genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold79
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4189514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352382--2352433	26	1.9	26	85	14	70	34	3	3	57	1.35
2353578--2353625	23	2.1	22	81	11	53	33	0	10	56	1.34
2355680--2355965	145	2.0	146	89	2	441	25	17	17	39	1.91
2357507--2357556	14	3.3	15	81	13	57	44	0	0	56	0.99
2357853--2357882	15	2.0	15	93	0	51	60	0	3	36	1.14
2358252--2358290	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2358697--2358753	4	13.8	4	85	7	78	1	28	0	70	0.98
2359558--2359658	51	2.0	51	100	0	202	31	5	17	44	1.73
2360321--2360362	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2361039--2361171	68	2.0	68	93	0	230	33	18	14	33	1.90
2366716--2366751	18	2.0	18	89	10	56	47	0	0	52	1.00
2366722--2366781	27	2.3	26	82	11	77	51	0	1	46	1.10
2368321--2368382	23	2.5	24	79	7	63	62	0	0	37	0.95
2368499--2368529	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
2368560--2368615	12	4.8	13	69	22	52	60	0	1	37	1.07
2368784--2368873	25	3.8	24	69	19	71	56	0	1	42	1.06
2368859--2368903	17	2.5	17	89	7	63	66	0	0	33	0.92
2368900--2368943	22	2.0	23	81	4	54	45	2	4	47	1.35
2368933--2368998	22	2.9	23	82	11	73	46	0	1	51	1.10
2368967--2369015	19	2.7	18	81	12	55	48	0	0	51	1.00
2377012--2377097	13	7.0	13	69	23	62	34	0	1	63	1.02
2377025--2377098	13	5.8	13	72	25	68	35	0	1	63	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2377009--2377097	37	2.5	36	76	18	96	33	0	1	65	1.00
2377002--2377104	13	7.9	13	68	24	58	33	0	0	66	0.99
2377000--2377104	50	2.2	48	78	11	124	33	0	0	65	0.99
2377637--2377725	43	2.0	45	85	12	123	57	0	0	42	0.98
2377649--2377736	22	4.1	22	72	17	78	52	0	0	47	1.00
2379010--2379038	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2382173--2382246	31	2.6	26	79	14	76	43	0	0	56	0.99
2382410--2382455	22	2.1	21	84	4	56	43	2	0	54	1.12
2382469--2382528	15	3.8	15	69	18	50	41	1	5	51	1.33
2382500--2382566	28	2.3	30	80	14	79	31	1	1	65	1.10
2382975--2383025	13	3.8	13	80	12	50	50	1	3	43	1.31
2383498--2383542	18	2.5	17	79	10	54	57	0	0	42	0.98
2383520--2383574	21	2.6	22	81	16	71	61	0	0	38	0.96
2383513--2383587	23	3.2	23	76	17	66	57	0	0	42	0.98
2385216--2385265	25	2.0	25	84	0	64	44	0	0	56	0.99
2385250--2385288	21	1.9	21	84	5	53	51	2	0	46	1.14
2386916--2386957	15	3.0	14	83	10	50	64	2	0	33	1.07
2387460--2387502	15	2.9	15	82	6	52	53	0	0	46	1.00
2387889--2387950	27	2.2	29	82	5	74	53	1	3	41	1.27
2387889--2387951	28	2.2	28	78	13	67	53	1	3	41	1.26
2389132--2389179	17	2.8	17	75	15	53	52	0	0	47	1.00
2389135--2389186	15	3.1	18	73	18	58	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389433--2389462	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2390252--2390294	17	2.5	18	77	11	54	60	0	0	39	0.97
2390215--2390322	25	4.4	25	76	12	91	54	0	0	45	0.99
2390618--2390675	21	2.8	21	77	15	59	31	3	0	65	1.09
2390882--2390931	20	2.7	18	75	21	50	50	2	0	48	1.12
2398246--2398285	20	2.0	20	85	9	55	50	0	0	50	1.00
2398297--2398367	25	3.0	25	73	19	64	33	0	0	66	0.92
2398310--2398386	24	3.3	23	75	13	68	31	0	0	68	0.90
2398308--2398381	23	3.0	26	77	16	79	31	0	0	68	0.89
2398335--2398378	21	2.2	20	84	12	54	29	0	0	70	0.88
2398306--2398381	27	2.8	28	75	16	72	31	0	0	68	0.90
2398306--2398384	25	2.9	26	75	17	72	31	0	0	68	0.90
2398551--2398740	103	1.8	103	87	4	285	49	4	2	44	1.33
2398795--2398824	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
2399111--2399194	43	1.9	44	80	7	100	41	1	3	53	1.26
