genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437878--2437917	9	4.9	9	82	17	52	30	20	12	37	1.89
2438601--2438672	22	3.2	22	80	11	85	63	25	8	2	1.36
2438614--2438686	21	3.3	21	81	9	83	61	21	12	4	1.47
2438609--2438763	44	3.5	44	79	8	158	64	16	16	1	1.38
2438631--2438767	22	6.1	22	82	8	136	64	14	18	2	1.39
2441230--2441556	90	3.7	89	90	3	482	27	28	13	29	1.94
2441820--2442026	48	4.4	48	78	7	190	18	23	20	37	1.94
2442223--2442322	42	2.4	42	83	6	114	16	24	15	45	1.85
2442257--2442352	42	2.3	42	82	7	106	17	19	19	42	1.89
2442530--2442625	42	2.3	42	80	3	104	14	32	19	33	1.92
2442544--2442782	42	5.7	43	76	8	152	14	28	20	37	1.91
2442588--2442786	84	2.4	84	81	1	229	13	29	20	36	1.91
2442588--2442812	42	5.4	42	77	6	197	15	29	20	35	1.93
2442848--2442948	43	2.3	43	81	1	130	12	27	16	42	1.85
2443018--2443274	41	6.2	41	71	10	173	17	32	15	35	1.91
2443005--2443189	82	2.2	82	83	6	248	17	32	15	34	1.91
2445634--2445703	24	2.9	25	79	14	67	44	14	24	17	1.85
2448101--2448444	155	2.2	153	82	6	399	23	18	21	36	1.95
2450213--2450249	18	2.1	18	89	0	56	43	21	0	35	1.53
2456987--2457039	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
2457069--2457122	19	2.7	20	85	5	65	33	18	16	31	1.93
2457094--2457156	33	1.9	32	87	3	90	41	17	12	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459612--2459640	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
2465825--2465854	13	2.3	13	100	0	60	30	13	16	40	1.87
2465805--2465869	33	2.0	33	88	11	98	29	18	13	38	1.89
2465899--2465954	19	2.8	20	81	8	69	35	16	14	33	1.88
2465940--2465966	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2465921--2465985	33	2.0	32	87	3	94	40	15	16	27	1.89
2467089--2467122	17	2.0	17	100	0	68	41	17	17	23	1.90
2470207--2470262	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
2470247--2470272	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2474799--2474842	15	3.0	14	80	9	52	50	9	2	38	1.47
2476171--2476210	20	2.0	21	95	5	73	40	12	15	32	1.84
2477529--2477572	21	2.1	21	86	0	61	38	18	15	27	1.91
2478063--2478124	21	2.8	22	84	15	76	40	1	25	32	1.66
2478735--2478797	33	1.9	33	90	3	101	28	15	15	39	1.89
2481285--2481373	16	5.6	16	75	6	74	53	4	4	37	1.41
2482030--2482224	59	3.3	58	80	5	194	25	11	22	40	1.87
2485351--2485404	23	2.3	23	93	3	90	24	3	18	53	1.60
2486052--2486089	20	1.9	20	94	0	67	42	10	15	31	1.81
2490847--2490903	13	3.9	13	72	24	51	35	15	17	31	1.92
2490827--2490930	32	3.2	32	91	4	165	33	15	18	32	1.92
2491008--2491136	52	2.5	52	90	0	213	34	18	17	28	1.94
2498070--2498100	11	2.8	11	95	0	53	74	12	6	6	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498094--2498126	14	2.5	13	90	9	57	84	15	0	0	0.61
2499415--2499560	30	4.8	30	79	11	170	24	27	17	30	1.97
2499408--2499647	93	2.7	88	82	10	256	23	29	16	30	1.96
2499559--2499719	34	4.8	35	82	8	158	20	31	13	34	1.91
2499474--2499648	88	2.0	86	82	8	212	23	30	16	29	1.96
2499559--2499719	65	2.4	67	82	5	184	20	31	13	34	1.91
2499709--2499944	32	7.3	33	82	9	265	27	31	18	22	1.97
2499946--2500848	49	19.0	49	78	10	860	23	25	18	32	1.97
2499949--2500795	92	9.0	92	87	4	1013	23	25	18	31	1.98
2500499--2500786	52	5.6	52	82	5	363	21	25	19	33	1.97
2500354--2500809	101	4.6	101	88	5	664	22	25	18	33	1.97
2500365--2500895	101	5.3	101	85	6	302	22	25	18	33	1.97
2501641--2501665	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2501621--2501689	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
2501760--2501885	52	2.4	52	89	0	198	35	19	18	26	1.94
2508046--2508102	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
