genome.fa.s93.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold93
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1685797

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634107--634172	33	2.0	33	87	0	96	25	15	16	42	1.87
636516--636857	52	6.5	53	71	15	217	29	25	11	32	1.92
636630--636704	27	2.7	28	85	2	98	24	33	20	22	1.97
636579--636971	107	3.7	106	72	10	332	27	27	13	30	1.95
636521--636858	104	3.2	102	72	10	313	30	25	12	31	1.92
636841--636917	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
636524--636966	212	2.1	210	87	2	629	28	26	13	31	1.94
636871--637075	79	2.6	79	80	1	214	23	28	17	29	1.97
644379--644580	79	2.6	79	82	1	235	28	16	27	26	1.97
644591--644933	52	6.6	51	70	7	206	32	11	26	29	1.91
644743--644813	28	2.6	28	88	2	99	23	19	35	21	1.96
644481--644932	210	2.2	210	91	1	737	31	12	27	28	1.93
647714--647826	50	2.3	49	86	6	165	44	12	20	23	1.85
651838--651895	19	3.1	18	85	11	80	36	15	15	32	1.89
651811--651873	32	1.9	33	90	3	101	31	15	12	39	1.85
651839--651894	20	2.8	20	89	7	80	33	16	16	33	1.91
651923--651976	20	2.7	20	88	5	74	31	9	18	40	1.82
659960--660012	13	4.5	13	73	26	64	32	13	16	37	1.88
660920--661055	51	2.7	50	85	6	184	41	13	13	30	1.84
661021--661096	20	3.8	20	89	0	116	42	13	11	32	1.80
662320--662411	43	2.1	43	86	4	123	19	31	14	34	1.91
662331--662978	43	15.1	43	71	8	237	19	27	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662571--662976	129	3.1	128	77	4	406	18	25	16	39	1.91
662333--662973	86	7.5	86	73	5	371	19	26	16	37	1.93
662561--662995	43	10.1	42	74	5	255	19	26	16	37	1.93
663775--664203	163	2.6	160	83	7	497	28	11	10	50	1.71
665712--666021	140	2.2	140	78	5	304	21	20	12	46	1.83
669596--669627	13	2.4	14	90	10	50	43	15	6	34	1.72
670455--670791	153	2.2	154	79	2	345	26	16	19	37	1.93
671348--671391	21	2.0	22	82	8	54	27	2	0	70	0.99
671707--671749	7	5.7	7	79	15	50	81	0	18	0	0.69
671707--671749	15	2.8	16	85	7	70	81	0	18	0	0.69
677633--677670	18	2.1	18	90	0	58	78	0	13	7	0.94
678604--678649	15	3.3	15	87	9	62	84	15	0	0	0.62
678603--678649	9	5.2	9	77	7	51	85	14	0	0	0.61
678601--678649	19	2.6	19	84	12	66	83	16	0	0	0.64
680718--681278	166	3.4	159	77	10	479	29	11	8	51	1.66
680718--681462	168	4.4	166	77	9	560	28	11	7	51	1.66
681268--681296	9	3.2	9	100	0	58	20	20	0	58	1.39
680871--681451	173	3.4	169	78	9	505	28	11	7	53	1.63
683085--683410	128	2.5	128	89	4	507	34	10	11	43	1.76
683085--683452	128	2.9	124	85	5	461	32	10	13	43	1.78
683996--684576	157	3.7	156	82	6	608	24	17	19	38	1.93
686229--686378	68	2.2	67	84	4	194	25	24	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686205--686350	35	4.2	35	68	11	84	23	27	10	38	1.88
686384--686654	48	5.6	48	84	0	290	19	20	19	40	1.92
686393--686654	144	1.8	144	81	3	330	20	19	20	40	1.92
686387--686654	96	2.8	95	80	3	331	19	20	19	40	1.92
686685--686972	88	3.3	87	81	4	294	22	22	13	41	1.88
686681--686929	44	5.7	43	73	7	205	22	21	13	42	1.88
687815--687868	20	2.7	20	91	0	90	35	7	18	38	1.79
691111--691209	43	2.3	42	77	3	108	16	27	14	42	1.86
691133--691710	42	13.7	42	77	4	432	18	27	16	37	1.92
691060--691710	127	5.1	126	76	5	508	17	27	17	37	1.92
691191--691680	85	5.8	84	77	7	397	17	27	17	37	1.92
691129--691718	85	7.0	85	75	9	263	17	27	16	37	1.92
691578--691758	84	2.2	84	77	4	195	16	26	17	40	1.90
693960--693998	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
694035--694119	19	4.7	19	69	21	58	34	11	16	37	1.85
694051--694127	32	2.4	32	88	2	109	32	10	18	38	1.84
699558--699686	52	2.5	52	94	0	222	29	15	17	37	1.91
