genome.fa.s93.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold93
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1685797

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106984--107122	49	2.8	47	83	7	152	24	26	17	31	1.97
107181--107684	52	9.5	52	73	9	288	23	22	15	38	1.93
107175--107684	104	4.8	103	77	6	380	23	22	15	38	1.92
107135--107588	156	2.9	157	78	7	429	23	22	15	38	1.93
107480--107684	113	1.8	113	86	2	295	24	24	14	37	1.92
115199--115249	20	2.5	20	84	12	59	19	9	3	66	1.36
115878--115902	13	1.9	13	100	0	50	72	0	24	4	1.02
116770--117128	166	2.2	165	82	6	422	29	12	7	49	1.68
116831--117278	165	2.7	164	77	4	434	27	13	10	48	1.75
117289--117319	14	2.2	14	94	0	53	16	0	3	80	0.83
119171--119233	30	2.1	29	85	2	81	34	19	4	41	1.72
127185--127214	13	2.3	13	94	0	51	33	13	20	33	1.91
127163--127231	33	2.1	32	86	10	95	34	18	15	30	1.93
127260--127315	19	2.9	19	89	2	76	37	16	16	30	1.90
128139--128179	21	2.0	21	85	0	55	29	4	17	48	1.67
129135--129762	156	4.0	153	78	5	571	24	17	19	38	1.93
129135--129813	313	2.2	310	80	5	724	24	17	20	37	1.93
132565--132618	20	2.7	21	85	8	76	35	18	12	33	1.89
132647--132706	19	3.0	20	78	7	77	36	20	11	31	1.88
132687--132713	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
141688--141739	19	2.7	19	100	0	104	38	19	11	30	1.87
143643--143710	21	3.2	21	64	25	52	32	16	26	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143643--144877	43	27.1	43	81	11	1338	31	18	25	24	1.97
143642--144902	92	13.8	89	91	4	1341	31	18	25	24	1.97
144032--144099	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
144167--144234	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
144147--144213	21	3.1	21	62	26	50	26	19	28	25	1.99
143641--144902	184	6.9	182	90	3	1524	31	18	25	24	1.97
143641--144902	276	4.6	273	89	5	1542	31	18	25	24	1.97
144976--145014	20	1.9	19	85	10	51	17	17	5	58	1.56
145895--145963	21	3.2	21	65	25	54	31	18	26	23	1.97
145900--146192	43	6.4	47	82	11	358	33	18	23	24	1.97
145894--146192	92	3.2	92	95	0	535	33	18	23	24	1.97
146266--146304	20	1.9	19	85	10	51	17	17	5	58	1.56
148506--148558	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
148506--148571	33	2.0	33	85	5	89	34	18	12	34	1.88
148604--148658	19	2.8	19	83	2	65	40	14	12	32	1.84
148643--148669	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
150169--150202	17	2.1	17	88	5	52	58	5	17	17	1.57
150778--151021	132	1.8	134	83	1	330	32	9	12	45	1.74
154879--155846	42	23.0	42	71	11	346	17	26	17	39	1.91
155945--156458	42	12.1	42	74	9	308	17	25	17	39	1.91
155920--156458	84	6.4	84	76	6	390	17	25	17	39	1.91
155920--156462	126	4.3	126	78	6	355	17	25	17	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156382--156490	42	2.5	42	82	5	110	21	26	13	38	1.91
155507--156798	619	2.1	618	83	5	1617	17	25	17	39	1.91
156554--158170	42	38.4	41	72	9	372	18	26	16	38	1.91
156554--156802	127	2.0	127	81	0	300	18	26	15	39	1.91
155738--157104	619	2.2	618	80	5	1530	17	25	16	39	1.91
156554--158175	84	19.3	82	73	8	693	18	26	16	38	1.91
157735--158132	209	1.9	212	82	5	511	18	26	16	38	1.91
156539--158170	126	12.9	126	73	8	838	18	26	16	38	1.92
158063--158201	42	3.2	42	75	13	102	23	27	13	35	1.92
158275--158433	42	3.8	42	79	2	167	15	23	20	40	1.91
158416--158519	52	2.0	52	96	0	190	24	24	16	35	1.95
159559--159645	12	7.5	11	73	18	61	79	1	18	1	0.86
159557--159626	25	2.9	25	93	4	117	81	0	18	0	0.69
171074--171413	42	8.1	42	73	7	174	20	26	15	36	1.93
171072--171413	84	4.1	84	75	3	204	20	27	15	36	1.93
