genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold57
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4071704

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724406--724468	22	3.0	22	77	13	69	58	0	0	41	0.98
726189--726245	24	2.4	24	82	5	62	61	3	5	29	1.35
737510--737546	2	18.0	2	88	5	56	48	2	2	45	1.30
744472--744546	14	5.6	14	70	16	52	52	1	0	46	1.09
745605--745646	19	2.2	19	86	0	57	30	2	14	52	1.54
746936--747029	36	2.5	36	80	13	100	63	0	1	35	1.01
750324--750365	17	2.4	17	81	14	50	28	0	2	69	1.01
750464--750505	18	2.3	18	91	0	66	38	0	0	61	0.96
750450--750518	29	2.3	31	80	14	83	40	0	0	59	0.97
750487--750536	13	3.9	13	79	10	50	42	2	2	54	1.23
752318--752373	14	4.2	13	77	20	53	39	1	0	58	1.08
752325--752373	14	3.7	13	79	12	55	40	2	0	57	1.10
753264--753309	24	1.9	24	95	0	83	50	19	8	21	1.75
756993--757027	2	18.5	2	88	11	56	51	0	48	0	1.00
757304--757390	42	2.0	43	82	10	108	37	12	9	40	1.75
757370--757412	15	2.9	15	82	3	52	32	16	13	37	1.88
757379--757468	42	2.1	43	83	6	112	36	13	13	36	1.84
757385--757472	29	3.1	29	77	6	99	36	13	13	36	1.85
759714--760108	117	3.4	117	90	2	585	31	17	15	34	1.92
761041--761140	24	4.2	24	78	0	92	31	16	24	29	1.96
761026--761140	24	4.8	24	77	3	88	32	15	22	29	1.95
762759--762797	19	2.1	19	95	0	69	23	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763029--763153	50	2.5	50	88	0	169	36	18	16	28	1.93
764572--764626	22	2.6	21	78	15	60	65	1	0	32	1.03
764593--764652	31	1.9	32	83	10	79	71	1	0	26	0.95
765404--765435	16	2.0	16	93	0	55	50	9	0	40	1.35
766072--766105	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
766150--766192	16	2.8	15	82	6	59	9	11	0	79	0.95
775240--775297	25	2.3	26	85	11	77	44	0	0	55	0.99
775649--775689	22	1.9	22	85	5	57	58	0	0	41	0.98
775610--775847	105	2.3	102	79	6	253	43	2	5	48	1.40
775830--775890	26	2.3	28	77	11	74	47	1	0	50	1.10
777539--777587	26	1.9	25	83	4	62	42	2	6	48	1.39
777582--777640	15	4.1	15	80	10	61	50	1	3	44	1.28
777578--777634	13	4.2	13	76	12	51	50	1	1	45	1.22
777522--777970	228	2.0	226	92	3	760	45	2	4	47	1.36
777778--777862	13	6.3	13	75	12	64	48	3	3	44	1.37
777955--778011	15	3.6	15	75	13	60	50	0	0	49	1.00
778062--778118	25	2.4	23	91	5	87	45	1	0	52	1.11
778121--778163	19	2.2	20	80	16	54	53	0	4	41	1.21
778289--778316	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
781978--782024	22	2.1	22	100	0	94	31	4	34	29	1.77
783108--783188	3	27.0	3	84	0	72	32	8	34	24	1.86
783894--783935	11	3.5	12	82	17	52	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783900--783952	12	4.3	13	80	17	60	62	0	0	37	0.96
783892--783953	26	2.4	27	82	15	69	64	0	0	35	0.94
784347--784424	32	2.7	28	77	15	79	41	0	0	58	0.98
784380--784440	26	2.3	26	80	5	70	40	0	0	59	0.98
784398--784469	29	2.4	30	78	15	87	40	0	0	59	0.97
784453--784500	17	2.8	17	79	17	55	41	2	0	56	1.11
784748--784858	53	2.1	53	81	8	136	51	0	0	47	1.06
784734--784814	40	2.0	40	81	13	96	48	0	0	51	1.00
785005--785068	18	4.0	17	71	19	57	54	0	0	45	0.99
785983--786044	13	4.8	13	75	11	65	41	0	1	56	1.09
785961--786044	26	3.3	26	77	9	82	38	1	2	58	1.19
785983--786044	26	2.4	26	81	10	83	41	0	1	56	1.09
785958--786064	25	3.9	28	70	20	84	39	0	1	57	1.16
786367--786421	23	2.4	22	80	14	67	61	0	0	38	0.96
786848--786908	31	2.0	31	96	0	113	31	8	9	50	1.65
787832--787858	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
