genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold57
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4071704

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2116884--2116926	23	2.0	22	86	9	61	55	4	0	39	1.20
2116857--2116928	21	3.5	20	74	9	63	54	8	4	33	1.50
2116888--2116935	21	2.3	19	80	16	51	58	6	0	35	1.23
2120593--2120623	3	10.3	3	92	0	53	64	3	32	0	1.09
2121346--2121370	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2123619--2123653	15	2.4	15	95	4	63	42	0	0	57	0.99
2123626--2123671	17	2.6	18	74	22	51	45	0	0	54	0.99
2123620--2123673	21	2.3	23	78	18	67	46	0	0	53	1.00
2123616--2123668	15	3.4	16	78	17	58	43	0	0	56	0.99
2123620--2123705	15	5.5	15	74	19	52	46	0	1	52	1.08
2124496--2124579	44	1.9	44	80	9	100	47	1	0	51	1.08
2124558--2124601	15	2.8	16	77	19	56	61	0	0	38	0.96
2124558--2124624	32	2.1	31	86	8	91	62	0	1	35	1.04
2124861--2124887	12	2.2	12	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2125393--2125447	18	3.2	16	80	12	65	67	0	0	32	0.91
2125400--2125472	23	3.0	23	82	9	67	64	0	0	35	0.94
2125418--2125473	20	2.7	21	83	10	62	64	0	0	35	0.94
2125487--2125532	21	2.3	21	85	7	60	54	0	6	39	1.26
2125630--2125671	21	2.0	22	85	4	59	47	0	0	52	1.00
2128384--2128423	7	5.9	7	85	14	57	37	0	0	62	0.95
2129845--2129897	19	2.7	20	72	24	58	69	1	0	28	0.99
2129861--2129901	8	4.7	9	82	11	50	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129841--2129902	9	6.4	9	76	12	52	69	1	0	29	0.98
2130771--2130803	17	1.9	17	93	0	57	21	3	30	45	1.67
2131929--2131970	21	2.0	21	100	0	84	38	9	38	14	1.78
2138045--2138084	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2138411--2138436	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2142047--2142090	20	2.2	20	87	0	61	31	2	0	65	1.05
2144673--2144719	21	2.2	22	82	17	55	48	2	2	46	1.25
2144701--2144784	22	3.7	22	75	18	66	55	0	0	44	0.99
2144701--2144784	21	3.7	21	76	15	62	55	0	0	44	0.99
2144896--2145079	34	5.4	34	88	0	262	25	7	26	40	1.82
2145384--2145446	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
2149512--2149696	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
2151478--2151508	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2156811--2156916	35	3.1	33	80	14	110	33	0	1	64	1.11
2157018--2157063	24	2.0	23	82	4	56	32	4	2	60	1.28
2157531--2157663	12	11.0	12	69	20	73	33	0	4	62	1.15
2157534--2157659	49	2.6	50	78	13	138	33	0	4	61	1.17
2158143--2158217	19	4.2	20	65	28	60	41	0	1	57	1.07
2159597--2159661	31	2.1	31	100	0	130	41	9	21	27	1.83
2160780--2160811	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2163186--2163239	5	11.2	5	76	7	58	37	1	0	61	1.07
2163182--2163232	13	3.8	13	80	14	59	35	1	0	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165618--2165703	36	2.4	36	100	0	172	13	23	16	46	1.83
2170280--2170323	16	2.8	15	83	10	52	50	0	2	47	1.13
2170511--2170645	28	4.7	29	76	18	124	36	0	0	62	1.06
2170544--2170650	10	11.1	10	69	19	50	37	0	0	62	0.95
2170518--2170620	27	3.7	26	77	14	89	36	0	0	61	1.09
2170517--2170656	11	12.9	11	70	19	66	36	0	0	62	1.06
2171026--2171130	32	3.1	33	80	8	122	42	0	0	56	1.06
2171087--2171219	27	4.8	27	68	22	73	34	0	1	63	1.09
2171084--2171152	33	2.2	33	85	10	92	36	0	1	62	1.04
2171081--2171213	39	3.4	37	76	17	103	35	0	1	62	1.10
2171140--2171218	32	2.4	34	81	12	101	32	1	1	64	1.09
2171106--2171220	45	2.4	48	76	13	121	33	0	1	64	1.10
2171323--2171392	20	3.5	21	76	18	60	52	0	1	45	1.09
2171534--2171576	22	2.0	21	86	13	61	34	0	0	65	0.93
2171534--2171576	21	2.0	22	86	13	63	34	0	0	65	0.93
