genome.fa.s93.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold93
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1685797

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1412337--1412365	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
1412353--1412405	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
1412457--1412481	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1412437--1412504	33	2.1	33	91	2	111	36	17	13	32	1.89
1415437--1415464	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
1417910--1417936	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1420329--1420372	21	2.1	21	87	8	63	43	18	13	25	1.86
1426645--1426697	23	2.3	23	78	12	56	52	1	0	45	1.11
1426686--1426743	30	2.0	30	83	10	75	46	1	0	51	1.11
1426716--1426760	22	2.0	23	86	4	65	37	0	0	62	0.96
1426956--1426997	7	5.7	7	89	10	66	42	0	0	57	0.99
1427378--1427436	31	1.9	30	83	10	75	47	0	0	52	1.00
1427889--1427921	17	1.9	17	93	0	57	63	3	0	33	1.10
1429197--1429257	32	1.9	31	83	3	77	50	18	1	29	1.56
1429561--1429593	16	2.0	17	94	5	59	66	12	0	21	1.23
1429598--1429630	15	2.1	16	88	5	50	51	12	6	30	1.63
1429735--1429771	14	2.6	14	86	0	56	40	2	0	56	1.13
1431070--1431115	24	1.9	24	86	8	67	36	10	8	43	1.71
1431061--1431133	20	3.5	21	81	16	82	36	10	10	41	1.76
1431617--1431643	14	1.9	14	100	0	54	59	7	3	29	1.42
1433477--1433691	110	2.0	110	94	0	376	51	15	12	20	1.75
1434806--1434843	20	1.9	20	88	0	58	23	15	13	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1434754--1434890	51	2.7	52	86	1	186	27	16	13	42	1.86
1440014--1440039	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1439994--1440057	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1440684--1440774	39	2.3	41	81	9	116	35	23	4	37	1.75
1442612--1442649	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1448233--1448258	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1448213--1448276	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1448307--1448380	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
1452617--1452658	18	2.4	18	80	4	50	0	14	4	80	0.86
1452988--1453526	166	3.2	165	80	6	556	50	6	11	31	1.64
1455994--1456019	8	3.2	8	100	0	52	11	11	26	50	1.73
1456631--1456751	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1456631--1456771	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1456760--1456784	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1456849--1456873	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1456827--1456893	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1457623--1458017	171	2.3	171	93	1	673	37	14	23	24	1.92
1457932--1458400	49	9.6	49	84	8	584	31	17	25	24	1.97
1457864--1458400	101	5.4	101	90	6	743	32	17	25	24	1.96
1458405--1458497	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
1458499--1459072	33	15.9	34	72	15	340	33	12	33	20	1.90
1458486--1459071	104	5.4	105	78	12	600	32	12	34	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458486--1459074	70	8.2	69	73	16	389	32	12	34	20	1.90
1458749--1459066	35	9.1	37	77	13	117	32	12	34	20	1.90
1458546--1459074	191	2.8	191	79	14	560	32	12	34	20	1.91
1458512--1459071	228	2.6	225	82	11	668	32	12	34	20	1.91
1458737--1459074	141	2.4	139	86	6	452	31	12	34	21	1.91
1459031--1459196	62	2.7	64	81	10	184	27	17	30	24	1.97
1459064--1459196	31	4.3	31	78	15	123	27	18	28	25	1.98
1459206--1459232	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
1464041--1464078	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
1467116--1467146	16	1.9	16	93	0	53	25	25	32	16	1.96
1475386--1475411	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1479250--1479301	20	2.6	20	87	0	68	44	11	13	30	1.79
