genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2725--2792	21	3.2	21	75	8	66	76	7	10	5	1.15
4084--4849	27	27.8	27	82	5	559	26	30	14	28	1.95
4083--4984	28	32.6	28	81	8	586	27	30	14	27	1.95
4771--5029	56	4.5	56	86	3	333	32	27	16	23	1.96
4749--5029	84	3.3	84	84	6	334	30	28	16	23	1.96
9767--9838	28	2.6	28	88	0	99	22	19	34	23	1.96
9849--9948	52	1.9	53	85	2	139	35	10	24	31	1.88
9927--10106	80	2.3	80	86	4	240	28	16	30	24	1.97
10059--10136	27	2.9	27	86	5	104	24	17	33	24	1.97
10117--10232	50	2.3	50	83	15	136	34	10	23	31	1.88
9978--10177	104	1.9	106	83	9	248	29	15	29	26	1.96
10136--10232	50	1.9	51	86	14	139	37	9	21	31	1.85
12661--12750	13	6.0	13	71	26	63	33	17	14	34	1.90
12675--12770	19	5.7	19	71	26	99	35	17	12	34	1.88
12662--12769	32	3.4	32	97	0	198	34	17	13	34	1.90
12807--12848	21	2.0	21	95	0	75	33	9	16	40	1.81
13548--13912	55	6.6	54	87	5	500	21	20	29	28	1.98
13548--13913	165	2.2	165	90	2	567	21	20	29	28	1.98
21905--22106	79	2.6	79	83	3	237	28	14	28	28	1.95
22059--22134	28	2.7	28	85	0	89	22	15	35	26	1.94
22122--22250	52	2.5	51	82	3	159	33	11	24	30	1.91
24610--24635	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24622--24663	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
24680--24731	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
24688--24750	19	3.7	18	74	24	64	38	17	11	33	1.85
24680--24752	32	2.3	32	95	0	128	36	17	10	34	1.85
29171--29526	88	4.0	85	76	8	295	37	10	23	29	1.87
35506--35550	18	2.5	19	82	10	58	31	4	28	35	1.77
37524--37574	25	2.0	25	100	0	102	21	23	3	50	1.65
38450--38475	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
40851--40897	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
41017--41093	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
43108--43138	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
44942--44986	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
47202--47227	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
49085--49126	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
49457--49507	19	2.7	19	84	6	59	62	1	0	35	1.06
49612--49645	16	2.1	16	94	0	59	58	2	0	38	1.13
49621--49694	24	3.0	25	82	13	80	59	2	1	36	1.20
49620--49706	23	3.6	22	75	17	84	57	2	1	39	1.19
50296--50325	14	2.1	15	93	6	53	0	0	10	90	0.47
53453--53497	21	2.1	21	84	15	58	33	22	4	40	1.74
58745--58943	106	1.9	105	95	1	362	38	16	14	30	1.89
60009--60065	20	2.9	19	82	7	69	38	12	17	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60702--60743	21	2.0	21	95	0	75	35	23	2	38	1.68
62414--62461	20	2.3	20	79	10	53	41	0	20	37	1.53
72142--72175	16	2.1	16	94	0	59	47	11	8	32	1.71
72223--72274	19	2.7	20	90	3	79	40	11	15	32	1.83
72263--72287	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
72244--72308	32	2.0	32	85	8	87	40	12	13	33	1.82
75763--75908	51	2.9	50	81	3	186	43	10	18	27	1.83
78646--78727	33	2.5	33	95	0	146	34	17	12	36	1.87
78670--78725	13	4.8	13	71	24	52	35	17	12	33	1.88
78648--78712	20	3.6	20	67	26	63	32	18	12	36	1.88
81012--81133	50	2.4	50	83	2	147	27	22	12	38	1.89
81073--81460	79	4.9	78	79	7	354	27	24	15	32	1.95
81073--81456	159	2.4	157	76	7	384	27	24	15	32	1.95
83531--83569	4	9.8	4	85	0	51	15	0	5	79	0.90
83531--83569	16	2.4	16	95	0	69	15	0	5	79	0.90
84547--84612	27	2.4	27	97	0	123	42	16	27	13	1.86
85571--85702	50	2.6	50	80	5	140	26	24	13	35	1.93
85635--85881	79	3.1	78	81	3	305	27	25	15	31	1.96
