genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397262.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_67.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8984705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1953572--1953670	3	33.7	3	71	20	59	25	3	1	70	1.07
1953578--1953673	17	5.4	19	67	23	75	25	3	1	70	1.08
1953564--1953675	23	4.8	23	73	18	90	25	2	0	70	1.06
1954303--1954344	20	2.1	20	90	0	66	30	21	16	30	1.95
1959237--1959432	57	3.4	55	83	6	214	37	24	8	30	1.84
1959699--1959723	11	2.3	11	100	0	50	44	28	0	28	1.55
1964802--1964834	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
1974103--1974128	12	2.2	12	100	0	52	15	30	19	34	1.93
1978838--1978895	24	2.3	25	82	11	73	58	3	0	37	1.15
1981519--1981594	36	2.1	36	90	0	116	25	32	13	28	1.93
1983806--1983844	14	2.9	14	96	3	71	61	20	12	5	1.50
1989932--1989966	2	18.5	2	88	11	56	51	48	0	0	1.00
1989932--1989966	11	3.3	11	88	4	54	51	48	0	0	1.00
1989932--1989966	13	2.7	13	90	0	61	51	48	0	0	1.00
2001122--2001151	15	1.9	16	93	6	53	70	6	0	23	1.11
2001293--2001346	27	2.1	24	83	10	63	72	1	5	20	1.14
2002359--2002411	23	2.3	23	83	0	61	26	11	35	26	1.90
2002324--2002513	81	2.3	81	83	0	218	28	12	32	26	1.92
2002515--2002627	23	4.9	23	71	8	86	27	9	35	27	1.88
2004340--2004503	23	7.1	23	74	6	125	29	10	35	23	1.89
2004606--2004691	23	3.8	23	77	11	97	29	8	33	29	1.86
2005403--2005892	221	2.2	221	90	1	777	28	14	22	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2007412--2007944	151	3.5	151	80	3	538	33	17	16	33	1.92
2008487--2008695	81	2.6	81	77	4	199	29	14	28	26	1.95
2010009--2010369	74	4.8	74	77	7	246	32	20	19	26	1.97
2011869--2011894	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2012308--2012353	21	2.2	21	92	3	76	30	4	17	47	1.67
2014106--2014169	33	1.9	33	93	0	110	62	0	6	31	1.20
2014388--2014427	15	2.7	15	88	7	55	37	25	5	32	1.77
2014388--2014446	30	2.0	30	82	0	73	33	20	6	38	1.79
2017494--2017749	128	2.0	128	95	0	458	26	23	29	21	1.99
2019717--2019760	21	2.1	21	91	0	70	29	0	6	63	1.20
2026787--2026821	17	2.1	17	89	10	54	42	0	0	57	0.99
2029112--2029158	19	2.4	20	79	10	53	51	8	0	40	1.33
2052144--2052180	19	1.9	19	88	0	56	24	2	8	64	1.34
2054313--2054339	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
2056002--2056033	15	2.1	15	94	0	55	53	3	0	43	1.16
2056081--2056140	24	2.6	23	81	5	75	73	1	0	25	0.93
2056017--2056272	118	2.1	119	83	7	331	57	3	1	37	1.27
2056128--2056210	22	3.6	22	67	20	62	54	1	2	42	1.21
2056159--2056214	27	2.0	26	83	10	67	57	0	5	37	1.22
2056017--2056332	122	2.6	116	80	9	289	56	3	2	37	1.27
2056429--2056570	27	5.3	27	74	20	122	55	1	0	42	1.08
2056378--2056494	41	2.8	41	80	7	110	56	0	1	41	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056578--2056684	33	3.3	33	71	17	116	54	1	1	42	1.22
2056551--2056691	63	2.2	63	98	0	273	51	2	2	43	1.28
2056546--2056651	30	3.4	30	69	16	90	52	1	3	41	1.30
2056377--2056657	146	1.9	144	85	5	370	55	1	2	40	1.22
2058409--2058527	59	2.0	59	88	3	177	31	21	19	28	1.97
2060242--2060374	68	2.0	68	95	0	239	39	6	16	37	1.75
2063438--2063494	28	2.0	28	100	0	114	38	14	10	36	1.80
2063895--2063960	31	2.1	31	91	0	105	33	21	22	22	1.97
2063889--2064192	119	2.6	119	81	0	374	32	19	21	25	1.97
2064005--2064066	31	2.0	31	87	6	90	30	16	25	27	1.96
2064007--2064079	31	2.4	31	83	4	85	31	17	23	27	1.97
2068351--2068673	180	1.8	174	84	6	434	23	16	7	52	1.68
2072657--2072698	21	1.9	22	85	9	59	40	2	2	54	1.26
2072590--2073130	249	2.2	247	86	2	744	34	8	5	51	1.54
2074107--2074152	20	2.4	19	85	7	58	36	6	8	47	1.60
2079219--2079245	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
