genome.fa.s82.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold82
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2626005

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1871629--1871653	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
1872490--1872645	77	2.0	78	92	1	260	46	11	12	29	1.77
1877908--1878119	110	1.9	110	94	1	372	57	16	7	18	1.61
1878273--1878305	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
1878672--1878727	20	2.8	20	89	2	78	33	14	12	39	1.83
1879744--1879806	24	2.6	24	80	14	67	46	0	0	53	1.00
1879749--1879812	32	2.0	32	84	6	85	46	0	0	53	1.00
1879814--1879857	13	3.4	13	78	12	54	36	0	6	56	1.26
1879786--1879867	26	3.1	25	86	8	101	35	0	4	59	1.19
1880142--1880235	37	2.5	37	92	0	152	35	14	14	35	1.88
1880931--1880969	18	2.1	19	85	9	53	71	0	0	28	0.86
1882628--1882654	13	2.1	13	100	0	54	44	0	14	40	1.46
1882820--1882845	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
1883993--1884060	20	3.4	20	76	11	68	63	2	0	33	1.10
1885207--1885248	22	1.9	22	85	9	59	16	9	0	73	1.08
1885850--1885883	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
1886363--1886396	17	1.9	17	94	5	59	17	5	0	76	0.98
1887654--1887697	16	2.6	18	75	14	56	54	2	2	40	1.25
1887761--1887826	32	2.1	31	88	2	96	54	1	0	43	1.09
1888453--1888496	17	2.5	17	82	13	54	56	2	4	36	1.32
1888910--1888995	35	2.4	36	79	14	106	47	2	0	50	1.14
1888913--1888978	34	1.9	34	84	9	89	51	3	0	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1889313--1889533	8	27.4	8	71	17	138	33	6	1	59	1.31
1889318--1889525	3	71.3	3	68	20	97	32	6	1	59	1.31
1889604--1889722	24	4.9	24	69	19	77	27	1	5	65	1.23
1889694--1889743	11	4.4	11	78	16	57	28	0	0	72	0.86
1889694--1889742	23	2.1	23	85	11	64	26	0	0	73	0.83
1889693--1889740	20	2.4	21	82	10	64	29	0	0	70	0.87
1889783--1889833	20	2.5	20	78	6	59	49	5	0	45	1.26
1900218--1900504	68	4.2	67	77	3	236	37	20	14	27	1.91
1900240--1900491	136	1.9	136	82	1	317	38	19	14	27	1.90
1905471--1905687	34	6.4	34	84	2	267	25	7	25	41	1.82
1905492--1905686	102	1.9	102	93	0	336	25	8	25	40	1.84
1905995--1906038	19	2.3	19	88	7	63	29	18	18	34	1.94
1910105--1910323	34	6.5	34	83	0	251	25	6	26	41	1.79
1910105--1910325	102	2.2	101	89	3	336	25	6	26	41	1.79
1916286--1916364	38	2.1	38	87	0	113	30	12	16	40	1.86
1917319--1917385	29	2.3	29	84	7	82	43	1	2	52	1.25
2072416--2072458	12	3.5	12	81	6	50	51	4	0	44	1.22
2075195--2075249	21	2.5	22	85	2	67	52	0	0	47	1.00
2076505--2076550	20	2.3	20	84	0	56	32	6	52	8	1.58
2076625--2076693	27	2.5	27	88	6	95	46	21	8	23	1.79
2078579--2078624	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2081203--2081268	27	2.4	27	82	7	80	48	16	6	28	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083479--2083543	33	2.0	33	81	6	78	73	1	1	23	1.00
2083658--2083734	22	3.5	22	70	22	81	25	20	9	44	1.81
2083632--2083755	43	2.9	43	92	2	196	27	19	8	45	1.78
2083637--2083710	21	3.5	21	68	23	64	24	21	9	44	1.82
2083743--2083811	5	13.8	5	85	0	84	21	21	5	50	1.69
2083743--2083823	15	5.5	15	82	8	78	20	22	7	49	1.74
2097304--2098066	42	17.8	41	79	8	688	12	30	20	36	1.90
2097373--2097475	53	2.0	51	84	3	134	15	27	21	35	1.93
2097437--2098066	85	7.4	82	82	7	647	13	30	20	36	1.91
2097301--2098029	212	3.4	211	82	6	869	12	30	20	36	1.90
2097301--2098066	170	4.5	169	81	7	807	12	30	20	36	1.90
2098526--2098602	22	3.5	22	70	22	81	25	20	9	44	1.81
2098500--2098623	43	2.9	43	92	2	196	27	19	8	45	1.78
2098505--2098578	21	3.5	21	68	23	64	24	21	9	44	1.82
2098611--2098709	5	19.8	5	88	0	117	21	21	7	50	1.72
