genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261159--2261202	22	2.0	22	100	0	88	40	4	4	50	1.43
2263568--2263630	33	1.9	33	83	6	83	30	12	12	44	1.80
2263661--2263715	19	2.8	20	88	5	85	38	12	16	32	1.86
2264030--2264138	35	3.1	35	77	1	110	22	30	10	37	1.87
2264243--2264359	44	2.7	44	82	2	137	23	24	11	39	1.89
2264437--2264634	43	4.6	43	89	1	290	14	29	20	35	1.92
2264437--2264667	86	2.7	87	87	3	326	14	29	20	35	1.92
2264437--2264667	43	5.4	42	85	4	284	14	29	20	35	1.92
2264675--2264778	42	2.5	42	88	1	147	16	25	15	43	1.87
2264860--2264958	42	2.4	42	86	3	128	16	29	18	36	1.92
2264967--2265151	42	4.4	42	74	7	140	21	31	17	29	1.96
2264944--2265131	85	2.2	85	82	1	243	19	32	18	29	1.95
2265211--2265356	43	3.4	43	72	11	138	20	33	15	30	1.94
2265186--2265382	84	2.4	84	86	2	272	20	30	14	34	1.92
2265523--2265682	85	1.9	83	83	5	205	14	22	15	48	1.80
2266180--2266216	12	3.2	12	88	7	58	24	0	13	62	1.31
2266717--2267537	166	5.0	167	83	5	974	28	10	8	52	1.65
2272910--2272946	17	2.1	17	90	10	56	27	0	0	72	0.84
2273442--2273495	23	2.3	24	90	6	85	48	3	0	48	1.19
2274506--2274542	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
2276767--2276807	20	2.0	20	90	0	64	43	0	2	53	1.13
2277084--2277333	131	1.9	130	94	0	437	33	10	13	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278168--2278401	120	2.0	119	90	0	369	30	12	18	37	1.89
2284631--2284667	11	3.0	13	84	15	60	0	21	0	78	0.75
2287751--2287808	21	2.8	21	82	15	75	51	1	25	20	1.57
2290320--2290465	50	2.9	51	86	2	213	26	16	10	45	1.80
2295091--2295147	22	2.6	22	88	0	87	28	24	10	36	1.88
2295586--2295671	36	2.5	34	87	10	115	26	13	26	32	1.94
2295619--2295682	32	2.1	30	88	5	92	31	14	26	28	1.95
2296317--2296461	20	6.7	20	70	16	101	31	15	13	40	1.85
2296306--2296444	71	2.0	71	95	0	251	28	15	12	43	1.83
2299888--2300188	167	1.8	167	88	1	469	50	8	9	30	1.65
2300598--2300629	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2304196--2304350	52	3.0	52	88	1	231	29	16	19	35	1.93
2304397--2304444	19	2.7	18	90	6	71	35	20	12	31	1.90
2304433--2304457	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2304495--2304550	21	2.7	21	100	0	112	35	17	10	35	1.85
2305174--2305770	102	6.1	101	88	5	827	33	17	26	23	1.96
2305174--2305770	49	12.1	49	81	7	701	33	17	26	23	1.96
2305538--2305604	21	3.2	20	69	23	57	29	13	28	28	1.94
2305439--2305763	139	2.3	140	85	4	420	31	17	27	24	1.97
2305772--2305861	33	2.7	33	96	0	171	16	18	32	32	1.94
2305868--2306055	32	5.7	33	78	10	129	32	12	31	23	1.92
2305965--2306121	32	5.1	30	81	10	149	29	15	29	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307342--2307379	17	2.2	18	85	4	51	5	2	7	84	0.86
2307327--2307369	20	2.2	20	87	8	61	2	0	13	83	0.74
2307327--2307381	20	2.7	19	81	13	56	3	1	14	80	0.94
2307350--2307400	25	2.2	22	82	10	57	5	5	13	74	1.19
2311644--2311756	42	2.7	40	76	9	118	46	15	22	15	1.84
2311733--2312513	42	18.5	42	75	6	436	38	15	25	19	1.91
2312075--2312255	43	4.3	41	82	9	177	43	17	24	14	1.86
2312907--2313252	89	3.9	89	87	0	467	28	14	27	29	1.95
2313797--2313949	81	1.9	81	83	0	198	38	10	24	26	1.88
2315034--2315058	10	2.5	10	100	0	50	8	8	0	84	0.79
2315089--2315124	12	2.8	13	87	8	56	11	16	0	72	1.12
2315048--2315126	18	4.5	17	73	13	63	10	17	3	68	1.33
2315044--2315135	36	2.6	34	70	16	80	8	16	5	69	1.33
2323430--2323581	1	152.0	1	78	0	106	1	9	3	85	0.77
2323462--2323587	67	1.9	65	85	8	171	3	11	3	82	0.90
2337944--2338007	34	1.9	33	87	3	92	29	15	25	29	1.96
2339124--2339149	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
2343321--2343374	27	2.0	27	81	0	63	20	3	20	55	1.58
2344445--2344508	33	1.9	33	87	0	92	28	17	12	42	1.85
