genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold57
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4071704

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236--313	29	2.7	30	72	7	81	47	2	3	46	1.34
1713--1743	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
1714--1747	10	3.3	10	88	8	50	52	2	0	44	1.16
1714--1753	21	1.9	21	84	0	53	57	2	0	40	1.12
9327--9352	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12532--12557	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12514--12579	33	2.0	33	85	5	89	39	12	16	31	1.85
12611--12673	19	3.7	18	74	24	64	36	19	11	33	1.87
12603--12673	32	2.2	32	92	0	115	36	19	11	32	1.87
13816--15000	91	12.9	91	83	9	1184	30	19	25	24	1.98
13815--15000	186	6.5	181	83	9	1216	30	19	25	24	1.98
14246--15000	39	16.9	41	72	18	380	29	19	25	25	1.98
14151--14859	134	5.3	130	77	14	448	30	19	25	24	1.98
14330--15009	39	14.9	48	72	18	411	30	19	25	25	1.98
13870--14956	320	3.4	317	85	7	1413	30	19	25	24	1.98
14566--15000	87	5.0	87	90	1	674	28	19	25	25	1.99
15015--15106	31	3.1	32	76	20	101	19	19	28	32	1.96
15026--15121	28	3.3	30	82	10	119	16	15	31	36	1.90
15112--15442	34	10.2	32	79	12	322	35	12	31	20	1.89
15197--15255	27	2.2	27	90	0	100	32	13	33	20	1.91
15162--15287	61	2.1	61	88	5	184	34	13	31	19	1.91
15142--15417	95	2.9	95	86	4	380	36	11	30	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15202--15350	27	5.0	27	73	17	84	34	12	30	22	1.91
15419--15597	61	3.0	61	81	8	188	26	16	31	25	1.96
15424--15598	91	1.9	92	84	1	235	25	16	31	26	1.96
15419--15598	30	5.9	31	77	10	156	26	16	31	26	1.96
16886--16924	13	2.9	13	84	3	51	0	0	17	82	0.68
16896--16925	15	2.0	15	93	0	51	0	0	16	83	0.65
16886--16925	14	3.0	13	85	14	55	0	0	17	82	0.67
16885--16931	14	3.4	14	80	17	53	2	4	14	78	0.99
19644--19684	20	2.0	20	95	0	73	39	12	29	19	1.88
23953--23991	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
24035--24086	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
24035--24105	32	2.2	32	97	0	133	35	18	12	33	1.89
24042--24127	19	4.7	19	71	20	76	33	16	12	37	1.87
25155--25422	108	2.5	109	81	1	297	30	14	18	35	1.92
27110--27774	28	24.4	28	75	9	309	23	18	27	31	1.97
27099--27345	54	4.5	54	78	5	212	19	18	28	34	1.95
27594--27773	55	3.4	54	72	10	181	22	19	26	31	1.98
37296--37327	16	2.0	16	93	0	55	15	0	0	84	0.63
40156--40230	20	3.8	20	80	0	96	33	16	12	38	1.85
44813--47601	928	3.0	928	99	0	5524	31	22	22	23	1.98
48971--49013	16	2.8	16	79	17	54	65	11	16	6	1.46
50355--50538	27	6.7	27	82	1	215	23	32	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50355--50569	55	3.9	55	77	3	225	24	32	15	28	1.95
50348--51043	28	24.1	28	81	7	227	27	30	16	24	1.97
50508--51137	85	7.1	85	79	10	504	28	30	18	22	1.97
50543--51136	57	10.1	58	80	8	573	29	30	18	22	1.97
50539--51136	28	20.3	28	82	9	535	29	30	18	22	1.97
51620--51656	18	2.1	18	100	0	74	24	21	21	32	1.98
51695--51751	20	2.8	20	91	0	96	28	17	10	43	1.82
55043--55076	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
59587--59615	15	1.9	15	100	0	58	27	37	6	27	1.82
60172--60200	15	2.0	15	93	6	51	65	0	0	34	0.93
60185--60243	25	2.4	24	78	16	68	61	1	5	32	1.28
60282--60347	25	2.6	24	78	4	69	66	1	1	30	1.10
60211--60359	39	3.9	38	72	13	110	60	2	2	34	1.22
60372--60443	26	2.8	25	71	10	65	50	0	4	45	1.21
60404--60511	55	2.0	55	88	3	164	47	3	5	43	1.44
