genome.fa.s1523.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3824748

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2563870--2564284	13	31.6	13	69	13	208	43	1	20	34	1.63
2563873--2564322	40	11.4	40	86	4	576	43	2	20	34	1.64
2564220--2564367	67	2.2	68	74	12	153	43	2	21	33	1.64
2566665--2566694	4	7.5	4	100	0	60	50	26	0	23	1.50
2567853--2567973	36	3.4	36	77	11	131	43	30	10	14	1.80
2579018--2579060	17	2.6	16	82	14	52	0	16	2	81	0.79
2582710--2582762	27	1.9	28	84	3	72	30	39	3	26	1.74
2582710--2582768	27	2.1	28	81	3	66	30	40	5	23	1.76
2587342--2587380	19	2.1	19	85	4	53	17	5	0	76	0.96
2587350--2587388	12	3.2	13	85	14	64	15	5	0	79	0.90
2590241--2590622	198	1.9	199	92	0	640	24	22	25	26	2.00
2591557--2591599	2	22.0	2	85	4	52	44	2	4	48	1.36
2593754--2593886	64	2.1	64	97	1	250	36	10	3	48	1.56
2600703--2601220	50	10.4	50	70	3	333	28	19	25	26	1.99
2600677--2601235	100	5.6	100	90	0	859	28	20	24	27	1.99
2602925--2602963	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2604522--2604570	19	2.6	18	84	9	62	55	2	22	20	1.54
2604522--2604570	18	2.6	19	87	6	64	55	2	22	20	1.54
2607592--2607648	29	2.0	29	85	0	78	49	15	7	28	1.71
2609993--2610181	48	3.9	48	91	1	272	37	17	23	21	1.94
2610573--2610640	9	7.6	9	77	6	59	63	1	29	5	1.27
2610573--2610641	27	2.6	27	77	13	70	62	1	28	7	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611421--2611484	1	64.0	1	85	0	74	1	3	4	90	0.59
2617886--2617938	26	2.0	26	100	0	106	39	15	0	45	1.46
2624892--2625049	42	3.7	42	76	9	133	32	27	17	23	1.96
2635473--2635524	18	2.6	22	74	22	60	15	28	3	51	1.60
2663706--2663737	15	2.1	15	94	0	55	34	31	6	28	1.82
2665050--2665081	15	2.1	15	94	0	55	34	31	6	28	1.82
2666634--2666674	20	2.0	20	95	0	73	31	17	19	31	1.95
2671991--2672255	132	2.0	133	97	0	505	37	5	14	41	1.70
2673526--2673713	43	4.4	43	93	0	331	32	30	17	18	1.94
2674429--2674460	16	2.1	15	94	5	55	46	9	0	43	1.35
2677727--2678186	114	4.0	114	90	0	722	26	25	21	26	2.00
2677727--2678186	229	2.0	229	95	0	823	26	25	21	26	2.00
2677972--2678373	187	2.1	187	91	1	646	25	25	22	26	2.00
2678086--2678260	73	2.4	74	92	2	282	27	25	21	25	1.99
2677857--2678487	301	2.1	302	91	0	1032	25	25	22	26	2.00
2678159--2678599	114	3.9	114	93	1	724	25	26	22	25	2.00
2678159--2678599	227	1.9	228	92	1	733	25	26	22	25	2.00
2677743--2678599	415	2.1	415	91	1	1360	25	25	22	26	2.00
2679279--2679338	30	2.0	30	96	3	113	31	10	10	48	1.70
2680317--2680367	26	2.0	24	85	7	66	31	0	1	66	1.03
2680760--2680796	14	2.6	14	91	0	56	18	59	5	16	1.55
2682014--2682061	25	1.9	25	100	0	96	39	4	8	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682706--2682739	17	1.9	18	94	5	61	67	0	0	32	0.91
2685694--2685874	90	2.0	91	98	1	355	39	8	18	32	1.82
2685918--2685964	21	2.2	22	85	11	62	51	0	4	44	1.21
2687254--2687284	14	2.2	14	100	0	62	25	25	6	41	1.79
2695546--2695584	19	2.1	19	95	0	69	43	12	5	38	1.65
2699267--2699362	41	2.3	41	85	3	131	50	12	5	32	1.62
2699386--2699426	19	2.2	19	95	0	73	43	12	4	39	1.63
2717950--2718427	44	10.9	44	86	0	643	26	23	20	29	1.99
2719702--2719804	49	2.1	49	83	3	127	14	22	17	45	1.84
2725517--2725549	15	2.1	16	88	5	50	24	0	18	57	1.40
2726874--2726977	31	3.5	30	73	17	108	24	20	13	42	1.87
2726874--2726999	59	2.1	59	86	7	175	26	19	12	41	1.87
2736183--2736236	19	2.7	19	77	5	54	44	11	1	42	1.50
2738438--2738487	22	2.3	22	96	0	91	32	22	18	28	1.97
2743941--2743992	16	3.4	17	68	26	53	65	3	1	28	1.21
2744993--2745040	18	2.6	19	80	9	55	47	4	2	45	1.33
