genome.fa.s93.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold93
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1685797

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  13  of  14  ( 1563 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1556904--1556937	13	2.5	13	95	4	59	88	0	0	11	0.52
1557461--1557524	24	2.6	25	85	7	87	56	10	23	9	1.63
1557461--1557536	24	3.2	24	78	10	75	55	13	22	9	1.66
1557722--1557760	20	2.0	20	90	10	62	74	10	15	0	1.07
1557736--1557777	18	2.3	18	84	8	50	78	11	9	0	0.96
1558118--1558164	12	3.9	12	83	8	60	63	31	4	0	1.13
1558118--1558151	13	2.7	13	86	4	52	67	29	2	0	1.05
1558275--1558328	22	2.4	24	79	14	62	9	12	11	66	1.44
1563698--1563858	87	1.8	88	79	1	189	23	16	15	44	1.85
1564357--1564526	89	1.9	90	80	6	202	31	28	14	26	1.95
1564744--1564809	35	1.9	34	90	3	105	21	22	7	48	1.75
1564754--1565113	84	4.3	84	82	2	415	17	21	15	45	1.86
1564921--1564989	36	1.9	36	88	5	104	15	27	8	47	1.75
1565004--1565077	37	2.1	36	84	5	96	16	24	13	45	1.83
1564751--1565120	167	2.2	167	85	2	485	17	21	15	45	1.85
1565037--1565970	47	20.1	47	81	4	878	23	22	18	36	1.95
1566093--1566754	44	15.0	43	73	10	489	20	22	15	41	1.90
1566069--1566737	132	5.1	132	84	3	706	20	22	15	40	1.91
1566754--1566900	44	3.3	43	70	12	120	23	17	16	42	1.88
1566849--1567043	100	1.9	101	86	3	277	24	22	10	43	1.84
1567104--1567557	42	10.8	42	76	2	338	18	26	14	40	1.90
1567104--1567557	126	3.6	125	77	3	437	18	26	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1567817--1567855	21	1.9	20	89	5	60	38	20	10	30	1.86
1574415--1574465	20	2.5	20	93	0	84	37	13	15	33	1.87
1574518--1574542	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1574498--1574565	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
1583073--1583146	14	5.4	13	76	17	62	81	16	1	1	0.84
1583071--1583136	4	16.0	4	78	9	53	80	16	1	1	0.87
1583077--1583142	33	1.9	35	88	11	102	78	18	1	1	0.90
1583073--1583146	22	3.3	22	75	18	64	81	16	1	1	0.84
1583071--1583143	13	5.8	13	74	20	66	79	17	1	1	0.88
1584579--1584870	29	10.1	29	81	4	331	30	27	16	25	1.97
1584579--1584836	116	2.2	116	90	0	399	31	27	17	24	1.97
1584580--1584870	87	3.4	86	85	2	368	30	27	16	24	1.97
1584845--1585004	33	4.8	33	80	4	151	20	30	11	36	1.89
1584844--1585004	66	2.4	68	81	4	175	21	30	11	36	1.89
1584860--1585004	34	4.4	33	80	5	148	19	31	11	38	1.86
1585022--1585497	49	10.0	47	77	8	421	23	27	17	31	1.97
1585019--1585357	135	2.4	138	84	5	423	25	28	16	30	1.97
1589778--1590080	151	2.0	151	99	0	597	35	11	18	34	1.87
1590071--1590126	5	12.0	5	77	11	57	78	0	1	19	0.84
1590081--1590162	22	3.7	21	78	12	83	74	1	1	23	0.96
1590091--1590130	12	3.5	12	80	13	57	82	0	0	17	0.67
1590073--1590126	27	2.0	28	92	3	92	79	0	1	18	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1590087--1590133	17	2.7	18	84	15	64	80	0	0	19	0.70
1590110--1590180	32	2.3	31	83	13	85	69	2	1	26	1.11
1590213--1590333	43	2.8	43	93	2	199	26	19	18	35	1.95
1590690--1590754	24	2.7	24	95	0	112	52	9	24	13	1.70
1591180--1591251	21	3.4	21	84	13	94	48	30	13	6	1.69
1591855--1591920	30	2.2	31	84	7	84	36	1	1	60	1.15
1591940--1591978	18	2.1	19	95	4	71	41	0	0	58	0.98
1591949--1591985	18	2.1	18	89	0	56	48	2	0	48	1.15
1592663--1592692	16	1.9	15	93	6	51	26	16	3	53	1.59
1593160--1593287	16	8.1	16	70	9	77	10	16	27	45	1.81
1594266--1594291	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1594246--1594310	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
1596395--1596437	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
1596878--1596916	13	3.0	13	88	0	60	38	15	15	30	1.88
1603082--1603139	19	3.0	19	85	5	71	27	12	18	41	1.86
1603852--1603898	21	2.2	22	85	11	62	57	6	4	31	1.43
