genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397257.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_95.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12062019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7766149--7766191	6	6.8	6	84	5	50	25	0	0	74	0.82
7766137--7766237	26	3.9	26	73	13	84	32	0	0	67	0.91
7766129--7766189	7	8.1	7	76	16	52	29	0	0	70	0.88
7766127--7766221	32	2.9	33	84	7	122	34	0	0	65	0.93
7766128--7766222	15	5.8	17	73	21	78	34	0	0	65	0.93
7766308--7766353	18	2.6	18	78	0	56	65	0	0	34	0.93
7766456--7766510	13	4.2	13	81	11	67	50	0	0	49	1.00
7768410--7768453	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
7768560--7768586	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7769230--7769254	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
7769993--7770023	2	15.5	2	93	0	53	48	0	51	0	1.00
7772469--7772494	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7772845--7772871	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7778121--7778158	19	2.0	19	85	10	51	42	5	7	44	1.56
7783683--7783747	32	2.0	32	100	0	130	40	18	15	26	1.90
7795440--7795509	36	1.9	36	88	0	104	31	8	24	35	1.85
7796147--7796179	17	1.9	17	88	11	50	39	21	12	27	1.88
7796683--7797136	138	3.3	137	78	7	377	30	20	16	32	1.95
7796656--7797155	69	7.3	68	74	10	293	29	21	16	33	1.95
7797602--7797658	20	2.8	20	84	5	62	22	3	7	66	1.31
7800414--7800465	18	2.9	18	80	8	54	48	0	1	50	1.12
7801178--7801244	31	2.1	33	86	8	95	19	14	37	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7802126--7802337	110	1.9	109	89	3	329	44	3	15	36	1.64
7806468--7806532	29	2.2	29	86	5	87	41	10	7	40	1.69
7806565--7806614	26	2.0	26	88	4	75	32	12	10	46	1.74
7806565--7806630	24	2.7	24	81	11	71	30	12	10	46	1.75
7806600--7806685	45	1.9	45	87	0	127	38	19	9	32	1.84
7806609--7806705	45	2.2	45	84	3	124	41	18	8	31	1.80
7806770--7806820	15	3.4	15	94	0	93	52	0	0	47	1.00
7808157--7808206	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
7809836--7809895	31	1.9	31	100	0	120	30	16	10	43	1.81
7814798--7814836	20	2.0	21	90	10	64	43	0	2	53	1.14
7815526--7815563	20	1.9	20	84	10	51	23	15	0	60	1.35
7815854--7815879	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7819965--7820001	15	2.5	15	90	0	65	43	13	27	16	1.85
7822763--7822806	21	2.0	22	82	4	54	27	0	9	63	1.24
7827768--7828238	235	2.0	235	97	0	879	25	19	23	31	1.98
7833690--7833832	44	3.2	44	78	3	117	33	15	13	37	1.86
7833720--7834016	44	6.6	44	68	12	118	32	15	13	38	1.86
7833891--7834009	44	2.7	44	77	2	123	30	16	11	41	1.84
7833891--7834012	43	2.8	44	75	6	122	31	16	11	40	1.84
7834696--7834743	7	6.9	7	79	9	53	18	0	4	77	0.93
7834688--7834733	22	2.2	21	88	7	67	19	0	4	76	0.96
7834736--7835252	186	2.8	186	81	4	552	41	10	12	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7849774--7849836	27	2.3	27	77	0	72	26	20	31	20	1.98
7849817--7849892	27	2.8	26	76	7	80	32	21	26	19	1.97
7862723--7863013	101	2.9	101	95	1	514	44	5	15	35	1.68
7863939--7864005	29	2.3	29	81	2	71	70	7	0	22	1.12
7864156--7864224	36	1.9	35	91	2	111	43	13	11	31	1.79
7866954--7866986	17	1.9	17	88	11	50	42	12	6	39	1.67
7867137--7867241	28	3.7	29	79	12	110	43	11	6	38	1.67
7867132--7867235	29	3.6	28	77	10	104	43	10	6	39	1.66
7878223--7878345	47	2.6	47	94	1	212	51	14	20	13	1.76
7887140--7887174	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
7898662--7898691	14	2.1	15	93	6	53	66	6	0	26	1.16
7904377--7904521	73	2.0	73	89	2	220	38	8	4	48	1.55
7909455--7909501	20	2.3	20	81	3	58	29	6	4	59	1.41
7919578--7919610	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
