genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2667529--2667981	87	5.0	87	81	8	448	25	26	18	29	1.98
2667698--2668386	255	2.7	251	85	4	858	24	25	17	32	1.96
2667698--2668386	52	13.7	49	81	6	681	24	25	17	32	1.96
2669143--2669170	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2672476--2672555	36	2.2	36	84	6	101	1	10	16	72	1.17
2672487--2672563	36	2.2	35	86	6	102	2	9	12	75	1.14
2676074--2676202	52	2.5	52	93	0	231	27	19	17	35	1.94
2676280--2676359	13	5.2	13	69	30	52	35	17	13	33	1.89
2676288--2676384	19	5.8	18	70	27	88	38	17	12	31	1.87
2676280--2676382	32	3.2	32	97	0	188	36	18	12	32	1.88
2677008--2677260	98	2.6	98	82	4	285	32	18	24	24	1.97
2677008--2677252	49	4.9	49	80	5	258	32	17	24	24	1.97
2677305--2677412	35	3.1	34	84	5	137	37	12	28	21	1.89
2677453--2677537	31	2.7	31	81	3	98	34	14	32	18	1.91
2677522--2677919	58	6.9	55	86	7	460	18	15	31	33	1.93
2677522--2677921	86	4.6	86	93	2	653	19	15	31	33	1.93
2677522--2677921	171	2.3	171	93	3	658	19	15	31	33	1.93
2679335--2679445	23	4.4	25	75	16	97	0	2	16	81	0.81
2679336--2679442	39	2.7	42	73	20	104	0	2	16	80	0.83
2679347--2679446	27	3.6	27	76	5	101	0	3	16	81	0.82
2693294--2693422	52	2.5	52	90	0	213	27	18	17	36	1.93
2693431--2693455	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693527--2693560	13	2.6	13	100	0	68	29	14	17	38	1.90
2699452--2699477	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2699432--2699495	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2699432--2699502	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2701850--2701896	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
2702016--2702051	13	2.8	13	91	0	54	36	16	13	33	1.89
2704127--2704156	15	2.0	15	93	0	51	13	20	16	50	1.78
2708244--2708269	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2708224--2708287	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2708224--2708294	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2709765--2709839	20	3.8	20	85	3	89	30	17	12	40	1.86
2709769--2709860	40	2.3	40	81	3	105	30	17	10	41	1.84
2709769--2709859	20	4.6	20	85	0	83	30	16	10	41	1.83
2712168--2712243	31	2.6	30	85	6	102	25	34	17	23	1.96
2722885--2722921	17	2.3	17	86	9	51	32	16	21	29	1.95
2723576--2723601	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2725800--2725844	21	2.1	21	84	8	56	51	4	22	22	1.66
2729731--2729769	20	2.0	20	89	0	60	23	12	10	53	1.69
2729755--2729780	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2729901--2729947	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
2729903--2729945	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
2732321--2732346	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2735846--2736027	79	2.3	79	84	4	224	28	14	29	27	1.96
2735979--2736052	28	2.6	28	85	10	98	24	16	32	27	1.96
2735903--2736125	107	2.1	107	88	1	331	29	12	29	28	1.93
2738458--2738527	20	3.5	20	78	7	70	47	11	10	31	1.73
2745760--2745809	20	2.4	22	76	10	59	50	14	14	22	1.77
2747163--2747238	20	3.7	20	73	13	64	39	9	17	34	1.81
2747942--2748042	32	3.2	32	88	0	148	15	16	36	30	1.91
2749720--2749763	11	3.7	12	82	17	56	6	0	11	81	0.86
2749720--2749767	16	2.9	16	84	9	53	6	0	10	83	0.81
2753303--2753362	20	3.0	20	73	9	68	31	20	10	38	1.85
2754242--2754278	19	1.9	19	94	0	65	40	5	5	48	1.49
2754486--2754521	16	2.2	16	90	0	54	58	11	16	13	1.63
2755991--2756052	21	3.0	21	86	6	81	48	0	19	32	1.49
2756141--2756177	13	2.8	13	91	0	56	32	13	18	35	1.90
2761639--2761690	20	2.4	21	81	12	61	3	25	50	21	1.65
2762125--2762149	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2766654--2766684	12	2.6	12	94	0	53	22	35	3	38	1.71
