genome.fa.s93.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold93
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1685797

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204953--205013	26	2.3	26	97	0	113	11	16	6	65	1.44
206127--206410	158	1.8	157	83	6	384	24	14	17	43	1.87
208081--208298	98	2.2	98	79	6	230	27	22	12	38	1.90
210031--210083	27	2.0	27	100	0	106	18	26	15	39	1.90
210980--211083	41	2.6	41	90	4	167	30	18	11	39	1.86
210988--211085	20	4.8	20	84	12	137	30	18	11	39	1.86
212011--212049	20	2.0	20	85	10	53	20	17	10	51	1.74
212832--212880	13	4.2	13	70	24	54	32	16	16	34	1.91
212812--212880	34	2.1	32	89	10	104	34	15	15	33	1.90
218808--218838	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
218835--218887	22	2.4	22	100	0	106	32	0	22	45	1.53
219056--219094	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
220912--220936	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
220922--220977	20	2.6	22	75	8	62	41	16	12	30	1.85
221007--221075	34	2.1	32	86	10	95	34	14	15	34	1.89
223275--223340	23	2.9	23	90	0	105	43	13	6	36	1.69
232867--232953	1	87.0	1	72	0	57	85	13	1	0	0.67
232867--232953	24	3.8	23	77	14	99	85	13	1	0	0.67
232865--232953	31	2.9	30	83	14	112	84	14	1	0	0.69
232867--232952	44	2.0	43	84	13	113	84	13	1	0	0.67
232865--232953	14	5.9	15	80	15	103	84	14	1	0	0.69
234199--234554	28	12.5	28	81	6	376	29	32	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234199--234554	57	6.2	57	83	2	432	29	32	16	22	1.95
234193--234554	85	4.2	84	83	3	427	29	32	16	22	1.95
234935--234959	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
235265--235369	21	5.1	20	76	13	97	32	20	12	34	1.90
235273--235369	41	2.4	41	87	0	131	32	19	12	35	1.89
236296--236334	20	2.0	20	85	10	53	20	17	10	51	1.74
239189--239239	20	2.6	20	90	3	77	31	15	17	35	1.92
247974--247998	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
247982--248038	19	2.9	19	81	2	69	35	15	14	35	1.88
254500--254878	129	2.8	132	82	12	456	45	12	9	33	1.73
254438--254888	140	3.3	140	79	13	419	45	11	9	32	1.73
255636--255676	11	3.8	11	83	3	57	4	17	0	78	0.93
255635--255676	22	2.0	22	90	4	68	4	16	0	78	0.91
257818--258083	84	3.1	83	82	6	277	44	12	23	18	1.84
258110--258247	41	3.4	41	75	10	113	42	18	23	16	1.89
258245--258451	46	4.5	46	80	6	197	39	13	26	21	1.89
258234--258451	92	2.4	90	83	4	249	40	13	25	20	1.89
259003--259491	93	5.3	92	76	8	463	30	12	28	29	1.93
259069--259584	93	5.6	93	76	5	465	30	12	27	29	1.93
259003--259584	185	3.2	184	88	1	826	30	12	27	29	1.93
266725--266750	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
268966--269010	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270814--270844	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
273211--273264	20	2.7	20	88	5	74	40	18	14	25	1.89
273325--273350	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
273307--273370	32	2.0	33	90	3	103	42	17	12	28	1.85
275357--275388	16	1.9	17	93	6	57	43	0	21	34	1.53
277294--277399	54	2.0	54	81	7	126	37	22	18	20	1.94
279534--279567	10	3.1	11	87	12	52	79	0	0	20	0.73
285280--285306	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
288411--288549	51	2.7	52	87	1	190	40	10	15	33	1.81
289389--289759	47	7.9	47	73	11	244	22	21	16	39	1.92
289389--289758	94	3.9	93	78	10	299	22	20	17	40	1.92
289389--289759	48	7.8	49	76	7	304	22	21	16	39	1.92
289764--289891	46	2.8	46	81	1	114	22	27	13	36	1.91
289781--289891	46	2.4	46	84	0	132	23	29	13	33	1.93
289825--290054	91	2.5	92	79	6	261	21	25	13	40	1.89
289825--290025	46	4.4	45	80	7	199	22	26	11	38	1.89
