genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2081619--2081843	79	2.8	79	80	2	245	30	13	20	36	1.90
2085055--2085079	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2096644--2096686	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
2096644--2096686	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
2102447--2102488	22	1.9	22	85	0	57	40	9	28	21	1.84
2103174--2103226	20	2.7	20	85	5	63	35	13	18	32	1.90
2108196--2108227	13	2.5	13	94	0	55	37	18	15	28	1.92
2108271--2108309	20	2.0	20	100	0	78	25	15	12	46	1.81
2115158--2115230	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2115176--2115251	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2115158--2115251	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2121385--2121463	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2121450--2121488	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2123933--2124005	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2123951--2124026	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2123933--2124026	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2124065--2124090	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2125754--2126462	49	15.6	49	72	16	363	29	18	26	26	1.98
2125738--2125978	101	2.4	101	85	2	315	31	17	26	25	1.97
2125940--2126408	39	11.0	39	68	17	218	27	19	26	26	1.99
2125987--2126456	88	5.3	88	90	0	708	28	18	25	26	1.98
2126469--2126527	31	1.9	31	90	10	95	22	16	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126520--2126696	62	2.9	61	87	4	250	34	13	31	20	1.91
2126560--2126675	27	4.0	27	77	20	126	33	13	31	21	1.92
2126520--2126844	68	5.1	61	82	8	271	36	12	31	20	1.90
2126642--2126946	34	9.0	34	80	5	296	38	11	31	19	1.87
2126976--2128050	31	34.2	30	78	9	839	32	15	29	23	1.95
2126989--2127977	95	10.5	91	77	8	743	31	15	28	23	1.96
2126972--2127983	379	2.7	378	88	2	1423	32	15	28	23	1.95
2129314--2129351	11	3.6	10	89	10	58	0	0	13	86	0.56
2129314--2129349	18	1.9	18	88	5	54	0	0	13	86	0.58
2129314--2129351	20	1.9	20	89	10	60	0	0	13	86	0.56
2129344--2129376	14	2.4	14	90	5	50	9	9	3	78	1.05
2129342--2129368	14	1.9	14	100	0	54	7	11	7	74	1.23
2136454--2136492	21	1.9	20	94	5	69	30	12	20	35	1.90
2140589--2140743	13	10.1	13	68	28	67	36	12	16	34	1.87
2140574--2140770	32	6.2	32	94	0	340	35	12	16	35	1.87
2140826--2140879	20	2.7	20	97	0	99	27	14	14	42	1.85
2149547--2149607	14	4.4	14	83	6	70	81	14	1	1	0.84
2149559--2149607	15	3.3	15	80	11	57	81	16	0	2	0.78
2149547--2149608	28	2.2	28	82	5	81	80	14	3	1	0.91
2150887--2151278	28	13.7	28	81	5	374	31	26	15	26	1.96
2150887--2151279	86	4.6	84	82	6	398	31	26	15	26	1.96
2150888--2151269	114	3.4	114	80	5	416	31	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152163--2152214	19	2.7	20	96	3	97	32	11	19	36	1.87
2152300--2152428	52	2.5	52	94	0	231	36	18	17	27	1.93
2156644--2156678	14	2.6	13	95	4	61	60	2	14	22	1.48
2160212--2160284	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2160230--2160305	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2160212--2160305	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2160344--2160369	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2164433--2164463	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2166478--2166555	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
2166542--2166580	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2169023--2169095	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2169041--2169116	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2169023--2169116	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2169155--2169180	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2172423--2172464	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
