genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold79
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4189514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792097--792130	13	2.4	14	90	9	52	50	0	0	50	1.00
792357--792403	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
794110--794143	14	2.6	14	90	9	54	38	0	0	61	0.96
795002--795076	19	3.9	17	72	23	51	77	0	21	1	0.85
795009--795076	15	4.5	15	74	20	61	75	0	23	1	0.89
795004--795076	30	2.4	30	78	17	80	76	0	21	1	0.86
795368--795419	19	2.8	18	72	16	52	26	5	5	61	1.42
795533--795593	9	6.7	9	77	17	63	83	0	14	1	0.72
795534--795593	19	3.3	18	84	11	79	83	0	15	1	0.73
795534--795593	8	6.8	8	77	19	57	83	0	15	1	0.73
796105--796173	36	1.9	36	82	5	86	39	2	7	50	1.45
796657--796754	43	2.2	45	77	18	109	44	1	0	54	1.07
796708--796747	16	2.5	16	83	0	53	47	0	0	52	1.00
796789--796830	3	14.0	3	94	0	75	33	2	0	64	1.07
797835--797868	15	2.3	15	90	5	52	50	0	0	50	1.00
797818--797861	21	2.1	20	87	8	61	43	0	0	56	0.99
799407--799454	13	3.9	13	76	20	50	41	0	0	58	0.98
800046--800084	19	2.1	19	85	9	53	38	0	2	58	1.12
800268--800315	24	2.0	24	84	8	62	47	2	4	45	1.33
800920--800980	32	1.9	31	83	9	79	39	1	1	57	1.18
801278--801310	15	2.2	15	94	0	57	54	6	0	39	1.25
801498--801579	14	5.5	14	68	23	51	39	2	1	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802978--803019	19	2.2	19	100	0	84	42	11	23	21	1.86
806577--806700	41	3.0	43	73	20	118	46	1	0	50	1.16
806576--806666	19	4.7	18	71	26	53	46	1	1	51	1.15
806694--806753	14	4.2	13	75	23	50	40	1	1	56	1.19
806694--806748	16	3.8	14	74	23	51	40	1	1	56	1.21
807072--807124	23	2.3	23	75	15	56	50	7	0	41	1.30
807526--807559	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
808341--808390	24	2.1	24	88	7	75	40	2	2	56	1.22
808428--808500	29	2.6	29	83	14	82	53	0	5	41	1.24
808624--808682	19	3.1	19	75	22	52	59	0	1	38	1.08
808645--808689	11	4.5	11	78	15	53	62	0	0	37	0.96
808631--808684	22	2.3	23	78	15	58	59	0	1	38	1.08
808959--808999	20	2.0	20	90	9	66	48	0	0	51	1.00
808955--809005	17	2.8	18	78	21	61	50	0	0	49	1.00
809240--809321	41	2.0	43	80	4	96	46	0	2	51	1.14
810364--810393	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
810908--810943	13	2.6	14	86	4	56	47	2	0	50	1.15
811206--811266	19	3.3	17	79	11	59	42	4	0	52	1.23
812668--812718	6	8.5	6	88	0	75	17	17	49	15	1.81
813218--813285	29	2.3	28	81	18	77	60	0	1	38	1.06
813245--813288	22	2.0	22	82	8	54	61	0	0	38	0.96
813344--813371	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815148--815194	20	2.2	22	85	7	62	34	21	6	38	1.79
819768--819822	21	2.5	22	82	5	76	50	0	0	49	1.00
820762--820814	22	2.4	22	81	12	56	67	0	0	32	0.91
821985--822020	2	18.0	2	94	0	63	47	2	0	50	1.15
822198--822236	19	2.1	19	85	4	53	46	0	2	51	1.14
822326--822356	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
822296--822354	8	7.1	8	73	19	50	50	0	0	49	1.00
825758--825791	16	2.1	16	94	0	59	8	11	23	55	1.63
834938--834970	10	3.4	10	83	8	50	45	0	0	54	0.99
836523--836560	15	2.5	15	86	0	58	71	0	0	28	0.87
837172--837215	16	2.6	17	85	7	54	52	2	4	40	1.34
837461--837497	19	2.0	19	89	5	58	29	0	0	70	0.88
837570--837633	29	2.2	29	86	2	94	50	1	3	45	1.27
837787--837827	17	2.4	17	87	0	55	36	0	4	58	1.20
837858--837902	19	2.4	18	89	7	72	55	0	4	40	1.20
837929--837995	29	2.3	26	77	22	64	41	5	2	49	1.42
838130--838189	31	1.9	31	89	0	93	36	3	13	46	1.60
