genome.fa.s82.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold82
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2626005

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191257--2191302	17	2.6	17	86	3	56	43	26	2	28	1.66
2193641--2193841	79	2.5	79	82	3	217	28	16	30	24	1.96
2193856--2194192	52	6.4	52	68	17	194	31	12	26	29	1.93
2194012--2194082	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
2194071--2194189	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
2196559--2196584	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2196538--2196604	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2196646--2196670	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2196627--2196689	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
2196624--2196691	19	3.9	19	76	21	76	39	14	10	35	1.80
2204832--2204865	9	3.9	9	84	7	52	88	11	0	0	0.52
2204839--2204877	10	3.6	10	86	13	51	84	10	2	2	0.81
2205976--2206011	8	4.5	8	96	0	63	41	25	8	25	1.83
2206126--2206675	31	17.7	31	77	12	341	21	32	14	31	1.94
2206256--2206354	30	3.2	30	94	2	162	25	26	18	30	1.98
2206387--2206675	27	9.6	27	76	14	164	21	34	13	30	1.92
2206387--2206618	61	3.8	61	85	8	264	20	36	13	29	1.91
2206528--2206699	62	2.8	59	79	13	186	20	34	13	31	1.91
2206686--2206878	33	6.0	32	88	5	293	29	35	18	17	1.94
2206684--2206878	65	3.0	65	91	3	313	28	35	17	17	1.94
2206886--2207307	52	8.9	43	77	16	376	25	25	17	31	1.97
2206967--2207414	52	9.0	52	80	10	472	25	25	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206886--2207346	239	1.9	239	95	0	841	25	25	17	32	1.97
2208276--2208404	52	2.5	52	93	0	222	30	17	17	35	1.92
2208276--2208424	52	2.9	51	87	4	210	31	16	17	34	1.93
2208393--2208458	20	3.7	20	73	26	83	39	15	18	27	1.90
2208413--2208504	13	7.9	13	69	28	82	36	14	17	31	1.89
2208392--2208504	33	3.4	33	92	3	174	38	14	17	30	1.89
2208413--2208525	34	3.4	34	92	3	176	36	13	17	32	1.89
2208567--2208591	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2211924--2211959	18	2.0	18	100	0	72	44	11	5	38	1.63
2212353--2212381	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2214534--2214596	20	3.4	19	77	20	62	31	4	0	63	1.15
2215136--2215182	12	4.0	12	77	5	51	23	4	2	70	1.16
2215137--2215182	23	2.0	24	86	4	67	23	4	2	69	1.17
2215272--2215387	57	2.0	59	83	6	148	39	11	2	46	1.53
2215498--2215584	27	3.1	28	79	14	83	31	2	1	65	1.12
2215520--2215578	11	5.5	11	76	15	61	32	1	0	66	1.02
2215499--2215596	16	6.1	16	76	6	92	32	2	1	64	1.12
2215623--2215667	14	2.8	17	72	27	53	44	0	0	55	0.99
2215611--2215659	14	3.4	14	86	11	64	44	0	0	55	0.99
2216054--2216111	17	3.2	18	79	16	57	53	1	0	44	1.10
2216440--2216486	11	4.2	11	80	20	53	72	2	2	23	1.06
2216453--2216529	22	3.4	21	75	20	66	64	5	2	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216782--2216809	13	2.2	13	100	0	56	42	0	7	50	1.30
2216066--2217331	686	1.9	667	84	7	1728	46	6	4	43	1.47
2216171--2217549	686	2.0	677	80	9	1527	45	7	5	41	1.54
2219522--2219546	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2219501--2219562	33	1.9	32	90	3	97	29	14	14	41	1.85
2219531--2219587	20	3.0	20	76	7	64	31	15	15	36	1.90
2219634--2219658	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
2220770--2220800	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
2226785--2226851	33	2.0	33	88	0	98	23	29	17	28	1.97
2227644--2227696	20	2.7	20	91	2	81	30	15	18	35	1.92
2227610--2227672	33	1.9	33	87	9	94	30	12	15	41	1.85
2227725--2227793	33	2.1	33	91	5	113	33	13	17	36	1.88
2227739--2227793	13	4.7	13	72	25	59	34	12	18	34	1.89
2235812--2235887	22	3.4	22	80	8	91	34	2	32	30	1.72
