genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397257.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_95.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  12062019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352--2380	14	2.1	14	100	0	58	58	6	6	27	1.50
3501--4779	171	7.6	169	75	9	993	35	13	13	37	1.84
3641--4789	331	3.4	334	81	7	1087	35	13	13	37	1.84
8519--8549	15	2.1	15	100	0	62	29	0	32	38	1.57
9327--11848	232	10.9	231	75	8	1908	36	11	13	37	1.82
10357--10388	14	2.1	16	88	11	50	43	6	6	43	1.54
9785--12995	232	14.2	232	71	11	1691	37	11	13	37	1.81
11401--11826	220	1.9	220	80	5	486	34	12	15	38	1.84
11428--11902	220	2.2	219	78	5	483	35	12	14	37	1.83
12034--12564	231	2.3	230	79	5	595	37	12	14	36	1.83
12124--13130	432	2.3	434	82	5	1196	38	11	12	38	1.78
13215--13785	231	2.5	230	81	4	607	38	9	12	37	1.76
13394--14290	473	1.9	475	81	5	1100	38	9	13	37	1.78
14318--21744	232	32.0	232	77	7	5924	37	11	13	37	1.81
15382--15424	18	2.4	17	81	11	50	48	11	2	37	1.52
17530--18637	221	5.0	221	76	10	1022	37	12	12	38	1.80
21026--21744	221	3.2	219	78	9	664	36	10	14	38	1.80
21633--21677	23	2.0	23	86	0	63	46	8	0	44	1.34
21808--21878	35	2.0	35	88	0	106	33	28	8	29	1.86
22294--22474	73	2.5	72	76	5	175	26	19	16	37	1.93
29308--29344	16	2.3	16	100	0	74	18	35	10	35	1.86
31375--37466	232	26.4	232	74	9	4390	37	11	13	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31375--37466	918	6.6	916	76	9	4362	37	11	13	37	1.82
32442--37467	453	11.0	452	75	10	3255	36	11	13	37	1.82
31083--37458	686	9.2	695	75	10	4341	37	11	13	37	1.81
31375--36310	469	10.7	461	75	9	2461	36	11	13	37	1.82
36454--37441	221	4.5	219	83	5	1129	37	10	13	38	1.79
36464--37441	441	2.2	440	84	4	1271	37	10	13	38	1.79
41784--54277	232	53.9	231	77	6	9907	37	11	13	37	1.81
41784--55660	462	30.0	462	76	7	10672	37	11	13	37	1.81
41784--55660	463	30.0	463	75	7	10457	37	11	13	37	1.81
47748--48249	207	2.4	214	79	6	502	38	9	12	38	1.77
48239--48266	11	2.5	11	100	0	56	78	0	0	21	0.75
54092--54478	200	1.9	201	85	1	535	37	11	14	36	1.82
54318--55660	231	5.9	229	77	8	1171	37	11	13	36	1.82
57581--57621	5	7.8	5	84	10	55	56	2	21	19	1.54
66698--76561	232	42.3	232	70	12	4059	37	10	13	38	1.80
66698--70442	692	5.4	679	78	6	2911	37	11	13	38	1.80
70346--70513	82	2.0	82	89	0	255	41	11	5	41	1.65
70116--70736	314	2.0	314	83	2	791	37	12	11	39	1.79
69663--71213	778	2.0	765	81	4	1828	38	11	12	37	1.79
72464--72636	82	2.1	82	81	1	204	39	9	7	42	1.66
72244--72832	309	1.9	312	82	5	744	37	10	13	38	1.79
72642--73114	243	2.0	238	80	5	531	37	10	15	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74506--74910	214	1.9	213	82	4	512	36	11	14	38	1.81
74885--74933	23	2.1	23	92	0	80	40	12	4	42	1.61
76604--80287	232	15.9	231	77	6	3166	37	11	14	37	1.81
76641--80287	932	3.9	921	75	9	3057	37	11	14	37	1.81
81191--81226	12	2.9	13	84	16	58	0	41	16	41	1.48
87855--87899	20	2.2	20	84	4	54	57	8	0	33	1.30
88035--91111	232	13.6	232	76	7	2649	37	11	13	37	1.81
88056--91111	461	6.7	458	76	8	2585	37	11	13	37	1.81
91250--95366	232	17.8	231	77	6	3489	36	11	13	38	1.82
91252--95366	463	8.9	463	77	6	3486	36	11	13	38	1.82
94463--94893	212	2.0	214	85	1	580	38	9	13	37	1.79
94909--94954	23	2.0	23	82	0	56	39	4	4	52	1.41
95478--95525	25	1.9	25	83	8	62	56	0	2	41	1.11
101838--101878	5	7.8	5	84	10	55	19	21	2	56	1.54
103192--103235	21	2.0	22	86	4	63	29	0	6	63	1.20
110878--113143	232	9.8	231	79	6	2076	36	11	13	38	1.81
