genome.fa.s1523.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3824748

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213432--2213469	20	1.9	19	89	5	58	7	13	2	76	1.11
2217194--2217239	20	2.3	20	81	7	58	69	2	0	28	1.00
2222329--2222367	15	2.6	16	80	12	55	25	5	46	23	1.73
2225782--2225807	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
2228089--2228146	21	2.7	22	76	10	57	13	48	24	13	1.79
2228100--2228148	21	2.3	21	85	3	62	10	51	24	14	1.73
2229019--2229090	30	2.3	31	81	9	85	43	2	5	48	1.40
2229267--2229316	24	2.0	24	84	7	64	34	10	10	46	1.71
2230558--2230717	43	3.7	43	84	1	187	29	30	18	22	1.97
2230558--2230716	86	1.8	86	85	2	221	29	30	17	22	1.97
2230558--2230755	86	2.3	86	82	2	220	31	29	16	22	1.96
2230705--2230812	52	2.1	53	98	1	209	41	25	10	22	1.85
2235958--2236088	41	3.2	41	89	2	194	29	25	22	21	1.99
2236578--2236616	20	2.0	20	85	10	53	46	2	0	51	1.14
2245388--2245603	105	2.1	105	98	0	414	31	16	23	28	1.96
2249408--2249558	43	3.5	43	91	2	232	32	23	16	27	1.96
2249673--2249755	31	2.7	30	77	3	85	44	19	7	28	1.77
2249697--2249766	30	2.3	30	76	11	70	48	18	5	27	1.70
2272885--2272982	41	2.4	41	86	1	135	26	26	9	37	1.86
2273848--2273896	25	2.0	25	88	8	73	51	2	0	46	1.12
2278255--2278347	47	2.0	47	85	4	125	36	25	6	31	1.81
2285204--2285292	44	2.0	45	91	2	144	33	22	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288331--2288489	81	2.0	81	87	0	228	19	24	20	35	1.96
2289775--2289819	24	2.0	23	83	16	58	51	17	0	31	1.46
2289784--2289832	23	2.1	24	84	3	64	51	14	0	34	1.43
2297765--2297796	16	2.0	16	93	0	55	28	0	34	37	1.57
2317930--2317966	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2318020--2318050	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2318568--2318617	26	1.9	26	91	0	82	30	10	12	48	1.73
2320947--2320980	17	1.9	17	88	5	50	47	8	0	44	1.34
2327636--2327675	18	2.2	18	90	0	62	27	0	0	72	0.85
2329301--2329326	7	3.7	7	100	0	52	26	15	11	46	1.80
2336842--2336878	19	1.9	19	100	0	74	32	10	8	48	1.67
2336846--2336890	19	2.4	19	85	7	56	40	11	6	42	1.67
2340806--2340858	27	2.0	27	96	0	97	32	49	0	18	1.48
2358867--2359544	341	2.0	340	88	1	1000	34	22	16	26	1.95
2363351--2363386	17	2.1	17	94	0	63	41	5	0	52	1.24
2364289--2364322	16	2.2	15	89	5	50	70	0	2	26	1.01
2365636--2365715	40	2.0	40	97	0	151	26	15	13	45	1.83
2383821--2383953	4	33.5	4	95	1	196	49	30	0	19	1.49
2383908--2383942	2	17.5	2	93	0	61	51	45	0	2	1.16
2384993--2385042	26	1.9	26	84	8	66	48	14	14	24	1.80
2386095--2386295	94	2.2	94	90	4	320	21	1	25	51	1.57
2386268--2386334	14	4.7	14	80	10	64	14	0	40	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386252--2386334	7	11.9	7	70	14	55	15	0	38	45	1.47
2389690--2389720	16	1.9	16	93	0	53	77	6	6	9	1.12
2391106--2391209	45	2.3	44	85	11	131	32	6	18	42	1.76
2391151--2391175	10	2.5	10	100	0	50	28	8	20	44	1.79
2391593--2391665	21	3.3	21	68	17	67	28	5	6	58	1.46
2392453--2392892	9	50.4	9	64	19	116	43	18	2	35	1.65
2392455--2392699	25	9.8	25	73	13	132	44	17	1	37	1.58
2392430--2392572	49	2.9	50	80	13	138	42	20	1	34	1.61
2392559--2392686	34	3.8	34	73	13	104	45	13	2	39	1.56
2392598--2392799	25	7.9	24	75	10	102	42	17	4	35	1.69
2392714--2392799	26	3.3	26	90	1	129	41	17	5	34	1.73
2392751--2392815	16	4.4	16	67	25	54	43	21	6	29	1.77
2392612--2392892	102	2.9	101	76	12	273	43	17	3	35	1.67
2392793--2392887	25	3.8	25	81	5	86	45	17	1	35	1.56
2392805--2392879	16	4.6	16	73	15	64	46	16	0	37	1.47
