genome.fa.s79.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold79
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4189514

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162492--162888	197	2.0	198	94	1	699	27	30	21	20	1.98
162690--163837	55	20.7	55	87	6	1518	27	28	21	22	1.99
164464--164520	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
164576--164643	19	3.9	19	74	21	76	35	10	14	39	1.80
164578--164640	32	2.0	32	93	0	108	34	11	15	38	1.83
171066--171091	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
171101--171157	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
171213--171280	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
171234--171258	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
171215--171277	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
171320--171345	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
171300--171366	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
173815--173887	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
173870--174040	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
174023--174104	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
177279--179039	42	40.6	42	75	10	1427	11	33	18	36	1.87
177279--179062	131	13.7	131	88	5	2517	11	32	18	36	1.87
177279--179013	89	20.0	87	73	11	961	11	33	18	36	1.87
178983--179062	42	1.9	42	84	5	108	11	27	18	42	1.84
179656--179690	15	2.4	15	95	4	63	17	20	5	57	1.60
179715--179811	5	19.4	5	89	0	122	20	19	7	52	1.69
179884--179923	16	2.4	16	83	4	53	75	0	2	22	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181062--181092	16	1.9	16	93	0	53	80	3	0	16	0.83
182314--182515	79	2.6	79	82	3	219	28	16	29	25	1.97
182470--182546	28	2.8	28	85	0	91	23	20	33	22	1.97
182565--182701	52	2.6	52	80	8	154	33	12	24	29	1.92
182688--182756	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
182474--182871	214	1.9	213	89	2	620	30	12	26	29	1.93
185245--185270	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
185224--185290	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
185310--185377	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
185332--185356	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
185313--185375	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
185564--185617	23	2.3	22	76	23	56	55	5	9	29	1.54
186952--186979	8	3.5	8	100	0	56	35	10	25	28	1.89
188411--188464	23	2.3	22	76	23	56	55	5	9	29	1.54
189991--190017	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
190143--190184	20	2.2	20	87	8	61	47	21	2	28	1.63
196181--196248	20	3.8	20	69	25	69	36	16	13	33	1.87
196201--196264	13	5.4	13	73	21	59	35	14	15	34	1.88
196179--196280	33	3.1	33	90	2	152	36	17	13	32	1.89
200793--200868	20	3.8	19	81	5	80	39	13	10	36	1.79
201775--201867	32	3.1	31	80	10	95	32	17	22	27	1.96
201821--202121	28	10.6	28	88	2	404	22	17	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203371--203469	9	10.9	9	76	14	80	2	3	11	83	0.83
203371--203458	20	4.3	20	81	9	99	1	2	11	85	0.75
203371--203456	28	3.2	28	87	9	110	1	2	11	84	0.76
203385--203457	28	2.5	29	93	4	121	1	2	10	84	0.78
203371--203458	1	88.0	1	74	0	59	1	2	11	85	0.75
203371--203458	19	4.5	18	80	14	86	1	2	11	85	0.75
215760--215788	10	2.7	11	94	5	51	55	0	10	34	1.34
217418--217472	20	2.8	20	100	0	110	34	14	10	40	1.81
217488--217650	39	4.4	38	78	12	187	40	12	14	32	1.83
217488--217581	19	4.8	20	86	3	138	38	14	12	34	1.85
217418--217650	109	2.1	109	90	5	364	39	12	14	33	1.84
217595--217650	19	2.8	20	81	2	78	42	10	12	33	1.77
