genome.fa.s1523.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3824748

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1889840--1889865	6	4.3	6	100	0	52	15	0	46	38	1.46
1890058--1890470	125	3.3	125	89	0	648	32	17	19	30	1.95
1893409--1893529	49	2.5	49	94	0	206	44	8	2	44	1.47
1893950--1893992	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
1895765--1895822	29	2.1	27	81	9	64	56	5	3	34	1.38
1914310--1914360	21	2.5	19	81	12	57	31	3	0	64	1.11
1915102--1915136	18	1.9	18	88	11	54	37	2	2	57	1.29
1915123--1915462	169	2.0	170	99	0	673	42	14	3	40	1.62
1916667--1916714	24	2.1	23	88	7	71	25	4	18	52	1.63
1921005--1921052	15	3.2	15	78	0	51	54	2	2	41	1.24
1924606--1924653	26	1.9	24	83	8	60	56	10	0	33	1.34
1928114--1928358	31	7.6	31	69	13	172	43	20	9	26	1.82
1928084--1928371	66	4.4	65	87	3	366	43	20	8	27	1.81
1928070--1928360	130	2.2	130	87	1	413	43	20	8	27	1.81
1928789--1928912	40	3.1	40	63	23	91	40	16	5	37	1.73
1928719--1928972	78	3.3	78	89	1	368	40	17	4	37	1.70
1930407--1930469	29	2.2	29	86	8	85	71	3	1	23	1.09
1930420--1930463	19	2.3	19	84	0	61	72	4	2	20	1.13
1934057--1934150	45	2.1	45	97	0	179	30	8	20	40	1.82
1934447--1934554	37	2.8	40	74	9	114	27	12	20	39	1.88
1934723--1934762	20	2.0	20	100	0	80	40	10	20	30	1.85
1939242--1939283	18	2.4	17	84	4	57	19	0	7	73	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1946018--1946089	35	2.1	35	97	0	135	36	2	20	40	1.67
1952462--1952527	21	3.1	21	71	0	60	13	28	16	40	1.87
1952429--1952549	42	2.9	42	86	2	145	14	23	18	42	1.87
1954713--1954817	24	4.3	24	78	8	95	30	24	27	17	1.97
1954710--1954817	25	4.4	24	82	3	135	29	25	28	16	1.97
1954725--1954827	24	4.2	24	81	3	116	31	25	29	14	1.95
1954733--1954844	49	2.3	50	93	3	192	28	23	30	17	1.97
1954749--1954842	25	3.8	25	79	6	104	27	23	31	17	1.96
1958047--1958085	20	2.0	20	85	10	53	48	30	7	12	1.69
1960441--1960473	12	2.8	12	86	4	50	57	6	3	33	1.38
1964961--1965014	23	2.2	24	84	12	67	50	22	9	18	1.75
1965546--1965611	16	4.4	16	68	24	54	19	24	0	56	1.43
1965531--1965616	43	2.0	43	93	0	145	23	23	0	53	1.46
1965551--1965589	15	2.6	14	80	11	51	23	20	0	56	1.42
1966817--1966857	3	13.3	3	84	5	55	31	4	0	63	1.15
1966821--1966959	33	4.4	31	70	15	88	43	7	0	48	1.35
1973820--1973858	20	2.0	20	85	10	53	43	5	5	46	1.48
1973951--1973976	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
1975440--1975478	20	2.0	20	85	10	53	43	5	5	46	1.48
1975571--1975596	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
1976099--1976147	24	2.0	24	84	0	62	55	0	0	44	0.99
1976643--1976668	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1977692--1977725	7	4.9	7	92	0	59	55	0	2	41	1.15
1985929--1985995	31	2.2	30	78	5	73	31	13	13	41	1.83
1989193--1989232	19	2.2	18	86	8	55	10	20	5	65	1.42
1991399--1991431	17	1.9	17	88	11	50	42	9	24	24	1.83
1998578--1999607	513	2.0	516	98	0	2003	21	20	27	29	1.98
2001447--2001486	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
2003376--2003416	20	2.0	20	90	9	66	14	14	4	65	1.42
2004774--2004798	13	1.9	13	100	0	50	12	24	8	56	1.62
2005781--2006256	44	10.8	44	67	13	203	30	16	23	29	1.96
2005689--2006298	132	4.6	132	93	1	974	30	17	23	29	1.97
2010689--2010782	46	2.0	47	95	2	172	23	25	25	25	2.00
2014871--2014946	38	1.9	40	86	7	111	3	25	10	60	1.46
2017308--2017506	54	3.5	53	68	20	139	43	2	4	49	1.34
2017440--2017474	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2022408--2022483	37	2.1	37	92	5	127	40	2	30	26	1.69
2024794--2024863	32	2.2	32	86	0	95	20	21	40	18	1.92