2399894--2399918	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2400171--2400345	84	2.1	84	86	2	242	22	28	9	39	1.86
2403054--2403100	22	2.2	21	84	3	58	38	0	0	61	0.96
2403279--2403321	21	2.2	20	87	8	61	37	0	2	60	1.10
2404099--2404153	23	2.4	23	81	6	58	34	1	0	63	1.05
2404641--2404692	27	2.0	28	82	14	67	50	0	1	48	1.12
2405018--2405055	17	2.2	17	95	0	67	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404992--2405068	25	3.1	24	78	19	79	57	1	0	41	1.07
2405337--2405396	14	4.4	14	74	12	54	48	0	0	51	1.00
2405377--2405475	10	10.2	10	68	14	64	44	1	2	52	1.19
2405337--2405396	28	2.2	25	81	18	68	48	0	0	51	1.00
2405372--2405562	68	2.8	67	75	12	183	39	2	4	53	1.34
2405372--2405489	20	5.6	20	75	18	105	43	0	3	52	1.23
2405473--2405530	29	2.0	30	96	3	109	31	5	6	56	1.47
2405563--2405598	16	2.2	17	90	5	56	44	0	5	50	1.25
2406284--2406329	15	2.8	17	84	15	53	54	6	0	39	1.26
2410026--2410089	32	2.0	33	87	3	94	50	3	4	42	1.39
2410164--2410235	36	2.0	36	97	0	135	36	16	18	29	1.93
2410776--2410996	119	1.9	114	86	8	313	37	5	7	49	1.54
2412151--2412214	29	2.3	28	76	12	69	39	0	3	57	1.14
2412201--2412250	17	3.1	17	74	25	54	46	0	0	54	1.00
2413432--2413461	2	15.0	2	92	0	51	0	3	50	46	1.18
2421064--2421110	12	4.0	13	74	23	50	70	0	0	29	0.88
2421064--2421111	22	2.3	21	86	13	73	68	0	0	31	0.90
2421067--2421127	18	3.2	19	82	17	65	70	0	0	29	0.88
2421073--2421126	21	2.5	22	85	8	67	70	0	0	29	0.88
2421065--2421129	27	2.3	28	84	7	78	69	0	0	30	0.89
2424066--2424090	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2430101--2430134	12	2.8	13	91	8	54	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436840--2436907	34	1.9	34	85	5	91	48	0	1	50	1.10
2438061--2438156	16	5.8	16	70	18	63	56	2	1	40	1.18
2439509--2439540	16	2.0	16	93	0	55	50	9	0	40	1.35
2459245--2459269	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2460201--2460982	389	2.0	387	99	0	1546	39	22	12	25	1.89
2466825--2466880	13	4.4	12	76	10	58	41	0	0	58	0.98
2466828--2466880	20	2.7	20	80	8	65	39	0	0	60	0.97
2466961--2467023	19	3.2	19	75	14	56	44	1	0	53	1.10
2466963--2467042	41	1.9	42	82	12	103	48	1	0	50	1.08
2466993--2467043	19	2.8	19	79	5	52	50	1	0	47	1.12
2470086--2470139	28	1.9	28	88	7	83	35	20	24	20	1.96
2470173--2470249	28	2.8	28	82	7	86	24	18	33	23	1.96
2470233--2470401	52	3.3	51	79	6	162	30	13	27	29	1.94
2470232--2470400	51	3.3	51	77	10	166	30	12	27	29	1.93
2470117--2470570	211	2.2	211	84	5	596	31	13	26	28	1.94
2470384--2470459	27	2.8	28	86	6	102	23	21	31	23	1.98
2470099--2470479	107	3.6	104	71	11	290	30	14	27	27	1.95
2470447--2470577	51	2.5	54	80	12	155	35	10	22	31	1.88
2472372--2472403	10	3.1	11	86	13	50	0	0	21	78	0.76
2472913--2472979	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
2472934--2472959	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2472999--2473066	19	3.9	18	73	23	74	38	13	11	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473002--2473064	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
2473553--2473603	20	2.6	19	82	11	59	41	3	7	47	1.51
2474311--2474346	11	3.2	11	92	4	54	22	2	0	75	0.94
2474511--2474556	23	2.0	23	83	8	58	56	0	0	43	0.99
2474882--2474927	20	2.3	20	84	0	56	43	0	0	56	0.99
2474894--2474920	12	2.2	12	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2476062--2476190	59	2.2	58	97	1	240	45	5	5	43	1.50
2476625--2476679	21	2.6	21	77	11	67	54	1	0	43	1.10
2477316--2477379	31	2.0	32	85	8	87	46	1	0	51	1.10
2477859--2477984	10	12.1	11	65	27	53	61	0	0	37	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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