genome.fa.s93.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold93
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1685797

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171--334	78	2.1	79	83	4	206	28	21	14	35	1.93
9282--9307	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
9314--9402	21	4.1	22	97	2	155	37	10	23	29	1.88
9314--9402	43	2.1	43	95	4	162	37	10	23	29	1.88
9390--9420	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
9497--9567	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
9607--9647	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
11278--11302	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
15028--15053	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
15060--15127	22	3.1	22	95	4	120	36	10	23	29	1.88
15115--15145	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
15222--15292	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
15332--15372	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
19766--19798	16	2.1	16	94	0	57	84	0	15	0	0.61
20755--20866	43	2.8	40	78	12	113	23	26	13	36	1.92
20854--21042	55	3.3	55	88	7	263	28	30	20	20	1.98
20874--21055	61	3.1	60	86	6	248	25	31	19	24	1.98
21148--21233	27	3.1	27	61	9	66	26	23	20	29	1.99
20909--21201	156	1.9	155	89	0	451	24	28	20	26	1.99
21063--21450	61	6.5	61	82	10	425	24	26	19	28	1.99
21122--21450	177	1.8	180	85	8	465	24	27	19	28	1.99
21063--21436	122	3.2	118	84	6	499	25	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21441--21605	87	1.9	85	84	8	217	19	28	13	38	1.90
21415--21605	42	4.5	42	77	12	162	20	28	14	36	1.92
21612--21711	40	2.5	40	82	12	107	16	25	12	47	1.80
22291--22424	49	2.7	50	91	3	209	27	17	14	41	1.88
24832--24950	51	2.4	51	86	1	177	30	26	11	31	1.92
24930--25006	28	2.8	27	86	4	100	22	31	20	25	1.98
24801--25134	158	2.1	156	82	7	399	28	26	13	31	1.94
25040--25269	79	2.9	78	79	8	257	27	25	14	32	1.94
28300--28416	52	2.2	52	93	0	207	33	14	17	35	1.90
28402--28453	13	4.5	13	68	26	53	34	17	13	34	1.89
28405--28469	33	2.0	33	88	11	98	32	18	15	33	1.92
28500--28554	19	2.8	19	91	2	83	36	14	18	30	1.91
37211--37283	20	3.7	19	83	7	76	36	16	17	28	1.92
37211--37264	19	2.8	20	85	2	74	35	16	18	29	1.93
41096--41146	20	2.6	20	84	3	68	33	17	11	37	1.86
41094--41145	19	2.7	19	84	3	68	32	17	11	38	1.85
45027--45063	17	2.2	17	95	0	65	51	0	0	48	1.00
45044--45091	25	1.9	25	86	0	69	54	0	0	45	0.99
45069--45116	22	2.2	22	85	10	64	58	2	0	39	1.10
45076--45120	22	2.1	22	88	12	67	51	2	0	46	1.13
51040--51064	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
51572--51618	13	3.2	14	77	17	51	55	0	2	42	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51592--51790	73	2.9	67	71	21	160	54	0	2	42	1.15
51691--51764	22	3.5	22	76	10	73	58	1	1	39	1.15
51813--51871	13	4.7	14	80	16	51	79	0	0	20	0.73
51823--51873	5	10.0	5	83	12	52	82	0	0	17	0.67
51813--51873	18	3.4	18	79	0	68	80	0	0	19	0.72
55362--55388	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
56244--57040	49	16.8	49	77	10	647	31	18	25	24	1.98
56335--57046	49	15.1	48	80	9	754	31	18	25	24	1.98
56436--57040	91	6.5	91	87	6	797	30	19	26	24	1.98
57114--57167	27	2.0	27	92	0	90	29	14	33	22	1.94
57134--57281	35	4.4	34	84	6	153	37	12	30	19	1.89
57134--57303	69	2.5	67	83	9	197	36	12	30	20	1.90
57167--57303	35	4.1	35	83	6	167	35	12	30	21	1.90
57109--57359	35	7.8	32	77	11	151	33	13	29	22	1.93
57237--57389	31	4.9	30	80	12	148	30	15	28	24	1.96
