genome.fa.s82.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold82
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2626005

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  16  of  17  ( 2012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329644--2329753	32	3.4	32	77	5	89	45	25	11	17	1.82
2329633--2329769	48	2.8	48	76	5	150	43	28	12	16	1.84
2330850--2330884	11	3.1	11	84	8	52	57	0	0	42	0.99
2331556--2331601	23	2.0	24	82	4	58	45	2	0	52	1.13
2334435--2334538	30	3.4	30	86	4	154	42	7	4	45	1.54
2334865--2334901	16	2.2	17	86	13	51	64	0	5	29	1.15
2335082--2335113	10	2.8	12	86	13	50	75	0	0	25	0.81
2335918--2335958	20	2.0	20	90	0	64	51	0	0	48	1.00
2337625--2337698	33	2.3	33	92	2	123	41	0	10	47	1.38
2346621--2346695	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2346618--2346695	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2347221--2348366	86	13.3	86	87	3	1580	22	17	31	28	1.96
2347209--2348368	229	5.0	229	90	3	1676	22	17	31	28	1.96
2347221--2348367	29	39.9	29	89	3	1614	22	17	31	28	1.96
2349596--2349638	1	43.0	1	80	0	50	0	2	6	90	0.52
2349604--2349638	14	2.6	13	91	8	61	0	0	8	91	0.42
2363135--2363209	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2363132--2363209	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2364459--2364490	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2373823--2373872	26	1.9	26	95	0	91	38	24	16	22	1.93
2374367--2374398	16	2.0	16	100	0	64	37	6	0	56	1.25
2374455--2374505	16	3.4	16	72	25	56	49	0	3	47	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374452--2374512	13	4.4	13	76	13	59	45	0	4	49	1.23
2374452--2374505	29	1.9	27	88	7	81	48	0	3	48	1.19
2376839--2376966	59	2.2	60	82	1	159	37	15	18	28	1.92
2377863--2378073	28	7.7	27	77	6	201	43	8	3	45	1.50
2377953--2378056	12	7.8	13	70	17	70	40	8	2	48	1.49
2378141--2378217	27	2.8	27	81	9	84	38	12	3	44	1.62
2384524--2384557	16	2.1	16	88	0	50	44	0	8	47	1.34
2388068--2388096	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2389315--2389378	16	3.9	16	80	12	58	57	6	1	34	1.33
2389327--2389391	16	4.1	16	83	0	76	53	6	1	38	1.35
2389537--2389571	17	2.0	17	88	5	52	51	2	0	45	1.16
2389572--2389623	21	2.5	21	87	3	70	61	1	0	36	1.07
2394120--2394204	42	2.0	42	90	0	134	36	21	9	32	1.85
2397525--2397566	16	2.6	16	96	0	75	42	7	4	45	1.52
2401255--2401325	32	2.2	32	89	0	106	33	16	15	33	1.91
2401263--2401325	19	3.6	19	66	24	57	33	17	15	33	1.92
2403212--2403307	19	5.7	19	68	26	81	34	12	17	35	1.88
2403213--2403315	32	3.2	32	94	0	179	33	12	18	34	1.89
2403232--2403288	13	3.9	13	74	24	51	35	14	19	31	1.91
2403359--2403384	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2403340--2403405	34	2.0	33	90	3	105	25	16	13	43	1.85
2405750--2405871	52	2.4	53	86	6	162	30	22	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2405806--2405953	79	1.9	80	84	4	201	27	28	14	30	1.95
2405885--2406054	52	3.3	51	78	4	171	29	26	11	32	1.92
2405755--2405997	131	1.9	131	81	6	296	27	25	12	33	1.92
2406042--2406113	28	2.6	28	86	0	90	22	36	19	22	1.95
2406067--2406288	78	2.8	78	78	4	250	24	28	16	30	1.96
2412451--2413302	55	14.9	54	86	6	907	27	28	19	24	1.99
2414127--2414177	19	2.7	19	93	0	84	33	11	15	39	1.84
2414229--2414254	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2414273--2414312	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
2416740--2416853	51	2.2	52	82	1	131	24	26	14	34	1.94
2416918--2417119	79	2.6	78	80	3	208	24	30	15	29	1.96
2419649--2419700	24	2.2	24	79	3	61	53	3	1	40	1.30
2420226--2420261	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
2421370--2421485	45	2.5	45	76	5	106	31	20	28	19	1.97