217525--217661	70	2.0	70	92	2	231	43	11	14	30	1.81
220605--220647	18	2.3	19	84	4	61	41	2	0	55	1.12
220961--221050	38	2.4	37	82	14	105	46	1	1	51	1.15
221540--221571	17	1.9	17	93	6	57	75	0	21	3	0.95
221598--221639	14	3.2	13	80	9	50	47	0	0	52	1.00
221698--221739	12	3.4	12	81	15	50	30	0	0	69	0.89
222333--222367	17	2.0	18	88	5	54	77	0	0	22	0.78
225508--225550	21	2.1	21	82	4	52	44	13	4	37	1.65
225995--226064	16	4.4	16	70	10	63	41	5	5	47	1.51
226476--226523	3	15.7	3	91	4	78	33	0	2	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227333--227391	16	3.4	16	77	22	66	42	0	5	52	1.23
227333--227388	5	10.8	5	79	7	58	42	0	5	51	1.24
227382--227423	16	2.6	16	88	0	66	45	9	0	45	1.36
227417--227452	11	3.3	11	85	14	56	44	0	8	47	1.33
227788--227837	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
230216--230247	11	2.9	11	95	0	55	68	0	0	31	0.90
230231--230342	60	1.9	59	81	9	138	54	0	1	42	1.17
230258--230339	33	2.5	33	86	7	114	54	0	0	45	0.99
230270--230337	17	3.9	19	71	26	62	54	0	0	45	0.99
230283--230337	17	3.4	17	75	25	64	56	0	0	43	0.99
230812--230977	78	2.1	78	96	0	305	20	28	10	40	1.85
231098--231200	15	7.1	15	73	15	92	51	1	6	39	1.40
231093--231200	31	3.8	30	72	18	95	50	1	7	39	1.41
231377--231428	22	2.4	22	93	0	86	59	3	1	34	1.27
232648--232682	16	2.2	16	89	0	52	45	20	14	20	1.85
234811--234893	32	2.6	32	82	5	105	42	0	0	57	0.98
235966--236022	21	2.7	21	78	13	64	40	0	0	59	0.97
236060--236093	12	2.7	13	90	4	52	32	0	0	67	0.91
236282--236326	13	3.4	13	84	3	63	57	2	0	40	1.11
236282--236333	14	3.9	14	80	7	63	53	1	0	44	1.11
236652--236692	15	2.6	16	81	14	50	53	0	0	46	1.00
241261--241298	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243330--243370	20	2.0	20	85	0	55	63	2	0	34	1.08
243729--243773	21	2.0	22	87	12	65	51	0	0	48	1.00
243729--243817	21	4.0	21	70	14	63	44	1	0	53	1.07
244146--244172	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
244793--244855	25	2.7	23	79	13	65	61	1	0	36	1.05
244834--244985	72	2.1	70	84	2	187	55	0	3	40	1.16
244883--244968	45	1.9	45	81	13	106	63	0	0	36	0.94
244817--245019	64	3.1	64	78	12	157	56	0	2	41	1.13
244976--245034	23	2.5	23	77	5	64	57	0	0	42	0.98
245083--245115	14	2.4	14	90	5	50	72	6	0	21	1.05
247373--247411	20	2.0	20	85	5	53	41	2	5	51	1.38
247423--247491	30	2.3	31	85	7	88	44	1	0	53	1.09
247469--247526	30	2.0	29	82	3	71	36	5	0	58	1.20
248298--248331	18	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
255073--255125	2	28.5	2	78	14	60	41	0	0	58	0.98
255205--255276	10	7.3	9	76	14	63	65	2	0	31	1.07
255189--255276	30	2.8	32	81	11	103	63	2	0	34	1.07
262156--262188	15	2.3	15	89	5	50	9	12	0	78	0.95
263299--263350	11	5.1	11	71	23	51	55	0	1	42	1.10
264311--264354	17	2.6	17	82	3	54	27	2	11	59	1.44
265711--265745	2	17.5	2	87	0	52	42	0	5	51	1.25
265711--265745	12	2.9	12	95	0	61	42	0	5	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266913--266961	3	15.7	3	87	12	64	61	0	0	38	0.96
266915--266967	9	5.6	10	87	12	69	62	0	0	37	0.96
266975--267020	21	2.3	20	85	14	60	23	2	2	71	1.08
267294--267324	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
268560--268628	28	2.5	28	83	9	88	56	8	1	33	1.39
270932--270983	12	3.9	13	83	16	63	59	0	0	40	0.97
271310--271344	2	18.0	2	88	5	54	51	0	0	48	1.00
272570--272638	28	2.5	28	83	9	88	56	8	1	33	1.39
284050--284157	51	2.1	51	89	0	162	29	16	10	43	1.81
284125--284199	20	3.8	20	81	0	96	32	14	13	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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