genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold79
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4189514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

This is table  20  of  26  ( 3105 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2792445--2792488	22	2.0	22	81	0	52	40	22	0	36	1.54
2792988--2793076	37	2.4	38	94	1	153	38	6	5	49	1.53
2794094--2794118	13	1.9	13	100	0	50	32	0	28	40	1.57
2794596--2794649	20	2.7	19	77	8	54	44	1	0	53	1.11
2794596--2794745	66	2.2	69	79	10	166	48	3	2	46	1.30
2796562--2796606	8	5.6	8	84	7	56	68	0	0	31	0.89
2796742--2796775	18	1.9	17	88	5	50	38	0	0	61	0.96
2796740--2796783	17	2.5	18	81	3	54	40	0	0	59	0.98
2797544--2797580	18	2.1	18	100	0	74	35	37	0	27	1.57
2798973--2799073	44	2.3	44	82	0	112	29	16	16	36	1.92
2803987--2804028	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2816912--2816996	16	5.2	17	75	13	63	58	1	1	38	1.13
2819031--2819065	17	2.1	17	89	10	54	40	0	5	54	1.24
2822712--2822750	18	2.2	18	90	0	60	0	17	0	82	0.68
2822715--2822752	6	6.5	6	84	6	51	0	15	0	84	0.63
2827927--2827960	14	2.3	15	85	10	52	50	0	0	50	1.00
2829038--2829071	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2829335--2829389	21	2.5	22	82	8	60	49	0	0	50	1.00
2829345--2829385	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
2832284--2832327	7	6.4	7	82	12	56	56	0	0	43	0.99
2833886--2833933	19	2.3	21	82	13	55	45	0	0	54	0.99
2839118--2839159	10	4.2	10	82	11	50	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839105--2839149	19	2.4	19	85	7	56	31	0	4	64	1.13
2839105--2839152	18	2.7	18	84	12	55	33	0	4	62	1.14
2839144--2839201	20	2.9	20	75	14	57	32	0	5	62	1.18
2839542--2839613	35	2.0	36	81	7	85	40	1	0	58	1.07
2839904--2839947	19	2.3	19	84	7	63	52	0	2	45	1.13
2840114--2840245	26	6.1	21	66	25	62	56	0	0	43	0.99
2840115--2840200	33	2.7	31	78	14	95	58	0	0	41	0.98
2840151--2840215	30	2.0	33	82	11	82	56	0	0	43	0.99
2840151--2840245	12	7.4	13	67	26	51	55	0	0	44	0.99
2840589--2840651	23	2.7	23	71	9	65	31	9	1	57	1.40
2841263--2841306	16	2.6	17	86	13	65	59	0	0	40	0.98
2844915--2844948	10	3.5	10	88	4	52	35	0	0	64	0.94
2844909--2845000	18	5.1	19	72	18	56	35	2	0	61	1.08
2845169--2845218	17	3.1	17	74	25	54	54	2	0	44	1.11
2845171--2845247	36	2.3	33	82	8	84	54	1	0	44	1.08
2845169--2845265	30	3.1	32	75	15	96	50	1	0	48	1.07
2845474--2845571	5	21.2	5	66	19	61	59	1	0	39	1.04
2845433--2845562	34	3.9	32	75	15	115	58	0	0	40	1.03
2847953--2847977	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2848662--2848712	17	3.2	16	82	15	54	31	0	1	66	1.03
2848674--2848712	17	2.3	17	90	0	60	30	0	2	66	1.05
2848710--2848793	39	2.3	36	83	8	98	45	1	0	53	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848779--2848835	21	2.8	20	75	15	62	35	10	0	54	1.35
2849938--2849983	23	1.9	25	86	8	69	39	0	6	54	1.26
2850561--2850585	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2850871--2850909	20	2.0	20	85	5	53	41	2	5	51	1.38
2850983--2851017	18	1.9	18	94	0	61	37	0	2	60	1.12
2854518--2854587	33	2.2	33	87	7	99	44	0	0	55	0.99
2855429--2855499	37	1.9	37	82	5	90	56	1	0	42	1.08
2856119--2856176	21	2.5	25	78	18	79	44	0	3	51	1.18
2856707--2856779	3	24.0	3	80	2	74	32	31	2	32	1.72
2857750--2857791	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2857915--2857945	16	1.9	16	100	0	62	25	25	3	45	1.69
2858854--2858920	20	3.3	20	72	16	50	43	1	0	55	1.09
2862474--2862522	9	5.7	9	80	9	57	67	0	0	32	0.91
2862478--2862510	16	2.0	17	94	5	59	69	0	0	30	0.88
2865016--2865046	5	6.0	5	92	7	53	80	0	19	0	0.71
