genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168174--168352	51	3.6	50	78	6	184	29	25	12	33	1.92
168441--168516	28	2.8	27	82	6	82	21	30	22	26	1.99
168499--168618	51	2.4	51	87	2	179	30	29	13	26	1.94
168549--168769	79	2.8	78	81	3	244	28	23	12	34	1.92
170589--170652	32	2.0	33	87	3	94	28	15	14	42	1.86
171315--171456	59	2.4	59	97	1	268	34	23	5	35	1.79
172587--172622	13	2.8	13	91	0	54	36	16	13	33	1.89
174683--174713	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
178779--178868	13	6.0	13	73	26	72	28	15	15	40	1.88
178792--178886	19	5.6	19	72	27	106	28	15	15	40	1.89
178759--178886	32	4.0	32	96	1	229	28	14	15	41	1.87
183189--183213	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
183222--183350	52	2.5	52	90	0	213	37	17	16	29	1.91
190241--190296	25	2.2	26	80	3	69	73	14	5	7	1.23
190276--190332	12	4.7	12	81	14	64	82	15	0	1	0.75
191628--191922	30	9.7	30	79	7	285	25	29	17	27	1.97
191628--191922	61	4.9	61	91	1	425	25	29	17	27	1.97
191922--192035	37	3.2	37	82	6	153	18	32	9	39	1.83
191929--192082	34	4.4	34	77	5	148	22	31	9	35	1.87
192067--192252	57	3.3	56	84	6	223	33	32	15	18	1.92
192067--192252	28	6.5	29	79	10	170	33	32	15	18	1.92
192280--192825	49	11.3	48	80	8	506	23	24	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192280--192824	92	5.7	93	83	5	499	23	24	18	32	1.97
192280--192825	101	5.6	101	82	6	559	23	24	18	32	1.97
192300--192848	150	3.8	148	82	9	598	23	24	17	33	1.96
193405--193533	52	2.5	52	89	0	213	35	17	18	28	1.93
197024--197048	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
197005--197075	32	2.2	32	92	0	115	33	14	18	33	1.90
197099--197126	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
201981--202161	79	2.3	79	84	1	220	30	16	28	24	1.97
202042--202240	107	1.9	107	79	4	231	30	15	26	27	1.96
202173--202291	51	2.3	51	81	5	150	31	13	26	29	1.94
202227--202402	79	2.2	80	88	1	255	30	14	26	28	1.95
202356--202426	27	2.6	29	82	11	94	22	18	32	26	1.97
202027--202482	237	1.9	238	85	3	623	30	13	27	28	1.94
205704--206134	61	7.3	60	78	11	385	25	19	28	26	1.99
205727--206051	177	1.8	177	90	2	528	25	20	28	26	1.99
206157--206403	55	4.4	56	78	8	243	26	20	24	28	1.99
206157--206374	116	1.9	116	87	0	319	26	20	23	28	1.99
223745--223782	20	1.9	20	94	0	67	39	13	18	28	1.88
223745--223802	20	2.9	20	82	5	64	36	13	15	34	1.87
225005--225471	28	16.0	28	77	8	324	24	16	29	29	1.96
225000--225449	120	3.8	116	76	9	403	24	16	29	28	1.97
225284--225348	31	2.1	32	82	2	78	21	16	33	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225001--225472	58	8.1	57	74	11	240	25	16	29	29	1.97
225481--225554	13	5.6	13	74	15	55	35	17	14	32	1.91
226740--226772	13	2.4	14	95	5	59	0	0	9	90	0.44
230132--230194	19	3.6	19	72	24	75	36	19	11	33	1.87
230124--230194	32	2.2	32	97	0	133	36	19	11	32	1.87
230967--231558	87	6.3	99	82	5	409	31	17	26	25	1.97
230964--231558	52	12.7	49	70	15	303	31	17	26	25	1.97
231261--231758	39	11.9	39	71	14	332	28	19	25	27	1.99
231207--231809	87	7.0	87	81	8	605	29	18	24	27	1.98
231436--231809	126	3.0	126	90	0	579	28	19	24	28	1.98
231693--231775	38	2.1	39	82	4	96	25	20	27	26	1.99
231822--231880	31	2.0	30	87	12	88	22	18	25	33	1.96
231909--232271	27	12.1	27	75	16	231	31	12	33	21	1.91
231931--232550	34	19.5	33	78	13	514	33	12	32	20	1.91
231911--232530	157	4.0	156	89	5	820	32	12	33	21	1.91
232306--232550	63	3.9	61	86	6	312	34	13	31	20	1.91
232403--232495	27	3.1	28	80	11	98	34	12	31	21	1.91
232565--232658	31	3.1	31	86	8	122	30	17	29	22	1.96
