--2275925	10	7.5	10	72	17	55	34	0	1	64	1.02
2275829--2275933	37	2.9	36	79	12	94	33	0	2	63	1.09
2276083--2276121	11	3.6	11	82	3	53	30	0	0	69	0.89
2276474--2276529	11	4.8	11	77	18	60	19	0	7	73	1.06
2276481--2276509	14	2.1	14	100	0	58	13	0	6	79	0.93
2276474--2276526	25	2.1	25	89	6	81	20	0	5	73	1.03
2276474--2276537	25	2.6	25	85	9	69	20	0	9	70	1.14
2277115--2277151	18	2.2	16	90	9	56	8	0	8	83	0.80
2277581--2277621	19	2.2	18	87	12	57	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277581--2277633	16	3.1	17	77	17	56	50	0	0	49	1.00
2278604--2278654	26	2.0	26	100	0	102	39	5	11	43	1.66
2279282--2279324	22	2.0	22	95	0	77	60	4	4	30	1.37
2279797--2279855	18	3.3	18	79	9	59	64	0	1	33	1.04
2279805--2279855	19	2.9	18	86	11	70	62	0	0	37	0.95
2279814--2279856	18	2.3	19	88	4	61	69	0	0	30	0.88
2280502--2280536	2	17.5	2	87	0	52	51	5	0	42	1.25
2281942--2281997	20	2.8	20	75	5	51	12	7	32	48	1.68
2284961--2285043	6	13.7	6	72	15	55	43	0	0	56	0.99
2284989--2285027	15	2.6	15	80	11	53	43	0	0	56	0.99
2284961--2285046	17	4.8	17	72	21	59	44	0	0	55	0.99
2287018--2287057	21	1.9	21	84	0	53	50	5	2	42	1.37
2287210--2287245	18	2.0	18	88	0	54	41	0	2	55	1.14
2288170--2288200	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
2288168--2288210	10	3.8	11	87	12	61	62	0	0	37	0.95
2288162--2288214	21	2.7	20	85	5	72	62	0	1	35	1.06
2288532--2288608	17	4.6	16	75	15	57	63	0	0	36	0.95
2288524--2288578	24	2.3	23	81	9	58	63	0	0	36	0.95
2288531--2288590	8	7.4	8	74	22	54	65	0	0	35	0.93
2288533--2288609	34	2.2	37	86	11	110	62	0	0	37	0.96
2290741--2290770	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
2291733--2291778	22	2.1	21	84	4	56	60	2	0	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293831--2293891	32	1.9	32	86	6	88	24	6	14	54	1.64
2293945--2294014	37	1.9	36	82	8	88	35	2	2	58	1.28
2294049--2294097	19	2.5	20	80	9	57	34	2	0	63	1.06
2295534--2295577	2	22.5	2	86	4	63	45	2	0	52	1.13
2295855--2295924	29	2.4	28	78	19	81	41	2	4	51	1.36
2295932--2295973	18	2.3	19	80	19	54	59	4	9	26	1.48
2296167--2296215	14	3.4	14	75	5	53	63	0	4	32	1.13
2296443--2296508	34	1.9	34	82	11	82	56	0	0	43	0.99
2298360--2298400	5	8.4	5	79	15	50	36	0	0	63	0.95
2298357--2298416	10	5.9	11	72	20	51	38	0	0	61	0.96
2298432--2298489	28	2.1	27	84	9	73	34	0	1	63	1.04
2304033--2304066	11	3.1	11	95	0	59	64	0	0	35	0.94
2304055--2304112	29	2.0	30	86	3	82	46	0	0	53	1.00
2305414--2305460	22	2.1	22	84	7	60	63	2	2	31	1.18
2305508--2305550	22	2.0	22	90	9	70	65	0	4	30	1.13
2311883--2311932	3	16.7	3	95	0	91	66	2	0	32	1.03
2312447--2312476	12	2.5	12	94	0	51	56	0	0	43	0.99
2312688--2312729	18	2.5	17	84	7	50	66	0	0	33	0.92
2312734--2312781	23	2.1	23	84	0	60	31	2	0	66	1.03
2312857--2312888	12	2.8	11	90	9	55	9	9	0	81	0.88
2313410--2313453	14	3.1	14	77	9	54	63	4	0	31	1.14
2313394--2313453	28	2.1	29	84	6	79	63	5	1	30	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315390--2315447	30	1.9	30	86	6	82	43	20	0	36	1.52
2316960--2317020	20	3.0	20	72	9	52	40	4	0	54	1.22
2317979--2318013	16	2.2	16	90	5	54	48	0	0	51	1.00
2318420--2318473	22	2.6	21	81	16	60	53	0	0	46	1.00
2319361--2319391	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
2319369--2319411	21	2.0	21	86	9	59	44	0	2	53	1.13
2320985--2321034	17	2.9	17	72	19	50	50	6	4	40	1.46
2321392--2321462	25	3.0	25	90	8	105	40	0	1	57	1.07
2321395--2321448	14	4.1	14	81	13	78	40	0	1	57	1.09
2321401--2321473	19	3.4	21	79	11	69	41	0	1	57	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32