7924111--7924160	22	2.3	23	79	10	59	42	2	0	56	1.11
7949435--7949678	126	1.9	126	84	1	319	49	3	2	44	1.33
7949773--7949824	27	1.9	27	84	7	70	59	0	0	40	0.97
7949707--7950126	160	2.8	142	78	10	402	54	3	2	40	1.28
7949904--7949945	22	1.9	22	90	0	66	50	0	2	47	1.14
7949852--7949950	42	2.4	42	79	6	103	51	2	3	43	1.28
7949904--7949952	22	2.3	21	86	6	64	51	0	2	46	1.12
7950069--7950122	26	2.1	26	86	6	74	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7950253--7950304	27	1.9	27	88	7	79	34	7	1	55	1.39
7950643--7950681	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
7951692--7951721	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
7953500--7953583	41	2.0	41	86	0	114	47	1	8	42	1.41
7956517--7956557	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
7968825--7968865	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
7974132--7974175	23	2.0	23	86	4	63	70	13	0	15	1.17
7974640--7974691	27	1.9	27	84	0	68	28	7	48	15	1.73
7975873--7975912	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
7977475--7977675	28	7.2	28	82	2	197	38	7	12	41	1.72
7977509--7977675	56	3.0	56	90	0	244	37	8	13	41	1.74
7983257--7983340	42	2.0	42	97	0	159	16	17	16	48	1.81
8000774--8000821	22	2.1	23	85	11	64	25	8	8	58	1.55
8004363--8004403	19	2.2	19	86	8	57	48	2	4	43	1.37
8004365--8004417	20	2.6	20	82	8	63	50	1	5	41	1.36
8006627--8006665	2	19.5	2	84	10	53	0	51	2	46	1.14
8014820--8014881	25	2.5	25	92	2	99	22	12	22	41	1.88
8029121--8029155	10	3.4	10	88	4	52	80	0	20	0	0.72
8033738--8033771	3	11.3	3	93	0	59	0	29	0	70	0.87
8033749--8033807	24	2.4	25	80	11	68	0	35	1	62	1.05
8036919--8037078	75	2.1	75	81	5	182	22	21	26	29	1.99
8037818--8037912	27	3.6	26	72	14	86	53	3	1	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8037868--8037967	45	2.2	45	85	3	130	59	0	2	39	1.09
8037975--8038006	16	2.0	16	100	0	64	43	0	0	56	0.99
8041740--8041800	25	2.4	26	88	2	88	22	32	18	26	1.97
8046307--8046380	29	2.5	30	86	2	96	50	6	2	40	1.43
8056238--8056277	20	2.0	21	85	5	55	50	0	2	47	1.14
8056289--8056349	16	3.9	16	77	16	65	42	1	0	55	1.09
8066459--8066520	15	4.1	15	74	15	56	48	0	43	8	1.32
8087107--8087140	16	2.1	16	88	0	50	17	8	8	64	1.47
8088671--8088747	16	4.9	15	71	16	50	42	0	3	53	1.19
8090208--8090241	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
8096436--8096517	30	2.8	29	82	10	96	37	1	0	60	1.04
8097193--8097286	47	2.0	47	87	0	134	31	7	11	48	1.67
8105896--8105957	31	2.0	31	90	0	97	43	20	14	20	1.87
8106293--8106356	32	2.0	31	87	3	92	23	32	9	34	1.87
8106775--8106809	14	2.5	14	100	0	70	37	25	14	22	1.92
8111652--8111714	31	2.0	32	87	3	92	22	15	20	41	1.90
8114771--8114850	28	2.9	28	79	3	90	48	7	22	21	1.74
8116617--8116648	7	4.6	7	92	0	55	0	12	3	84	0.74
8118805--8118923	39	3.1	39	100	0	238	21	15	15	47	1.82
8126933--8126960	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8137370--8137394	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
8138031--8138058	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8141707--8141965	127	2.0	129	90	4	405	47	16	18	17	1.83
8143358--8143391	15	2.2	16	89	5	52	64	0	8	26	1.22
8152559--8152588	7	4.3	7	100	0	60	43	0	16	40	1.48
8152893--8152930	18	2.1	18	100	0	76	44	0	0	55	0.99
8152897--8152936	18	2.3	18	91	4	64	50	0	0	50	1.00
8153176--8153216	20	2.0	20	85	4	55	53	0	2	43	1.13
8155847--8155912	32	2.1	32	83	11	82	46	0	0	53	1.00
8156141--8156189	20	2.5	20	90	9	75	48	0	0	51	1.00
8156136--8156202	20	3.3	20	82	14	59	49	0	0	50	1.00
8157005--8157033	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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