57237--57394	62	2.6	61	80	9	180	32	15	28	24	1.95
65780--65831	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
65788--65848	19	3.6	18	75	25	69	36	16	13	34	1.87
65780--65848	32	2.2	32	97	0	129	36	17	13	33	1.88
68222--68261	15	2.5	17	88	8	57	45	7	2	45	1.45
68734--69959	43	28.8	43	71	4	179	30	19	29	20	1.97
68737--69959	85	14.4	85	74	5	414	30	19	29	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68740--69972	128	9.7	128	73	8	648	30	19	29	20	1.97
69164--69341	42	4.2	41	76	13	128	30	20	29	18	1.97
68736--69358	213	2.9	212	74	7	598	30	20	29	19	1.97
69282--69599	42	7.5	42	74	11	217	30	18	30	20	1.97
71243--71397	79	2.0	80	87	6	226	30	14	27	27	1.95
71352--71423	28	2.6	27	86	8	92	23	19	34	22	1.96
71411--71633	54	4.3	53	78	11	212	33	11	25	30	1.90
71620--71687	26	2.5	27	83	11	86	20	17	35	26	1.95
74191--74258	19	3.9	18	76	23	83	36	16	11	35	1.85
74213--74237	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74194--74256	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
76262--76289	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
77458--77586	52	2.5	52	90	0	204	28	14	19	37	1.91
77595--77619	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78641--78866	49	4.9	48	78	12	213	30	19	24	25	1.98
78636--78870	92	2.6	92	88	2	339	31	19	24	24	1.98
78636--78866	43	5.1	43	79	12	237	30	19	25	24	1.98
78873--79064	34	5.6	34	90	2	269	34	13	32	19	1.90
80543--80604	14	4.3	15	77	22	62	0	1	12	85	0.67
80543--80603	11	5.5	11	80	9	61	0	1	13	85	0.68
80545--80584	19	2.2	18	90	4	62	0	0	17	82	0.67
80544--80604	30	2.1	29	84	9	79	0	1	13	85	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92290--92341	27	2.0	26	96	3	95	13	19	46	21	1.84
94199--94327	52	2.5	52	89	0	213	30	18	17	34	1.94
94336--94360	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
95231--95431	89	2.2	89	89	0	303	29	12	29	27	1.94
95958--96093	44	3.1	44	72	9	116	45	14	13	25	1.82
97160--97224	18	3.6	18	70	17	53	6	13	3	76	1.09
97167--97235	6	11.0	6	72	18	52	5	13	4	76	1.11
97192--97262	20	3.5	20	81	14	74	2	8	7	81	0.95
97222--97264	16	2.8	16	86	10	54	0	4	11	83	0.78
97203--97264	22	2.9	20	81	13	70	1	6	9	82	0.91
97224--97272	21	2.3	22	82	10	57	0	4	16	79	0.88
97595--97651	8	6.6	8	78	13	60	3	14	1	80	0.92
97595--97650	17	3.2	16	83	11	67	3	14	1	80	0.93
97604--97654	17	2.9	17	86	11	68	3	13	1	80	0.94
100814--101102	145	2.0	146	84	3	386	38	23	18	19	1.93
103285--103343	25	2.4	25	85	0	82	8	27	18	45	1.78
105827--105918	31	3.1	30	75	10	89	26	38	14	21	1.91
105894--106899	34	31.3	33	69	17	288	21	30	11	35	1.90
105998--106052	27	2.0	28	92	3	94	23	34	14	27	1.94
105928--106255	97	3.3	97	75	13	324	21	31	11	35	1.88
106082--106167	40	2.2	40	95	0	154	19	30	6	43	1.78
106163--106363	27	6.7	27	68	20	96	22	32	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106165--106836	61	10.8	60	72	15	351	21	30	11	35	1.90
106223--106742	95	5.6	92	74	14	406	22	31	11	35	1.89
106459--106516	27	2.1	27	87	0	80	27	34	10	27	1.89
106542--106594	27	2.0	27	81	7	63	24	33	15	26	1.95
106636--106689	27	2.0	27	88	0	81	22	38	12	25	1.90
106564--106896	127	2.6	126	75	11	318	20	29	12	37	1.89
106412--106877	95	5.0	93	76	11	261	21	30	12	35	1.90
106887--106966	31	2.6	31	82	11	101	31	31	20	17	1.95
106887--106982	32	3.1	32	82	10	92	28	31	19	20	1.97
106980--107684	52	13.6	51	71	13	192	23	23	15	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14