genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397262.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_67.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8984705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  7  of  20  ( 2302 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284970--2285019	26	1.9	26	92	8	84	30	16	12	42	1.84
2285119--2285157	19	2.1	19	100	0	78	25	20	20	33	1.97
2288947--2289551	331	1.8	332	86	5	891	44	6	7	41	1.58
2291705--2291771	35	1.9	34	84	6	89	35	14	25	23	1.94
2292391--2292421	16	2.0	16	93	6	55	19	3	12	64	1.41
2293625--2293766	68	2.1	68	90	0	221	35	9	19	34	1.85
2299192--2299239	25	1.9	25	83	8	62	33	22	12	31	1.91
2299314--2299387	27	2.8	27	81	2	96	32	16	10	40	1.83
2299720--2299777	15	3.9	15	73	10	57	51	27	1	18	1.56
2303601--2304055	214	2.1	218	84	5	584	46	5	7	41	1.53
2304053--2304098	10	4.5	10	79	20	51	39	2	2	56	1.24
2304257--2304299	14	3.1	14	80	9	52	53	4	0	41	1.21
2304302--2304335	16	2.1	16	88	0	50	41	0	2	55	1.15
2307187--2307213	9	3.0	9	100	0	54	55	0	44	0	0.99
2307452--2307702	105	2.4	105	93	1	423	33	23	26	16	1.96
2317817--2317854	17	2.3	17	86	4	51	26	15	10	47	1.78
2317901--2317987	28	3.1	27	80	4	102	37	6	9	45	1.63
2317914--2318037	27	4.6	27	78	8	117	44	6	9	39	1.63
2317889--2318083	81	2.4	81	76	10	204	41	12	9	36	1.76
2318938--2319350	92	4.5	91	87	5	586	50	11	10	27	1.71
2319325--2319372	22	2.2	22	96	0	87	47	10	8	33	1.68
2319235--2319464	114	2.0	114	88	3	338	49	11	10	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319347--2319602	94	2.8	94	84	4	333	51	10	10	26	1.69
2319921--2319974	26	2.1	26	96	0	99	64	1	18	14	1.37
2326091--2326142	2	26.0	2	84	0	50	44	5	5	44	1.52
2326142--2326175	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2331931--2332010	39	2.0	40	92	2	135	18	25	21	35	1.96
2333190--2333228	15	2.6	15	100	0	78	43	5	23	28	1.75
2343248--2343387	75	1.9	74	90	1	226	40	3	8	47	1.51
2343245--2343405	74	2.2	76	85	4	229	40	5	7	46	1.55
2343248--2343414	75	2.2	75	82	4	194	41	5	7	45	1.54
2343453--2343552	31	3.1	31	81	8	103	41	1	3	55	1.22
2347075--2347100	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
2348009--2348044	18	2.0	18	94	0	63	44	13	11	30	1.79
2358876--2358903	13	2.2	13	100	0	56	39	7	28	25	1.82
2363629--2363788	66	2.4	66	82	4	187	42	25	11	21	1.85
2365636--2365684	21	2.3	21	82	0	62	38	16	12	32	1.86
2376219--2376248	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2396506--2396540	17	2.1	17	89	10	54	57	11	0	31	1.34
2398982--2399028	24	2.0	24	86	0	67	21	34	6	38	1.79
2400123--2400148	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
2414285--2414328	13	3.6	13	82	17	67	43	0	0	56	0.99
2414276--2414334	23	2.6	23	97	0	109	38	0	0	61	0.96
2414259--2414334	10	7.0	10	71	21	55	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417087--2417131	18	2.5	18	100	0	90	64	4	22	8	1.40
2417084--2417134	18	2.6	21	78	18	72	66	3	21	7	1.34
2418369--2418399	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2427859--2427926	15	4.7	15	68	23	56	52	4	0	42	1.21
2427858--2427930	21	3.5	21	74	7	85	50	4	0	45	1.20
2449395--2449437	13	3.3	13	81	18	54	81	0	18	0	0.69
2450051--2450098	22	2.2	22	85	7	62	68	2	2	27	1.11
2460564--2461065	27	18.4	27	69	10	162	31	24	28	16	1.96
2460572--2460883	53	5.7	53	74	8	230	33	24	26	15	1.95
2460681--2460920	107	2.2	107	78	13	260	31	23	29	15	1.95
2460718--2460980	134	2.0	135	81	8	313	32	23	28	15	1.96
2460863--2461118	53	4.8	53	75	5	228	30	21	30	17	1.97
2460854--2461118	108	2.5	108	86	0	361	30	22	29	17	1.97
