genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold79
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4189514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477850--2477901	25	2.1	24	82	10	61	55	0	0	44	0.99
2477853--2478001	36	4.2	36	73	14	132	59	0	0	39	1.02
2477859--2477944	19	4.8	17	75	14	75	63	0	1	34	1.02
2477882--2477945	28	2.3	27	83	2	83	65	0	1	32	1.02
2477948--2478001	22	2.2	26	78	12	62	59	0	0	40	0.98
2478245--2478283	13	3.2	13	85	7	55	41	0	0	58	0.98
2478736--2478765	13	2.2	14	94	5	53	63	0	0	36	0.95
2479245--2479284	20	2.0	21	95	5	73	72	0	0	27	0.85
2479526--2479580	22	2.5	22	80	13	60	63	0	0	36	0.95
2481309--2481758	226	2.0	226	96	0	821	36	16	20	27	1.94
2487025--2487140	11	9.5	12	70	13	53	59	0	1	37	1.14
2487094--2487138	13	3.3	14	81	12	58	64	2	4	28	1.25
2488592--2488633	20	2.1	20	90	0	66	50	0	0	50	1.00
2488573--2488639	26	2.6	25	76	9	71	47	0	0	52	1.00
2488915--2488963	19	2.7	18	87	6	71	51	2	0	46	1.12
2488915--2488972	19	2.9	19	82	12	64	53	1	0	44	1.10
2488920--2488963	19	2.4	19	92	3	72	47	2	0	50	1.13
2490356--2490436	37	2.1	39	84	8	105	58	1	0	40	1.06
2490800--2490855	13	4.2	13	86	4	67	64	0	0	35	0.94
2490807--2490855	13	3.7	13	86	5	71	67	0	0	32	0.91
2490839--2490909	32	2.2	33	87	2	99	49	2	4	43	1.36
2490908--2490964	20	2.7	21	86	8	80	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490926--2490962	18	1.9	18	89	10	56	62	0	0	37	0.96
2493651--2493698	14	3.4	14	83	11	62	50	0	0	50	1.00
2493692--2493750	21	2.8	21	85	12	68	55	0	1	42	1.09
2494476--2494505	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
2494892--2494947	11	4.9	12	76	12	55	58	0	0	41	0.98
2496738--2496795	17	3.4	18	79	11	59	36	0	0	63	0.94
2496725--2496838	49	2.4	47	77	15	117	39	0	1	58	1.08
2496771--2496825	12	4.9	12	74	17	55	38	0	1	60	1.08
2497248--2497338	10	10.4	9	67	20	52	46	0	1	52	1.07
2497279--2497341	16	3.9	17	77	22	57	47	0	0	52	1.00
2497503--2497543	21	2.0	21	90	9	66	43	0	0	56	0.99
2497503--2497567	21	3.3	19	79	14	62	46	0	0	53	1.00
2497524--2497584	23	2.7	22	76	16	54	45	1	0	52	1.10
2498425--2498471	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
2498766--2498807	15	2.7	15	92	3	66	50	0	11	38	1.40
2499196--2499380	93	2.0	93	98	0	361	38	20	14	26	1.91
2512597--2512638	10	3.9	11	81	12	52	69	2	0	28	1.01
2516915--2516958	3	15.7	3	86	9	58	29	0	0	70	0.88
2517317--2517351	17	2.1	17	88	0	52	54	0	0	45	0.99
2521538--2521916	190	2.0	188	95	1	677	34	10	15	39	1.82
2524633--2524692	18	3.2	18	70	21	59	48	36	1	13	1.52
2527834--2527867	16	2.1	16	100	0	68	61	8	23	5	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535048--2535401	178	2.0	177	96	0	654	42	16	13	27	1.85
2541526--2542081	228	2.4	228	81	2	659	28	26	22	22	1.99
2541526--2542144	228	2.7	226	78	4	641	30	25	22	21	1.99
2542911--2542941	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
2543103--2543150	22	2.2	21	85	10	62	39	0	0	60	0.97
2543421--2543486	23	2.7	25	73	15	66	60	0	1	37	1.06
2544512--2544552	17	2.6	16	88	7	57	51	0	2	46	1.14
2544568--2544646	26	3.0	27	78	12	67	50	0	0	49	1.00
2544585--2544649	25	2.4	27	77	12	71	55	0	0	44	0.99
2545089--2545119	13	2.4	13	94	0	53	45	0	0	54	0.99
2550603--2550650	2	24.0	2	91	0	78	45	4	50	0	1.21
2555114--2555151	18	2.0	20	90	10	62	57	0	0	42	0.98
2555203--2555277	31	2.3	32	79	6	80	65	1	1	32	1.09
2556654--2556692	16	2.4	16	87	8	53	58	0	0	41	0.98
2556738--2556784	21	2.3	20	79	13	51	36	0	0	63	0.94
2557601--2557663	20	3.3	18	75	18	56	60	0	0	39	0.97