85635--85978	79	4.3	78	78	9	277	27	23	14	34	1.94
85635--85939	159	1.9	159	83	4	400	28	24	13	33	1.94
85637--85978	159	2.2	159	81	4	386	27	23	13	34	1.93
88890--88935	18	2.5	19	80	16	60	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88890--88941	19	2.8	18	80	13	61	53	1	0	44	1.11
89658--89727	28	2.5	28	80	15	81	57	2	4	35	1.33
90075--90117	19	2.2	20	79	4	52	41	2	4	51	1.35
91665--91720	24	2.4	23	85	8	69	46	3	10	39	1.56
91664--91720	25	2.4	23	82	5	60	45	3	10	40	1.56
91673--91720	21	2.2	22	82	10	55	47	4	12	35	1.60
93785--93810	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
93764--93828	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
93764--93828	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
96357--96394	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
98470--98500	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
102546--102610	32	2.0	33	90	6	105	27	9	16	46	1.78
117632--117809	88	2.0	88	97	2	340	52	7	5	34	1.53
126893--127070	88	2.0	88	95	0	320	51	7	6	34	1.56
128190--128223	17	2.0	17	94	0	59	85	2	0	11	0.71
128826--128924	49	2.0	50	92	2	164	35	14	14	36	1.86
136031--136159	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
136191--136253	19	3.6	19	72	24	66	39	15	12	31	1.85
136176--136251	32	2.4	32	90	0	116	36	15	14	32	1.88
136814--137436	49	12.8	49	82	6	655	32	18	25	23	1.97
137456--137640	28	6.5	28	76	10	153	19	16	30	32	1.94
137456--137641	57	3.3	58	82	3	216	19	16	30	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137611--137779	34	4.8	34	76	7	160	33	12	32	21	1.90
137640--137786	37	4.2	36	83	5	160	38	10	33	17	1.85
137751--138111	30	11.8	31	78	9	334	28	16	30	24	1.97
137756--138111	61	5.9	62	89	3	478	28	16	30	25	1.97
137764--138111	121	2.9	121	89	3	504	28	16	30	25	1.97
137756--138111	182	2.0	183	86	6	499	28	16	30	25	1.97
139403--139461	6	9.5	6	78	14	66	1	1	15	81	0.86
139402--139461	19	3.2	19	76	21	63	1	1	15	81	0.85
139390--139461	37	1.9	37	86	8	101	2	1	15	80	0.89
145319--145368	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
151119--151199	39	2.0	40	83	6	103	37	6	23	33	1.80
151742--151798	21	2.8	21	81	2	71	36	12	19	31	1.89
151844--151870	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
156396--156524	52	2.5	52	94	0	231	29	17	17	36	1.92
156598--156646	19	2.6	19	93	0	80	40	16	12	30	1.85
156635--156659	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
160970--161799	27	29.9	27	77	8	414	25	31	15	27	1.96
160970--161921	28	34.2	28	79	6	452	26	31	16	26	1.96
161061--161998	57	16.8	56	78	5	358	26	31	16	26	1.96
161123--161204	29	2.9	28	72	21	71	30	29	15	24	1.96
160971--161736	335	2.3	334	89	2	1194	25	31	15	27	1.95
161042--162047	82	12.0	84	75	8	343	26	30	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161789--162047	28	9.0	28	87	2	313	30	27	18	23	1.97
164651--164906	27	9.4	27	86	6	320	24	30	13	30	1.94
164651--164921	55	5.0	54	87	3	355	23	30	14	30	1.94
164650--164921	82	3.3	82	88	1	366	24	30	14	30	1.94
164884--165091	57	3.7	56	77	3	220	27	32	15	24	1.95
164884--165092	28	7.4	28	77	3	177	27	32	15	24	1.96
164897--165091	85	2.3	85	82	2	230	28	32	15	22	1.95
165063--165119	27	2.1	27	86	0	78	24	33	14	28	1.94
165722--165764	21	2.0	22	90	4	70	39	13	9	37	1.78
165815--165840	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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