genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold79
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4189514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155289--2155321	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2156032--2156063	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2157461--2157486	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2158055--2158079	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
2161216--2161240	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2165809--2165833	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2174420--2174461	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2175756--2175805	17	3.0	17	75	13	50	34	0	0	66	0.92
2177134--2177192	19	3.3	18	81	11	68	32	1	0	66	1.02
2177400--2177473	30	2.5	30	82	4	96	44	4	0	51	1.20
2177479--2177518	16	2.6	15	84	7	53	55	0	2	42	1.13
2178549--2178583	12	3.2	11	88	11	54	45	0	0	54	0.99
2179573--2179597	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2188548--2188579	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2190506--2190552	23	2.0	23	83	0	58	29	14	17	38	1.89
2195176--2195207	11	2.8	12	90	9	50	68	0	0	31	0.90
2195686--2195730	16	2.8	16	80	9	56	53	2	0	44	1.13
2197117--2197150	14	2.4	14	90	0	50	47	0	0	52	1.00
2203100--2203128	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
2204300--2204329	9	3.2	9	90	9	51	43	0	0	56	0.99
2204349--2204383	18	1.9	18	88	0	52	37	2	2	57	1.29
2204406--2204436	16	1.9	16	100	0	62	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204409--2204445	16	2.2	16	90	4	56	59	0	0	40	0.97
2204623--2204680	27	2.1	27	81	6	64	48	1	1	48	1.22
2205452--2205485	17	2.0	17	88	0	50	79	2	0	17	0.86
2205513--2205562	26	2.0	26	88	7	77	46	4	0	50	1.20
2208507--2208537	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2208829--2208884	19	3.0	19	79	10	53	48	1	0	50	1.11
2210001--2210029	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2216750--2216805	28	2.0	28	96	0	103	33	10	17	37	1.85
2223188--2223231	17	2.6	17	85	3	54	47	0	0	52	1.00
2223176--2223265	45	2.0	44	81	10	103	42	1	1	55	1.14
2224274--2224303	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2224663--2224715	26	2.0	26	85	7	72	45	0	1	52	1.11
2228140--2228181	21	2.0	21	86	9	59	73	4	0	21	1.01
2228339--2228385	15	3.2	15	78	6	60	61	0	8	29	1.25
2228339--2228385	14	3.3	14	79	5	58	61	0	8	29	1.25
2228841--2228870	3	10.0	3	92	0	51	33	36	0	30	1.58
2229411--2229443	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
2230362--2230454	46	2.0	46	91	0	150	29	18	23	29	1.98
2230964--2231081	36	3.3	36	70	14	109	38	2	2	55	1.27
2235303--2235402	47	2.1	47	88	3	148	22	12	18	48	1.80
2236414--2236459	6	7.7	6	80	0	56	54	4	28	13	1.57
2236414--2236457	12	3.7	12	93	0	70	56	4	27	11	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237009--2237039	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2237221--2237260	19	2.0	20	85	4	55	42	5	0	52	1.23
2237244--2237317	32	2.2	32	83	11	96	40	1	2	55	1.22
2237250--2237317	17	3.9	18	74	16	56	39	1	2	55	1.24
2238833--2238981	80	1.9	80	83	8	196	38	6	6	48	1.54
2244838--2244871	16	2.0	18	88	11	54	47	20	11	20	1.81
2245031--2245073	21	2.0	22	91	8	72	53	2	0	44	1.13
2246287--2246328	17	2.4	18	80	11	61	57	0	0	42	0.99
2246300--2246355	14	3.9	14	75	20	53	44	3	0	51	1.18
2246300--2246357	16	3.9	15	75	25	52	44	3	0	51	1.18
2248438--2248497	30	2.0	30	96	0	111	25	3	28	43	1.70
2250092--2250224	2	66.5	2	76	8	101	43	0	9	46	1.40
2252287--2252325	17	2.4	17	86	4	53	79	7	5	7	1.05
2257007--2257046	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
