genome.fa.s82.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold82
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2626005

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861200--861242	6	7.0	6	84	5	50	74	0	0	25	0.82
859511--861593	379	5.6	373	89	4	3122	46	6	7	39	1.59
861564--861594	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
868703--868749	24	2.0	24	82	0	58	14	21	23	40	1.90
869114--869148	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
871806--871841	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
872765--872820	24	2.4	23	80	13	62	55	0	1	42	1.10
873546--873693	73	2.0	73	82	2	179	40	6	6	47	1.53
873877--873901	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
873870--873907	20	1.9	20	84	10	51	34	0	0	65	0.93
874553--874591	16	2.4	17	82	8	53	46	0	0	53	1.00
875536--875574	13	2.9	14	88	7	55	46	0	0	53	1.00
877249--877300	20	2.6	21	87	9	81	40	9	17	32	1.82
877249--877317	20	3.4	21	84	9	74	37	10	20	31	1.86
878879--878948	35	2.0	35	100	0	140	25	14	20	40	1.90
879830--880243	79	5.3	78	79	7	421	29	22	10	36	1.88
880037--880173	72	1.9	72	86	3	195	32	21	8	37	1.83
886629--886687	28	2.0	28	83	6	73	49	0	3	47	1.18
886665--886718	22	2.3	23	78	12	58	46	0	0	53	1.00
886782--886830	25	2.0	25	100	0	98	36	6	16	40	1.73
887434--887486	9	5.7	9	78	14	54	71	0	1	26	0.96
887434--887486	19	2.8	19	83	8	72	71	0	1	26	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887533--887683	2	81.0	2	75	16	110	49	4	2	43	1.37
887571--887683	13	8.9	13	75	12	83	52	1	2	43	1.25
887769--888239	89	5.3	89	85	3	639	35	15	17	30	1.92
887768--888239	172	2.7	174	86	2	651	35	16	17	30	1.92
891206--891259	20	2.7	20	79	0	63	35	11	12	40	1.79
891156--891310	71	2.2	70	90	1	247	29	15	12	43	1.83
892176--892216	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
893071--893247	72	2.5	72	99	0	345	36	13	14	35	1.86
893215--893282	20	3.8	20	72	25	78	38	17	11	32	1.86
893238--893262	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
893213--893314	33	3.1	33	90	2	161	38	18	12	30	1.88
893268--893298	13	2.4	13	94	0	53	38	12	19	29	1.89
893343--893397	19	2.8	19	83	2	65	38	20	12	29	1.89
893383--893409	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
894596--894667	28	2.6	27	89	8	101	25	19	33	22	1.97
894525--894718	107	1.8	107	81	6	241	34	14	24	26	1.94
894655--894769	51	2.3	51	84	0	158	30	9	26	33	1.88
894782--895235	51	8.7	51	68	14	255	32	12	26	28	1.93
894707--894882	80	2.2	79	85	5	246	29	13	27	28	1.94
894835--895015	27	6.7	27	68	15	106	27	17	29	25	1.97
894779--895065	107	2.7	106	91	2	459	30	14	27	27	1.95
895000--895234	51	4.6	51	83	1	281	34	11	24	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894996--895234	102	2.3	104	85	2	331	33	11	25	30	1.91
897659--897710	21	2.6	21	90	6	81	34	15	11	38	1.83
900508--900534	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
906650--906703	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
906733--906785	19	2.7	20	91	2	81	37	16	15	30	1.90
909904--909953	25	2.0	25	100	0	100	56	12	16	16	1.68
910536--910699	9	18.4	9	73	18	112	45	1	1	50	1.22
910543--910699	2	85.0	2	74	21	130	46	1	1	50	1.20
910536--910699	55	3.1	54	74	14	151	45	1	1	50	1.22
910642--910700	5	11.2	5	79	16	66	55	3	0	40	1.16
910897--910941	13	3.3	13	87	6	54	68	4	0	26	1.08
916051--916096	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
924732--924854	60	2.0	60	96	0	228	34	15	25	25	1.95
925842--925893	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
925850--925912	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
