genome.fa.s93.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold93
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1685797

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768876--769351	57	8.2	58	88	3	692	28	31	16	23	1.96
768874--769351	86	5.5	87	88	2	669	28	31	16	23	1.96
769583--769659	21	3.7	21	91	0	118	36	11	16	35	1.86
769774--769815	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
769802--769827	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
773780--773813	17	2.0	17	88	0	50	50	5	17	26	1.69
773523--774365	165	5.1	166	80	6	796	49	9	12	28	1.71
773649--774371	168	4.3	168	80	5	488	50	9	11	28	1.69
778871--779092	92	2.3	96	80	9	283	35	15	23	26	1.94
781394--781446	20	2.6	21	82	8	65	32	15	9	43	1.78
782222--782280	21	2.7	22	72	23	54	71	10	13	5	1.29
783878--783941	32	2.0	33	87	3	94	42	14	14	29	1.84
787798--787835	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
788690--789209	30	17.4	29	72	9	262	28	27	10	33	1.90
789027--789199	57	3.0	58	83	3	197	26	29	12	31	1.93
789191--789404	31	6.9	31	79	8	204	29	28	18	23	1.97
789205--789412	59	3.4	61	77	8	208	30	28	18	22	1.97
789502--789694	52	3.7	50	74	10	156	25	23	16	34	1.95
789599--789711	52	2.2	52	82	3	129	23	24	18	32	1.97
792236--792427	97	2.0	96	85	5	262	27	25	13	34	1.92
795646--795955	121	2.6	122	83	4	376	40	4	13	41	1.65
797198--797232	16	2.1	17	89	10	54	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797232--797268	19	1.9	19	88	0	56	40	5	5	48	1.49
798680--798759	36	2.2	37	84	2	99	37	8	8	45	1.66
800268--800320	22	2.5	22	75	3	54	35	0	3	60	1.15
801989--802026	12	3.2	12	85	14	60	31	2	15	50	1.58
802890--802915	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
802870--802933	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
805284--805319	13	2.8	13	86	0	54	36	16	13	33	1.89
806743--806767	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
809351--809414	32	2.0	33	87	9	96	31	18	14	35	1.91
809886--810660	401	1.9	401	98	0	1514	31	16	17	33	1.93
810806--810849	19	2.4	17	82	14	52	50	11	22	15	1.76
811907--811960	20	2.7	20	85	2	72	35	20	7	37	1.81
814580--814647	25	2.6	26	76	17	70	41	8	0	50	1.34
815204--815264	32	1.9	32	83	6	79	14	11	24	49	1.77
815827--815878	24	2.2	23	89	3	77	65	3	0	30	1.10
816511--816549	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
817451--817498	19	2.5	19	86	3	60	43	14	16	25	1.86
824020--824066	21	2.2	21	85	7	60	21	12	6	59	1.55
824632--824666	3	11.7	3	100	0	70	31	34	0	34	1.58
829791--829951	91	1.9	87	85	10	231	11	26	14	47	1.78
830152--830210	10	5.6	11	76	11	54	20	1	1	76	0.96
830163--830210	20	2.4	20	83	10	62	20	0	2	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830152--830233	17	4.8	16	77	14	67	19	2	2	75	1.03
830152--830233	9	9.6	8	79	11	67	19	2	2	75	1.03
830188--830238	25	2.0	26	85	11	70	21	3	1	72	1.11
830851--830896	23	2.0	23	100	0	92	34	17	4	43	1.69
831125--831182	17	3.3	17	73	17	64	39	0	0	60	0.97
831126--831181	19	3.1	19	80	14	73	41	0	0	58	0.98
833877--833902	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
833857--833920	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
833961--834013	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
834001--834025	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
835983--836027	20	2.1	21	84	8	56	6	22	46	24	1.75
836296--836336	22	2.0	19	86	13	55	43	0	19	36	1.51
843105--843135	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