2266066--2266107	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
2268243--2268272	4	7.5	4	100	0	60	53	0	0	46	1.00
2268504--2268636	62	2.1	62	84	0	167	33	14	7	44	1.73
2268822--2268886	33	1.9	35	84	12	91	23	3	7	66	1.32
2269038--2269062	13	1.9	13	100	0	50	32	16	28	24	1.96
2269780--2270039	50	5.2	50	87	0	358	34	19	15	30	1.93
2274417--2274526	50	2.2	50	85	0	139	36	17	15	30	1.91
2275398--2275433	18	1.9	19	94	5	65	33	0	5	61	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275403--2275544	18	8.4	18	66	26	64	40	1	1	57	1.16
2275429--2275469	21	2.0	21	90	4	66	48	0	0	51	1.00
2275422--2275546	32	3.8	31	78	14	101	41	1	0	56	1.15
2276831--2276867	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2278557--2278593	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2281528--2281559	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2282607--2282696	29	3.4	27	73	19	84	44	1	1	53	1.15
2282605--2282690	8	10.4	8	74	18	52	44	1	1	53	1.15
2282605--2282640	2	18.5	2	88	5	56	47	0	0	52	1.00
2283554--2283612	31	1.9	31	83	13	77	52	0	0	47	1.00
2284579--2284612	10	3.5	10	96	4	61	50	5	0	44	1.26
2285578--2285622	22	2.0	22	82	0	54	51	2	2	44	1.26
2298917--2298987	28	2.5	28	77	9	72	53	0	0	46	1.00
2298937--2298968	16	2.1	15	94	5	55	65	0	0	34	0.93
2299167--2299208	21	2.0	21	85	4	57	40	0	0	59	0.97
2299162--2299214	25	2.0	26	82	13	65	41	0	0	58	0.98
2299162--2299236	32	2.3	34	84	6	93	42	0	0	57	0.98
2299218--2299268	24	2.1	25	85	10	70	39	0	0	60	0.97
2299853--2299902	18	2.8	19	88	8	70	28	0	0	72	0.86
2299869--2299902	11	2.9	12	86	8	52	29	0	0	70	0.87
2300684--2300758	37	2.0	37	97	0	141	49	12	10	28	1.73
2301413--2301447	4	8.8	4	100	0	70	51	0	22	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306577--2306615	3	13.0	3	94	0	69	33	0	2	64	1.08
2309673--2309739	28	2.3	30	80	12	77	50	0	1	47	1.10
2318937--2319424	245	2.0	242	91	2	789	35	18	16	29	1.93
2321601--2321689	34	2.7	32	75	13	81	41	4	0	53	1.21
2322444--2322506	20	3.2	19	82	14	67	44	11	0	44	1.39
2322469--2322509	20	2.0	20	95	0	73	46	7	0	46	1.30
2322821--2322894	36	2.1	36	84	0	94	40	28	10	20	1.86
2325449--2325872	240	1.8	229	83	7	555	56	17	8	17	1.65
2326422--2326457	19	1.9	19	88	5	56	66	0	8	25	1.19
2327172--2327218	19	2.4	19	86	10	60	44	2	0	53	1.12
2327409--2327473	20	3.2	21	85	8	73	43	0	1	55	1.09
2327868--2327906	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
2329334--2329369	18	1.9	19	94	5	65	44	0	0	55	0.99
2329912--2329949	18	2.1	19	90	5	60	47	0	2	50	1.15
2329918--2329959	18	2.3	18	84	8	50	50	2	2	45	1.27
2329972--2330060	29	3.3	27	79	13	94	41	5	0	52	1.25
2331114--2331168	22	2.5	22	82	2	76	47	0	1	50	1.11
2331099--2331166	22	3.1	22	78	6	75	48	0	1	50	1.10
2331546--2331588	17	2.7	15	76	13	50	37	0	0	62	0.95
2331548--2331584	17	2.2	17	90	0	56	32	0	0	67	0.91
2331596--2331653	30	1.9	30	83	13	75	63	3	0	32	1.11
2331821--2331861	3	13.7	3	94	0	73	65	2	0	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332055--2332083	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2332353--2332377	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2333223--2333291	22	3.2	22	73	19	63	52	1	0	46	1.09
2333292--2333342	21	2.4	21	83	6	68	56	0	0	43	0.99
2334542--2334568	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2346430--2346464	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
2349443--2349482	20	1.9	20	85	10	53	47	12	2	37	1.55
2349733--2349826	45	2.1	45	90	4	145	28	26	14	29	1.95
2350581--2350616	17	2.1	17	94	0	63	47	13	5	33	1.67
2351898--2351936	17	2.3	17	86	8	53	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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