2397650--2397679	9	3.3	9	90	0	51	46	16	0	36	1.47
2397620--2397826	55	3.7	55	82	6	274	46	11	4	37	1.62
2397762--2397791	9	3.3	9	90	0	51	46	16	0	36	1.47
2397598--2397840	112	2.2	112	99	0	477	46	11	4	36	1.62
2397777--2397864	37	2.4	37	90	0	140	44	13	7	34	1.73
2398504--2398689	43	4.3	43	77	9	191	26	19	26	27	1.99
2398488--2398712	43	5.3	42	74	11	165	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400132--2400197	31	2.2	31	86	5	91	33	18	13	34	1.90
2427737--2427793	24	2.3	25	81	3	71	35	8	3	52	1.50
2428476--2428516	14	2.9	14	81	0	55	65	0	12	21	1.25
2450882--2451177	42	7.1	42	74	10	182	17	18	28	35	1.94
2450882--2451166	41	6.9	41	75	5	193	16	17	28	36	1.92
2450962--2451166	83	2.5	84	79	7	204	16	18	28	37	1.92
2452907--2452967	32	1.9	32	86	3	88	32	18	16	32	1.93
2453051--2453080	15	2.0	15	93	0	51	76	6	16	0	0.99
2454642--2454716	35	2.3	33	82	13	84	42	17	1	38	1.58
2454679--2454745	13	4.8	13	79	13	62	44	14	2	37	1.61
2454657--2454719	17	3.6	17	80	4	72	42	15	1	39	1.57
2454673--2454798	43	3.0	45	72	17	117	44	13	2	39	1.57
2454695--2454822	26	5.1	26	66	21	69	42	12	2	42	1.55
2454665--2454826	18	8.5	18	66	18	78	44	12	2	40	1.55
2460679--2460771	21	4.4	21	88	0	114	38	17	40	3	1.65
2462128--2462178	15	3.5	14	84	10	50	58	1	11	27	1.44
2464071--2464325	126	2.0	127	98	0	494	40	9	10	39	1.72
2465197--2465230	18	1.9	18	88	5	52	55	0	8	35	1.31
2465363--2465416	3	17.0	3	77	11	54	61	7	1	29	1.34
2466467--2467452	263	3.7	264	91	0	1510	30	24	18	26	1.98
2466589--2467527	44	21.4	42	67	14	337	30	25	17	26	1.98
2466467--2467452	132	7.5	132	92	0	1510	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476509--2476570	3	21.3	3	77	12	67	61	1	3	33	1.22
2476512--2476570	16	3.6	17	81	9	77	61	1	3	33	1.23
2476508--2476561	19	2.8	20	86	8	76	61	1	1	35	1.18
2478889--2478965	22	3.3	22	80	8	73	28	5	2	63	1.29
2484160--2484209	21	2.6	18	81	15	55	30	6	18	46	1.73
2484495--2484583	44	2.0	46	86	8	130	26	4	30	38	1.76
2484674--2484720	23	2.0	24	84	15	64	53	4	2	40	1.32
2484701--2484759	26	2.3	25	85	8	82	57	0	0	42	0.98
2484738--2484773	18	2.1	17	90	10	56	63	0	2	33	1.08
2488141--2488184	19	2.5	18	85	10	56	63	6	22	6	1.43
2492265--2492304	17	2.3	18	91	4	64	47	5	2	45	1.38
2499086--2499569	174	2.8	174	90	2	731	27	13	17	41	1.86
2501168--2501220	26	2.0	27	85	3	72	24	13	9	52	1.69
2502174--2502243	34	2.0	35	83	8	90	57	18	7	17	1.62
2504266--2504330	32	2.0	32	94	5	114	53	3	20	23	1.59
2505460--2505492	10	3.0	11	86	13	50	18	36	0	45	1.49
2505477--2505529	22	2.4	22	93	3	88	26	30	0	43	1.55
2505504--2506093	51	11.6	51	100	0	1180	29	25	0	44	1.54
2506065--2506115	22	2.3	22	93	0	93	27	31	0	41	1.56
2506014--2506151	73	1.9	73	95	0	249	26	27	0	44	1.59
2509324--2509603	126	2.2	124	92	1	461	35	20	17	27	1.95
2514211--2514256	24	1.9	24	100	0	92	17	17	10	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2528440--2528469	12	2.5	12	94	0	51	56	10	20	13	1.65
2529048--2529085	16	2.4	16	90	0	58	23	2	42	31	1.68
2530286--2530340	23	2.4	23	93	3	94	23	7	27	41	1.80
2535802--2535845	20	2.2	20	83	0	52	27	4	11	56	1.53
2540639--2540743	31	3.4	31	68	7	97	54	8	2	34	1.46
2540631--2540748	61	1.9	61	89	0	182	51	9	2	36	1.48
2551560--2551596	17	2.2	17	85	4	58	51	0	0	48	1.00
2552650--2552683	17	2.0	17	100	0	68	29	11	5	52	1.61
2554735--2554777	20	2.3	19	88	11	63	2	18	0	79	0.85
2563367--2563426	27	2.2	28	82	8	70	30	0	16	53	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14