233052--233077	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
239266--239304	13	3.0	13	88	0	51	30	17	12	38	1.88
239416--239461	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
242647--242833	31	6.0	30	76	10	171	33	13	27	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243987--244195	108	1.9	107	85	2	285	30	13	29	26	1.94
243883--244352	187	2.5	185	83	5	578	31	14	28	26	1.95
244073--244276	80	2.5	80	80	6	227	29	13	28	27	1.94
244234--244310	27	2.9	27	90	3	120	24	18	33	23	1.96
244295--244406	50	2.3	47	82	11	120	35	12	21	30	1.90
246208--246239	10	3.1	11	86	13	50	0	0	21	78	0.76
246727--246783	21	2.8	21	91	2	89	45	12	17	24	1.83
246807--246858	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
246815--246879	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
246807--246877	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
250819--250879	19	3.5	19	75	25	80	36	18	11	34	1.86
250811--250879	32	2.2	32	97	0	129	36	18	11	33	1.87
256376--256443	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
256397--256421	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
256378--256440	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
256483--256508	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
256463--256529	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
258047--258692	324	2.0	323	97	0	1222	29	17	18	33	1.95
259242--259317	27	2.8	28	86	6	102	23	31	21	23	1.98
259300--259522	52	4.3	51	79	6	232	30	25	11	32	1.91
259510--259585	28	2.7	27	82	11	82	25	34	17	23	1.96
271395--271463	32	2.1	33	89	2	104	37	15	10	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272203--272338	20	6.9	20	76	8	136	36	14	18	30	1.91
272206--272338	39	3.4	40	94	3	243	35	15	18	31	1.91
277509--277581	28	2.5	28	84	8	94	58	0	5	35	1.21
277509--277596	28	3.1	28	80	12	90	57	1	5	35	1.29
279501--279558	21	2.6	23	78	15	68	41	3	13	41	1.62
283752--284052	130	2.3	130	76	6	290	34	11	24	28	1.91
284013--284081	28	2.5	28	80	4	77	27	17	27	27	1.98
283885--284216	158	2.1	159	81	3	393	31	12	26	30	1.92
284066--284184	51	2.3	51	80	0	148	28	10	29	31	1.90
284145--284570	76	5.5	76	88	2	595	32	15	26	26	1.95
284506--284682	51	3.5	50	81	9	189	35	12	24	27	1.92
286969--287055	20	4.7	19	70	21	69	42	13	14	28	1.85
287074--287126	20	2.7	20	82	5	63	41	15	15	28	1.87
294332--294397	32	2.0	33	88	2	98	37	12	13	36	1.82
297856--297890	17	2.1	17	88	0	52	14	14	17	54	1.72
303790--303967	88	2.0	88	95	2	322	51	7	5	34	1.54
307898--307981	13	5.5	13	71	28	60	34	19	13	33	1.90
307906--307968	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
307898--307982	32	2.7	32	100	0	170	35	18	12	32	1.89
309459--309558	50	2.0	50	98	0	191	37	13	14	36	1.84
315802--315864	21	2.8	22	78	9	56	68	9	14	7	1.39
315826--315873	22	2.2	22	85	3	62	77	6	8	8	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317184--317825	27	23.3	27	77	10	347	25	30	14	29	1.95
317184--317810	55	11.4	54	79	6	440	25	30	14	29	1.95
317184--317810	82	7.6	82	78	6	442	25	30	14	29	1.95
317381--317615	57	4.2	57	79	1	188	27	31	14	25	1.95
317381--317568	28	6.6	29	76	3	157	29	30	14	25	1.95
317819--318051	28	8.2	28	82	2	268	30	27	17	24	1.97
324999--325063	34	2.0	33	90	6	105	44	13	12	29	1.81
327263--327312	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
329110--329140	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
331158--331235	20	3.7	20	73	18	68	28	12	15	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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