838272--838304	13	2.4	14	95	5	59	51	0	0	48	1.00
838637--838711	27	2.7	29	78	16	86	44	0	0	56	0.99
840108--840171	16	4.0	16	80	6	58	37	23	20	18	1.94
841647--841734	27	3.2	27	64	20	65	54	6	2	36	1.40
841622--841734	55	2.1	55	91	0	181	54	7	3	33	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849693--849735	2	21.5	2	90	0	68	44	0	4	51	1.22
849693--849735	14	3.1	14	96	0	77	44	0	4	51	1.22
852288--852337	24	2.1	24	88	0	73	54	10	12	24	1.67
854071--854114	23	2.0	23	82	13	56	65	4	0	29	1.12
854087--854133	15	3.2	15	78	6	51	59	2	0	38	1.09
856074--856104	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
856584--856610	5	5.4	5	100	0	54	37	22	18	22	1.95
857706--857785	30	2.7	31	75	22	91	57	0	0	42	0.98
857761--857800	19	2.2	18	86	4	53	62	0	0	37	0.95
857703--857788	31	2.9	32	77	19	105	54	0	0	45	0.99
858072--858101	15	2.1	14	93	6	51	70	0	0	30	0.88
859150--859180	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
861551--861757	79	2.6	79	88	1	299	29	17	28	24	1.97
861709--861779	27	2.6	28	84	8	92	23	21	32	22	1.98
861630--862046	107	3.9	105	74	11	366	30	15	27	27	1.96
861772--862103	52	6.3	52	68	17	175	32	12	25	29	1.93
861924--861994	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
861983--862111	51	2.5	52	83	6	154	34	10	22	31	1.89
864467--864492	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
864446--864512	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
864532--864631	19	5.9	18	73	26	103	38	15	12	35	1.84
864554--864610	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864535--864629	32	3.0	32	98	0	181	36	15	12	34	1.86
864687--864764	21	3.7	21	96	0	138	38	19	10	32	1.85
865532--865616	28	3.1	28	61	10	66	24	21	27	27	1.99
865513--866220	55	12.3	58	85	8	757	25	19	27	26	1.99
867202--867262	17	3.6	16	79	14	59	0	8	8	83	0.81
867186--867263	17	4.6	16	72	10	57	0	11	6	82	0.85
867216--867263	17	2.7	18	83	6	62	0	8	8	83	0.82
879098--879130	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
879183--879212	11	2.6	11	94	5	51	66	0	0	33	0.92
882958--883023	32	2.0	33	88	2	98	42	18	15	24	1.88
884140--884516	190	2.0	191	92	2	625	53	7	5	34	1.51
885426--885527	38	2.6	40	75	7	102	65	0	2	30	1.14
885711--885763	24	2.2	25	86	3	72	47	9	7	35	1.64
885991--886030	17	2.4	17	95	0	71	47	0	0	52	1.00
886151--886200	20	2.5	20	81	15	59	44	6	2	48	1.39
886197--886259	24	2.3	27	79	17	69	49	1	0	49	1.10
886698--886751	26	2.0	27	82	10	67	27	9	0	62	1.25
887362--887417	2	28.0	2	78	7	60	46	1	5	46	1.36
887362--887417	20	2.8	20	86	5	78	46	1	5	46	1.36
887809--887842	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
888935--888974	15	2.7	15	88	7	55	32	0	25	42	1.55
903040--903064	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904056--904096	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
912001--912092	24	3.9	24	75	13	75	48	0	0	51	1.00
912024--912093	25	3.0	25	75	22	71	50	0	0	50	1.00
912028--912069	20	2.2	19	86	4	57	50	0	0	50	1.00
913004--913038	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
913338--913419	28	3.0	28	80	18	84	63	0	1	35	1.02
913430--913472	16	2.8	15	82	3	59	55	0	0	44	0.99
913448--913498	19	2.8	18	79	11	50	50	0	0	49	1.00
913527--913581	17	3.1	18	82	12	60	56	1	0	41	1.10
913618--913658	17	2.4	17	80	19	50	51	0	2	46	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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