genome.fa.s55.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold55
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4293517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2564796--2565189	203	1.9	205	82	9	500	35	13	24	27	1.92
2564999--2565715	157	4.6	157	83	4	851	33	12	24	29	1.92
2564999--2565727	236	3.1	235	84	3	916	33	12	24	29	1.92
2564999--2565715	79	9.2	77	82	6	721	33	12	24	29	1.92
2568434--2568659	49	4.8	49	78	10	220	29	15	26	28	1.96
2568483--2568654	88	2.0	88	85	0	236	28	16	27	27	1.97
2568403--2568659	137	1.9	137	90	0	406	28	15	26	28	1.96
2568729--2568934	27	7.1	27	69	20	112	33	14	29	22	1.94
2568819--2569078	34	8.1	33	72	18	167	34	11	32	21	1.90
2568713--2568900	61	3.1	61	86	3	270	31	13	31	22	1.93
2568798--2568971	87	2.0	87	81	6	201	31	14	32	22	1.94
2568963--2569092	68	1.9	68	91	0	215	36	9	33	21	1.85
2568971--2569094	34	3.6	34	73	12	119	34	9	33	21	1.86
2569466--2569513	6	8.2	6	95	4	89	33	33	0	33	1.58
2572854--2572894	19	2.2	19	90	0	64	26	29	14	29	1.95
2572908--2572961	10	5.7	9	82	10	63	83	0	16	0	0.65
2572908--2572961	18	3.0	18	89	10	76	83	0	16	0	0.65
2572917--2572957	12	3.4	12	86	10	57	85	0	14	0	0.60
2572906--2572954	21	2.4	21	90	6	75	83	0	16	0	0.64
2574598--2575189	166	3.7	155	82	8	479	28	7	7	55	1.56
2574821--2574853	13	2.3	15	90	10	52	15	9	6	69	1.34
2574682--2575353	168	4.0	167	84	3	798	27	8	9	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574682--2575353	334	2.0	332	84	3	859	27	8	9	54	1.61
2575821--2575862	11	3.7	12	81	12	52	78	0	21	0	0.75
2575818--2575861	22	2.0	22	86	0	61	75	0	25	0	0.81
2577522--2577591	33	2.1	32	87	10	97	38	17	11	32	1.85
2577553--2577590	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
2577545--2577570	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2577641--2577667	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2582329--2582475	79	1.9	79	85	2	206	34	14	23	26	1.94
2582408--2582516	51	2.1	51	89	0	164	33	12	26	27	1.93
2582509--2582576	28	2.4	30	80	14	90	25	14	35	25	1.94
2582530--2582585	28	2.0	28	89	0	85	30	17	30	21	1.96
2582537--2582786	76	3.2	76	84	6	272	34	14	24	25	1.94
2585069--2585145	20	3.8	20	86	3	102	40	11	19	28	1.87
2585108--2585175	33	2.1	33	91	5	111	41	14	14	29	1.86
2585129--2585155	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2585049--2585145	20	4.9	19	82	5	95	41	11	17	29	1.84
2592072--2592220	52	2.9	51	85	4	208	31	17	18	32	1.94
2592209--2592246	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
2592287--2592353	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2592309--2592333	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2594143--2594211	33	2.1	33	86	5	95	36	17	13	33	1.88
2594240--2594295	19	2.9	19	83	2	67	37	16	14	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2594280--2594306	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2594779--2594873	20	4.8	20	83	5	129	32	14	11	41	1.82
2599118--2599159	20	2.1	20	86	0	57	11	9	7	71	1.31
2608876--2608900	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
2608866--2608926	22	2.8	22	82	5	70	81	11	3	3	0.92
2609564--2609742	89	2.0	89	98	0	349	35	21	18	24	1.96
2610235--2610448	29	7.5	29	90	3	310	30	32	16	20	1.95
2610235--2611516	57	22.5	57	83	7	1457	28	30	17	23	1.97
2610433--2610464	16	2.0	16	100	0	64	43	31	6	18	1.75
2610405--2610493	45	2.0	45	88	4	135	35	30	12	21	1.90
2610376--2610524	74	2.0	74	92	0	244	32	30	14	22	1.93
2610450--2611469	28	35.5	28	86	4	1295	28	31	17	23	1.97
2610235--2611467	318	3.9	313	90	3	1744	28	31	17	22	1.96
2613837--2614125	143	2.0	143	97	0	542	28	17	16	37	1.92
