genome.fa.s1523.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold23
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3824748

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1381367--1381469	27	3.5	27	70	21	82	49	0	9	39	1.42
1384108--1384147	19	2.2	19	95	4	73	42	2	17	37	1.63
1385575--1385617	11	4.4	11	72	27	51	41	0	0	58	0.98
1385739--1385819	40	2.0	42	85	4	112	25	27	24	22	2.00
1387609--1387743	40	3.4	39	80	4	135	14	15	28	42	1.86
1387964--1388073	40	2.8	39	76	4	114	39	19	21	20	1.93
1388024--1388101	39	2.0	39	85	7	104	39	17	21	20	1.92
1402092--1402257	45	3.7	45	84	1	217	21	21	15	42	1.88
1410871--1410912	21	2.0	20	82	13	50	50	19	0	30	1.48
1413921--1414326	109	3.7	109	93	1	706	34	19	14	31	1.92
1413921--1414326	219	1.9	218	94	1	715	34	19	14	31	1.92
1414452--1414512	4	16.0	4	75	10	56	68	3	3	24	1.19
1414661--1414695	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
1415540--1416162	99	6.3	99	86	3	851	21	22	24	30	1.99
1415540--1416162	199	3.1	198	90	2	912	21	22	24	30	1.99
1427964--1428047	43	2.0	43	97	0	159	34	25	23	16	1.95
1428083--1428338	109	2.3	109	92	0	422	30	14	19	36	1.91
1428921--1428968	23	2.1	24	88	7	73	47	0	6	45	1.27
1429228--1429310	41	2.0	41	90	0	130	48	13	3	34	1.60
1430895--1430924	15	2.0	15	93	0	51	56	13	13	16	1.67
1432353--1432424	29	2.4	30	77	13	69	33	2	4	59	1.31
1432364--1432423	29	2.1	30	81	9	72	31	1	5	61	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432646--1432687	19	2.2	20	86	4	59	11	11	4	71	1.29
1433523--1433755	115	2.0	115	88	0	349	30	18	17	33	1.94
1434484--1434508	13	1.9	13	100	0	50	32	16	24	28	1.96
1438371--1438403	16	1.9	18	88	11	52	30	3	0	66	1.06
1450595--1450634	19	2.0	20	86	13	57	72	10	2	15	1.21
1453923--1454059	65	2.1	65	98	1	265	37	18	10	33	1.86
1455658--1455868	105	2.0	106	99	0	415	28	9	18	44	1.80
1457745--1457779	8	4.2	8	92	7	61	88	0	11	0	0.51
1457744--1457776	9	3.8	9	92	8	59	90	0	9	0	0.44
1457744--1457779	17	2.1	17	100	0	72	88	0	11	0	0.50
1464820--1464856	18	2.1	18	89	0	56	40	21	16	21	1.91
1468234--1468329	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
1469227--1469274	24	2.0	24	91	0	78	43	8	25	22	1.81
1469374--1469514	42	3.4	42	87	0	192	17	22	17	42	1.89
1469458--1469516	21	2.8	21	65	0	55	16	28	16	37	1.92
1470916--1470961	20	2.3	20	85	3	58	41	2	8	47	1.46
1477774--1477803	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1480258--1480329	36	2.1	36	87	10	105	27	9	1	61	1.36
1482481--1482523	19	2.3	19	84	8	52	25	18	9	46	1.79
1484411--1484450	18	2.2	18	90	0	62	12	15	7	65	1.47
1485354--1485407	28	2.0	27	88	3	81	66	1	16	14	1.34
1485633--1485681	13	3.6	14	78	8	57	59	0	22	18	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485286--1485831	270	2.0	274	91	3	893	41	12	26	19	1.87
1486807--1487068	44	6.0	44	70	13	173	29	19	24	27	1.98
1486814--1487063	132	1.9	132	94	0	437	28	19	24	28	1.98
1487051--1487227	44	4.1	44	70	15	134	32	19	21	26	1.97
1486815--1487102	132	2.2	131	88	3	328	28	19	23	27	1.99
1487051--1487311	129	2.0	129	81	2	301	32	18	21	28	1.96
1488012--1488036	13	1.9	13	100	0	50	8	24	0	68	1.16
1491674--1491993	44	7.3	44	70	10	197	29	18	23	28	1.98
1491574--1492013	132	3.3	132	92	0	702	29	18	24	27	1.98
1492003--1493090	180	6.1	180	99	0	2126	31	20	22	25	1.98
1493199--1493257	29	2.0	29	100	0	118	33	13	23	28	1.93
1493095--1493389	161	1.8	161	89	0	464	29	17	24	28	1.97
1493228--1495008	132	13.5	132	95	0	2933	30	18	21	29	1.97
1495004--1495153	44	3.5	44	82	7	182	31	13	24	31	1.93