2865015--2865066	21	2.5	21	80	0	59	69	3	26	0	1.06
2866928--2866959	14	2.4	14	90	10	50	50	0	0	50	1.00
2867195--2867444	50	5.2	50	75	13	202	30	18	19	32	1.95
2867324--2867402	40	2.0	40	84	0	104	31	15	20	32	1.93
2871357--2871414	19	3.1	19	83	16	84	31	17	15	36	1.91
2873006--2873184	50	3.6	49	80	11	202	31	19	15	33	1.93
2873016--2873209	100	1.9	100	81	0	235	32	17	17	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2874174--2874213	21	1.9	21	100	0	80	52	5	20	22	1.65
2874361--2874395	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2875666--2875707	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2876150--2876179	12	2.5	12	88	0	51	66	23	6	3	1.30
2878273--2878385	16	6.2	19	71	23	66	55	0	2	41	1.14
2878273--2878317	21	2.2	21	88	7	67	60	0	4	35	1.17
2878294--2878382	33	2.6	34	84	10	119	53	0	2	43	1.13
2880711--2880791	36	2.2	37	85	12	105	39	0	1	59	1.05
2880843--2880905	3	20.7	3	86	3	90	65	4	0	30	1.13
2884725--2884795	33	2.2	33	89	2	108	11	11	22	54	1.67
2889497--2889549	19	2.9	17	78	15	52	41	0	0	58	0.98
2889489--2889547	18	3.2	19	79	18	63	44	0	0	55	0.99
2889501--2889580	31	2.7	31	77	9	87	47	0	0	52	1.00
2889519--2889598	23	3.7	23	67	27	66	51	0	0	48	1.00
2892140--2892165	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2893512--2893569	19	2.8	21	82	12	66	51	0	1	46	1.11
2894289--2894375	29	3.0	30	80	6	99	44	3	0	51	1.18
2894338--2894381	24	2.0	22	86	13	63	45	6	0	47	1.29
2897086--2897144	30	1.9	31	86	10	86	45	1	0	52	1.10
2899740--2899778	15	2.6	15	79	0	51	56	0	0	43	0.99
2899740--2899813	9	7.6	10	73	15	57	54	0	1	44	1.08
2899743--2899825	24	3.7	23	74	16	77	50	0	1	48	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2899762--2899835	18	4.1	18	74	8	51	45	0	1	52	1.09
2900020--2900048	13	2.1	14	93	6	51	62	0	0	37	0.96
2900515--2900547	12	2.5	13	85	14	50	45	0	0	54	0.99
2900616--2900732	34	3.5	32	78	14	101	57	0	0	41	1.11
2900666--2900712	19	2.3	20	85	10	60	59	0	0	40	0.97
2900700--2900742	11	4.1	11	82	11	54	58	0	0	41	0.98
2900616--2900747	20	7.0	19	70	25	84	56	0	0	41	1.10
2900646--2900730	27	3.2	26	78	9	91	57	1	0	41	1.06
2902481--2902555	38	2.0	38	89	5	116	41	4	14	40	1.65
2902533--2902564	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
2903122--2903165	15	2.8	17	77	22	51	38	0	0	61	0.96
2909981--2910013	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2910223--2910270	19	2.5	20	83	10	64	45	0	0	54	0.99
2910229--2910282	27	2.0	26	82	10	65	50	0	0	50	1.00
2910274--2910346	14	5.3	14	68	14	53	56	1	0	42	1.08
2910563--2910600	17	2.2	17	86	9	51	65	0	0	34	0.93
2912357--2912388	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2927028--2927069	21	2.0	20	86	4	57	69	0	0	30	0.89
2927302--2927465	6	27.7	6	66	24	55	60	0	1	37	1.12
2927307--2927398	27	3.5	26	71	16	73	60	1	3	34	1.20
2927334--2927455	16	6.9	19	70	19	68	60	0	2	36	1.16
2927353--2927430	32	2.3	34	84	8	106	57	1	1	39	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2927805--2927865	26	2.3	25	73	15	61	39	0	0	60	0.97
2928104--2928163	23	2.7	22	75	7	59	51	13	0	35	1.41
2928104--2928152	22	2.2	22	81	3	53	51	14	0	34	1.43
2928252--2928290	20	2.0	20	89	0	60	46	2	0	51	1.14
2928330--2928381	9	5.9	9	76	13	54	53	1	0	44	1.11
2928740--2928834	31	3.0	31	83	10	104	43	0	0	56	0.99
2928735--2928822	20	4.5	20	73	22	71	39	0	0	60	0.97
2928762--2928816	18	3.0	18	82	12	67	40	0	0	60	0.97
2928691--2928833	19	8.0	18	64	26	65	43	0	0	55	1.10
2929252--2929291	20	2.2	19	86	13	57	25	0	2	72	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26