genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397257.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_95.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12062019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356137--2356206	21	3.3	21	77	0	77	47	1	2	48	1.25
2357652--2357788	53	2.7	51	80	6	136	21	10	49	18	1.77
2367646--2367707	26	2.3	26	83	8	81	29	0	1	69	0.98
2367662--2367704	18	2.4	18	76	3	52	18	0	2	79	0.85
2370181--2370342	79	2.1	78	85	3	218	38	6	10	43	1.66
2381881--2381926	19	2.6	17	86	6	56	65	2	2	30	1.16
2387174--2387261	28	3.2	28	79	7	90	35	19	12	32	1.89
2393218--2393364	29	5.1	28	80	3	150	42	24	15	17	1.88
2406470--2406972	191	2.6	190	86	3	672	35	14	8	41	1.76
2407028--2407060	16	2.1	16	88	11	50	78	0	6	15	0.93
2407939--2407989	26	2.0	26	96	0	93	52	3	11	31	1.56
2408011--2408054	18	2.2	21	88	11	67	43	15	15	25	1.87
2408972--2409040	34	2.0	34	85	2	93	31	14	21	31	1.93
2409922--2410012	28	3.2	28	77	0	92	31	27	14	26	1.95
2410123--2410191	30	2.3	30	97	0	129	39	10	24	26	1.87
2413617--2413676	21	3.0	20	80	9	61	45	16	11	26	1.82
2417177--2417221	23	1.9	23	86	13	65	46	33	6	13	1.69
2423219--2423253	15	2.2	16	90	5	54	85	5	2	5	0.81
2429298--2429341	22	2.0	22	81	0	52	43	22	9	25	1.82
2434411--2434437	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2434876--2434951	38	2.0	38	100	0	152	21	18	26	34	1.96
2434884--2434964	38	2.1	38	83	0	99	27	12	27	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444592--2444626	14	2.5	14	100	0	70	17	28	0	54	1.43
2444915--2445018	52	2.0	52	98	0	199	20	11	23	45	1.83
2448574--2448616	14	3.0	14	79	3	50	79	16	2	2	0.95
2458397--2458462	25	2.6	25	85	4	80	33	13	9	43	1.76
2461065--2461096	15	2.0	17	88	11	50	46	18	15	18	1.84
2469217--2469263	21	2.2	22	88	3	69	57	6	0	36	1.24
2475017--2475059	21	2.0	21	86	8	61	60	6	0	32	1.23
2478447--2478472	7	3.7	7	100	0	52	42	0	26	30	1.56
2490394--2490445	18	3.2	18	70	30	62	26	9	19	44	1.81
2490394--2490457	30	2.1	30	91	5	103	28	7	20	43	1.79
2491735--2491763	6	5.0	6	95	4	51	17	0	17	65	1.27
2493934--2493966	14	2.3	15	89	5	50	69	0	0	30	0.88
2493914--2493966	15	3.6	14	77	10	52	67	1	0	30	1.01
2521587--2521850	68	3.9	68	81	1	282	37	8	17	36	1.80
2521982--2522039	30	1.9	30	89	0	89	32	22	27	17	1.96
2535060--2535094	18	1.9	18	94	0	61	5	8	48	37	1.58
2538538--2538738	27	7.5	27	78	3	129	14	27	25	31	1.95
2538592--2538785	81	2.4	81	78	5	212	17	29	23	29	1.97
2538615--2538758	27	5.3	27	78	3	137	17	31	23	27	1.97
2538592--2538785	54	3.6	54	78	4	176	17	29	23	29	1.97
2539004--2539035	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2541911--2542021	33	3.4	33	81	5	134	21	9	35	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543101--2543320	92	2.4	92	83	3	298	37	16	22	23	1.93
2543261--2543473	101	2.1	101	91	0	345	34	15	20	29	1.93
2544589--2544757	78	2.2	78	83	4	207	18	24	24	32	1.97
2544549--2544757	26	8.0	26	76	6	172	17	22	25	33	1.96
2544564--2544797	52	4.4	52	79	5	177	17	23	25	32	1.97
2564097--2564281	73	2.5	73	85	1	255	27	17	15	39	1.90
2568107--2568204	38	2.6	38	66	0	106	24	20	9	35	1.81
2577655--2577786	71	1.9	71	90	0	210	30	20	14	34	1.92
2581848--2581903	20	2.8	20	83	2	78	30	10	30	28	1.91
2581921--2582022	40	2.5	40	90	0	159	37	21	19	21	1.95
2590342--2590385	21	2.0	22	86	4	63	29	0	9	61	1.27
2591035--2591081	12	4.0	12	89	10	71	42	14	42	0	1.46
2597592--2597675	36	2.3	36	85	0	114	33	13	22	30	1.92
2598230--2598279	26	2.0	25	92	4	82	58	34	0	8	1.28
2598309--2598397	44	2.0	44	100	0	178	46	20	11	22	1.82