788384--788440	26	2.1	27	83	3	71	45	7	3	43	1.48
790787--790827	21	1.9	22	90	5	66	43	0	0	56	0.99
794030--794073	18	2.7	15	83	13	52	59	2	0	38	1.10
794747--794796	16	3.1	16	97	2	91	44	0	0	56	0.99
794854--794897	21	1.9	23	82	17	56	45	2	2	50	1.27
795157--795216	2	30.0	2	84	0	57	45	1	8	45	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795977--796021	23	2.0	23	82	8	56	57	0	6	35	1.25
796486--796511	11	2.4	11	100	0	52	69	0	0	30	0.89
796592--796662	28	2.6	28	93	2	117	40	8	2	47	1.48
804267--804309	12	3.4	12	80	6	50	30	2	2	65	1.18
809214--809240	4	6.8	4	100	0	54	0	22	51	25	1.48
809508--809560	23	2.3	23	80	9	63	60	0	0	39	0.97
809521--809562	14	2.9	14	80	16	50	57	0	0	42	0.99
810266--810294	12	2.5	12	94	5	51	3	6	0	89	0.57
811312--811375	33	1.9	34	93	3	112	23	0	26	50	1.50
812217--812284	16	4.2	16	77	7	57	54	4	0	41	1.20
812213--812255	15	2.9	15	82	6	52	55	6	0	37	1.27
812770--812808	14	2.8	14	80	0	51	64	0	0	35	0.94
813449--813488	17	2.3	18	82	8	55	42	2	0	55	1.13
813878--814024	34	4.5	34	81	10	171	27	8	24	38	1.85
814333--814389	19	3.0	19	84	0	69	29	12	19	38	1.88
818458--818681	34	6.7	34	83	2	265	25	6	25	42	1.78
818458--818675	101	2.2	103	89	3	327	25	6	26	41	1.79
818458--818681	67	3.3	67	85	1	304	25	6	25	42	1.78
819767--819802	16	2.3	16	85	4	56	69	0	0	30	0.89
819815--819885	20	3.8	18	76	12	72	42	1	0	56	1.08
826362--826396	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
827396--827433	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827719--827747	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
829733--829772	2	20.5	2	89	5	64	47	2	0	50	1.14
829996--830036	22	2.0	22	85	9	59	41	0	0	58	0.98
829993--830089	33	2.9	32	77	14	99	40	1	0	58	1.05
830032--830075	13	3.4	13	79	20	56	43	0	0	56	0.99
831172--831206	5	7.0	5	87	12	54	2	17	0	80	0.84
832720--832771	21	2.3	23	77	19	63	40	5	0	53	1.25
832726--832772	21	2.3	20	96	3	85	42	6	0	51	1.27
834705--834830	6	20.7	6	69	22	77	53	0	0	45	1.05
834729--834830	44	2.3	44	93	5	170	52	0	0	46	1.07
835722--835998	138	2.0	138	95	0	502	36	8	9	45	1.67
837179--837206	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
837490--837582	48	1.9	48	88	0	141	25	16	13	44	1.85
839964--840003	17	2.5	17	92	8	66	42	0	5	52	1.23
843980--844026	15	3.0	15	79	17	51	46	0	0	53	1.00
843980--844082	16	6.1	16	71	25	52	48	0	1	49	1.12
844017--844061	22	2.0	22	100	0	90	51	0	4	44	1.21
845594--845712	45	2.6	45	77	7	109	13	30	15	41	1.85
845608--846426	45	18.6	45	75	8	508	17	26	13	42	1.86
845608--846424	87	9.3	86	77	6	676	17	26	13	42	1.86
845608--846337	132	5.5	132	78	4	630	16	26	13	42	1.86
849473--849499	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853174--853281	48	2.2	51	90	6	170	40	0	0	57	1.11
853806--853853	19	2.5	19	74	12	53	35	0	2	62	1.07
853880--853930	25	2.0	25	84	0	66	49	5	3	41	1.45
854889--854947	25	2.3	27	82	5	68	49	3	0	47	1.18
855518--855542	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
857911--858024	43	2.7	40	75	14	104	56	0	0	43	0.99
857949--858003	30	1.9	27	89	10	83	49	0	0	50	1.00
857949--858005	14	4.2	13	75	20	55	49	0	0	50	1.00
857946--858023	29	2.7	27	80	11	84	53	0	0	46	1.00
857999--858037	19	2.1	18	90	4	60	61	2	2	33	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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