genome.fa.s82.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold82
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2626005

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735586--735664	21	3.8	20	83	5	86	34	13	13	37	1.85
736596--736654	12	5.3	11	82	10	75	86	10	1	1	0.72
736596--736654	21	2.6	22	87	12	77	86	10	1	1	0.72
736594--736654	31	2.0	31	87	3	88	85	11	1	1	0.75
736596--736632	10	3.6	10	96	3	65	91	8	0	0	0.41
736597--736654	7	7.6	8	74	14	52	86	10	1	1	0.73
742878--742902	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
743927--743993	21	2.7	27	65	28	65	47	0	0	52	1.00
745325--745371	25	1.9	25	86	4	69	80	10	6	2	0.96
746787--746819	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
746791--746831	10	4.1	10	87	0	55	41	2	2	53	1.27
747278--747309	16	1.9	17	93	6	57	28	12	3	56	1.51
750165--750195	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
750724--750759	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
750813--750856	22	2.0	23	86	4	63	52	4	0	43	1.22
757463--757487	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
757528--757593	32	2.0	33	88	2	98	36	15	12	36	1.84
761505--761624	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
761505--761644	52	2.7	52	86	4	185	29	17	20	33	1.95
761633--761657	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
761698--761764	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
761720--761744	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764258--764301	22	2.0	23	86	4	63	43	0	4	52	1.22
764355--764390	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
764919--764949	16	1.9	16	93	0	53	22	3	0	74	0.96
765898--765928	9	3.4	9	95	0	53	22	0	0	77	0.77
767818--767849	16	1.9	17	93	6	57	56	3	12	28	1.51
768296--768344	10	4.9	10	89	0	62	53	2	2	42	1.24
768308--768344	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
769760--769806	24	1.9	25	86	4	69	2	6	10	80	0.96
770889--770921	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
771161--771200	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
772235--772259	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
773268--773293	12	2.2	12	100	0	52	23	26	34	15	1.94
777973--777998	12	2.2	12	100	0	52	23	26	34	15	1.94
779642--780097	152	3.0	154	88	1	648	37	13	19	29	1.90
782241--782338	20	4.9	20	83	5	126	31	14	13	40	1.84
783247--783285	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
789389--789436	16	3.1	16	80	20	57	70	10	14	4	1.29
790778--791243	27	17.1	27	85	3	540	25	31	13	28	1.94
790778--791243	55	8.6	54	84	4	571	25	31	13	28	1.94
790778--791240	82	5.7	81	83	5	522	26	31	13	28	1.94
791169--791802	28	21.8	28	83	4	448	29	28	18	23	1.98
791307--791530	32	7.1	33	88	6	254	31	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791307--791515	64	3.3	64	87	4	314	31	26	21	20	1.98
791307--791515	96	2.2	96	87	6	307	31	26	21	20	1.98
790947--791803	56	15.0	56	80	6	457	28	29	17	24	1.97
791908--792088	49	3.8	49	86	5	271	19	28	19	32	1.96
791877--792086	94	2.2	94	90	3	325	21	27	18	32	1.97
791883--792086	49	4.3	47	82	7	245	21	27	18	32	1.96
792456--792573	20	5.9	20	73	7	114	34	15	12	37	1.85
792456--792570	40	2.9	40	94	0	194	35	14	13	36	1.85
798906--798952	16	3.1	16	79	17	64	55	0	2	42	1.12
798906--798971	29	2.4	28	87	5	89	56	0	1	42	1.08
798908--798956	14	3.4	14	81	15	64	53	0	2	44	1.12
798908--798962	14	3.9	13	77	15	56	49	0	1	49	1.11
799755--799798	22	2.0	21	87	12	63	40	0	0	59	0.98
800086--800119	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