2618365--2618392	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2618444--2618506	19	3.6	19	70	24	66	34	15	12	36	1.86
2618431--2618508	32	2.4	32	93	0	129	33	15	14	37	1.87
2621686--2621958	88	3.1	88	76	4	311	43	12	19	24	1.85
2622680--2622721	14	2.9	14	86	10	50	2	21	0	76	0.90
2623050--2623099	5	8.5	6	77	18	52	2	0	14	84	0.72
2623051--2623099	18	2.8	18	84	9	57	2	0	14	83	0.73
2623061--2623097	14	2.5	15	83	16	51	2	0	13	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623050--2623108	29	2.0	29	84	12	77	3	1	11	83	0.85
2625192--2625247	20	2.7	20	94	5	94	42	12	19	25	1.86
2625988--2626187	61	3.3	61	84	4	260	37	12	27	24	1.90
2626128--2626651	52	10.1	52	73	11	385	36	15	25	23	1.94
2626067--2626555	216	2.3	216	87	3	696	36	14	25	23	1.93
2626513--2626595	43	1.9	43	87	0	121	28	18	25	27	1.98
2626457--2626648	95	2.0	95	85	2	260	34	15	25	25	1.94
2626698--2626763	29	2.2	29	86	5	87	19	18	33	28	1.95
2626706--2626801	32	3.1	30	85	8	122	20	15	33	30	1.94
2626838--2627105	61	4.3	61	81	7	205	36	11	29	21	1.90
2626886--2626990	27	3.6	27	75	16	111	31	11	33	23	1.90
2626819--2627438	95	6.5	95	78	9	598	37	11	29	21	1.88
2626899--2627438	34	16.8	33	68	20	292	37	11	29	21	1.88
2626899--2627188	130	2.2	129	82	4	343	38	12	28	21	1.89
2627167--2627220	27	2.0	28	88	3	83	42	14	24	18	1.88
2627350--2627409	27	2.2	27	85	5	86	38	13	28	20	1.90
2629409--2629464	19	2.9	19	89	2	76	37	17	14	30	1.90
2629430--2629494	32	2.0	33	87	3	96	41	16	15	26	1.88
2630012--2630081	17	3.8	17	71	21	61	31	32	1	34	1.67
2631956--2631993	13	2.9	13	96	0	67	34	15	13	36	1.87
2637839--2637864	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2640410--2640448	13	3.0	13	96	0	69	41	15	12	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2642526--2642556	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2644360--2644404	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2646623--2646648	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2646687--2646739	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
2648187--2648255	20	3.5	19	86	4	66	37	18	14	28	1.91
2654078--2654634	104	5.5	99	80	8	557	34	15	25	24	1.94
2654078--2654640	52	11.0	50	78	7	476	35	15	25	24	1.94
2654763--2654851	33	2.6	34	83	3	108	34	12	29	23	1.91
2654757--2654891	34	4.0	34	75	11	132	38	10	29	21	1.87
2654757--2654892	69	2.0	68	82	7	168	38	10	30	21	1.86
2654859--2654975	27	4.2	27	81	5	126	35	12	31	19	1.90
2654938--2655436	34	15.1	33	75	10	332	38	10	30	21	1.86
2655045--2655132	27	3.2	27	83	3	113	31	11	34	22	1.90
2655099--2655432	135	2.4	136	82	6	401	36	10	30	21	1.88
2654757--2655431	103	6.9	101	73	14	461	37	10	30	21	1.88
2655569--2655765	33	6.3	30	82	8	171	29	14	32	23	1.94
2655569--2655765	64	3.1	61	79	10	209	29	14	32	23	1.94
2655771--2655952	88	2.1	88	91	2	294	34	12	30	22	1.91
2655769--2655998	27	7.5	32	70	19	161	35	12	31	20	1.90
2655832--2655984	61	2.5	61	89	4	222	35	12	30	21	1.90
2655920--2655998	32	2.4	33	89	4	124	37	13	31	16	1.88
2657552--2657579	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2659768--2659841	27	2.7	27	97	0	139	22	39	18	18	1.93
2665921--2666214	31	9.5	30	86	5	342	22	28	16	32	1.95
2665917--2666226	94	3.3	93	87	4	457	21	28	16	33	1.95
2665913--2666250	62	5.5	61	81	10	354	22	28	15	32	1.95
2666230--2666335	28	3.8	28	82	3	108	26	35	14	23	1.93
2666307--2666404	33	2.9	33	84	4	126	21	32	13	32	1.92
2666513--2668182	43	35.9	43	74	16	863	24	25	18	30	1.98
2666792--2667935	39	25.1	43	75	17	799	25	26	19	29	1.98
2666794--2667323	87	6.0	86	79	14	410	25	26	19	28	1.99
2666557--2668239	221	7.2	223	81	11	1130	24	25	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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