699695--699719	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
699781--699805	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
699763--699825	32	1.9	33	96	3	119	34	19	12	33	1.89
700403--701236	43	17.8	52	76	14	576	31	17	24	26	1.97
700450--701236	92	8.5	92	90	2	1136	31	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700709--700776	22	3.1	22	66	26	63	30	14	25	29	1.95
700709--700774	21	3.1	21	66	25	57	30	15	24	30	1.95
701244--701594	33	10.7	33	92	1	555	19	19	32	28	1.96
701244--701601	98	3.6	99	90	1	578	20	18	32	27	1.96
701244--701601	131	2.7	131	92	0	610	20	18	32	27	1.96
701608--701661	27	2.0	27	92	7	92	29	14	33	22	1.94
701628--702271	34	19.8	33	76	12	559	34	13	32	19	1.90
701704--701755	26	2.0	26	88	0	77	25	15	36	23	1.93
701603--702211	96	6.3	94	75	15	496	34	13	32	19	1.90
701628--702271	129	4.9	129	79	10	576	34	13	32	19	1.90
701887--701947	27	2.2	28	91	2	97	31	14	34	19	1.92
702014--702146	63	2.1	62	84	4	169	36	13	31	18	1.89
703230--703287	27	2.1	27	84	12	73	0	12	8	79	0.94
703532--703574	18	2.4	18	88	7	61	0	2	13	83	0.74
703542--703587	22	2.1	22	84	8	58	4	2	13	80	0.95
714858--715245	166	2.3	167	82	7	459	26	14	8	51	1.71
714926--715319	166	2.4	167	77	7	426	26	13	9	49	1.74
715741--715779	16	2.4	16	78	0	51	74	2	10	12	1.17
715895--715931	11	3.5	11	92	3	58	70	0	29	0	0.88
722213--722258	20	2.5	19	80	19	53	45	32	21	0	1.52
722216--722341	53	2.4	54	78	12	127	48	28	19	3	1.66
722388--722435	23	2.1	23	88	0	69	62	20	14	2	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723908--725005	157	7.0	157	84	2	1282	23	17	21	37	1.94
723908--725005	313	3.5	311	84	3	1350	23	17	21	37	1.94
728470--728519	17	2.9	17	77	16	50	40	4	0	56	1.18
728909--728937	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
731264--731400	44	3.1	43	84	4	168	31	7	21	39	1.81
731978--732044	20	3.1	20	73	19	62	77	5	11	4	1.09
731975--732044	23	3.1	23	85	2	97	77	5	12	4	1.10
731981--732045	22	2.9	23	84	9	89	78	6	10	4	1.07
733747--733821	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
733747--733824	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
734948--734986	20	1.9	21	94	5	71	35	10	10	43	1.73
735042--735067	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
735021--735085	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
735021--735085	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
737531--737568	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
737557--737608	20	2.6	20	93	0	86	48	11	15	25	1.78
741477--741521	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
743782--743858	21	3.7	21	82	3	111	28	19	11	40	1.87
743803--743896	20	4.7	20	81	5	109	30	18	13	37	1.90
743781--743876	41	2.3	41	100	0	192	30	19	12	37	1.89
747951--747991	20	2.0	20	90	0	64	9	9	9	70	1.34
757702--757726	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757698--757730	8	4.1	8	85	14	50	84	15	0	0	0.61
757701--757751	22	2.3	22	83	6	59	82	11	3	1	0.89
759316--759341	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
759296--759366	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
761877--761902	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
763971--764001	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
765805--765849	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
768064--768089	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
768044--768114	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
768876--769351	29	16.4	29	87	3	674	28	31	16	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14