171074--171408	126	2.7	126	79	3	343	20	26	15	36	1.93
171549--172855	42	31.0	42	71	6	264	20	25	15	39	1.91
171599--172855	84	14.9	83	72	7	473	20	25	15	39	1.91
172027--172293	127	2.1	126	79	2	284	20	27	14	37	1.92
172236--172625	209	1.9	209	79	5	448	18	24	17	39	1.92
171599--174504	126	23.1	126	71	8	844	19	25	15	39	1.91
172007--172861	251	3.4	252	75	7	615	20	25	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172928--174506	42	37.5	42	73	6	774	19	25	15	39	1.91
174364--174532	87	1.9	87	80	7	191	21	26	13	39	1.89
174619--174909	127	2.3	127	81	4	320	17	26	17	39	1.91
175592--175692	41	2.4	41	76	11	116	20	25	16	36	1.94
174603--175867	42	30.2	42	71	6	450	19	25	15	39	1.91
179133--179299	20	7.8	20	71	18	104	42	11	15	30	1.82
179082--179260	51	3.8	49	70	17	153	41	10	16	31	1.82
179085--179311	91	2.5	91	89	1	339	41	11	15	30	1.83
179842--181828	42	47.6	42	72	9	682	18	25	15	39	1.91
180387--180818	127	3.4	126	80	6	403	18	26	16	38	1.92
180388--180800	169	2.5	168	84	3	510	18	26	16	38	1.92
180738--180902	88	1.9	87	82	6	208	20	26	13	40	1.89
180969--181293	127	2.6	125	81	6	370	17	24	17	41	1.90
182393--182449	20	2.8	20	82	10	80	31	14	14	40	1.85
182342--182497	71	2.2	71	90	4	244	28	17	12	41	1.87
185702--185735	17	2.0	17	94	0	59	17	23	14	44	1.86
185771--185862	42	2.2	42	78	0	103	22	19	15	42	1.89
185913--186004	42	2.2	42	84	0	112	20	25	16	38	1.93
185745--185965	84	2.6	84	76	1	219	21	25	14	38	1.91
185979--186083	42	2.5	42	81	6	124	20	21	15	42	1.88
185783--186083	126	2.4	126	75	5	286	21	23	15	39	1.91
186240--192285	126	47.7	126	68	12	1309	19	24	16	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186273--188224	42	46.4	41	72	9	810	19	25	16	38	1.92
188212--188256	23	2.0	23	95	0	81	28	22	11	37	1.88
188238--188520	42	6.6	41	77	8	138	21	24	15	38	1.93
188380--188515	42	3.0	46	85	7	156	17	24	17	40	1.91
188433--188579	42	3.5	42	83	1	170	14	25	19	40	1.90
188603--190221	42	38.5	42	73	5	809	19	24	16	39	1.92
190270--191547	42	30.4	42	72	8	481	18	24	15	40	1.90
190270--191546	84	15.2	84	73	6	577	18	24	15	40	1.90
191551--192286	42	17.5	42	71	12	185	18	25	16	40	1.90
191446--191662	116	1.9	116	80	3	258	18	23	19	38	1.93
191562--192502	84	11.0	84	73	8	526	18	25	16	40	1.90
191837--192298	209	2.2	209	78	2	453	19	25	14	40	1.89
192327--192502	42	4.2	42	78	4	158	19	24	15	40	1.90
192394--192594	106	1.9	107	83	1	260	17	23	15	42	1.88
192547--192681	42	3.1	42	73	8	126	17	23	16	42	1.89
192351--192629	148	1.9	149	84	3	375	18	24	15	41	1.89
192500--192700	88	2.4	83	83	4	222	17	24	15	41	1.89
192762--193724	42	23.2	42	77	4	671	16	25	17	39	1.91
194246--194299	16	3.5	16	76	14	60	72	1	0	25	0.95
194248--194300	22	2.3	23	78	12	65	73	1	0	24	0.93
194735--194793	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
195074--195099	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195054--195117	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
197646--197683	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
199758--199788	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
201591--201635	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
203835--203886	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
203835--203892	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
204241--204282	3	14.0	3	89	0	66	61	0	4	33	1.17
204241--204282	15	2.8	15	100	0	84	61	0	4	33	1.17
204838--204892	24	2.3	23	81	9	74	72	9	16	1	1.18
204845--204891	24	1.9	24	91	4	76	72	10	14	2	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14