genome.fa.s93.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold93
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1685797

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1302161--1303194	125	8.3	123	81	4	833	24	22	19	33	1.97
1302162--1303194	62	16.5	62	80	6	906	24	21	19	33	1.97
1302163--1303194	188	5.5	184	80	6	959	24	21	19	33	1.97
1303207--1304825	62	25.7	63	74	8	1055	24	22	18	35	1.96
1303039--1303366	169	1.9	169	82	3	410	22	23	20	33	1.97
1303207--1304820	125	12.8	124	73	8	307	24	21	18	35	1.96
1303395--1303533	67	2.1	68	82	4	165	22	19	17	41	1.91
1304051--1304078	14	2.0	14	100	0	56	14	35	7	42	1.73
1303989--1304143	77	2.0	76	86	1	211	21	26	16	34	1.95
1303865--1304264	202	2.0	199	83	3	507	24	23	18	34	1.96
1304115--1304699	63	9.4	64	76	10	311	23	21	18	36	1.95
1304065--1304825	125	6.1	124	76	9	496	23	21	17	36	1.94
1304836--1306642	187	9.5	184	70	13	658	24	22	18	34	1.96
1304880--1306799	62	30.5	62	68	13	634	24	22	18	34	1.96
1305327--1305475	75	2.0	75	86	2	210	22	24	17	35	1.95
1305554--1305796	67	3.7	66	77	4	199	25	21	18	34	1.96
1305588--1305728	66	2.1	66	82	1	165	23	21	18	36	1.95
1305780--1305934	76	2.0	76	83	6	197	24	26	16	32	1.96
1305733--1306091	138	2.6	136	81	4	416	25	24	17	33	1.96
1306820--1306958	66	2.1	67	82	6	167	22	23	17	36	1.95
1307126--1307533	66	6.4	62	74	13	188	24	22	17	35	1.95
1307231--1307545	133	2.4	129	84	5	386	24	23	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1307231--1307545	66	4.8	66	84	6	383	24	23	17	33	1.96
1307084--1307599	62	8.1	61	77	7	325	23	23	17	35	1.95
1307526--1307757	122	1.9	123	82	2	297	23	25	16	34	1.96
1307723--1310573	62	45.6	62	71	11	1452	24	21	18	34	1.96
1307813--1308296	190	2.6	191	80	5	529	23	22	18	34	1.96
1308212--1308455	123	2.0	123	87	1	355	22	24	19	33	1.97
1307243--1308956	697	2.4	695	88	2	2542	24	22	18	34	1.96
1309201--1309358	61	2.7	58	86	4	201	24	25	20	29	1.99
1309191--1309882	195	3.6	189	74	13	523	23	23	18	35	1.96
1308335--1310581	947	2.4	936	83	6	2656	24	21	18	34	1.96
1310286--1310371	30	3.0	28	66	22	70	25	19	22	32	1.97
1310571--1310693	46	2.8	43	76	11	126	21	21	13	43	1.86
1310569--1310773	85	2.4	87	79	6	229	20	21	12	44	1.84
1310823--1311123	43	7.4	43	65	19	151	16	25	14	43	1.85
1310739--1311168	122	3.6	121	83	5	512	19	25	13	41	1.88
1310739--1311159	121	3.5	120	84	5	512	18	25	13	42	1.87
1312065--1312116	19	2.7	19	87	3	77	40	15	15	28	1.88
1314457--1314506	20	2.5	19	81	18	57	44	0	20	36	1.52
1318560--1318586	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1318570--1318626	19	2.9	19	86	2	78	31	14	17	36	1.89
1318656--1318720	33	2.0	33	87	6	96	33	12	18	35	1.88
1327445--1327485	21	1.9	22	90	5	66	39	4	34	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1328168--1328192	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
1331452--1331518	33	2.0	33	85	5	91	35	17	10	35	1.85
1332268--1332341	21	3.6	21	81	7	89	43	13	14	28	1.84
1334822--1334874	28	2.0	26	82	14	63	30	28	13	28	1.94
1334793--1335182	78	5.0	78	79	4	369	29	24	11	34	1.90
1334829--1335149	157	2.0	157	88	4	470	29	24	11	34	1.90
1334829--1335191	157	2.3	156	84	6	466	28	25	11	34	1.91
1336903--1336945	21	2.0	21	90	0	68	37	13	9	39	1.78
1337002--1337042	20	2.0	20	90	0	64	34	9	12	43	1.75
1341130--1341181	21	2.5	21	96	0	95	57	13	7	21	1.61
1341538--1341595	21	2.8	21	91	0	98	36	13	10	39	1.79
1343943--1343987	20	2.3	20	84	3	56	53	4	6	35	1.47
1344416--1344646	127	1.8	128	81	4	288	35	18	29	17	1.94
1344510--1344809	42	7.1	42	71	6	185	34	18	30	17	1.94
1344510--1344804	84	3.5	84	72	6	245	33	18	29	17	1.95
1345600--1345633	9	3.8	9	88	0	50	85	2	8	2	0.80
1346105--1346218	51	2.3	50	89	6	169	29	17	9	42	1.81
1353448--1353640	50	3.9	49	85	4	242	28	18	12	40	1.86
