genome.fa.s1523.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3824748

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192--2225	16	2.1	17	88	5	52	44	2	0	52	1.16
2650--2676	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
4423--4500	39	2.0	39	97	0	147	38	24	12	24	1.90
12215--12290	5	16.2	5	95	4	101	77	0	0	22	0.77
12581--12724	44	3.3	44	68	7	130	23	29	25	21	1.99
12555--12743	88	2.1	88	93	0	324	28	29	24	17	1.98
12866--13037	88	2.0	88	86	0	245	25	29	25	19	1.99
13025--13150	44	2.9	44	89	0	189	26	18	26	29	1.98
13310--13473	50	3.3	48	66	21	122	26	20	24	28	1.99
13291--13499	99	2.1	100	83	3	269	29	20	23	26	1.99
13595--13889	44	6.8	44	71	10	185	29	17	22	29	1.97
13550--13920	174	2.1	172	85	3	492	28	19	22	29	1.98
42968--43032	16	4.1	16	71	15	62	52	4	7	35	1.51
44005--44052	9	5.6	9	78	7	55	79	10	10	0	0.95
43996--44051	8	6.8	8	74	13	51	76	12	10	0	1.01
43994--44052	17	3.4	17	83	2	64	77	11	10	0	0.98
51165--51197	16	2.1	16	100	0	66	18	6	6	69	1.30
56972--57080	57	1.9	55	83	9	139	42	6	20	31	1.77
59263--59296	12	2.6	13	90	9	52	70	0	8	20	1.13
59571--59655	40	2.1	40	95	0	152	41	3	8	47	1.51
60592--60658	26	2.6	26	86	6	84	29	23	20	25	1.99
61830--61895	33	1.9	35	84	6	91	24	22	6	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70056--70102	25	1.9	24	91	4	76	38	21	25	14	1.92
70087--70136	24	2.1	24	92	0	82	34	14	30	22	1.93
72385--72423	12	3.2	12	92	0	60	17	48	10	23	1.78
73487--73596	23	4.7	24	85	2	134	21	30	3	43	1.70
80827--81017	50	3.7	50	86	4	229	23	31	20	24	1.98
86165--86523	67	5.4	67	79	5	336	38	15	22	23	1.93
92194--92243	25	1.9	27	88	8	77	20	22	4	54	1.61
92114--92251	28	5.0	28	78	6	111	23	17	5	53	1.63
92534--92610	34	2.3	34	84	4	93	28	12	16	41	1.86
97100--97135	16	2.2	17	90	5	56	80	0	0	19	0.71
98092--98250	80	2.0	79	96	3	293	42	3	15	38	1.65
107630--107678	25	2.0	25	100	0	98	36	16	14	32	1.89
113151--113284	10	13.1	10	69	14	69	38	3	1	55	1.27
113140--113304	21	8.0	21	73	9	117	40	3	1	55	1.25
113208--113304	10	9.6	10	73	5	70	39	4	0	56	1.18
113140--113304	20	7.9	20	74	8	98	40	3	1	55	1.25
113141--113358	21	10.4	20	69	20	85	38	3	1	56	1.26
113649--113797	40	3.7	39	78	10	156	36	24	21	18	1.95
115022--115155	10	13.1	10	69	14	69	38	3	1	55	1.27
115011--115175	21	8.0	21	73	9	117	40	3	1	55	1.25
115079--115175	10	9.6	10	73	5	70	39	4	0	56	1.18
115011--115175	20	7.9	20	74	8	98	40	3	1	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115012--115229	21	10.4	20	69	20	85	38	3	1	56	1.26
115520--115668	40	3.7	39	78	10	156	36	24	21	18	1.95
115798--115892	40	2.3	40	83	1	109	15	21	23	40	1.91
115940--116032	41	2.3	41	81	3	107	21	22	24	31	1.98
116920--116964	23	2.0	23	86	8	65	22	8	31	37	1.85
122826--122881	28	2.0	28	100	0	112	14	14	39	32	1.86
122830--122889	28	2.1	28	93	0	102	16	16	38	28	1.91
123499--123697	87	2.3	86	81	6	222	39	18	30	11	1.86
123656--123696	21	2.0	21	85	0	55	36	14	41	7	1.74
124092--124330	43	5.6	43	92	0	370	25	21	28	24	1.99
128375--128462	44	2.0	44	95	0	158	30	21	28	19	1.97
138827--138868	21	2.0	22	85	4	59	19	19	14	47	1.82
140496--140593	48	2.0	48	100	0	196	24	34	4	36	1.75
141537--141663	25	5.1	25	73	10	91	31	23	25	19	1.98
146392--146439	22	2.2	22	81	7	53	43	4	6	45	1.48
146483--146540	23	2.5	23	81	13	73	31	1	6	60	1.33
146591--146628	7	5.7	7	87	6	53	73	0	26	0	0.83