2025274--2025308	13	2.6	14	81	9	54	17	17	17	48	1.81
2027527--2027583	30	1.9	28	83	16	71	47	7	15	29	1.72
2031308--2031338	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2037995--2038076	37	2.2	39	82	8	98	39	3	7	50	1.48
2038619--2038668	26	1.9	26	91	0	82	22	26	16	36	1.94
2038905--2039000	48	2.0	48	85	0	129	39	18	3	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043256--2043334	29	2.7	29	76	7	79	22	15	17	44	1.86
2043299--2043392	29	3.2	29	86	0	107	24	15	23	36	1.94
2045349--2045373	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2045535--2045571	20	1.9	18	89	10	56	37	8	2	51	1.46
2052354--2052411	29	2.0	29	100	0	116	41	20	34	3	1.69
2066826--2066891	31	2.1	31	86	5	89	25	16	28	28	1.97
2070254--2070295	16	2.8	15	79	10	50	52	19	0	28	1.46
2070254--2070295	15	2.8	15	79	13	50	52	19	0	28	1.46
2076533--2076576	21	2.1	21	83	8	54	40	27	4	27	1.75
2078524--2078548	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
2081537--2081634	48	2.0	48	98	0	187	19	12	19	48	1.79
2082047--2082113	19	3.5	19	74	10	55	32	2	2	61	1.26
2086720--2086753	16	2.1	16	89	10	52	44	0	0	55	0.99
2087090--2087128	18	2.1	19	95	4	71	33	0	5	61	1.18
2088154--2088281	61	2.1	61	100	0	256	35	1	17	45	1.58
2090582--2090639	21	2.7	22	80	17	68	24	1	12	62	1.39
2096138--2096174	16	2.3	16	95	0	65	35	5	35	24	1.78
2096154--2096244	44	2.0	46	91	4	150	25	4	30	39	1.75
2096154--2096261	46	2.5	44	84	11	136	27	3	31	37	1.75
2096384--2096450	34	2.0	34	82	5	82	46	4	2	46	1.38
2097721--2097745	10	2.5	10	100	0	50	44	28	8	20	1.79
2097882--2097932	26	2.0	26	96	0	93	47	23	11	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2098980--2099021	22	1.9	22	90	0	66	54	4	9	30	1.53
2098979--2099029	22	2.3	22	80	6	59	54	3	7	33	1.47
2105328--2105366	21	1.9	20	84	5	51	51	12	5	30	1.62
2105779--2105818	19	2.2	19	86	13	57	67	5	2	25	1.23
2106117--2106193	30	2.6	29	85	4	100	53	12	7	25	1.66
2108411--2108447	19	2.1	18	85	14	51	43	0	2	54	1.14
2111074--2111103	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
2115793--2115840	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
2131816--2131845	10	3.0	10	90	0	51	56	0	13	30	1.37
2136631--2136713	30	2.8	29	83	3	112	37	12	26	24	1.90
2136582--2136724	29	4.9	29	77	8	96	38	13	22	25	1.91
2141682--2141735	22	2.5	21	85	5	81	31	12	14	40	1.84
2142690--2142755	29	2.3	29	86	0	87	37	10	22	28	1.88
2151512--2151931	27	15.6	27	86	0	545	43	21	17	18	1.88
2155186--2155280	29	3.1	29	76	14	100	24	5	20	50	1.68
2161443--2161489	24	1.9	24	86	4	67	34	2	36	27	1.69
2162004--2162131	27	4.8	26	85	6	159	42	24	17	16	1.89
2162180--2162430	97	2.6	97	96	0	448	22	13	31	32	1.92
2164107--2164136	8	3.6	8	95	4	51	10	16	40	33	1.82
2164282--2164430	27	5.6	27	85	4	196	40	23	17	18	1.91
2164282--2164434	26	5.8	26	84	7	193	39	22	18	18	1.92
2166781--2167304	259	2.0	259	98	0	1003	41	19	12	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169622--2169735	48	2.4	47	88	1	165	34	21	13	30	1.92
2174540--2174585	22	2.1	22	92	8	76	15	28	19	36	1.92
2176082--2176170	28	3.2	28	91	0	142	28	16	25	29	1.97
2184606--2184668	24	2.6	25	82	2	74	26	23	23	25	2.00
2184647--2184694	25	1.9	25	82	0	60	41	18	20	18	1.90
2196453--2196507	27	2.0	28	89	3	85	32	3	10	52	1.54
2196455--2196513	27	2.2	27	84	6	75	32	3	11	52	1.54
2204959--2204998	13	3.0	13	92	3	62	72	2	2	22	1.09
2206810--2206859	6	8.2	6	79	20	59	6	14	0	80	0.90
2209829--2209888	30	2.0	30	96	0	111	35	3	28	33	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14