2421507--2422045	32	16.8	32	93	1	893	16	18	33	31	1.93
2422031--2422685	27	23.9	27	91	2	979	29	14	33	23	1.94
2422031--2422685	55	12.0	54	90	2	979	29	14	33	23	1.94
2422031--2422685	82	8.0	81	91	2	979	29	14	33	23	1.94
2422031--2422685	109	6.0	109	91	2	1017	29	14	33	23	1.94
2423737--2423762	13	2.0	13	100	0	52	0	0	15	84	0.62
2429937--2429988	24	2.2	24	79	3	61	53	3	1	40	1.30
2430519--2430554	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432188--2432404	49	4.3	49	82	6	254	23	26	17	32	1.97
2432328--2432459	55	2.5	52	78	8	131	23	24	15	36	1.94
2433115--2433177	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
2433134--2433191	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
2433115--2433190	32	2.4	32	97	0	143	32	14	18	34	1.91
2433209--2433234	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2438281--2438320	18	2.1	20	90	9	66	27	5	0	67	1.11
2438958--2438995	16	2.5	15	87	8	51	28	13	7	50	1.69
2439438--2439633	72	2.8	72	79	8	190	29	18	10	41	1.84
2441974--2442029	20	2.8	20	83	2	67	57	0	1	41	1.09
2442668--2442724	21	2.7	21	79	15	64	77	0	3	19	0.92
2443400--2443433	17	2.1	16	88	5	50	17	2	0	79	0.86
2444282--2444308	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2446464--2447044	292	1.9	293	81	7	695	47	7	12	32	1.68
2447219--2447244	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2449028--2449065	19	2.0	20	89	5	60	63	10	0	26	1.27
2449627--2449682	28	2.0	26	83	16	69	48	0	3	48	1.19
2449753--2449887	68	2.0	67	88	1	198	28	26	25	20	1.99
2452439--2452968	171	3.1	171	97	0	997	10	37	18	34	1.85
2453704--2453775	16	4.6	15	77	13	65	36	1	5	56	1.31
2453708--2453775	32	2.1	32	83	0	82	35	1	5	57	1.32
2454582--2454613	12	2.6	13	85	14	50	50	9	6	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2455120--2455186	23	3.0	22	80	10	73	38	0	0	61	0.96
2455118--2455186	21	3.1	21	78	15	68	39	0	0	60	0.97
2455407--2455461	24	2.2	24	84	9	67	49	0	0	50	1.00
2455418--2455468	25	2.0	26	88	11	79	45	0	1	52	1.12
2456015--2456067	16	3.3	16	75	0	52	52	26	7	13	1.66
2456282--2456325	22	2.0	22	90	0	70	50	9	2	38	1.47
2459099--2459133	16	2.2	16	89	0	52	51	28	0	20	1.47
2459063--2459103	2	20.0	2	95	5	73	48	0	2	48	1.14
2460298--2460392	36	2.9	31	80	16	104	30	24	12	32	1.92
2460824--2460848	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2460823--2460926	47	2.3	45	80	11	122	35	12	21	30	1.90
2461281--2461317	19	1.9	19	94	0	65	56	0	2	40	1.13
2461595--2461633	16	2.4	16	95	0	69	56	2	0	41	1.13
2463746--2463778	17	1.9	17	93	0	57	39	3	0	57	1.14
2466583--2466608	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2469386--2469443	18	3.2	18	85	0	89	24	22	31	22	1.99
2471249--2471330	36	2.3	36	97	0	155	37	18	9	34	1.84
2473402--2473429	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2473387--2473449	33	1.9	32	87	12	92	41	14	14	30	1.85
2473481--2473530	19	2.5	21	87	6	68	30	14	16	40	1.87
2474037--2474074	15	2.4	16	86	4	51	55	5	0	39	1.23
2474147--2474201	16	3.4	16	84	0	74	56	3	5	34	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474871--2474933	32	1.9	33	84	9	85	53	0	0	46	1.00
2474888--2474939	24	2.2	23	82	3	59	55	0	0	44	0.99
2475597--2475636	21	2.0	19	85	9	53	57	0	0	42	0.98
2476131--2476195	27	2.4	26	80	14	62	41	0	1	56	1.08
2476221--2476267	22	2.1	22	88	0	67	34	0	23	42	1.54
2477940--2478044	34	3.0	34	81	8	138	29	1	29	39	1.68
2478335--2478399	24	2.8	23	76	19	73	56	1	4	36	1.29
2478652--2478706	18	2.8	20	81	13	78	43	1	0	54	1.10
2478652--2478707	19	2.9	19	78	10	69	42	1	0	55	1.10
2479189--2479255	11	5.6	13	79	10	56	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17