2080780--2080814	2	17.5	2	87	0	52	48	0	2	48	1.16
2087497--2087527	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2090640--2090666	14	1.9	14	100	0	54	29	0	14	55	1.40
2097228--2097254	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2101057--2101119	6	10.5	6	82	0	63	41	1	7	49	1.42
2101057--2101119	8	7.9	8	80	0	63	41	1	7	49	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101057--2101119	18	3.4	18	82	8	81	41	1	7	49	1.42
2102732--2102782	20	2.3	23	80	12	63	11	23	7	56	1.61
2116345--2116436	47	2.0	47	82	4	114	36	15	13	34	1.86
2120899--2120946	25	1.9	25	95	0	87	20	4	22	52	1.64
2125544--2125587	15	2.9	16	83	10	56	29	2	27	40	1.68
2127075--2127121	23	2.2	22	81	11	53	27	4	2	65	1.22
2127338--2128161	457	1.8	456	80	7	999	34	11	5	48	1.63
2127678--2129141	252	5.8	252	81	5	1532	34	10	5	49	1.61
2127679--2129141	503	2.9	496	81	6	1667	34	10	5	49	1.62
2128673--2129581	475	1.9	474	84	3	1202	33	10	5	49	1.62
2129234--2130167	506	1.8	505	80	2	1133	34	8	7	49	1.62
2129137--2130170	253	4.1	253	79	2	1015	34	8	7	49	1.62
2149289--2149454	53	3.1	53	81	6	192	31	8	19	39	1.82
2151130--2151161	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2165595--2165668	25	3.0	25	72	7	69	35	16	25	22	1.95
2166164--2166225	30	2.1	30	87	6	90	41	25	6	25	1.79
2171366--2171444	22	3.4	21	70	20	68	40	1	1	56	1.15
2171360--2171414	27	2.0	27	86	6	76	38	0	0	61	0.96
2171369--2171427	27	2.1	28	84	3	75	40	1	1	55	1.20
2171640--2171671	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2171633--2171715	15	5.6	15	65	18	57	48	1	2	48	1.22
2181389--2181448	30	2.0	30	83	6	77	40	21	6	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188033--2188091	27	2.1	28	84	3	75	42	3	1	52	1.28
2201925--2202242	169	1.9	169	86	1	449	25	26	15	32	1.96
2215773--2215797	7	3.6	7	100	0	50	12	12	0	76	1.04
2220425--2220451	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2220639--2220677	2	19.5	2	94	0	69	51	0	46	2	1.14
2223327--2223382	23	2.4	23	78	0	58	21	8	26	42	1.82
2225233--2225285	12	4.2	12	75	13	52	16	26	11	45	1.82
2225231--2225285	27	2.0	27	85	0	74	18	25	10	45	1.82
2227264--2227315	26	2.0	26	88	7	79	26	13	7	51	1.67
2227939--2228590	218	3.0	219	91	2	1062	38	12	14	34	1.83
2232103--2232553	210	2.2	211	80	2	514	42	23	11	23	1.86
2232544--2232585	22	1.9	22	90	0	66	38	23	7	30	1.82
2233759--2233852	38	2.5	38	74	3	102	38	9	27	24	1.86
2240021--2240059	18	2.1	19	85	4	53	7	25	0	66	1.18
2240834--2240868	18	1.9	18	88	11	54	25	2	14	57	1.51
2248142--2248251	54	2.0	58	85	10	158	35	23	14	26	1.93
2254725--2254840	36	3.2	36	81	4	128	37	2	12	48	1.54
2254725--2254842	35	3.3	35	81	5	114	36	2	11	49	1.53
2262125--2262625	247	2.0	246	83	5	629	38	7	14	38	1.76
2262725--2262893	41	3.9	41	75	12	119	21	14	5	58	1.57
2262968--2263064	43	2.3	43	83	7	126	16	15	8	59	1.59
2263066--2263149	36	2.3	36	82	10	91	15	17	5	60	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263127--2263242	61	1.9	62	87	5	173	15	18	6	59	1.58
2263336--2263599	145	1.8	145	86	3	388	37	10	15	36	1.83
2269026--2269068	22	2.0	22	81	9	52	48	6	0	44	1.29
2273124--2273153	3	10.0	3	92	0	51	70	0	30	0	0.88
2273125--2273154	15	2.0	15	100	0	60	73	0	26	0	0.84
2274366--2274398	13	2.5	13	90	9	50	18	3	3	75	1.06
2274390--2274423	18	1.9	17	88	5	50	26	0	0	73	0.83
2277601--2277712	58	1.9	58	89	3	172	40	14	17	27	1.89
2278117--2278159	20	2.2	20	86	0	59	44	13	6	34	1.72
2280079--2280531	226	2.0	226	92	0	744	39	6	14	39	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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