genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold79
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4189514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4298--4325	14	2.0	14	100	0	56	7	7	7	78	1.09
5700--5824	20	5.7	20	71	18	97	28	15	12	43	1.83
14365--14432	33	2.1	32	86	2	91	32	13	17	36	1.89
14503--14527	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
16818--16858	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
23183--23207	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23160--23227	33	2.1	32	86	2	91	33	14	16	35	1.89
23298--23322	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
28891--28915	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28870--28932	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
37684--37708	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
37663--37725	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
37808--37834	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
37788--37856	34	2.1	32	86	10	95	36	14	13	36	1.85
43297--43361	31	2.2	28	84	13	78	46	1	24	27	1.62
43287--43357	28	2.5	28	80	11	74	45	1	28	25	1.62
43859--43897	22	1.9	20	85	15	53	41	7	5	46	1.55
46659--46698	21	1.9	21	89	0	62	30	0	2	67	1.04
49519--49591	38	1.9	38	85	0	101	39	6	30	23	1.81
53009--53039	5	6.2	5	92	0	53	77	3	19	0	0.90
53190--53222	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
53625--53653	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54006--54041	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
55032--55086	26	2.1	27	83	12	71	56	3	1	38	1.28
59619--59656	11	3.5	11	82	13	51	34	0	2	63	1.09
59657--59715	17	3.5	17	70	27	54	52	0	0	47	1.00
59653--59718	32	2.0	33	88	8	100	50	0	0	50	1.00
59956--60072	60	2.0	58	86	6	164	36	11	17	34	1.86
60265--60384	14	8.1	14	72	21	50	60	0	0	37	1.08
60340--60398	8	7.2	8	75	11	57	54	0	1	44	1.10
60340--60420	41	2.0	40	87	2	117	54	0	1	44	1.08
60335--60420	24	3.5	24	74	16	70	54	0	1	44	1.07
64458--64495	18	2.1	19	90	5	60	76	2	18	2	1.02
65523--65617	28	3.4	28	69	15	81	44	0	0	55	0.99
65537--65621	27	3.0	27	74	22	77	45	0	0	54	1.00
65537--65630	13	6.4	16	69	24	66	45	0	0	54	0.99
65589--65632	16	2.8	15	80	10	52	47	0	0	52	1.00
66788--66825	18	2.1	19	90	5	60	31	0	0	68	0.90
66781--66826	18	2.6	18	80	13	58	34	2	0	63	1.07
67772--67844	31	2.4	31	74	4	76	32	2	2	61	1.24
71965--71997	6	5.5	6	96	0	57	21	30	0	48	1.50
71965--72004	18	2.2	18	86	0	53	20	32	2	45	1.64
76575--76634	18	3.5	18	71	17	56	30	5	31	33	1.79
80243--80273	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80243--80292	18	2.8	19	85	14	63	66	2	0	32	1.03
80567--80644	6	13.0	6	70	14	54	64	3	0	32	1.12
80808--80841	13	2.5	14	85	9	52	61	2	0	35	1.11
80806--80871	12	5.5	12	76	7	62	63	1	0	34	1.04
80774--80871	36	2.7	36	85	7	119	61	1	2	35	1.15
80821--80891	24	3.0	23	85	8	88	59	0	0	40	0.98
80858--80901	22	1.9	23	81	9	54	54	0	0	45	0.99
82398--82432	3	12.0	3	93	6	63	68	0	0	31	0.90
82391--82431	17	2.4	17	87	4	55	68	2	2	26	1.15
82843--82879	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
92235--92281	21	2.3	19	77	22	51	25	6	29	38	1.81
99275--99330	22	2.6	21	81	10	60	37	0	0	62	0.95
100983--101101	60	2.0	59	85	4	159	47	9	4	38	1.55
103421--103445	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
105492--105660	58	2.9	57	78	8	189	31	8	12	47	1.72
107176--107210	15	2.4	15	95	4	63	17	20	5	57	1.60
107235--107366	5	26.4	5	85	0	138	19	19	9	51	1.73
107238--107366	15	8.6	15	90	0	159	20	20	9	50	1.75
107235--107367	20	6.7	20	88	0	167	19	19	9	51	1.74
108112--108150	16	2.4	17	84	16	55	10	2	12	74	1.17
108620--108650	16	1.9	16	93	0	53	80	3	0	16	0.83
113626--113692	28	2.4	28	85	5	82	26	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113681--113850	52	3.3	51	75	9	157	31	12	25	29	1.93
113833--113905	27	2.7	27	85	12	96	21	21	34	21	1.97
116334--116359	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
116313--116379	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
116399--116466	19	3.9	19	78	21	94	39	14	11	33	1.83
116421--116445	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
116402--116464	32	2.0	32	100	0	126	38	15	12	33	1.86
116607--116674	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
116609--116671	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
116628--116652	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
116714--116739	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116694--116760	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
119260--119484	52	4.3	51	74	8	141	28	24	12	33	1.93
119298--119693	52	7.6	51	65	16	150	29	25	12	32	1.93
119349--119749	212	1.9	212	89	3	628	28	27	13	30	1.94
119524--119696	52	3.4	51	80	5	204	30	25	12	32	1.92
119091--119692	264	2.3	262	88	4	906	28	25	13	32	1.93
119676--119758	28	3.0	28	84	7	98	24	32	16	26	1.96
120737--120793	21	2.7	21	94	0	96	36	17	10	35	1.84
121544--122494	55	17.3	55	91	3	1417	20	20	30	28	1.98
121864--121949	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
122186--122268	26	3.1	26	62	16	60	14	19	33	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122362--122447	26	3.2	26	64	15	66	19	19	32	27	1.97
123478--123525	24	2.0	25	87	4	71	0	6	8	85	0.74
123462--123526	14	4.4	15	78	9	71	0	10	6	83	0.82
136010--136081	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
136070--136239	52	3.3	50	78	8	144	32	12	24	29	1.93
136222--136323	27	3.7	27	93	3	161	24	21	33	20	1.97
138750--138775	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
138729--138795	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
138815--138869	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
138925--138981	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
145770--145808	13	3.0	13	88	7	53	79	0	5	15	0.90
145773--145817	14	3.1	14	78	12	54	84	0	2	13	0.72
145773--145818	16	2.8	16	87	9	58	82	0	2	15	0.76
145816--145872	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
145928--145995	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
145949--145973	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
145930--145992	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
146035--146060	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
146015--146081	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
148528--148600	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
148583--148753	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
148736--148817	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161190--161252	23	2.6	25	87	7	94	88	9	1	0	0.57
161192--161246	17	3.2	17	89	2	83	90	9	0	0	0.44
161191--161252	29	2.1	29	91	5	99	90	8	1	0	0.52
161192--161252	24	2.6	24	92	2	97	90	8	1	0	0.53
161191--161252	1	62.0	1	80	0	70	90	8	1	0	0.52
162230--162691	55	8.4	55	90	2	732	28	31	19	20	1.97
162507--162589	28	3.0	27	63	13	69	28	33	19	18	1.95
162658--162723	32	2.1	32	88	5	98	25	25	24	24	2.00
162603--162778	87	2.0	87	89	4	266	27	28	22	22	1.99
162547--162833	142	2.0	143	93	2	497	27	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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