genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795048--795112	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
796629--796673	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
798889--798914	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
801086--801123	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
803607--803632	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
803589--803652	32	2.0	33	90	3	103	45	15	10	28	1.80
806749--806824	28	2.7	28	83	4	91	22	31	19	26	1.98
806809--806926	51	2.3	51	88	0	173	30	27	11	29	1.92
811051--811085	17	2.0	18	88	5	54	77	2	11	8	1.10
811078--811117	21	1.9	21	85	10	55	62	10	15	12	1.54
811121--811167	19	2.5	19	82	6	60	70	2	23	4	1.16
812299--812328	15	1.9	16	93	6	53	20	20	10	50	1.76
812312--812535	89	2.5	90	73	4	220	24	20	14	40	1.90
813746--813781	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
815919--815984	20	3.3	20	76	16	55	57	0	0	42	0.98
815922--815979	10	5.8	10	78	8	64	53	0	0	46	1.00
815944--815978	5	7.0	5	86	0	52	54	0	0	45	0.99
816407--816461	19	2.8	20	69	5	58	47	1	0	50	1.11
816464--816562	36	2.6	40	73	20	97	47	1	0	51	1.07
818831--818899	32	2.1	33	86	2	95	50	8	5	34	1.57
821222--821290	25	2.8	24	82	10	70	47	0	2	49	1.16
822133--822173	18	2.2	19	86	4	57	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825699--825775	37	2.1	37	92	0	127	25	10	6	57	1.56
825699--825757	20	3.1	19	71	14	59	28	8	6	55	1.55
830988--831043	20	2.7	21	80	5	69	37	12	17	32	1.88
831067--831126	22	2.9	20	80	12	68	36	11	15	36	1.83
838980--839104	20	5.7	20	72	18	88	31	12	11	44	1.78
844585--844619	8	4.2	8	85	7	52	85	0	5	8	0.73
844585--844619	17	2.1	16	89	5	52	85	0	5	8	0.73
846264--846289	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
846782--847095	131	2.4	131	77	8	305	14	21	17	46	1.84
846932--847100	66	2.6	65	77	11	182	14	21	16	47	1.82
847124--847275	66	2.3	65	77	2	160	17	27	11	42	1.84
849391--849437	21	2.3	20	83	16	62	72	8	0	19	1.10
854829--855181	154	2.3	155	81	4	392	24	14	20	40	1.90
855563--855627	32	2.0	32	84	6	85	41	18	10	29	1.84
859693--859722	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
859682--859722	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
861793--861831	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
861952--861998	21	2.3	20	78	10	51	34	17	4	44	1.68
872019--872070	21	2.4	22	84	9	63	34	7	15	42	1.75
872189--872246	19	3.1	18	80	11	71	39	15	12	32	1.84
872295--872319	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
880923--880976	19	2.8	19	86	8	74	33	18	14	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881007--881071	33	2.0	32	85	11	87	35	13	18	32	1.90
882077--882108	9	3.4	10	87	12	50	62	0	0	37	0.95
885142--885194	20	2.7	20	96	0	97	32	15	16	35	1.90
885178--885230	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
885158--885227	33	2.1	33	87	10	99	35	14	15	34	1.88
887105--887161	22	2.7	21	82	12	64	73	1	8	15	1.16
892323--892387	33	2.0	33	87	0	94	36	13	13	35	1.85
893030--893117	43	2.0	43	95	0	158	23	30	7	37	1.84
898506--898530	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
905652--905676	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
909482--909939	130	3.5	127	78	6	456	29	25	11	32	1.91
909630--909729	51	2.0	51	81	0	119	32	28	8	32	1.86
909741--909857	51	2.3	51	86	2	155	29	25	12	32	1.93
909922--909993	28	2.6	29	84	4	94	27	26	18	27	1.98
909789--909967	82	2.2	80	81	5	218	28	26	12	31	1.93
909950--910119	79	2.1	80	84	3	218	28	24	14	32	1.95
909950--910134	80	2.3	79	83	0	235	27	25	14	32	1.95