2346711--2346894	51	3.6	51	81	7	221	29	27	10	32	1.91
2349043--2349069	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2359345--2359396	6	9.5	6	76	19	60	84	13	1	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359342--2359396	22	2.6	20	91	8	83	85	12	1	0	0.68
2359342--2359403	16	3.9	16	87	6	83	85	11	3	0	0.71
2360405--2360744	55	6.0	55	84	8	373	27	27	19	25	1.99
2360466--2360547	27	3.0	27	60	3	65	29	24	20	25	1.99
2360722--2360807	43	2.0	42	86	4	120	18	20	15	45	1.85
2361412--2361437	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2361392--2361457	33	2.0	33	87	0	96	25	16	15	42	1.87
2363796--2363978	51	3.6	50	85	2	231	30	25	10	33	1.90
2366513--2366552	13	3.1	13	81	0	53	32	10	12	45	1.75
2369507--2369899	155	2.5	155	85	0	525	38	19	17	23	1.93
2371469--2371509	10	4.2	10	84	3	57	0	19	0	80	0.71
2372056--2372445	165	2.4	165	81	6	416	47	9	12	30	1.73
2376562--2376587	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2377185--2377228	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2379033--2379071	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
2381148--2381178	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2382974--2383018	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2385210--2385235	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2386024--2386049	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2386004--2386070	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2388410--2388526	51	2.4	51	84	12	147	30	23	11	33	1.91
2388465--2388714	80	3.2	77	80	6	279	28	26	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388700--2388901	79	2.6	79	80	3	219	25	29	16	28	1.97
2401302--2401348	15	3.1	14	87	9	58	87	6	6	0	0.68
2401302--2401357	27	2.1	27	83	3	69	83	5	10	0	0.78
2401313--2401348	17	2.1	17	89	0	54	88	5	5	0	0.61
2402299--2403061	55	13.3	59	85	7	839	26	28	20	24	1.99
2402299--2403061	174	4.4	176	86	6	962	26	28	20	24	1.99
2402828--2402912	26	3.2	26	68	15	73	31	34	17	16	1.93
2403736--2403760	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2403716--2403785	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
2403825--2403849	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2403858--2403982	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
2407454--2407521	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2407456--2407518	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2407475--2407499	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2407561--2407586	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2409934--2410050	51	2.4	51	84	12	147	30	23	11	33	1.91
2410032--2410084	27	2.0	27	100	0	106	24	33	18	22	1.97
2410061--2410423	79	4.6	79	78	2	332	26	26	14	32	1.95
2410065--2410457	159	2.5	158	82	7	467	27	25	13	33	1.93
2410064--2410343	80	3.5	78	79	5	310	27	26	15	31	1.95
2413581--2413614	15	2.3	15	95	5	61	23	2	0	73	0.97
2417698--2417724	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419007--2419033	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2419019--2419075	20	2.9	20	81	5	71	36	10	17	35	1.84
2419103--2419167	33	2.0	33	87	0	94	40	12	16	30	1.86
2428675--2428768	19	4.9	19	90	1	143	29	15	13	40	1.87
2428797--2428822	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2434136--2434194	13	5.1	13	73	26	69	28	15	15	40	1.87
2434147--2434213	19	3.8	19	77	22	92	28	16	14	40	1.88
2434117--2434213	32	3.0	32	93	4	160	27	15	15	41	1.87
2434261--2434327	33	2.0	33	82	5	82	38	10	20	29	1.86
2434368--2434420	20	2.7	20	96	0	97	33	13	15	37	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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