290138--290421	84	3.3	84	81	5	322	16	22	14	46	1.84
291598--291910	164	1.9	165	85	5	438	32	12	6	48	1.66
292508--292566	14	4.2	13	77	12	55	81	0	15	3	0.82
292505--292566	26	2.3	28	83	5	74	79	0	17	3	0.87
293462--293832	141	2.6	141	83	5	466	35	13	10	39	1.80
293462--293876	141	2.9	141	80	9	463	34	14	11	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309750--310044	79	3.7	78	79	7	285	30	12	27	29	1.93
309984--310097	50	2.3	50	86	10	162	32	9	25	32	1.88
310189--310262	28	2.6	29	83	12	100	25	20	31	22	1.98
310249--310392	51	2.8	51	75	6	148	35	11	20	32	1.88
312785--312835	20	2.5	20	93	0	93	37	15	17	29	1.91
312849--312903	20	2.8	20	94	0	92	47	10	14	27	1.78
316270--316314	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
318116--318152	15	2.4	16	82	17	51	51	18	16	13	1.76
320227--320252	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
322058--322098	20	2.0	20	100	0	82	34	4	34	26	1.78
322714--322769	20	2.8	19	83	5	67	41	14	14	30	1.85
322828--322853	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
323637--323781	37	3.6	39	79	11	143	35	15	27	21	1.93
323751--324021	61	4.5	61	86	8	369	28	20	26	24	1.99
323751--324023	116	2.3	117	83	9	374	28	20	26	24	1.99
323907--323992	27	3.1	27	63	3	73	29	20	23	26	1.99
323939--324120	100	1.8	100	91	0	301	26	19	28	25	1.98
324034--324280	55	4.4	56	87	7	306	23	21	28	27	1.99
325043--325360	167	1.9	165	82	7	401	30	14	8	46	1.75
326816--326848	12	2.7	13	90	9	52	78	0	0	21	0.75
326816--326848	16	2.1	16	94	0	57	78	0	0	21	0.75
326859--327233	141	2.7	141	86	3	515	35	11	10	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327525--327813	153	1.9	154	84	3	395	23	17	22	36	1.95
327540--327888	153	2.3	151	81	6	389	23	17	20	38	1.93
337210--337234	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
337190--337257	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
343153--343232	20	3.7	20	72	18	70	28	16	15	40	1.88
343219--343257	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
345794--345818	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
347158--347348	32	6.0	32	77	4	152	30	28	19	21	1.98
347158--347332	64	2.7	64	85	0	224	29	27	21	21	1.98
351839--351948	48	2.3	49	90	1	177	40	14	11	32	1.82
351936--351989	20	2.7	20	85	2	63	40	14	14	29	1.86
355459--355491	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
357587--357643	27	2.1	27	86	0	78	43	1	3	50	1.29
358148--358185	16	2.4	17	91	8	62	65	2	0	31	1.06
360826--360866	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
360946--361082	53	2.6	53	92	1	220	37	18	17	26	1.93
361106--361136	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
361124--361179	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
361148--361217	38	1.9	35	85	8	95	27	21	12	38	1.90
361227--361265	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
361735--361801	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
364981--365005	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
366607--366647	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
366727--366863	53	2.6	53	92	1	220	37	18	17	26	1.93
366887--366917	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
366905--366960	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
366929--366998	38	1.9	35	85	8	95	27	21	12	38	1.90
367010--367058	13	3.8	13	97	0	89	32	16	18	32	1.93
367130--367173	20	2.2	20	83	0	52	31	11	18	38	1.86
367529--367595	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
370775--370799	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
372401--372441	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14