2744993--2745041	19	2.7	18	77	3	53	48	4	2	44	1.33
2748625--2748669	23	2.0	23	100	0	90	22	22	15	40	1.91
2751754--2751831	29	2.7	29	84	4	86	33	15	5	46	1.68
2751837--2751906	19	3.5	19	73	17	70	61	18	0	20	1.35
2753583--2754002	228	1.8	228	79	2	493	28	14	19	38	1.90
2756398--2756440	22	1.9	23	85	4	61	20	0	20	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758832--2758869	13	2.8	14	84	15	53	81	0	15	2	0.80
2759462--2759492	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
2761086--2761126	13	3.1	14	86	6	50	21	7	24	46	1.77
2761185--2761236	25	2.0	26	85	10	72	25	3	23	48	1.68
2761310--2761349	21	1.9	21	84	0	53	12	2	40	45	1.56
2770516--2770584	21	3.3	20	83	4	75	37	15	40	5	1.72
2770532--2770583	21	2.5	21	90	0	77	40	15	38	5	1.71
2771028--2771321	42	7.0	42	91	3	434	24	23	20	31	1.98
2772374--2772419	21	2.2	21	84	0	56	17	4	21	56	1.58
2775962--2776022	24	2.5	24	86	5	79	27	24	32	14	1.95
2778626--2778683	23	2.5	23	78	15	66	44	6	3	44	1.47
2796265--2796351	24	3.6	24	71	17	72	57	1	1	40	1.14
2796321--2796373	16	3.5	15	80	17	56	54	0	1	43	1.11
2796262--2796371	7	15.9	7	68	13	50	55	0	1	41	1.16
2796724--2796766	19	2.3	19	84	8	52	39	4	0	55	1.20
2797062--2797117	26	2.2	26	80	6	60	67	1	1	28	1.10
2797061--2797157	46	2.2	44	81	9	117	63	3	2	30	1.21
2797125--2797175	20	2.5	21	78	18	63	66	7	1	23	1.28
2797383--2797425	19	2.2	20	91	4	70	69	0	0	30	0.88
2805180--2805231	18	2.8	18	91	2	77	46	0	3	50	1.20
2809930--2810034	54	2.0	52	91	8	171	24	13	7	54	1.65
2811555--2811597	3	14.0	3	82	4	50	60	0	4	34	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2811536--2811597	15	3.9	15	74	8	52	56	1	8	33	1.38
2813732--2813925	92	2.2	91	85	4	252	38	21	7	32	1.81
2813972--2814023	26	1.9	28	88	7	81	61	0	0	38	0.96
2814000--2814037	18	2.2	17	86	9	51	55	0	0	44	0.99
2814012--2814063	20	2.6	19	79	8	59	50	3	1	44	1.31
2814058--2814240	88	2.0	93	85	5	250	37	9	16	37	1.81
2814564--2815111	274	2.0	274	99	0	1087	36	12	13	37	1.83
2815156--2815186	16	1.9	16	93	0	53	12	22	9	54	1.67
2817264--2817307	19	2.3	19	96	0	79	27	31	11	29	1.91
2823255--2823386	9	14.2	9	68	17	58	18	5	3	72	1.17
2823255--2823384	19	6.6	19	71	15	70	19	5	3	72	1.18
2823252--2823304	13	4.2	13	88	11	74	24	3	0	71	1.02
2823574--2823635	3	20.3	3	85	9	81	32	0	1	66	1.02
2825133--2825173	15	2.7	15	78	21	50	7	4	4	82	0.93
2825101--2825171	13	5.3	13	76	17	65	7	7	5	80	1.03
2825163--2825209	25	1.9	23	83	12	58	25	8	2	63	1.34
2826112--2826158	7	5.9	8	85	14	62	85	2	10	2	0.78
2828841--2828959	59	2.0	59	95	0	211	37	6	23	31	1.81
2853229--2853270	21	1.9	22	90	9	68	64	0	23	11	1.27
2855970--2855994	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2857391--2857530	24	5.7	24	77	16	128	24	25	20	30	1.99
2857437--2857560	50	2.5	50	89	7	184	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2857391--2857530	73	1.9	74	89	4	221	24	25	20	30	1.99
2857391--2857546	25	6.4	24	78	14	158	25	24	20	30	1.99
2860887--2860916	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
2861100--2861137	13	2.9	13	96	0	67	21	7	28	42	1.81
2862256--2862280	9	2.8	9	100	0	50	36	8	0	56	1.29
2862410--2862437	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2863600--2863671	29	2.5	29	90	2	110	40	9	1	48	1.45
2863659--2863696	18	2.1	18	90	5	58	78	10	0	10	0.95
2863736--2863803	27	2.5	27	95	0	118	26	26	27	19	1.99
2867737--2867775	18	2.1	18	85	9	51	7	0	15	76	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14