2236441--2236496	20	2.9	19	86	5	78	32	16	16	35	1.90
2236551--2236608	20	3.0	20	81	16	70	31	13	17	37	1.89
2236558--2236616	17	3.3	17	90	7	82	27	13	18	40	1.88
2237396--2237459	30	2.2	29	83	8	76	59	3	4	32	1.34
2238744--2238796	19	2.7	21	88	8	76	26	15	16	41	1.88
2240314--2240340	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2241650--2241690	12	3.3	12	93	3	64	2	26	0	70	0.99
2241978--2242063	34	2.4	34	86	9	111	65	3	0	31	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242023--2242083	24	2.6	22	87	7	77	67	1	0	31	1.01
2242083--2242131	20	2.5	18	78	18	53	4	16	0	79	0.88
2242273--2242321	19	2.6	19	84	15	66	61	0	0	38	0.96
2242297--2242330	12	3.1	11	88	12	52	67	0	0	32	0.91
2244387--2244420	13	2.6	13	90	0	50	64	8	26	0	1.22
2249096--2249129	6	5.8	6	96	3	61	52	17	14	14	1.74
2250120--2250146	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
2251161--2251227	33	2.0	33	85	5	91	34	14	17	32	1.91
2254424--2254454	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2264250--2264309	20	3.0	21	80	7	79	40	16	5	38	1.71
2264332--2264386	20	2.7	21	85	5	76	29	18	14	38	1.90
2264332--2264405	21	3.6	20	85	7	78	28	17	14	39	1.89
2266991--2267094	20	4.7	20	74	21	82	30	15	12	41	1.84
2268440--2269940	756	2.0	756	89	2	2325	29	19	14	35	1.92
2281723--2281765	9	4.8	9	83	11	61	86	13	0	0	0.58
2281724--2281754	10	3.2	10	95	4	55	90	9	0	0	0.46
2282739--2282795	26	2.2	26	80	0	60	40	24	7	28	1.81
2282956--2283033	14	5.9	13	71	15	54	35	11	19	33	1.88
2283053--2283485	28	15.5	28	79	8	391	28	32	16	23	1.96
2284952--2285118	20	7.8	20	71	12	118	30	14	12	41	1.83
2284952--2285115	40	3.8	40	73	14	148	31	15	12	40	1.85
2284921--2285166	90	2.7	90	95	0	438	28	15	13	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289475--2289529	2	27.5	2	88	0	83	49	0	0	50	1.00
2289784--2289810	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2291027--2291099	16	4.4	16	77	5	74	30	2	9	57	1.45
2291288--2291360	18	4.2	18	69	15	64	49	1	2	46	1.24
2292707--2292749	17	2.5	17	85	7	52	65	0	2	32	1.06
2293019--2293077	26	2.4	23	76	17	64	40	3	20	35	1.69
2301863--2301916	10	5.6	9	75	16	54	57	0	0	42	0.98
2301864--2301969	11	9.9	11	70	22	75	56	0	0	41	1.12
2301869--2301962	31	3.1	31	93	1	163	57	1	1	40	1.13
2301864--2301955	20	4.5	20	71	15	80	55	1	1	42	1.14
2305718--2305801	32	2.6	32	92	0	132	53	0	2	44	1.13
2307608--2308034	220	1.9	219	86	2	606	43	11	8	36	1.71
2308150--2308226	35	2.1	35	85	4	100	54	1	1	42	1.16
2311508--2311553	19	2.4	19	96	0	83	21	17	0	60	1.35
2311609--2311670	30	2.1	30	96	0	115	48	6	14	30	1.69
2312725--2312765	21	2.0	21	100	0	82	19	9	19	51	1.74
2313984--2314072	41	2.2	41	83	4	108	39	19	16	24	1.92
2314839--2314869	14	2.2	14	94	0	53	35	22	12	29	1.91
2316610--2317036	149	2.8	152	92	3	709	51	12	2	32	1.54
2317057--2317095	18	2.2	18	100	0	78	51	5	5	38	1.46
2317796--2317853	18	3.0	18	73	22	55	24	0	3	72	1.00
2317808--2317845	13	2.8	14	88	8	60	26	0	5	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321676--2321731	24	2.3	24	81	9	60	26	10	8	53	1.65
2325280--2325307	12	2.3	12	100	0	56	28	14	25	32	1.94
2327906--2327940	14	2.4	15	90	4	54	42	0	0	57	0.99
2328273--2328314	21	2.1	19	83	16	50	64	7	0	28	1.20
2328338--2328441	34	2.9	35	82	4	111	72	7	0	19	1.15
2328368--2328432	16	4.2	15	81	13	62	70	6	1	21	1.17
2328338--2328426	11	8.9	10	71	22	53	68	8	0	22	1.17
2329575--2329604	16	1.9	15	93	6	51	33	10	13	43	1.77
2329661--2329706	16	2.9	16	83	0	65	52	28	4	15	1.61
2329644--2329728	32	2.7	32	83	3	91	47	24	10	17	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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