genome.fa.s82.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold82
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2626005

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115092--115148	25	2.3	26	84	6	73	40	3	0	56	1.17
120159--120221	2	33.5	2	78	12	71	57	1	0	41	1.08
120159--120221	22	2.7	22	90	7	90	57	1	0	41	1.08
122924--122966	2	21.5	2	95	0	77	48	51	0	0	1.00
123670--123697	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
125905--125943	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
125993--126021	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
126272--126316	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
127555--127581	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
127753--127864	30	3.7	30	74	10	102	48	1	8	41	1.45
128714--128741	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
133133--133162	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
133192--133228	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
137131--137172	22	1.9	22	95	0	75	38	23	23	14	1.92
137130--137178	22	2.2	21	86	10	71	42	22	22	12	1.86
137995--138032	20	2.0	20	85	15	53	5	13	7	73	1.22
144461--145018	287	1.9	287	98	0	1089	29	18	18	33	1.95
147838--147900	20	3.2	19	76	10	56	53	0	0	46	1.00
147825--147901	40	1.9	39	82	15	95	51	0	1	46	1.09
149882--149917	18	2.0	18	89	10	56	11	2	13	72	1.23
153168--153226	19	3.0	20	76	18	61	47	0	0	52	1.00
153134--153209	9	9.2	9	72	16	58	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153884--153927	18	2.3	20	88	7	65	40	0	0	59	0.98
155567--155606	21	1.9	21	85	10	55	37	2	0	60	1.11
156405--156440	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
156689--156757	5	13.8	5	75	15	63	55	0	2	42	1.15
156689--156751	16	4.2	16	73	19	55	55	0	1	42	1.09
158252--158314	9	7.2	9	74	15	53	44	1	0	53	1.10
158259--158322	32	1.9	35	87	9	98	43	1	0	54	1.09
158299--158337	15	2.7	15	88	4	53	51	0	0	48	1.00
159093--159149	21	2.4	25	83	16	77	28	0	3	68	1.06
160085--160135	20	2.6	19	87	9	68	66	0	0	33	0.92
161971--162015	21	2.2	21	88	4	65	37	0	2	60	1.09
162126--162175	26	1.9	26	83	0	64	54	6	0	40	1.25
162166--162196	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
163284--163316	3	11.3	3	93	6	59	0	33	0	66	0.92
166515--166553	20	2.0	20	85	5	53	51	12	2	33	1.54
169424--169452	12	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
169782--169814	16	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
171439--171468	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
171981--172064	27	3.0	28	79	11	84	59	0	0	40	0.97
172009--172058	22	2.3	21	83	13	57	60	0	0	40	0.97
172405--172457	22	2.8	18	78	16	54	54	0	0	45	0.99
172424--172474	20	2.6	19	77	14	50	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172558--172615	30	1.9	31	85	3	82	51	1	0	46	1.11
172957--173004	25	1.9	25	95	0	87	50	0	0	50	1.00
172966--173028	17	3.8	16	70	25	51	52	0	0	47	1.00
175431--175457	6	4.5	6	100	0	54	37	48	0	14	1.45
177638--177676	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
177676--177707	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
180702--180819	34	3.5	34	71	13	116	17	18	19	44	1.88
180697--180833	68	2.0	68	95	0	247	16	18	17	46	1.84
185345--185395	27	2.0	25	85	11	68	21	11	31	35	1.90
185310--185434	63	2.0	63	96	0	232	22	12	32	33	1.91
185358--185476	36	3.2	36	86	3	148	25	14	27	32	1.94
185419--185474	12	4.7	12	72	24	55	26	14	25	33	1.94
186753--186791	18	2.2	18	86	9	53	35	7	28	28	1.85
