genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608027--608057	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
612704--612729	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
612686--612749	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
614847--615873	166	6.2	165	80	7	1049	52	8	12	27	1.66
614846--615865	331	3.1	325	81	7	1093	52	8	12	27	1.67
617128--617158	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
617109--617173	33	2.0	33	87	6	96	33	16	13	35	1.89
617203--617257	19	2.9	19	89	5	76	36	16	16	30	1.91
617242--617268	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
622346--622371	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
624761--624822	22	2.9	22	95	2	108	48	4	20	25	1.70
627035--627065	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
630831--630856	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
630811--630874	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
631311--631615	84	3.6	84	80	4	346	34	13	33	19	1.90
632363--632389	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
632343--632406	32	2.0	33	87	9	96	26	15	15	42	1.87
632427--632502	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
632447--632520	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
632427--632520	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
632833--633387	85	6.6	84	74	7	435	35	13	32	19	1.90
633258--633503	128	1.9	128	83	6	320	35	13	32	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
633344--633515	43	4.0	43	74	4	168	34	16	32	16	1.92
633641--634206	47	12.1	47	76	7	429	40	15	21	23	1.91
633642--634198	93	6.0	93	77	6	432	40	15	20	23	1.91
633638--634177	140	3.8	140	75	6	358	39	15	20	23	1.91
633661--634118	233	2.0	233	81	3	546	40	15	20	23	1.91
641084--641463	155	2.4	155	80	3	431	37	21	16	24	1.94
641719--642205	160	3.0	160	84	2	627	40	13	12	34	1.81
642884--642927	23	1.9	23	90	0	70	75	11	11	2	1.15
643286--643319	9	3.7	9	88	7	50	5	14	0	79	0.91
643616--643661	12	3.6	13	80	11	51	76	0	2	21	0.90
643617--643662	17	2.7	18	83	12	53	76	0	2	21	0.90
643617--643661	21	2.1	21	88	8	65	75	0	2	22	0.91
643823--644721	325	2.7	325	81	7	966	50	8	12	29	1.69
643823--644775	164	5.8	163	80	9	902	50	8	12	29	1.69
645863--645929	20	3.7	20	74	25	85	38	17	11	31	1.87
645864--645928	33	2.0	33	100	0	130	36	18	12	32	1.88
645884--645908	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
645958--646032	20	3.8	20	89	3	116	33	18	14	33	1.91
646122--646173	20	2.6	20	96	0	95	36	19	13	30	1.90
648412--648466	21	2.7	21	83	10	62	49	0	20	30	1.49
654774--654859	13	7.5	13	67	28	70	34	17	13	33	1.89
654777--654874	33	3.0	33	93	3	162	33	17	14	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654810--654875	20	3.7	20	71	26	74	34	16	15	33	1.90
655472--655560	42	2.1	42	91	0	142	25	17	15	40	1.90
655730--656037	155	2.0	155	87	5	444	22	18	21	37	1.94
655731--656086	155	2.3	156	83	4	436	23	17	19	39	1.92
661056--661122	28	2.4	28	97	0	125	19	14	35	29	1.92
664081--664123	20	2.1	20	82	4	50	11	27	41	18	1.85
664564--664588	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
666678--666708	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
668510--668554	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
670444--670502	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
670692--670730	20	2.0	20	85	5	53	38	10	10	41	1.73
670772--670797	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
680650--680702	20	2.7	20	100	0	106	30	15	20	33	1.93
680754--680816	33	2.0	31	87	6	90	42	15	14	26	1.86
684815--684845	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