1353520--1353611	30	3.4	29	66	27	85	27	16	14	42	1.86
1353448--1353630	100	1.8	99	88	3	278	28	18	12	40	1.86
1355907--1356364	79	5.8	78	76	7	336	27	25	12	34	1.92
1355907--1356365	78	5.9	78	75	11	323	27	25	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1359013--1359038	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1358995--1359058	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1361260--1361309	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1363108--1363138	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1366876--1366918	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
1367823--1367848	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1367805--1367869	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
1371903--1372045	52	2.8	52	89	4	209	32	18	16	33	1.93
1372064--1372130	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1372086--1372110	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1374367--1374415	22	2.2	23	96	3	91	48	18	8	24	1.75
1374463--1374522	25	2.3	26	75	8	70	78	6	11	3	1.06
1374940--1374980	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1375020--1375090	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
1375247--1375272	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
1375751--1375817	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1380560--1380600	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1380640--1380710	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
1380867--1380892	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
1381371--1381437	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1382857--1383054	29	6.8	29	78	9	143	23	31	14	30	1.94
1382854--1383340	58	8.0	59	70	13	272	26	27	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1382916--1383100	87	2.1	86	81	6	212	24	28	16	30	1.96
1382930--1383087	29	5.4	29	80	3	174	25	28	15	30	1.96
1382916--1383106	29	6.6	29	77	9	160	25	28	15	30	1.96
1382984--1383456	127	3.7	125	80	6	506	27	24	13	33	1.94
1383125--1383233	29	3.8	29	80	4	105	29	22	15	32	1.95
1383237--1383335	29	3.4	29	76	6	103	28	25	13	33	1.93
1382984--1383456	253	1.9	252	84	3	637	27	24	13	33	1.94
1383360--1383434	29	2.6	30	80	6	91	28	24	10	37	1.88
1383292--1383428	69	2.0	69	82	0	166	28	24	10	35	1.89
1383361--1383456	29	3.3	29	78	5	88	28	22	12	36	1.91
1383460--1383788	29	11.3	28	75	7	237	24	27	12	35	1.91
1383292--1383553	96	2.7	98	80	5	282	26	26	12	33	1.92
1383456--1383814	58	6.1	58	73	8	282	24	28	12	34	1.92
1383460--1383788	87	3.8	88	78	2	306	24	27	12	35	1.91
1383772--1383895	32	3.9	32	78	11	130	31	29	15	23	1.95
1383780--1383926	63	2.3	64	79	6	156	33	30	14	21	1.93
1383956--1384605	52	12.5	52	80	1	570	26	24	14	34	1.93
1385181--1385218	20	1.9	20	100	0	76	31	15	10	42	1.81
1385080--1385218	52	2.8	48	82	4	161	31	14	10	43	1.80
1385626--1385661	12	3.0	12	87	0	54	30	22	0	47	1.52
1387141--1387393	125	2.0	126	87	5	361	33	15	10	40	1.81
1388230--1388278	13	4.2	13	73	24	54	36	16	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1388230--1388299	33	2.1	34	84	7	90	35	18	11	34	1.87
1388329--1388355	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1399132--1399215	20	4.6	19	75	20	81	27	17	16	38	1.92
1399150--1399174	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1399132--1399194	33	1.9	33	96	0	117	28	19	15	36	1.92
1399163--1399215	19	2.7	20	91	2	81	24	16	18	39	1.91
1403556--1403580	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1403567--1403621	20	2.7	21	85	2	76	41	14	16	27	1.87
1403673--1403697	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
1411743--1411786	21	2.0	22	86	4	63	38	2	25	34	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14