925842--925914	32	2.3	32	100	0	146	34	19	12	34	1.89
928384--928415	15	2.3	15	89	10	50	53	6	0	40	1.26
928532--928586	23	2.4	23	82	8	69	45	5	9	40	1.59
932491--932516	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
933394--933987	49	12.8	49	78	10	492	31	18	24	26	1.97
933539--933922	126	2.9	136	83	7	388	29	18	25	26	1.98
933640--933922	39	6.7	39	77	12	242	28	19	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933591--933794	87	2.3	88	88	0	320	28	19	25	25	1.99
933679--933986	39	6.9	46	78	11	265	31	19	23	25	1.98
933640--933922	126	2.2	127	89	2	424	28	19	25	26	1.99
933766--933993	92	2.5	91	89	4	331	32	19	23	25	1.98
934101--934158	27	2.2	26	84	6	80	34	12	31	22	1.91
934082--934443	34	11.4	28	73	20	115	36	11	30	21	1.89
934127--934422	34	9.0	34	81	9	371	38	11	30	19	1.88
934082--934422	127	2.6	128	89	5	497	37	11	30	20	1.88
934254--934915	68	10.4	68	74	14	346	34	12	29	22	1.92
934287--934915	61	10.0	62	72	14	285	34	13	29	22	1.92
934127--934443	163	2.0	161	87	3	458	36	11	30	20	1.89
934356--935017	30	21.3	30	72	15	292	34	13	29	23	1.93
934478--934668	63	3.1	61	82	7	249	33	15	27	24	1.95
934518--934695	95	1.9	94	82	5	223	31	15	28	24	1.96
934417--934701	125	2.3	125	76	11	319	34	13	27	24	1.93
934665--934916	34	7.9	33	73	17	214	35	12	30	21	1.91
934669--934945	95	3.0	90	79	12	301	34	13	29	22	1.92
934855--934923	34	2.0	34	91	0	111	37	11	30	20	1.88
934424--935017	61	9.5	61	73	14	306	33	13	28	23	1.93
936246--936283	11	3.5	11	86	13	60	0	0	15	84	0.63
943392--943416	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
943372--943434	33	1.9	33	87	6	92	41	14	12	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944556--944597	13	3.3	12	81	18	50	80	0	16	2	0.81
944576--944613	18	2.1	19	85	5	51	73	0	18	7	1.06
945017--945060	21	2.0	22	95	4	81	50	4	0	45	1.22
945051--945120	4	17.2	4	83	14	81	71	0	1	27	0.94
945169--945390	39	5.5	39	74	12	198	24	20	11	43	1.85
945160--945394	43	5.7	43	72	16	185	24	20	11	42	1.85
945219--945297	25	3.5	24	70	24	80	24	18	10	46	1.80
945160--945380	82	2.7	81	85	6	279	24	20	11	42	1.85
947173--947265	19	5.6	18	72	27	89	32	12	17	37	1.88
947189--947247	13	4.1	13	76	23	64	30	13	16	38	1.88
947173--947271	32	3.1	32	97	0	180	32	12	17	38	1.86
947297--947365	34	2.0	34	85	0	93	27	15	15	40	1.88
950568--950685	51	2.3	51	88	0	164	31	10	27	31	1.90
950495--950895	130	3.1	128	83	5	491	33	12	24	29	1.92
953187--953241	20	2.8	20	85	0	83	47	12	10	29	1.76
956043--956722	340	2.0	340	100	0	1360	25	17	14	41	1.88
960107--960256	79	1.9	78	87	4	223	33	14	26	25	1.94
960188--960475	153	1.9	153	82	5	359	32	12	26	28	1.92
960188--960474	51	5.6	50	83	4	308	32	12	26	28	1.92
960194--960475	102	2.8	101	85	4	370	32	12	25	29	1.92
962836--962861	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
962815--962881	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962901--962968	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
962923--962947	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
962904--962966	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
963024--963080	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
963704--964876	55	21.3	55	92	4	1774	20	20	29	29	1.98
963970--964059	26	3.3	26	68	14	74	20	17	33	28	1.95
964000--964088	29	3.2	29	67	20	89	19	19	33	28	1.96
963704--964876	220	5.3	220	95	1	2011	20	20	29	29	1.98
964714--964799	27	3.1	27	62	15	68	27	19	24	27	1.99
965858--965906	1	49.0	1	79	0	53	0	4	6	89	0.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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