2508026--2508126	32	3.1	32	95	1	175	34	10	17	36	1.85
2508024--2508121	19	5.8	18	70	28	81	33	11	17	37	1.85
2508164--2508188	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2508177--2508325	52	2.9	50	89	6	217	34	18	17	29	1.94
2513898--2514221	29	10.8	29	78	8	149	28	29	16	26	1.97
2513896--2514053	86	1.8	86	83	2	210	28	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514051--2514125	35	2.2	35	87	2	116	21	33	10	34	1.88
2514051--2514142	35	2.7	35	82	1	105	19	31	13	35	1.90
2514116--2514267	28	5.3	28	87	5	191	36	28	16	18	1.93
2513898--2514267	56	6.2	58	71	13	202	29	29	15	25	1.96
2514297--2514817	48	10.8	49	82	5	585	25	25	17	31	1.97
2514297--2514808	197	2.6	193	83	5	631	25	25	18	31	1.98
2515557--2515640	19	4.7	19	78	18	99	34	11	16	36	1.86
2515578--2515642	32	2.0	32	93	0	112	35	12	15	36	1.85
2523621--2523657	13	2.8	13	95	0	65	32	18	16	32	1.93
2523804--2523828	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
2525495--2525561	22	2.9	23	88	6	100	46	4	29	19	1.69
2525502--2525576	22	3.1	24	86	9	100	48	5	26	20	1.71
2526234--2526272	20	1.9	21	89	5	62	41	17	17	23	1.91
2526283--2526338	13	3.8	13	75	24	58	33	17	10	37	1.85
2526291--2526378	19	4.9	19	77	17	89	32	17	14	35	1.90
2526280--2526357	32	2.4	32	100	0	156	30	17	12	38	1.88
2526343--2526380	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
2528048--2528194	73	2.0	75	85	7	203	42	8	3	44	1.52
2529343--2529379	16	2.2	17	90	4	58	51	0	0	48	1.00
2532095--2532123	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2536967--2537008	19	2.3	19	83	4	50	21	7	7	64	1.43
2542744--2542794	13	4.1	13	70	10	52	49	1	0	49	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543146--2543274	13	10.1	13	69	15	54	56	1	3	38	1.24
2543136--2543230	38	2.5	38	83	11	122	51	3	4	41	1.37
2543206--2543286	27	2.9	27	75	20	78	64	1	0	34	1.02
2543213--2543280	20	3.7	20	69	23	60	64	0	0	35	0.94
2543206--2543322	50	2.2	56	78	17	133	61	0	0	37	1.02
2543641--2543728	28	3.1	28	82	6	113	43	2	1	53	1.20
2543639--2543763	30	4.3	29	78	12	114	40	1	0	56	1.14
2543602--2543743	64	2.2	65	80	6	155	42	2	0	54	1.20
2543675--2543734	24	2.5	24	84	7	70	43	0	1	55	1.10
2543598--2543763	58	2.9	59	79	8	164	42	2	0	54	1.18
2543685--2543779	28	3.4	27	78	18	72	41	1	0	57	1.05
2543750--2543792	15	2.9	15	79	3	52	37	2	0	60	1.10
2544287--2544326	19	2.1	19	90	0	62	37	2	12	47	1.55
2544475--2544529	19	2.8	20	82	17	80	60	0	5	34	1.20
2544499--2544545	24	2.0	24	86	0	67	59	0	2	38	1.09
2544506--2544561	24	2.3	24	84	0	67	50	3	3	42	1.37
2544987--2545014	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2547044--2547098	19	2.9	18	73	7	56	52	3	0	43	1.18
2556678--2556718	21	2.0	21	90	0	64	26	14	0	58	1.37
2556688--2556727	21	2.0	20	85	14	55	32	17	0	50	1.47
2559074--2559100	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2559086--2559140	20	2.8	20	86	2	67	30	10	18	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562577--2562633	22	2.7	21	81	13	73	38	14	17	29	1.89
2562579--2562656	20	3.8	20	79	12	86	37	11	14	37	1.82
2562681--2562743	19	3.7	18	74	25	73	36	15	14	33	1.88
2562700--2562724	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2562680--2562745	32	2.1	32	97	0	123	34	15	13	36	1.87
2563454--2563595	61	2.3	61	78	2	169	35	15	25	23	1.94
2563488--2563621	61	2.2	61	84	0	169	38	14	24	22	1.92
2563568--2563708	52	2.7	52	80	4	158	32	16	24	26	1.96
2563619--2563838	52	4.3	51	77	8	194	35	14	25	25	1.93
2564781--2564973	79	2.4	79	82	5	239	37	12	22	27	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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