2098611--2098721	15	7.5	15	85	6	111	20	21	8	49	1.74
2101185--2101453	142	1.9	142	94	0	475	34	22	17	25	1.96
2106583--2106981	89	4.5	90	74	8	314	30	15	23	30	1.95
2106696--2107734	31	34.3	31	74	10	428	27	19	24	29	1.98
2106696--2107588	60	14.8	60	74	9	482	27	18	24	29	1.98
2106696--2106927	90	2.6	89	80	8	247	31	17	22	29	1.96
2106701--2107070	179	2.1	178	83	8	466	30	16	23	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106484--2107081	29	20.2	29	75	9	406	29	16	24	30	1.96
2106730--2107094	89	4.1	89	73	11	219	29	16	23	30	1.96
2106822--2107139	90	3.5	90	75	9	208	30	17	22	29	1.96
2107244--2107299	29	1.9	29	92	0	94	21	17	30	30	1.96
2107105--2107554	183	2.5	184	82	2	487	24	21	25	28	1.99
2107543--2107618	29	2.7	29	85	2	100	30	9	26	34	1.87
2107318--2107703	151	2.5	151	81	5	393	27	20	22	29	1.98
2117397--2117436	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
2117907--2117945	19	2.1	19	85	0	51	64	2	0	33	1.08
2119387--2119426	20	2.0	21	95	5	73	55	0	0	45	0.99
2119464--2119517	16	3.7	14	79	16	65	29	0	1	68	1.00
2119464--2119518	28	2.0	28	85	0	74	30	0	1	67	1.01
2119479--2119524	16	2.8	17	80	12	60	32	0	0	67	0.91
2119455--2119524	33	2.1	33	82	10	81	32	0	1	65	1.01
2120036--2120095	19	3.3	17	74	21	59	25	1	5	68	1.19
2124407--2124490	42	2.0	42	92	0	141	27	11	20	40	1.87
2129099--2129215	36	3.2	40	62	25	101	34	17	15	33	1.91
2129082--2129223	71	2.0	71	98	0	275	37	16	14	30	1.90
2130646--2130680	18	1.9	18	88	0	52	57	17	8	17	1.64
2132099--2132429	68	4.9	68	81	3	310	38	19	13	27	1.90
2132099--2132487	68	5.8	66	79	5	271	38	21	13	26	1.91
2132407--2132706	149	2.0	149	84	0	384	40	18	11	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134306--2134595	151	1.9	153	87	1	431	31	25	15	27	1.96
2138518--2138612	36	2.9	32	79	13	97	28	24	14	32	1.95
2139064--2139136	22	3.3	22	86	0	101	36	15	17	30	1.91
2139170--2139221	20	2.7	19	85	11	70	42	15	15	26	1.87
2139664--2139701	19	2.0	20	89	5	60	57	2	5	34	1.35
2146199--2146233	18	1.9	18	88	0	52	42	2	20	34	1.66
2146883--2147202	160	2.0	160	97	0	604	31	15	12	40	1.85
2151070--2151111	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2152335--2152398	32	1.9	34	84	6	87	46	1	3	48	1.27
2153008--2153093	9	9.9	9	73	23	53	26	1	1	70	1.01
2152999--2153092	12	8.2	12	68	21	51	26	1	2	70	1.05
2153008--2153083	16	4.6	16	75	18	59	27	1	1	69	1.04
2153059--2153093	4	8.8	4	87	12	54	22	0	0	77	0.78
2153051--2153129	12	6.7	11	77	13	70	21	1	2	74	1.01
2157453--2157510	28	2.1	28	96	0	107	20	13	17	48	1.81
2159932--2160106	68	2.6	68	78	3	208	38	18	15	27	1.91
2165513--2165543	14	2.2	14	100	0	62	41	0	6	51	1.27
2172946--2173601	27	24.0	27	91	1	997	23	33	14	28	1.94
2172946--2173601	136	4.8	136	90	2	1003	23	33	14	28	1.94
2173584--2174089	32	15.8	32	95	0	861	30	34	18	15	1.92
2175727--2175759	14	2.4	14	100	0	66	42	0	6	51	1.26
2176889--2176927	2	19.5	2	89	0	60	43	0	5	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178056--2178092	2	18.5	2	88	0	56	43	0	5	51	1.24
2180555--2180600	18	2.3	20	85	10	60	36	6	2	54	1.39
2183228--2183279	20	2.5	20	75	3	50	32	13	11	42	1.80
2187631--2187689	25	2.4	24	83	13	75	45	3	0	50	1.18
2188238--2188386	74	2.0	74	80	2	165	43	10	3	42	1.54
2188529--2188574	22	2.0	24	87	8	69	19	0	2	78	0.86
2188734--2188779	23	2.0	23	87	8	67	41	0	0	58	0.98
2189121--2189163	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
2191250--2191294	17	2.3	21	67	28	53	35	28	0	35	1.58
2191257--2191292	17	2.1	17	94	0	63	41	27	0	30	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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