2604751--2604882	39	3.4	39	82	4	153	37	23	12	27	1.90
2612941--2612988	20	2.3	20	85	3	60	50	0	4	45	1.21
2613017--2613619	218	2.8	214	80	2	668	40	8	5	44	1.57
2618331--2618397	35	1.9	35	96	0	125	35	22	13	28	1.92
2634948--2635011	23	2.8	23	76	17	71	10	10	1	76	1.09
2639446--2639477	16	2.0	16	93	0	55	34	12	28	25	1.92
2642626--2642742	52	2.2	52	92	3	191	32	16	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2646372--2646412	9	4.7	9	84	6	57	75	0	14	9	1.04
2646372--2646411	17	2.4	17	91	0	62	75	0	15	10	1.05
2650511--2650967	251	1.8	251	88	0	707	37	8	5	48	1.58
2651407--2651459	24	2.2	24	86	0	70	58	24	0	16	1.38
2651680--2651733	19	2.9	18	75	8	54	57	1	38	1	1.20
2654649--2654699	16	3.2	16	94	0	84	64	17	0	17	1.29
2656255--2656283	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2657549--2657768	83	2.7	83	81	1	244	38	18	16	26	1.92
2657545--2657768	42	5.4	42	73	8	172	38	18	16	26	1.91
2658422--2658633	106	2.0	105	87	2	300	43	20	11	25	1.85
2667091--2667150	27	2.2	27	78	0	66	35	20	18	26	1.95
2671965--2672010	18	2.5	19	82	10	51	65	13	0	21	1.26
2678943--2678982	21	1.9	21	84	0	53	65	7	5	22	1.38
2679976--2680070	35	2.7	35	93	0	163	40	11	12	35	1.80
2682838--2683001	28	5.6	28	83	11	197	39	12	8	39	1.73
2682838--2683001	59	2.8	58	89	6	244	39	12	8	39	1.73
2682838--2682995	29	5.4	28	84	7	199	40	12	8	39	1.72
2686953--2687022	29	2.4	30	82	2	97	35	1	2	60	1.21
2700475--2700537	24	2.6	24	87	7	74	53	19	4	22	1.63
2700485--2700537	24	2.2	25	93	3	90	52	16	3	26	1.61
2700600--2700652	26	2.0	27	92	3	90	37	32	7	22	1.82
2706849--2706881	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2710749--2710807	31	1.9	31	100	0	118	30	22	11	35	1.90
2710707--2710856	80	1.9	80	92	0	255	28	22	14	35	1.93
2710844--2710878	14	2.5	14	100	0	70	31	22	14	31	1.94
2710795--2710926	63	2.1	63	95	0	237	27	23	15	33	1.95
2710858--2710975	49	2.4	49	88	2	184	27	21	16	35	1.94
2710997--2711049	26	2.0	26	92	0	88	16	35	22	24	1.95
2712618--2714147	249	6.1	247	80	5	1394	33	10	8	47	1.68
2716812--2717374	251	2.3	249	80	4	614	35	11	7	46	1.67
2717365--2717394	6	4.8	6	95	4	51	20	0	0	80	0.72
2725158--2725377	54	4.1	55	70	9	159	35	13	15	36	1.86
2725116--2725341	107	2.1	108	81	3	269	34	12	15	38	1.84
2726245--2726283	17	2.3	17	86	0	51	30	15	30	23	1.95
2733044--2733422	188	2.0	188	83	2	483	24	29	20	25	1.99
2735222--2735423	101	2.0	101	95	0	359	33	28	13	24	1.94
2745435--2745666	116	2.0	116	98	0	446	49	16	10	24	1.76
2747168--2747243	40	1.9	40	88	0	116	43	14	17	25	1.86
2747350--2747423	34	2.2	34	85	0	103	36	10	24	28	1.89
2752255--2752304	3	16.7	3	95	0	91	34	0	2	64	1.05
2759131--2759163	17	1.9	17	93	0	57	39	6	0	54	1.25
2759135--2759188	26	2.0	28	89	7	85	42	3	1	51	1.30
2760754--2760800	22	2.1	23	84	4	60	31	6	2	59	1.34
2762109--2762138	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2767415--2767455	15	2.9	15	85	7	50	65	14	4	14	1.42
2775067--2775153	28	3.2	26	62	25	61	22	24	18	34	1.96
2775064--2775174	57	1.9	57	100	0	222	26	21	18	34	1.96
2775418--2775455	19	1.9	19	89	5	58	60	10	0	28	1.30
2779096--2779138	22	2.1	21	84	16	56	69	2	2	25	1.12
2779880--2779915	14	2.6	14	86	0	54	0	36	0	63	0.94
2783481--2783510	11	2.7	11	100	0	60	63	0	30	6	1.20
2784578--2784631	15	3.7	15	85	7	67	57	0	42	0	0.98
2805427--2805456	11	2.7	11	100	0	60	50	6	0	43	1.28
2808158--2808234	36	2.1	36	90	4	120	1	45	10	42	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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