2171754--2171817	12	5.0	13	77	9	60	42	0	1	56	1.09
2172245--2172276	17	1.9	16	93	6	55	28	0	0	71	0.86
2172249--2172281	13	2.6	13	90	4	50	27	0	0	72	0.85
2172871--2172943	16	4.3	17	72	8	60	57	0	0	42	0.98
2172869--2173004	27	4.9	27	71	15	82	56	0	0	43	0.99
2172905--2172984	18	4.1	19	72	21	76	52	0	0	47	1.00
2172931--2172999	18	3.6	21	72	20	62	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172906--2172996	20	4.5	20	69	17	64	54	0	0	45	0.99
2173674--2173717	20	2.3	19	84	7	54	52	6	2	38	1.41
2173802--2173837	10	3.6	10	85	14	56	50	2	0	47	1.15
2174343--2174422	29	2.6	31	77	15	78	51	0	0	48	1.00
2174373--2174452	17	4.9	16	72	20	67	47	0	0	52	1.00
2174372--2174434	29	2.2	29	82	5	83	47	0	0	52	1.00
2174373--2174437	16	4.2	16	74	18	57	47	0	0	52	1.00
2174406--2174455	19	2.7	18	82	17	59	50	0	0	50	1.00
2174370--2174458	17	5.4	17	67	27	59	48	0	0	51	1.00
2174834--2174873	21	1.9	21	85	10	55	60	0	0	40	0.97
2175240--2175318	27	2.9	28	81	12	94	39	1	1	58	1.14
2175242--2175333	27	3.4	28	80	12	79	41	1	1	56	1.13
2175283--2175356	16	4.7	16	73	20	59	45	0	0	54	1.00
2175263--2175372	32	3.3	32	79	13	98	43	0	0	56	0.99
2175298--2175372	32	2.2	33	86	11	100	46	0	0	53	1.00
2175809--2175862	26	2.1	26	86	10	76	33	3	5	57	1.40
2175819--2175875	26	2.1	27	90	9	91	33	3	3	59	1.31
2175853--2175911	31	1.9	30	86	10	84	38	0	0	61	0.96
2181343--2181381	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2186664--2186703	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2187146--2187364	75	2.9	75	98	0	420	51	13	6	27	1.66
2187717--2187754	18	2.1	18	90	0	58	47	2	2	47	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190350--2190480	21	6.4	21	74	9	119	35	0	6	57	1.29
2190316--2190442	30	4.3	29	78	11	132	33	1	6	58	1.33
2190365--2190412	19	2.5	19	83	10	53	37	2	4	56	1.30
2190316--2190463	30	5.0	29	75	11	122	33	1	6	58	1.31
2190416--2190500	42	2.0	42	81	4	100	40	2	4	52	1.35
2190529--2190586	21	2.7	20	73	10	53	37	1	12	48	1.51
2190629--2190654	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2190884--2190917	17	2.0	17	94	0	59	55	5	29	8	1.54
2191370--2191419	22	2.3	21	76	10	55	58	0	0	42	0.98
2193478--2193515	17	2.3	17	86	13	53	76	0	2	21	0.91
2193479--2193505	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
2193541--2193598	9	6.0	9	75	15	53	37	0	0	62	0.96
2193541--2193608	20	3.5	19	82	9	75	38	0	0	61	0.96
2193630--2193669	20	2.0	20	85	0	53	52	15	5	27	1.63
2193832--2193877	23	2.1	21	84	15	58	50	0	4	45	1.21
2195556--2195588	12	2.8	12	86	4	50	72	0	0	27	0.85
2195882--2195938	26	2.2	25	84	3	69	49	1	0	49	1.11
2199222--2199305	42	2.0	42	95	0	150	33	26	19	21	1.97
2200616--2200686	19	3.9	18	78	14	74	66	2	1	29	1.15
2200616--2200662	16	2.7	17	83	9	51	63	0	2	34	1.06
2200618--2200693	35	2.2	35	83	4	91	64	2	1	31	1.15
2206105--2206228	44	2.8	44	92	0	203	45	16	16	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207253--2207381	66	2.0	66	84	3	170	41	8	17	31	1.80
2208139--2208163	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2208195--2208229	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2213186--2213280	36	2.7	34	72	12	79	49	4	1	45	1.28
2214434--2214472	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
2214807--2214835	13	2.1	14	93	6	51	48	6	0	44	1.29
2217603--2217712	50	2.2	50	85	6	161	30	20	20	30	1.97
2221745--2221953	50	4.2	50	91	1	339	29	20	19	30	1.97
2224817--2224850	7	4.9	7	92	0	59	52	0	2	44	1.16
2225118--2225170	29	1.9	29	85	11	76	41	0	1	56	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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