1495004--1495111	40	2.6	40	89	5	153	31	12	24	32	1.91
1495482--1495578	48	2.0	48	97	0	185	37	14	31	16	1.89
1508788--1508814	14	1.9	14	100	0	54	14	0	33	51	1.43
1516547--1516646	39	2.6	39	85	1	130	48	9	6	37	1.60
1525967--1526220	136	1.9	136	82	2	323	52	8	10	29	1.64
1527598--1527634	16	2.2	16	90	4	56	18	5	27	48	1.70
1528247--1528282	19	1.9	19	88	5	56	52	5	13	27	1.63
1528506--1528620	33	3.5	33	75	10	103	53	3	4	39	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1531250--1531303	17	3.1	17	81	7	56	25	1	20	51	1.57
1535052--1535082	15	2.1	15	93	0	53	12	25	3	58	1.50
1544049--1544135	44	2.0	45	90	2	140	37	0	12	49	1.41
1544145--1544214	29	2.8	23	77	22	86	44	30	0	25	1.55
1544161--1544549	29	14.4	29	70	23	296	44	26	0	27	1.59
1544269--1544400	22	6.2	20	67	30	80	44	26	0	28	1.54
1544284--1544422	51	2.7	51	97	0	260	45	25	0	28	1.54
1544354--1544397	21	2.1	21	91	8	72	43	25	0	31	1.55
1544341--1544496	74	2.1	74	96	0	285	45	25	0	28	1.58
1544290--1544572	125	2.3	125	96	0	521	45	25	0	28	1.58
1544399--1544441	23	2.0	20	95	4	59	48	20	0	30	1.50
1544415--1544547	51	2.6	51	96	0	239	45	26	1	27	1.63
1544480--1544525	22	2.2	20	88	11	67	45	28	0	26	1.54
1544524--1544564	23	1.9	20	100	0	55	51	14	2	31	1.56
1544577--1544814	116	2.1	116	94	0	413	37	10	9	42	1.72
1544790--1544831	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
1547902--1548172	136	2.0	136	92	0	452	28	22	15	34	1.94
1549014--1549061	25	1.9	25	86	0	69	22	14	6	56	1.61
1550500--1550538	14	2.8	15	85	14	57	7	7	5	79	1.05
1556339--1556372	6	5.7	6	100	0	68	70	14	0	14	1.17
1556375--1556406	7	4.4	7	92	7	55	84	0	15	0	0.63
1556375--1556403	15	1.9	15	100	0	58	82	0	17	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1558475--1559074	218	2.8	218	92	0	977	27	19	26	27	1.99
1558871--1559167	89	3.3	89	75	10	336	26	19	27	26	1.99
1558871--1559244	177	2.1	177	94	0	658	27	18	25	28	1.98
1558871--1559205	89	3.8	88	73	11	306	26	18	26	28	1.98
1558867--1560217	435	3.1	433	84	4	1609	27	19	26	27	1.99
1559048--1560211	218	5.3	218	90	1	1803	26	19	26	27	1.99
1558653--1559469	395	2.1	395	91	0	1328	26	18	26	28	1.98
1558475--1559687	613	2.0	613	92	0	1998	26	19	26	27	1.99
1559075--1560211	435	2.6	436	90	0	1826	27	19	26	26	1.99
1560217--1560400	99	1.9	100	83	3	246	32	23	20	23	1.98
1561956--1561998	23	2.0	22	81	9	52	34	4	9	51	1.55
1566110--1566205	49	2.0	49	95	0	174	30	20	22	26	1.99
1577893--1577924	13	2.5	13	94	0	55	53	12	18	15	1.73
1578509--1578543	17	2.1	17	88	0	52	74	2	2	20	1.08
1585216--1585252	16	2.2	17	90	4	58	75	8	0	16	1.02
1588710--1588777	29	2.3	29	79	0	82	35	1	27	35	1.66
1589175--1589212	16	2.4	16	95	0	67	47	5	23	23	1.72
1593058--1593238	100	1.8	100	97	0	344	45	14	11	28	1.80
1593311--1593396	30	2.9	31	77	8	88	33	22	3	40	1.71
1593347--1593413	30	2.3	29	82	10	82	40	28	1	29	1.66
1593901--1593982	4	21.5	4	75	16	68	76	0	23	0	0.78
1593906--1594006	12	7.9	13	76	21	74	79	0	19	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1593960--1594012	1	53.0	1	76	0	52	88	0	9	1	0.58
1593904--1594011	7	15.4	7	75	19	77	80	0	18	0	0.76
1593901--1594011	20	5.5	20	78	7	109	80	0	18	0	0.77
1593912--1594011	16	6.2	16	73	9	69	81	0	18	1	0.76
1594221--1594263	22	1.9	23	95	4	79	67	18	13	0	1.23
1594928--1594976	17	2.9	16	79	11	53	28	18	10	42	1.83
1595045--1595089	20	2.3	19	85	11	63	51	4	6	37	1.49
1596807--1596831	12	2.1	12	100	0	50	24	16	0	60	1.36
1600805--1600909	1	105.0	1	69	0	57	83	10	4	0	0.83
1600792--1600897	11	8.6	12	74	22	71	83	11	5	0	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14