911924--911986	20	3.0	22	79	6	76	38	1	28	31	1.67
912479--912520	22	1.9	22	90	9	68	45	7	9	38	1.64
912620--912691	20	3.7	20	84	3	92	33	15	16	34	1.90
914046--914072	13	2.1	13	100	0	54	29	0	18	51	1.46
914803--914827	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915563--915877	166	1.9	166	80	3	366	48	8	9	32	1.67
917223--917278	19	2.9	19	83	2	67	32	21	14	32	1.93
917228--917277	20	2.6	19	87	3	64	32	22	14	32	1.93
922707--922898	61	3.2	61	79	7	209	23	31	16	28	1.96
922707--922898	30	6.5	30	82	5	212	23	31	16	28	1.96
922909--923015	34	3.1	34	86	0	133	19	28	12	40	1.87
922997--923174	59	3.1	54	85	8	203	23	31	12	33	1.91
923004--923248	86	2.8	86	86	6	305	22	32	11	33	1.90
923004--923173	27	5.9	27	80	13	196	22	32	12	32	1.91
923069--923215	59	2.5	59	83	6	172	23	31	10	34	1.89
923155--923256	32	3.1	32	73	9	80	19	32	8	39	1.83
923252--923559	32	9.7	32	78	9	301	29	35	15	18	1.93
923257--923559	62	4.8	62	85	3	358	30	35	16	18	1.93
923590--923851	43	5.7	43	74	15	191	24	22	17	34	1.96
923616--924135	52	10.2	52	70	13	278	25	25	15	33	1.95
923581--923903	95	3.4	95	87	1	427	25	23	17	34	1.96
925363--925388	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
925375--925427	20	2.5	22	82	11	67	39	15	15	30	1.87
925472--925496	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
929384--929409	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
929364--929430	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
931773--932135	52	6.9	51	73	10	250	29	24	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931879--931954	27	2.8	27	86	6	100	23	31	21	23	1.98
932146--932214	28	2.5	28	87	0	93	23	30	18	27	1.98
932988--933013	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
933641--933667	14	1.9	14	100	0	54	59	7	0	33	1.25
935593--935631	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
937693--937723	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
939527--939571	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
941788--941813	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
954345--954428	22	3.7	22	78	13	82	82	7	9	1	0.90
954346--954410	17	3.8	17	82	11	71	86	7	4	1	0.77
955399--956113	60	12.2	60	86	5	825	26	28	20	24	1.99
955422--956113	55	11.9	56	83	8	623	26	28	20	24	1.99
955927--956009	27	3.0	27	60	16	62	28	30	19	21	1.98
956851--956918	19	3.9	19	74	21	76	36	10	14	38	1.81
956853--956915	32	2.0	32	93	0	108	36	11	15	36	1.84
956958--956983	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
956938--957004	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
959351--959713	52	6.9	51	72	14	247	30	25	11	32	1.92
959460--959531	27	2.6	28	86	8	103	25	33	19	22	1.97
959728--959795	28	2.4	28	87	0	91	22	36	17	23	1.94
959346--959846	263	1.9	263	90	1	799	28	27	13	30	1.94
959749--959953	79	2.6	79	81	1	214	23	28	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
963499--963537	13	3.0	13	84	0	60	33	20	12	33	1.91
963973--964014	20	2.0	21	90	4	68	26	45	23	4	1.73
965971--966035	20	3.6	20	73	26	81	30	18	18	32	1.95
965991--966048	13	4.9	13	76	20	65	31	17	17	34	1.93
965970--966049	33	2.4	33	100	0	160	30	17	18	33	1.94
965970--966066	33	2.9	33	92	3	124	31	18	17	31	1.94
967046--967118	20	3.7	19	83	8	76	28	13	19	38	1.90
967163--967193	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
967147--967216	33	2.1	34	86	7	99	34	11	20	34	1.88
967252--967306	20	2.8	20	97	2	103	36	10	12	40	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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