genome.fa.s82.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold82
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2626005

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  17  of  17  ( 2012 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480303--2480454	22	6.7	23	64	27	67	46	0	2	50	1.20
2481229--2481331	40	2.7	38	73	19	99	49	0	0	49	1.07
2481644--2481671	12	2.3	12	100	0	56	14	0	0	85	0.59
2481890--2481925	19	1.9	18	88	5	54	36	5	0	58	1.22
2482015--2482067	26	2.1	26	86	10	74	33	0	0	66	0.92
2481972--2482071	16	6.6	16	64	22	54	40	2	0	58	1.10
2483273--2483318	23	1.9	25	86	8	69	47	2	0	50	1.13
2486221--2486267	24	1.9	25	86	4	69	55	2	0	42	1.12
2486989--2487047	14	4.5	14	71	16	54	42	1	0	55	1.09
2486998--2487064	29	2.6	25	81	11	73	37	1	0	61	1.05
2487021--2487091	11	5.9	12	73	20	60	32	2	1	63	1.18
2486998--2487054	14	4.0	14	73	13	53	36	1	0	61	1.07
2487031--2487076	20	2.2	22	88	7	69	32	2	0	65	1.05
2487815--2487893	41	1.9	41	82	5	97	51	2	2	43	1.28
2488273--2488349	29	2.7	29	82	10	86	61	0	2	36	1.10
2488278--2488362	18	4.6	18	70	21	52	60	0	1	38	1.05
2491630--2491678	22	2.2	22	100	0	98	67	8	8	16	1.40
2492596--2492670	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2492593--2492670	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2492973--2493026	20	2.6	20	85	5	63	37	14	5	42	1.69
2494067--2494541	61	7.6	61	80	7	506	24	24	16	33	1.96
2494067--2494520	249	1.8	248	87	2	687	25	24	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494067--2494541	188	2.5	182	83	7	571	24	24	16	33	1.96
2495138--2495193	20	2.7	20	88	5	76	33	14	10	41	1.80
2496237--2496284	10	5.0	9	80	9	51	81	2	4	12	0.93
2506396--2506527	48	2.8	48	88	0	192	36	18	25	20	1.95
2506752--2508441	32	55.5	32	81	7	1424	21	18	28	31	1.97
2518384--2518412	15	1.9	15	100	0	58	13	6	34	44	1.71
2518836--2519440	27	22.2	27	86	2	739	26	28	12	32	1.93
2518836--2519440	55	11.1	54	84	3	739	26	28	12	32	1.93
2519462--2520452	28	35.2	28	79	6	859	31	27	15	24	1.96
2519462--2520452	139	7.0	139	79	5	904	31	27	15	24	1.96
2520802--2520870	18	3.8	18	72	16	61	76	1	4	17	1.02
2525482--2525582	51	2.0	51	90	7	161	28	23	10	36	1.89
2525535--2525991	79	5.8	79	78	7	401	27	23	12	35	1.92
2525422--2525677	130	2.0	130	85	4	347	29	21	10	37	1.88
2525551--2525993	157	2.8	155	81	7	443	27	23	12	36	1.91
2525931--2526051	51	2.4	51	80	5	129	27	25	8	38	1.84
2525954--2526063	51	2.2	51	80	9	118	30	23	8	37	1.84
2527637--2527673	19	1.9	19	88	0	56	59	10	2	27	1.44
2531580--2531707	56	2.3	56	82	1	159	14	14	20	51	1.76
2531864--2531898	11	3.0	12	83	8	54	42	0	0	57	0.99
2531882--2531913	9	3.6	9	100	0	64	43	0	0	56	0.99
2531960--2531995	17	2.1	17	100	0	72	44	11	16	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533945--2534061	56	2.1	56	91	0	189	16	14	17	51	1.77
2534227--2534274	23	2.2	23	92	7	82	35	0	0	64	0.94
2540007--2540045	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2546179--2546229	20	2.6	20	87	3	68	31	13	15	39	1.87
2551968--2552051	20	4.2	20	79	8	77	32	19	11	36	1.88
2553709--2553754	24	1.9	24	82	8	58	43	4	23	28	1.73
2560810--2560835	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2560791--2560854	33	2.0	32	87	9	94	34	18	12	34	1.89
2560884--2560936	20	2.7	20	82	5	63	33	13	20	32	1.91
2563126--2563150	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
2563147--2563215	27	2.7	26	76	10	70	65	0	2	31	1.08
2563126--2563220	21	4.7	21	72	14	74	64	1	3	31	1.16
2563269--2563299	8	3.9	8	100	0	62	61	0	0	38	0.96
2563644--2563702	15	3.7	15	79	6	55	37	3	0	59	1.14
2563640--2563702	16	4.0	15	81	8	72	38	3	0	58	1.14
2565930--2566005	31	2.4	32	72	14	77	48	3	1	46	1.29
2580143--2580195	24	2.2	24	96	3	99	32	32	13	22	1.92
2580891--2581028	68	2.0	69	97	2	260	31	18	14	35	1.91
2581133--2581217	43	2.0	43	100	0	170	28	18	16	36	1.93
2583290--2583314	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2586866--2586905	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
2586836--2586917	33	2.5	33	73	7	78	51	0	1	47	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588447--2588507	18	3.4	18	80	6	63	27	0	4	67	1.11
2588864--2588895	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2588891--2588924	7	4.7	7	85	7	50	79	0	5	14	0.91
2588943--2588993	22	2.3	23	83	6	61	41	0	1	56	1.10
2589320--2589381	22	2.9	22	72	18	58	50	0	1	48	1.10
2601696--2601758	19	3.3	19	81	0	81	36	19	17	26	1.94
2602002--2602160	50	3.2	50	90	1	248	29	19	19	31	1.96
2604301--2604330	15	2.0	15	100	0	60	26	20	0	53	1.46
2606105--2606195	46	2.0	46	86	0	128	35	19	14	30	1.92
2607545--2607578	18	1.9	18	94	5	61	52	0	0	47	1.00
2607592--2607640	18	2.6	19	87	3	73	44	4	0	51	1.20
2608490--2608527	12	3.1	13	85	11	53	81	0	7	10	0.87
2608493--2608538	20	2.3	20	85	14	60	84	0	8	6	0.77
2608506--2608538	15	2.1	16	88	5	50	87	0	9	3	0.63
2608688--2608735	25	2.0	24	84	12	62	20	8	2	68	1.26
2608779--2608838	22	2.6	23	87	12	88	65	0	0	35	0.93
2614371--2614489	42	2.8	42	88	0	166	43	2	45	8	1.47
2619091--2619165	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2619088--2619165	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2619660--2621164	86	17.5	86	88	4	2109	22	17	31	28	1.96
2619642--2621164	29	53.2	29	87	4	2091	22	16	31	28	1.96
2619642--2621164	115	13.3	115	89	3	2113	22	16	31	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2622401--2622457	1	57.0	1	75	0	51	0	1	10	87	0.61
2622383--2622458	19	3.8	20	79	13	66	2	3	10	82	0.89
2622408--2622457	13	3.8	13	86	5	73	0	0	12	88	0.53
2622408--2622457	14	3.5	15	81	8	68	0	0	12	88	0.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17

The End!