1479336--1479387	20	2.7	20	93	3	88	40	19	11	28	1.86
1486014--1486329	49	6.6	49	80	6	274	33	18	25	22	1.96
1486359--1486715	29	12.3	29	84	5	454	21	17	28	32	1.96
1486359--1486715	86	4.1	88	89	4	489	21	17	28	32	1.96
1500365--1500417	24	2.1	26	86	10	74	32	15	24	28	1.95
1502503--1502631	52	2.5	52	96	0	240	28	18	17	34	1.94
1502640--1502664	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1502710--1502777	32	2.1	32	94	0	118	36	16	13	33	1.87
1502718--1502782	19	3.8	18	69	24	59	38	15	13	32	1.87
1503537--1503682	49	2.9	50	83	4	170	32	17	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1503814--1504170	43	7.8	43	78	10	309	29	19	26	24	1.99
1503814--1504170	91	3.9	92	89	1	538	29	19	26	24	1.99
1503814--1504170	183	2.0	183	91	0	588	29	19	26	24	1.99
1504174--1504337	33	5.0	33	95	0	265	20	18	32	29	1.96
1504337--1504819	34	15.2	33	73	15	290	33	13	32	20	1.92
1504336--1504819	61	7.6	66	73	14	335	33	13	32	20	1.92
1504448--1504685	27	8.0	27	76	14	152	30	14	33	22	1.93
1504386--1504819	94	4.6	95	78	7	417	31	14	32	21	1.93
1504543--1504716	30	5.9	30	80	8	128	28	16	31	24	1.96
1504599--1504716	60	2.0	60	86	3	166	29	16	29	24	1.96
1506098--1506157	9	6.6	9	72	11	50	1	1	15	81	0.85
1506098--1506156	24	2.3	25	81	16	68	1	1	15	81	0.86
1506098--1506169	35	2.0	36	86	2	101	2	2	15	79	0.97
1506134--1506189	25	2.2	25	83	3	76	5	7	14	73	1.23
1513144--1513227	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
1513152--1513248	19	5.8	18	72	27	97	37	17	12	32	1.87
1513144--1513246	32	3.2	32	98	0	197	35	18	12	33	1.89
1514305--1514619	43	6.9	43	81	11	369	30	19	25	24	1.98
1514506--1514573	22	3.1	22	62	19	52	33	19	25	22	1.97
1514258--1514619	91	4.0	92	93	1	593	30	20	25	23	1.98
1514258--1514619	183	2.0	183	94	1	636	30	20	25	23	1.98
1514619--1514781	33	4.9	33	91	0	245	21	17	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1514797--1514969	27	5.6	27	73	19	94	31	12	35	20	1.90
1514817--1514952	34	4.0	34	83	4	175	36	11	33	19	1.87
1514817--1514950	68	2.0	68	89	2	207	36	11	32	19	1.87
1517621--1517675	20	2.8	20	97	0	101	38	12	14	34	1.84
1517704--1517763	19	3.1	19	75	13	59	30	13	13	43	1.82
1528040--1528411	28	13.1	29	84	7	405	31	28	16	22	1.96
1528437--1528518	43	1.9	43	85	5	112	25	25	15	32	1.96
1529444--1529508	20	3.6	20	71	26	72	35	13	9	41	1.77
1529464--1529521	13	4.9	13	72	23	56	34	15	8	41	1.78
1529444--1529521	33	2.4	33	95	0	138	34	14	8	42	1.77
1529443--1529536	33	2.8	32	81	9	118	31	13	10	43	1.79
1535773--1535845	23	3.2	23	75	13	71	71	8	10	9	1.32
1537071--1537107	17	2.1	18	85	14	51	21	35	13	29	1.92
1537112--1537522	55	7.5	55	82	5	374	24	30	14	29	1.95
1537112--1537507	27	14.4	27	80	7	395	25	30	14	29	1.95
1537111--1537507	110	3.6	108	82	7	415	25	30	14	29	1.95
1537112--1537522	137	3.0	135	78	10	413	24	30	14	29	1.95
1537446--1537806	28	12.2	28	80	9	206	30	31	18	20	1.96
1537141--1537563	82	5.1	83	80	7	238	25	31	14	27	1.95
1537503--1537806	32	10.0	32	85	5	275	30	30	18	19	1.96
1540774--1540902	52	2.5	52	93	0	222	29	17	17	35	1.93
1540911--1540935	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540978--1541062	19	4.7	19	76	18	92	37	16	11	34	1.85
1540997--1541060	32	2.0	33	93	3	112	34	17	12	35	1.87
1541294--1541873	28	20.2	28	86	3	746	29	29	16	24	1.96
1541294--1541871	172	3.4	170	87	3	809	29	29	16	24	1.96
1541294--1541873	259	2.2	256	88	1	863	29	29	16	24	1.96
1542018--1542139	48	2.5	48	93	0	208	19	26	18	36	1.94
1545964--1546231	137	1.9	139	82	6	337	37	21	16	24	1.93
1547734--1547775	12	3.5	12	86	0	57	0	16	2	80	0.81
1548402--1549039	168	3.8	167	79	8	526	52	7	11	28	1.65
1549294--1549354	28	2.2	28	96	0	113	45	9	9	34	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14