60670--60735	13	4.5	15	76	19	68	54	0	1	43	1.09
60670--60735	29	2.3	29	86	0	87	54	0	1	43	1.09
60964--60994	10	2.9	11	90	9	55	51	0	0	48	1.00
60962--61011	21	2.5	20	84	9	66	48	0	0	52	1.00
61003--61057	22	2.5	22	81	3	56	49	0	0	50	1.00
61607--61638	14	2.3	14	94	0	55	40	3	0	56	1.15
63691--64154	243	1.9	243	100	0	928	29	15	14	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66819--66844	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68177--68224	11	4.7	10	82	12	53	62	0	0	37	0.95
68177--68218	21	2.0	22	95	4	77	61	0	0	38	0.96
68188--68252	16	4.1	17	82	9	66	60	0	0	40	0.97
69058--69113	17	3.2	17	80	7	67	60	0	0	39	0.97
70795--70834	21	1.9	21	84	0	53	45	0	5	50	1.23
75354--75472	59	2.0	59	93	0	202	42	17	19	21	1.90
76203--76250	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
77532--77573	17	2.5	17	88	0	57	47	0	2	50	1.14
78096--78205	19	5.8	19	70	13	66	28	8	4	59	1.46
78351--78397	20	2.4	19	79	10	51	40	4	4	51	1.41
78643--78696	28	1.9	28	92	0	90	16	18	11	53	1.72
79021--79128	16	7.3	16	63	27	51	44	0	0	53	1.13
79015--79157	27	5.1	26	73	14	106	43	0	0	55	1.10
79037--79119	32	2.5	33	84	7	98	44	0	1	54	1.08
79071--79171	52	1.9	51	82	11	125	41	0	0	58	0.98
79100--79148	22	2.2	23	85	10	66	40	0	0	59	0.98
79131--79192	22	2.9	21	73	4	61	43	0	0	56	0.99
79076--79196	55	2.2	55	81	7	131	42	0	0	57	0.98
79076--79175	28	3.6	27	74	5	83	41	0	0	59	0.98
83495--83519	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
87208--87300	29	3.2	29	69	14	75	25	9	12	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87206--87314	57	1.9	58	86	1	157	27	10	13	48	1.75
87297--87387	29	3.1	27	69	27	71	29	9	8	51	1.65
87500--87599	29	3.4	29	68	20	82	29	7	12	52	1.64
87348--87543	106	1.8	106	82	4	252	26	10	13	49	1.74
87454--87659	58	3.6	58	79	7	163	27	11	10	50	1.71
92975--93037	33	1.9	33	87	6	92	41	14	14	30	1.85
95248--95290	18	2.5	17	84	3	59	48	0	0	51	1.00
95247--95307	17	3.5	17	81	2	68	47	0	0	52	1.00
95340--95381	22	1.9	22	85	9	59	61	0	0	38	0.96
96469--96512	22	2.0	23	81	4	54	43	2	11	43	1.53
98300--98334	9	3.8	9	92	7	61	42	0	0	57	0.99
98387--98663	110	2.5	108	76	9	276	33	15	14	35	1.89
99201--99256	20	2.7	21	89	8	80	0	19	0	80	0.71
99209--99270	4	15.5	4	79	15	58	1	20	1	75	0.97
99201--99287	38	2.3	37	84	5	104	2	21	1	74	0.99
99201--99291	21	4.6	19	80	9	94	2	20	1	75	0.97
99210--99284	14	5.7	13	73	16	57	2	24	1	72	1.06
99741--99778	13	3.1	13	92	7	62	44	0	0	55	0.99
105980--106013	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
107686--107728	16	2.9	15	83	12	54	60	2	0	37	1.10
109685--109709	13	1.9	13	100	0	50	8	0	4	88	0.64
111467--111523	16	3.6	16	78	0	69	49	24	10	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111467--111543	16	4.8	16	75	12	68	49	23	11	15	1.77
115229--115276	25	1.9	25	86	0	69	25	6	10	58	1.54
115260--115323	23	2.9	22	83	2	74	28	7	3	60	1.39
116907--116943	18	2.1	18	85	14	51	62	2	0	35	1.10
117483--117534	16	3.3	15	86	7	68	42	0	1	55	1.10
117756--117825	25	2.7	26	77	18	74	45	0	0	54	0.99
117776--117837	25	2.9	20	73	26	56	50	0	0	50	1.00
117832--117865	16	2.2	15	89	5	50	32	0	0	67	0.91
118164--118261	20	5.0	20	71	12	69	57	2	0	40	1.10
118213--118278	18	3.6	18	75	19	57	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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