845216--845254	13	3.0	13	96	0	69	33	15	12	38	1.85
846549--846593	23	2.0	23	82	8	56	42	13	0	44	1.43
848448--848512	20	3.2	20	82	8	69	56	3	0	40	1.15
848448--848493	23	2.0	22	87	4	65	54	2	0	43	1.12
849014--849081	34	2.0	35	83	13	88	50	20	13	16	1.78
855951--856001	1	51.0	1	100	0	102	0	0	0	100	0.00
856670--856698	14	2.0	15	93	6	51	24	41	0	34	1.55
862094--862162	17	3.9	16	78	15	66	18	1	2	76	0.98
862084--862156	27	2.7	27	83	10	78	19	2	1	76	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862084--862139	20	2.8	19	84	10	67	19	1	1	76	0.96
862085--862162	9	8.3	9	78	12	59	17	2	2	76	1.01
862117--862167	25	2.0	26	85	11	70	21	3	1	72	1.11
862094--862162	9	7.9	8	82	10	66	18	1	2	76	0.98
862728--862773	23	2.0	23	100	0	92	34	17	4	43	1.69
862992--863049	18	3.5	16	73	15	55	41	0	0	58	0.98
863002--863052	16	3.1	16	76	17	59	41	0	0	58	0.98
865680--865705	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
865660--865722	33	2.0	31	87	12	92	26	14	19	39	1.90
865762--865812	21	2.5	21	81	9	61	29	15	15	39	1.89
865814--865863	20	2.7	19	84	9	59	24	16	22	38	1.93
867746--867785	19	2.0	20	85	4	55	7	25	55	12	1.63
871387--871450	33	2.0	32	90	3	101	37	17	14	31	1.89
871380--871450	19	4.0	19	67	23	64	38	19	12	29	1.89
874740--874770	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
878122--878189	25	2.6	26	76	17	70	41	8	0	50	1.34
878747--878807	32	1.9	32	83	6	79	14	11	24	49	1.77
878795--878913	53	2.2	53	80	4	132	26	14	21	36	1.92
879371--879422	24	2.2	23	89	3	77	65	3	0	30	1.10
880053--880091	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
880992--881039	19	2.5	19	86	3	60	43	14	16	25	1.86
887562--887608	21	2.2	21	85	7	60	21	12	6	59	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888174--888208	3	11.7	3	100	0	70	31	34	0	34	1.58
893332--893492	91	1.9	87	85	10	231	11	26	14	47	1.78
893693--893751	10	5.6	11	76	11	54	20	1	1	76	0.96
893704--893751	20	2.4	20	83	10	62	20	0	2	77	0.88
893693--893774	17	4.8	16	77	14	67	19	2	2	75	1.03
893693--893774	9	9.6	8	79	11	67	19	2	2	75	1.03
893729--893779	25	2.0	26	85	11	70	21	3	1	72	1.11
894392--894437	23	2.0	23	100	0	92	34	17	4	43	1.69
894665--894722	17	3.3	17	73	17	64	39	0	0	60	0.97
894666--894721	19	3.1	19	80	14	73	41	0	0	58	0.98
897428--897453	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
897408--897471	33	2.0	32	87	3	92	26	12	20	40	1.88
897502--897554	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
907498--907533	15	2.3	16	90	4	56	50	2	5	41	1.40
909420--909456	2	18.5	2	94	0	65	48	2	48	0	1.15
912481--912511	4	8.0	4	92	7	55	77	0	22	0	0.77
918290--918330	20	2.1	20	86	4	57	26	2	7	63	1.33
918599--918649	5	10.2	5	83	12	61	78	0	21	0	0.75
918601--918665	10	6.4	10	78	16	62	72	0	27	0	0.85
918596--918637	17	2.4	17	92	4	66	78	0	21	0	0.75
918599--918649	22	2.3	23	93	3	86	78	0	21	0	0.75
918599--918650	27	1.9	27	88	7	79	76	0	23	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918596--918649	18	3.1	17	82	15	65	77	0	22	0	0.76
918640--918669	16	1.9	16	93	6	53	60	0	40	0	0.97
919099--919140	11	3.9	11	78	3	50	35	7	0	57	1.26
919132--919190	23	2.6	22	82	10	66	28	3	0	67	1.06
919098--919194	39	2.5	39	80	8	101	29	5	0	64	1.15
919177--919247	34	2.1	32	82	12	81	39	2	0	57	1.13
919970--920013	18	2.3	20	88	7	65	61	0	0	38	0.96
924420--924451	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
924677--924705	14	2.1	14	100	0	58	34	0	6	58	1.25
924707--924811	53	2.0	53	88	3	158	40	1	1	55	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14