2557609--2557664	15	3.4	17	76	20	57	64	0	0	35	0.94
2557601--2557654	24	2.2	25	80	9	67	59	0	0	40	0.98
2557611--2557674	20	3.0	22	73	19	64	62	0	0	37	0.95
2557701--2557725	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2559196--2559297	47	2.2	44	81	11	109	49	0	0	50	1.00
2562967--2563002	16	2.4	14	90	9	54	69	0	25	5	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2564377--2564424	24	2.0	24	88	4	71	50	8	0	41	1.33
2565764--2565792	2	15.0	2	92	7	51	48	0	51	0	1.00
2566158--2566202	11	3.9	11	91	5	63	24	0	0	75	0.80
2566157--2566201	15	2.9	16	87	9	58	24	0	0	75	0.80
2566157--2566202	4	11.8	4	82	13	60	23	0	0	76	0.79
2566893--2566925	16	2.1	16	94	0	57	45	9	6	39	1.61
2566933--2566975	21	2.0	21	82	8	52	20	2	13	62	1.42
2570832--2570873	22	1.9	22	95	0	75	30	28	11	28	1.92
2572224--2572386	84	1.9	85	91	1	265	31	19	11	37	1.87
2573560--2573589	14	2.1	14	100	0	60	33	6	36	23	1.81
2575407--2575459	25	2.0	26	82	7	63	45	11	18	24	1.82
2579429--2579453	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
2579610--2579675	19	3.3	20	82	14	82	48	0	0	51	1.00
2579610--2579676	20	3.3	20	78	15	75	47	0	0	52	1.00
2580739--2580764	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
2581164--2581227	25	2.7	23	81	9	74	81	1	15	1	0.85
2581179--2581228	19	2.6	18	84	9	55	78	2	18	2	0.95
2581623--2581657	11	3.2	11	87	0	52	45	0	0	54	0.99
2581619--2581653	16	2.1	17	89	5	54	37	0	0	62	0.95
2582371--2582527	12	12.2	13	68	23	75	41	0	0	57	1.03
2582335--2582486	7	19.0	8	65	24	54	41	0	1	57	1.07
2582381--2582515	34	3.5	39	75	20	115	40	0	0	58	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582399--2582493	16	5.6	16	68	19	59	40	0	1	58	1.05
2582421--2582518	22	4.6	22	74	14	80	38	0	0	61	0.96
2582420--2582526	34	3.8	29	76	22	95	39	0	0	60	0.97
2582420--2582526	16	6.7	16	67	21	55	39	0	0	60	0.97
2582475--2582518	11	4.0	11	82	17	56	38	0	0	61	0.96
2582371--2582529	46	3.7	42	69	25	111	41	0	0	57	1.03
2582343--2582526	33	5.8	32	76	17	152	41	0	1	57	1.06
2583092--2583137	24	1.9	24	91	8	76	52	0	0	47	1.00
2583135--2583193	16	3.7	15	79	18	57	59	1	1	37	1.18
2583272--2583309	14	3.0	13	88	11	53	63	0	0	36	0.95
2583273--2583309	13	2.8	14	84	12	51	62	0	0	37	0.96
2585170--2585220	14	3.5	14	79	10	66	37	0	1	60	1.08
2585169--2585217	16	3.3	15	78	18	57	36	0	2	61	1.08
2586317--2586343	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2586952--2586978	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
2590745--2590798	8	6.8	8	93	0	63	50	14	0	35	1.44
2590745--2590785	4	10.2	4	89	0	64	51	19	0	29	1.47
2591941--2591992	25	2.2	25	86	6	72	42	0	1	55	1.10
2591938--2591996	23	2.5	23	83	8	75	42	0	1	55	1.09
2592648--2592693	23	2.0	23	83	8	58	34	0	2	63	1.07
2593966--2594014	22	2.3	20	80	13	53	53	2	0	44	1.12
2593950--2594015	21	3.2	21	74	16	57	59	1	0	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2594361--2594407	19	2.4	20	82	13	62	38	4	2	55	1.31
2601384--2601421	19	2.0	20	89	5	60	52	0	2	44	1.14
2602225--2602270	16	2.8	17	86	3	67	41	2	0	56	1.11
2609014--2609089	37	2.1	37	87	7	111	48	0	0	51	1.00
2609731--2609870	70	2.0	70	100	0	280	32	30	5	31	1.81
2613788--2613829	15	2.7	15	85	7	57	57	0	2	40	1.12
2614612--2614649	20	2.0	20	89	5	60	44	2	0	52	1.14
2614599--2614649	18	2.7	19	81	6	59	47	1	0	50	1.12
2622509--2622561	27	1.9	28	84	3	72	50	5	3	39	1.44
2624034--2624087	27	2.0	27	82	7	65	3	70	9	16	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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