1606237--1606274	20	2.0	20	89	5	60	36	13	10	39	1.79
1606406--1606430	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1608456--1608498	20	2.0	22	86	8	63	13	30	37	18	1.90
1608939--1608987	13	4.1	13	77	20	61	38	12	16	32	1.86
1608939--1608982	22	2.0	22	95	0	79	36	11	18	34	1.86
1615044--1615081	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1619774--1619814	20	2.1	19	95	4	73	36	9	17	36	1.82
1623088--1623126	20	1.9	21	89	5	62	20	15	10	53	1.70
1626354--1626420	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1626374--1626398	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1626463--1626487	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1626496--1626615	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
1633889--1633919	13	2.4	13	94	0	53	93	3	3	0	0.41
1634904--1634958	28	2.0	27	85	3	74	23	36	16	23	1.94
1634873--1635572	34	21.1	28	76	17	209	20	34	13	31	1.92
1634969--1635020	27	1.9	27	88	7	79	25	34	17	23	1.96
1634867--1635604	71	11.0	67	83	12	788	20	34	13	32	1.91
1634843--1635604	98	7.6	98	78	15	675	20	33	13	32	1.92
1634995--1635604	239	2.6	239	96	2	1099	20	34	13	32	1.91
1635607--1635680	34	2.2	34	97	2	141	25	37	16	20	1.93
1635680--1636725	49	21.2	49	84	7	1309	25	26	17	30	1.97
1635824--1635891	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
1635675--1636588	96	9.4	96	89	4	1304	25	26	18	29	1.98
1635680--1636725	288	3.5	291	89	5	1421	25	26	17	30	1.97
1636446--1636710	52	4.8	56	80	7	255	24	25	16	33	1.95
1638179--1638207	12	2.4	12	100	0	58	62	13	10	13	1.55
1638229--1638282	7	7.9	7	76	12	58	0	16	1	81	0.78
1638227--1638285	14	4.4	13	82	6	64	0	15	1	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1640465--1640577	36	3.1	36	67	18	106	38	15	21	25	1.92
1640438--1640556	38	3.2	38	67	17	113	39	15	19	25	1.91
1640438--1640577	74	1.9	74	100	0	280	39	16	20	24	1.92
1654950--1654993	18	2.4	18	81	7	54	65	13	2	18	1.36
1657434--1657867	166	2.6	165	75	9	427	29	13	9	48	1.73
1659198--1659663	169	2.8	169	96	0	851	41	10	7	40	1.68
1663049--1663121	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1663067--1663142	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
1663049--1663142	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
1663181--1663206	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1667223--1667261	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
1669273--1669352	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1669338--1669376	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1671821--1671876	21	2.7	21	94	0	94	44	10	16	28	1.80
1671915--1671940	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1673978--1674016	20	2.0	20	89	0	60	33	15	7	43	1.75
1675885--1675914	14	2.1	15	93	6	53	20	10	0	70	1.16
1676366--1676425	30	2.0	30	86	0	84	51	16	10	21	1.73
1678669--1678698	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
1678714--1678765	20	2.6	20	90	6	79	26	17	15	40	1.89
1678714--1678820	33	2.8	38	75	18	116	30	15	12	41	1.84
1678713--1678818	53	2.0	53	81	7	126	32	16	12	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1678731--1678796	20	3.7	20	71	26	65	31	18	12	37	1.87
1678762--1678820	20	2.9	21	77	7	68	35	15	8	40	1.77
1681146--1681222	28	2.8	28	89	0	109	22	31	20	25	1.98
1681208--1681306	51	1.9	51	80	11	114	30	24	8	37	1.84
1681824--1682015	54	3.4	54	83	8	228	28	28	20	22	1.99
1681903--1682324	61	6.8	61	72	17	217	25	27	18	28	1.98
1682094--1682325	61	3.9	60	81	8	242	24	26	20	28	1.99
1682102--1682325	122	1.8	121	85	2	315	25	26	20	26	1.99
1682347--1682438	42	2.2	42	84	5	114	17	23	13	45	1.83
1682468--1682567	42	2.4	42	78	8	107	18	29	11	42	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14