801707--801751	22	2.0	23	87	8	67	2	13	2	82	0.86
802262--802291	15	2.1	14	93	6	51	56	13	0	30	1.37
803428--803476	13	3.8	14	74	20	52	2	16	0	81	0.78
803428--803471	21	2.1	21	88	12	65	2	15	0	81	0.78
803635--803674	17	2.4	16	87	4	62	55	0	0	45	0.99
804732--804784	25	2.1	25	85	0	70	50	9	7	32	1.62
804780--804804	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
807939--807978	20	2.0	20	85	0	53	22	15	20	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808310--808358	24	2.0	24	96	0	89	48	10	10	30	1.70
808227--808561	164	2.0	164	100	0	670	39	13	10	37	1.79
808474--808522	24	2.0	24	96	0	89	48	10	10	30	1.70
812747--812785	19	2.1	19	85	0	51	61	7	5	25	1.44
813975--814032	21	2.7	22	81	5	66	67	3	0	29	1.07
814174--814306	69	1.9	69	86	3	187	48	7	8	36	1.62
815209--815284	33	2.3	33	90	2	118	47	13	11	27	1.77
818919--818957	14	2.7	15	92	8	71	58	10	0	30	1.31
822890--823008	32	4.0	31	76	9	113	52	4	10	31	1.55
830893--830931	19	2.1	18	85	4	51	69	2	7	20	1.26
832493--832628	70	1.9	72	88	5	206	46	5	8	40	1.56
834231--834293	21	3.0	22	73	23	71	65	1	6	26	1.26
834253--834314	12	4.8	12	74	20	54	67	0	4	27	1.10
835219--835246	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
835245--835275	14	2.1	15	94	5	55	0	29	0	70	0.87
836169--836199	16	2.0	16	93	6	55	54	0	6	38	1.26
840675--840762	34	2.6	33	75	10	90	60	3	1	35	1.21
840779--840809	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
841990--842056	26	2.6	24	75	15	62	37	0	0	62	0.95
842896--842952	19	3.0	19	89	0	87	29	26	17	26	1.97
847015--847061	22	2.1	22	88	0	67	14	6	27	51	1.67
847038--847220	34	5.4	34	86	2	233	23	6	27	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847663--847705	16	2.7	16	85	7	52	67	0	0	32	0.91
847657--847713	25	2.3	26	78	9	64	63	0	0	36	0.95
847686--847711	9	2.9	9	100	0	52	65	0	0	34	0.93
848470--848522	20	2.7	20	79	5	63	69	0	0	30	0.88
848468--848514	17	2.9	16	80	20	62	65	0	0	34	0.93
848463--848524	33	1.9	32	83	9	81	64	0	1	33	1.03
849531--849565	17	1.9	19	88	11	56	57	0	0	42	0.99
850071--850110	15	2.7	15	88	3	55	62	0	0	37	0.95
850086--850145	11	6.0	10	76	20	63	61	0	0	38	0.96
850069--850140	25	2.7	26	78	19	78	62	0	0	37	0.95
850083--850154	25	2.8	24	75	10	72	59	0	0	40	0.97
850254--850293	18	2.2	18	86	0	53	57	0	0	42	0.98
850829--850920	34	2.5	37	75	12	91	46	0	0	53	1.00
852525--852580	19	3.2	17	73	21	53	35	3	1	58	1.26
852599--852645	21	2.3	20	85	10	60	46	2	0	51	1.13
853143--853179	15	2.4	16	83	16	51	70	0	0	29	0.88
853702--853754	15	3.6	16	76	21	53	37	0	9	52	1.34
853693--853757	28	2.2	29	81	8	78	46	0	7	46	1.31
853868--854241	195	1.9	193	79	8	407	42	2	5	49	1.39
857999--858049	18	2.7	18	77	22	52	39	1	0	58	1.09
857971--858201	123	1.8	125	84	12	314	41	2	0	54	1.20
859374--859419	12	3.8	12	80	5	56	71	2	0	26	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859711--859747	19	1.9	19	94	0	65	72	0	0	27	0.84
860080--860104	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
860210--860257	17	2.7	18	80	9	53	41	0	6	52	1.27
860461--860513	21	2.5	21	90	0	88	52	3	0	43	1.19
860461--860512	22	2.4	21	93	3	86	51	3	0	44	1.19
860591--860638	17	2.7	18	80	9	53	41	0	6	52	1.27
860701--860748	25	1.9	25	86	0	69	64	0	0	35	0.94
860819--860866	6	8.0	6	100	0	96	83	0	0	16	0.65
859511--861594	755	2.8	741	89	4	3250	46	6	7	39	1.59
861201--861244	19	2.3	19	84	0	52	75	0	0	25	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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