686923--686960	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
689476--689527	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
690465--690491	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
690520--690573	19	2.7	20	88	5	74	33	18	16	31	1.93
691112--691159	21	2.4	19	79	10	51	20	35	0	43	1.52
693033--693074	13	3.2	13	93	0	75	45	16	9	28	1.79
699314--699375	33	1.9	32	90	3	97	41	17	14	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704477--705205	63	11.5	62	71	7	335	20	20	13	45	1.84
704813--705205	126	3.1	125	81	4	389	18	21	14	45	1.85
705010--705179	31	5.4	30	65	12	83	17	21	15	44	1.86
705356--705579	124	1.8	124	83	5	301	20	20	12	45	1.84
705352--705649	124	2.4	123	76	5	294	21	21	12	44	1.85
714619--714685	33	2.0	33	88	11	102	34	17	11	35	1.87
714647--714684	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
714639--714664	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
714714--714770	19	2.9	19	86	5	69	35	17	15	31	1.92
714736--714798	32	1.9	33	87	9	94	41	12	17	28	1.86
716267--716740	155	3.1	152	84	3	581	21	19	20	37	1.94
717489--717541	20	2.7	20	88	11	74	33	18	13	33	1.90
717570--717625	19	2.9	19	86	2	85	35	14	17	32	1.90
717610--717636	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
726450--726479	13	2.3	13	94	0	51	33	13	20	33	1.91
726429--726495	33	2.0	33	85	5	91	34	19	13	32	1.91
726524--726574	19	2.6	20	84	3	77	39	13	13	33	1.84
726898--727593	311	2.2	310	83	6	872	21	19	21	36	1.95
726895--727593	155	4.5	154	82	4	807	21	19	21	36	1.95
727825--728509	349	2.0	349	99	0	1352	34	14	16	34	1.89
731261--731291	16	1.9	16	100	0	62	77	3	12	6	1.08
734843--734910	27	2.5	27	100	0	136	23	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735526--735724	98	2.0	98	99	0	389	29	25	20	24	1.99
738556--738601	11	4.1	11	83	13	58	28	2	0	69	1.00
738557--738600	14	3.4	13	82	17	56	25	2	0	72	0.96
741064--741156	29	3.2	29	73	7	91	45	6	13	34	1.70
741077--741180	29	3.6	28	69	7	75	44	4	13	37	1.65
741068--741189	58	2.1	56	83	8	156	44	5	15	34	1.70
741158--741213	29	1.9	29	89	7	87	44	3	17	33	1.66
742361--742508	65	2.3	64	84	7	178	18	22	13	45	1.85
742434--742643	92	2.3	92	83	3	251	19	20	15	45	1.86
747174--747199	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
747501--747543	22	1.9	22	81	13	52	18	16	9	55	1.67
751223--751261	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
760776--760828	20	2.7	20	85	8	72	41	16	13	28	1.86
766746--766777	13	2.5	13	94	0	55	34	18	15	31	1.93
766900--766942	20	2.2	19	84	16	52	30	18	6	44	1.76
771485--771560	28	2.7	30	80	15	92	23	30	19	26	1.98
771544--771662	50	2.4	51	89	2	195	29	26	13	30	1.94
771400--771621	109	2.0	108	84	6	288	26	26	14	32	1.95
784173--784225	5	10.6	5	82	13	65	86	13	0	0	0.56
784176--784225	6	8.5	6	82	12	59	86	14	0	0	0.58
784173--784225	10	5.2	11	88	11	78	86	13	0	0	0.56
784158--784231	15	4.9	14	79	12	67	85	9	1	4	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784158--784225	36	1.9	36	87	3	102	85	10	0	4	0.73
784158--784232	1	75.0	1	72	0	51	85	9	1	4	0.78
784904--784963	29	2.1	29	100	0	120	38	6	28	26	1.81
785271--785545	115	2.4	110	82	9	311	27	28	20	23	1.99
785225--785545	55	5.5	58	82	9	368	27	28	19	24	1.98
786298--786350	20	2.6	21	85	8	74	28	13	16	41	1.86
786298--786356	20	3.0	19	85	7	73	25	11	20	42	1.86
788392--788434	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
788875--788899	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
795068--795093	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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