147701--147770	9	7.6	9	71	6	59	67	2	4	25	1.23
148027--148100	31	2.3	32	84	6	89	32	14	1	51	1.51
158467--158511	23	1.9	23	82	13	56	40	6	15	37	1.74
160634--160673	19	2.1	19	85	0	53	25	0	12	62	1.30
161062--161102	20	2.0	20	90	0	64	63	7	0	29	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161952--161982	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
164826--164865	21	1.9	21	89	0	62	32	10	7	50	1.64
167068--167104	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
167156--167186	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
172252--172374	48	2.6	46	83	5	147	26	19	30	23	1.98
172813--172976	45	3.7	43	73	16	127	26	12	25	35	1.92
180748--180786	11	3.4	11	80	13	51	51	0	2	46	1.14
180739--180786	24	2.1	21	88	11	69	54	0	2	43	1.12
181946--181998	26	2.0	25	85	7	70	22	0	33	43	1.54
184556--184619	31	2.1	31	87	0	92	42	9	12	35	1.75
185033--185223	95	2.0	96	98	1	375	36	6	15	41	1.73
187139--187186	17	2.5	20	80	19	57	75	6	0	18	1.01
187141--187181	17	2.2	20	87	12	61	75	7	0	17	1.02
187888--187918	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
193572--193623	23	2.2	24	86	6	72	25	0	17	57	1.40
195455--195738	50	5.7	50	83	1	302	26	20	29	22	1.99
200102--200141	20	2.0	20	85	0	53	62	0	10	27	1.27
200145--200184	20	2.0	20	100	0	80	35	10	10	45	1.71
209954--209984	9	3.4	9	90	0	53	29	9	12	48	1.73
213711--214023	155	2.0	156	93	0	538	41	15	9	33	1.80
222679--222710	5	6.4	5	96	0	55	34	43	0	21	1.53
228511--228554	19	2.4	19	88	3	63	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228515--228570	22	2.6	22	78	16	64	33	0	0	66	0.92
228631--228741	31	3.7	29	76	8	87	34	10	12	42	1.78
230010--230061	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
234391--234442	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
239010--239087	36	2.3	35	86	6	106	28	8	8	53	1.62
241996--242041	23	2.0	23	83	8	58	34	4	8	52	1.52
250480--250531	24	2.2	24	85	0	68	57	5	1	34	1.33
250525--250762	119	2.0	120	91	1	388	39	8	8	42	1.67
251146--251192	25	2.0	24	87	8	69	21	14	8	55	1.66
252296--252328	17	1.9	17	88	11	50	18	15	30	36	1.91
254918--254992	38	2.0	38	97	0	141	20	18	18	42	1.89
261021--261075	19	2.9	19	84	15	71	36	0	5	58	1.21
265981--266007	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
268314--268480	72	2.3	72	85	3	212	55	11	6	25	1.60
269468--269514	18	2.7	18	86	3	60	34	12	17	36	1.87
269904--269958	25	2.3	23	87	6	74	54	20	23	1	1.54
269969--269998	11	2.7	11	94	0	51	50	26	23	0	1.50
270041--270068	14	2.0	14	100	0	56	50	21	28	0	1.49
276288--276317	9	3.3	9	100	0	60	33	0	20	46	1.51
276288--276326	18	2.2	18	90	0	60	38	0	17	43	1.50
283583--283623	20	2.0	21	90	4	66	65	0	2	31	1.05
284498--284536	18	2.2	18	100	0	78	35	10	15	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296472--296542	25	2.8	25	77	14	74	29	0	2	67	1.05
307170--307331	79	2.0	80	98	1	317	38	6	11	43	1.65
311953--312014	31	2.0	31	90	0	97	38	4	14	41	1.67
314267--314320	18	3.0	18	83	0	72	25	3	25	44	1.71
315087--315130	18	2.5	18	81	3	54	25	4	15	54	1.60
320325--320358	13	2.5	13	85	4	50	26	0	2	70	1.01
324473--324512	18	2.3	18	84	16	57	20	0	2	77	0.88
324779--324835	14	4.1	14	79	6	53	52	0	14	33	1.41
328026--328075	22	2.2	23	82	13	59	20	8	4	68	1.32
328258--328304	23	2.0	23	100	0	94	36	4	0	59	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14