111008--112777	915	1.9	915	84	5	2333	36	11	13	39	1.80
112571--113758	622	1.9	621	79	7	1327	36	11	14	37	1.83
113243--113900	232	2.8	230	80	5	668	38	11	11	37	1.78
113973--114769	232	3.5	229	74	9	642	34	11	15	38	1.83
114182--114804	221	2.8	221	77	7	585	34	11	15	39	1.83
120916--122494	232	6.7	231	75	11	1179	36	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120933--122494	475	3.3	472	80	6	1564	36	11	14	37	1.82
122979--128473	232	23.7	231	77	7	4689	37	11	13	36	1.81
124602--125022	221	1.9	221	85	3	589	37	10	14	37	1.81
123016--128473	930	5.9	916	78	7	4656	37	11	13	37	1.81
123016--128473	936	5.9	920	78	7	4554	37	11	13	37	1.81
128500--130422	231	8.3	232	79	5	1925	36	10	14	38	1.81
128488--130419	463	4.2	461	79	7	1914	36	10	14	37	1.81
133258--133351	32	2.8	34	80	3	111	31	24	19	24	1.98
133262--133366	34	3.1	34	80	2	115	33	23	18	24	1.97
134251--134481	67	3.4	67	92	0	390	30	15	22	31	1.95
134251--134560	67	4.7	67	87	2	387	30	15	20	32	1.94
134251--134513	134	2.0	134	92	0	436	30	15	21	31	1.95
146097--146175	35	2.3	33	82	8	97	43	12	8	35	1.74
152835--152873	21	2.0	20	90	10	62	43	7	5	43	1.55
154008--154064	19	3.0	19	78	16	64	45	0	0	54	0.99
154026--154064	21	2.0	21	90	10	64	51	0	0	48	1.00
159084--159115	14	2.3	15	89	10	50	53	15	0	31	1.43
177550--177599	14	3.5	14	86	5	73	34	32	4	30	1.76
177644--177709	26	2.5	27	92	4	109	9	28	33	28	1.88
182723--182780	15	3.9	15	86	2	82	31	32	5	31	1.80
182723--182779	29	1.9	29	89	3	87	29	33	5	31	1.80
182831--182887	27	2.2	26	96	3	105	8	29	35	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182912--182940	14	2.1	14	100	0	58	13	27	34	24	1.93
192712--192751	17	2.2	19	86	8	57	60	0	0	40	0.97
192803--192835	15	2.2	15	94	0	57	69	0	0	30	0.88
192650--193306	252	2.6	246	85	4	856	51	7	6	34	1.55
193138--193501	200	1.8	195	83	6	482	46	7	10	35	1.67
192856--193689	438	1.9	445	82	5	1042	48	6	9	34	1.63
193304--196399	250	12.4	247	74	12	1831	48	5	10	35	1.61
194070--194166	43	2.2	44	87	1	133	49	9	8	32	1.65
194114--196399	248	9.3	247	78	8	1826	49	5	10	35	1.60
195095--195137	21	2.0	21	82	8	52	62	2	6	27	1.33
195195--195232	20	1.9	20	88	0	58	55	2	2	39	1.28
194117--196285	495	4.4	499	79	7	2043	49	5	9	35	1.60
195628--196065	224	1.9	228	83	8	565	47	6	9	36	1.61
197124--197758	246	2.6	247	85	5	851	33	11	6	48	1.66
200066--200242	55	3.2	55	89	6	275	43	15	18	22	1.87
202040--202806	252	3.1	245	84	5	1005	32	12	7	47	1.69
207750--209066	656	2.0	656	88	1	1951	35	13	20	31	1.91
216005--216044	21	1.9	21	94	0	71	40	15	10	35	1.80
215938--216045	49	2.2	50	83	8	132	44	15	7	32	1.74
216321--216387	35	1.9	35	100	0	134	32	26	8	31	1.87
219864--219978	36	3.2	36	81	0	140	34	13	21	29	1.92
219864--220015	72	2.1	72	80	2	171	34	14	20	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220122--220158	20	2.0	20	89	10	60	18	5	10	64	1.43
224034--224077	21	2.0	22	82	4	54	25	0	9	65	1.21
226001--226043	19	2.2	20	83	4	52	4	11	6	76	1.13
239187--239226	15	2.6	16	88	4	55	77	2	0	20	0.88
244499--244666	84	2.0	84	96	0	309	44	13	11	30	1.80
253940--254016	38	2.0	38	100	0	154	23	27	23	25	2.00
262442--262653	35	6.0	35	82	2	253	44	12	8	34	1.72
262443--262653	71	3.0	71	90	0	323	45	12	8	34	1.72
262422--262653	106	2.2	106	81	5	270	43	12	8	35	1.73
268641--268676	12	2.9	13	84	16	58	0	41	16	41	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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