189481--189506	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
189677--189741	31	2.2	30	80	20	84	43	1	0	55	1.09
190055--190113	29	2.0	30	83	3	75	50	0	0	49	1.00
193355--193392	19	2.0	19	85	10	51	36	0	0	63	0.95
194044--194107	21	3.0	21	78	14	69	40	0	0	59	0.97
194043--194114	25	2.8	25	82	16	69	43	0	0	56	0.99
194957--195038	11	7.5	11	80	11	62	60	0	4	34	1.18
194973--195146	11	16.2	11	69	23	79	56	1	2	38	1.24
194991--195044	9	5.7	9	75	12	54	68	0	1	29	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195051--195102	27	1.9	27	84	7	70	48	5	3	42	1.45
195102--195143	15	3.2	13	81	18	52	59	0	0	40	0.97
194989--195139	20	7.3	20	69	20	73	57	1	1	38	1.21
197768--197826	19	2.9	19	80	16	66	52	0	1	45	1.10
197768--197827	18	3.1	18	77	22	59	53	0	1	45	1.10
197868--197909	23	1.9	23	85	9	61	54	0	0	45	0.99
197840--197923	41	2.0	42	82	15	104	51	0	0	48	1.00
198492--198543	19	2.7	19	81	3	50	55	3	0	40	1.18
200192--200222	3	10.3	3	92	0	53	29	0	0	70	0.87
200251--200290	10	4.0	10	83	9	55	35	0	0	65	0.93
202041--202070	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
202523--202548	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
202871--202936	27	2.4	28	80	14	84	36	0	0	63	0.95
202999--203038	15	2.7	15	85	11	55	50	0	0	50	1.00
203788--203863	20	3.9	18	72	23	64	40	0	5	53	1.23
205160--205205	21	2.2	20	84	3	56	41	13	0	45	1.43
205668--205696	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
207126--207155	16	1.9	15	93	6	51	40	26	13	20	1.89
207274--207348	16	4.7	16	73	12	55	45	9	14	30	1.77
208425--208468	2	22.5	2	86	4	63	50	4	0	45	1.22
212901--212960	27	2.2	27	87	0	84	33	0	10	56	1.32
213059--213083	12	2.1	12	100	0	50	8	0	8	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213764--213795	6	5.3	6	96	0	55	68	28	0	3	1.04
215687--215724	16	2.4	16	90	0	58	34	0	0	65	0.93
218654--218706	15	3.6	14	80	7	61	60	0	0	39	0.97
218648--218706	29	2.0	29	83	6	75	57	0	1	40	1.09
219827--219924	29	3.3	29	75	10	99	52	0	0	47	1.00
219849--219917	17	4.1	17	69	12	54	49	0	0	50	1.00
219828--219934	32	3.5	31	77	15	98	53	0	0	46	1.00
220335--220399	30	2.2	27	82	17	69	44	0	4	50	1.22
229789--229847	26	2.4	25	78	15	68	52	0	1	45	1.10
230946--230979	17	1.9	17	88	5	50	35	14	0	50	1.44
231955--231992	2	19.5	2	83	5	51	47	2	2	47	1.30
232934--233002	35	2.0	33	83	10	86	46	0	0	53	1.00
233341--233407	23	3.0	23	85	8	86	56	0	0	43	0.99
233363--233422	30	2.0	30	83	3	77	60	0	0	40	0.97
234761--234843	35	2.3	36	80	13	100	44	0	0	55	0.99
236555--236580	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
239124--239158	10	3.4	10	88	4	52	91	0	8	0	0.42
239124--239158	17	2.0	18	94	5	63	91	0	8	0	0.42
239124--239159	9	4.0	9	89	10	56	88	0	11	0	0.50
240460--240494	11	3.3	10	88	11	52	77	0	20	2	0.90
240460--240494	5	6.6	5	87	12	52	77	0	20	2	0.90
242608--242651	18	2.5	17	82	7	52	59	0	2	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242616--242651	18	2.0	18	88	0	54	55	0	2	41	1.14
243595--243680	39	2.2	39	81	12	95	53	0	0	46	1.00
244052--244088	12	2.8	14	76	16	51	16	8	2	72	1.19
244285--244331	21	2.2	22	84	3	60	59	0	0	40	0.97
245093--245131	18	2.0	20	85	9	55	53	0	0	46	1.00
246454--246493	18	2.1	20	86	9	57	27	5	17	50	1.67
246495--246532	17	2.2	18	86	9	53	18	0	18	63	1.32
249895--249921	10	2.7	10	100	0	54	70	0	0	29	0.88
249899--249944	20	2.4	19	85	7	58	63	0	0	36	0.95
250952--251011	16	3.7	16	88	2	84	58	1	0	40	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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