2460678--2461158	27	17.9	27	73	3	236	30	23	29	16	1.96
2460917--2461159	80	3.0	80	76	3	202	29	22	30	17	1.97
2464915--2465321	135	3.0	134	87	0	517	17	26	22	33	1.96
2465083--2465393	108	2.9	107	81	2	329	17	26	23	33	1.96
2464869--2465391	27	19.4	27	69	3	174	17	27	23	32	1.96
2465266--2465339	28	2.7	27	79	8	78	17	25	20	36	1.94
2465352--2465410	27	2.2	27	84	0	73	13	25	25	35	1.93
2465218--2465458	108	2.2	108	80	2	243	17	25	23	33	1.96
2465486--2465599	27	4.3	27	79	2	95	14	25	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465514--2465716	107	1.9	107	79	4	230	18	25	23	33	1.97
2465735--2465767	16	2.1	16	94	0	57	18	21	27	33	1.96
2469120--2469238	60	2.0	60	88	0	175	32	7	21	38	1.81
2469345--2469442	44	2.2	44	81	0	106	27	10	18	43	1.82
2469517--2469574	22	2.6	22	88	0	89	32	31	13	22	1.93
2469626--2469667	22	1.9	22	85	0	57	50	21	7	21	1.72
2471223--2471275	22	2.4	22	87	0	79	50	18	3	26	1.64
2505574--2505613	20	2.0	21	85	5	55	45	2	7	45	1.45
2524798--2524837	18	2.3	18	86	4	55	20	5	7	67	1.34
2529299--2529515	72	3.0	72	77	5	242	38	16	17	27	1.91
2530840--2530873	18	1.9	18	88	5	52	67	8	2	20	1.31
2544144--2544189	14	3.3	15	81	9	53	19	2	0	78	0.86
2544143--2544186	22	2.0	23	90	4	72	18	2	0	79	0.83
2544137--2544190	28	2.0	27	85	3	72	20	1	0	77	0.86
2550153--2550191	19	2.1	19	85	0	51	56	7	2	33	1.41
2558668--2558930	29	9.5	27	76	12	164	44	11	14	30	1.80
2558704--2558814	27	4.2	25	85	9	114	48	11	12	27	1.75
2558676--2558871	27	7.3	26	78	10	110	44	10	13	30	1.78
2558786--2558892	54	2.0	54	88	0	160	38	11	14	35	1.82
2560693--2560761	33	2.1	33	100	0	138	34	5	11	47	1.64
2561705--2561965	29	9.5	28	73	12	121	30	14	11	43	1.81
2561801--2561884	26	3.2	25	75	15	80	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561706--2561965	53	4.8	54	74	9	154	30	14	11	43	1.81
2561817--2561965	28	5.4	27	76	8	97	30	12	12	44	1.79
2565124--2565152	5	6.0	5	96	4	51	0	17	0	82	0.66
2569702--2569762	20	3.0	20	70	25	56	50	0	0	49	1.00
2569697--2569777	40	2.0	40	83	4	101	55	1	0	43	1.07
2569772--2569801	12	2.4	13	94	5	53	70	0	0	30	0.88
2571756--2571813	27	2.1	29	87	6	84	41	0	3	55	1.17
2575359--2575467	35	3.1	35	86	0	146	49	19	10	21	1.77
2577961--2578063	35	2.9	35	83	0	125	21	6	19	52	1.69
2577963--2578095	70	1.9	70	80	0	158	23	9	17	50	1.74
2577963--2578095	35	3.8	35	83	0	122	23	9	17	50	1.74
2580790--2580844	28	2.1	27	83	10	69	38	5	7	49	1.54
2589326--2589362	3	12.3	3	94	0	65	37	32	29	0	1.58
2596436--2596461	6	4.3	6	100	0	52	30	0	50	19	1.48
2599229--2599312	42	2.0	42	88	4	125	47	13	16	22	1.81
2612344--2612393	21	2.6	18	78	15	55	44	0	0	56	0.99
2612622--2612672	23	2.3	22	80	12	59	50	0	0	49	1.00
2613906--2613943	18	2.1	18	95	0	67	55	0	5	39	1.23
2614226--2614266	18	2.2	20	83	16	52	39	4	4	51	1.45
2628898--2628924	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2628912--2628947	19	2.0	18	89	10	56	44	0	0	55	0.99
2629246--2629302	19	2.8	20	72	17	55	38	0	3	57	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2630155--2630207	26	2.0	26	89	7	81	30	0	1	67	1.01
2631912--2632033	63	1.9	63	86	0	172	37	10	27	23	1.88
2635657--2635693	8	4.4	8	87	12	56	32	0	0	67	0.91
2635657--2635693	18	2.2	16	90	9	56	32	0	0	67	0.91
2635665--2635705	18	2.4	17	87	4	55	31	4	0	63	1.15
2635656--2635705	26	1.9	26	87	0	73	32	4	0	64	1.12
2636642--2636695	18	3.0	18	97	0	99	42	5	12	38	1.67
2637163--2637231	35	2.0	35	100	0	138	40	17	11	30	1.85
2638616--2638642	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2638983--2639060	23	3.5	22	73	16	63	24	1	3	70	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20