2172508--2172534	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2173153--2173261	42	2.6	41	76	12	105	41	12	27	18	1.87
2173283--2173566	61	4.8	58	79	11	292	27	20	27	25	1.99
2173287--2173568	122	2.4	118	88	6	394	27	19	27	25	1.99
2173337--2173966	270	2.3	270	92	2	1045	26	19	28	26	1.99
2173449--2173723	155	1.8	148	87	8	410	26	18	29	25	1.98
2173610--2173858	61	4.3	58	82	8	262	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173609--2173838	115	1.9	117	86	7	322	24	19	28	27	1.99
2173664--2173863	55	3.6	55	81	7	226	24	19	28	28	1.98
2174933--2175026	1	94.0	1	72	0	71	0	3	10	86	0.69
2174944--2175024	8	9.9	8	80	12	85	0	2	12	85	0.70
2174934--2175025	9	9.9	9	81	15	98	0	3	10	85	0.70
2174930--2175025	19	5.1	19	82	7	115	0	4	10	85	0.73
2187396--2187512	50	2.3	51	84	8	159	31	11	25	31	1.91
2187495--2187571	28	2.7	30	83	15	101	28	22	28	20	1.98
2187613--2187773	76	2.1	76	91	0	259	32	16	24	26	1.96
2190145--2190170	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2190157--2190198	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
2190225--2190295	19	3.6	19	83	5	88	36	16	11	35	1.85
2190686--2191576	156	5.7	156	82	4	879	39	21	16	22	1.92
2190643--2191608	312	3.1	310	81	6	1011	38	21	16	22	1.92
2193241--2193291	14	3.8	13	76	16	50	64	0	1	33	1.05
2193491--2194015	167	3.2	168	81	6	495	49	8	10	30	1.68
2195231--2195269	18	2.3	18	86	8	55	56	0	0	43	0.99
2195399--2195429	7	4.4	7	95	0	53	41	9	12	35	1.76
2195574--2195615	6	7.3	6	82	17	54	30	2	0	66	1.04
2195574--2195606	11	3.1	11	91	4	50	30	0	0	69	0.88
2199498--2199540	22	2.0	22	85	0	59	41	2	11	44	1.53
2201605--2201630	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201585--2201648	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2201689--2201744	20	2.8	20	88	0	76	30	16	16	37	1.90
2204183--2204208	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2206271--2206301	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2207804--2207842	12	3.2	12	92	7	69	33	7	0	58	1.26
2209059--2209329	89	3.0	92	80	6	227	34	17	7	41	1.76
2209126--2209331	89	2.3	89	83	4	252	35	17	5	40	1.74
2209178--2209349	89	1.9	89	88	2	256	35	18	5	40	1.73
2215144--2216044	166	5.5	165	83	5	1013	28	10	9	51	1.67
2215142--2216077	496	1.9	496	81	5	1147	28	10	9	51	1.68
2218410--2218844	157	2.8	155	80	4	441	22	16	22	38	1.93
2218571--2218844	152	1.8	151	84	2	379	22	17	20	39	1.93
2233100--2233146	16	3.1	16	79	17	55	70	10	14	4	1.31
2234476--2234747	27	10.0	27	90	2	420	22	34	15	27	1.94
2234480--2235557	28	37.8	28	81	7	825	27	30	17	23	1.97
2234746--2235561	147	5.6	144	80	10	640	28	29	18	23	1.97
2235667--2235798	48	2.8	48	86	0	183	21	28	16	34	1.95
2235839--2235899	29	2.1	29	96	0	113	26	31	24	18	1.97
2242220--2242422	79	2.6	79	82	5	232	33	12	24	28	1.92
2242371--2242484	48	2.3	48	80	7	131	31	7	29	30	1.86
2242456--2242663	108	1.9	108	86	0	290	33	15	25	25	1.95
2242578--2242651	28	2.6	28	83	10	89	24	20	32	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242638--2242781	51	2.8	51	78	4	173	35	10	22	31	1.88
2245281--2245320	19	2.1	19	95	0	71	37	22	10	30	1.87
2246528--2246582	20	2.8	20	85	0	74	34	12	14	38	1.84
2253598--2253630	13	2.4	14	85	10	50	75	9	9	6	1.18
2253640--2253689	20	2.6	19	77	3	55	74	10	12	4	1.21
2255087--2255281	27	7.1	27	86	1	219	25	30	14	29	1.95
2255215--2255813	28	21.1	28	87	3	761	29	32	16	21	1.95
2255232--2255813	113	5.1	113	88	2	835	29	32	16	21	1.95
2255215--2255840	141	4.4	141	87	5	798	29	32	16	21	1.95
2256738--2256842	20	4.7	20	68	22	75	31	15	11	41	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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