2768290--2768315	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2768367--2768419	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2768407--2768435	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
2770537--2770594	20	2.9	20	77	10	73	29	20	12	37	1.89
2770657--2770681	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2775481--2776069	156	3.7	156	82	6	582	37	20	13	28	1.91
2777910--2777934	11	2.3	11	100	0	50	28	16	16	40	1.89
2778058--2778097	19	2.1	19	95	0	71	17	22	5	55	1.61
2779639--2779755	20	5.9	19	86	7	153	26	17	13	41	1.87
2779629--2779655	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2779615--2779716	40	2.9	33	77	20	116	28	15	14	41	1.87
2779639--2779755	40	2.9	40	96	0	207	26	17	13	41	1.87
2782042--2782202	51	3.2	49	75	10	155	30	24	11	34	1.90
2782191--2782266	28	2.8	28	88	6	102	22	32	19	25	1.97
2782249--2782364	51	2.3	51	86	0	160	29	25	13	31	1.94
2782482--2782554	28	2.6	28	85	6	103	27	32	16	23	1.96
2782482--2782568	28	3.0	29	83	9	99	28	31	13	26	1.94
2782537--2782697	51	3.3	50	75	15	167	31	27	10	31	1.90
2783635--2783748	58	2.0	58	100	0	228	21	25	15	37	1.93
2784908--2784932	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2795209--2795235	11	2.5	11	100	0	54	88	11	0	0	0.50
2795210--2795245	16	2.2	16	90	9	56	88	8	2	0	0.59
2796323--2796512	55	3.3	55	86	5	238	27	29	21	21	1.98
2796343--2796524	61	3.1	61	82	7	191	25	31	19	23	1.98
2796535--2796961	61	7.3	59	81	7	407	25	26	21	26	1.99
2796531--2796960	121	3.7	116	80	7	459	25	26	20	26	1.99
2796944--2797078	42	3.1	42	82	7	146	16	28	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2797990--2798015	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2800234--2800278	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
2802082--2802112	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2804126--2804205	20	3.8	20	72	15	70	27	15	13	43	1.84
2804191--2804229	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2806748--2806773	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2807763--2807787	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
2807741--2807808	33	2.1	33	88	5	102	30	14	13	41	1.84
2807771--2807827	20	2.8	20	92	5	89	26	17	14	42	1.87
2810123--2810291	51	3.3	49	82	6	187	28	26	12	32	1.92
2810275--2810350	28	2.7	28	88	8	102	22	30	19	27	1.98
2810563--2810637	28	2.7	29	87	8	102	25	29	18	26	1.98
2810623--2810782	51	3.3	49	72	15	145	30	25	10	33	1.90
2811856--2811903	22	2.3	23	79	17	59	68	4	2	25	1.18
2811855--2811898	22	2.0	22	87	12	65	70	4	0	25	1.06
2812106--2812138	13	2.5	14	90	9	52	33	0	0	66	0.92
2812122--2812195	29	2.6	28	77	6	78	37	1	6	54	1.36
2815440--2815476	19	2.0	20	89	10	60	37	5	5	51	1.48
2816310--2816474	39	4.0	39	77	14	161	28	26	19	26	1.99
2816282--2816526	87	2.8	87	88	2	355	26	25	19	28	1.99
2816443--2816589	49	2.9	51	83	9	192	23	25	18	32	1.97
2816600--2816802	52	3.9	51	77	3	190	26	25	15	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817629--2817718	45	2.0	45	100	0	180	24	17	26	31	1.97
2818663--2818712	19	2.6	19	96	0	91	34	12	20	34	1.89
2825704--2825740	13	2.8	14	84	8	51	81	18	0	0	0.70
2829256--2829312	19	2.9	19	86	2	78	35	15	14	35	1.88
2829357--2829386	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
2829342--2829406	33	2.0	33	90	6	105	33	13	18	33	1.90
2834191--2834220	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
2834178--2834240	33	1.9	33	90	6	101	34	14	17	33	1.90
2837139--2837297	41	3.9	41	76	6	124	44	12	23	19	1.84
2837523--2837683	66	2.4	67	74	10	154	39	16	26	17	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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